Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTATGATTGGCTGGCAAAGAAGAATATCCAAACTGGATACTTTTTGTGGGCAATGTTTGCTTATGGATTAGgtaaagtagcaataattgaatcaacctttttccggttaataatataccaagtatatgattcattaacaaaggatagaagattagcagctggaaatgacataatatttcccgtagttttatcactggaccctttatttagctggattttgttcttttgtaacgcctcatttaacgtattttgaactggtag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv02s0025g03400.t01
intron # 12
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110358368|gb|EC922530.1|EC922530
EST:     GAATATCCAAACTGGATACTTTTTGTGGGCAATGTTTGCTTATGGATTAG                         GTCTTCTCATCACATATGTGGCACTGAACTTGATGGATGGGCATGGCCAAC
genomic: GAATATCCAAACTGGATACTTTTTGTGGGCAATGTTTGCTTATGGATTAGgtaaagtagc ... gaactggtagGTCTTCTCATCACATATGTGGCACTGAACTTGATGGATGGGCATGGCCAAC
EST: gi|71882067|gb|DT031122.1|DT031122
EST:     GAATATCCAAACTGGATACTTTTTGTGGGCAATGTTTGCTTATGGATTAG                         GTCTTCTCATCACATATGTGGCACTGAACTTGATGGATGGGCATGGCCAAC
genomic: GAATATCCAAACTGGATACTTTTTGTGGGCAATGTTTGCTTATGGATTAGgtaaagtagc ... gaactggtagGTCTTCTCATCACATATGTGGCACTGAACTTGATGGATGGGCATGGCCAAC
EST: gi|30129909|gb|CB915248.1|CB915248
EST:     GAATATCCAAACTGGATACTTTTTGTGGGCAATGTTTGCTTATGGATTAG                         GTCTTCTCATCACATATGTGGCACTGAACTTGATGGATGGGCATGGCCAAC
genomic: GAATATCCAAACTGGATACTTTTTGTGGGCAATGTTTGCTTATGGATTAGgtaaagtagc ... gaactggtagGTCTTCTCATCACATATGTGGCACTGAACTTGATGGATGGGCATGGCCAAC
EST: gi|71885798|gb|DT034853.1|DT034853
EST:     GAATATCCAAACTGGATACTTTTTGTGGGCAATGTTTGCTTATGGATTAG                         GTCTTCTCATCACATATGTGGCACTGAACTTGATGGATGGGCATGGCCAAC
genomic: GAATATCCAAACTGGATACTTTTTGTGGGCAATGTTTGCTTATGGATTAGgtaaagtagc ... gaactggtagGTCTTCTCATCACATATGTGGCACTGAACTTGATGGATGGGCATGGCCAAC
EST: gi|32245741|gb|CD711560.1|CD711560
EST:     GAATATCCAAACTGGATACTTTTTGTGGGCAATGTTTGCTTATGGATTAG                         GTCTTCTCATTACATATGTGGCACTGAACTTGATGGATGGGCATGGCCAAC
genomic: GAATATCCAAACTGGATACTTTTTGTGGGCAATGTTTGCTTATGGATTAGgtaaagtagc ... gaactggtagGTCTTCTCATCACATATGTGGCACTGAACTTGATGGATGGGCATGGCCAAC
EST: gi|110362845|gb|EC926402.1|EC926402
EST:     GAATATCCAAACTGGATACTTTTTGTGGGCAATGTTTGCTTATGGATTAG                         GTCTTCTCATCACATATGTGGCACTGAACTTGATGGATGGGCATGGCCAAC
genomic: GAATATCCAAACTGGATACTTTTTGTGGGCAATGTTTGCTTATGGATTAGgtaaagtagc ... gaactggtagGTCTTCTCATCACATATGTGGCACTGAACTTGATGGATGGGCATGGCCAAC
EST: gi|110716312|gb|EE091183.1|EE091183
EST:     GAATATCCAAACTGGATACTTTTTGTGGGCAATGTTTGCTTATGGATTAN                         GTCTTCTCATCACATATGTGGCACTGAACTTGATGGATGGGCATGGCCAAC
genomic: GAATATCCAAACTGGATACTTTTTGTGGGCAATGTTTGCTTATGGATTAGgtaaagtagc ... gaactggtagGTCTTCTCATCACATATGTGGCACTGAACTTGATGGATGGGCATGGCCAAC
EST: gi|110421268|gb|EC987564.1|EC987564
EST:     GAATATCCAAACTGGATACTTTTTGTGGGCAATGTTTGCTTATGGATTAG                         GTCTTCTCATCACATATGTGGCACTGAACTTGATGGATGGGCATGGCCAAC
genomic: GAATATCCAAACTGGATACTTTTTGTGGGCAATGTTTGCTTATGGATTAGgtaaagtagc ... gaactggtagGTCTTCTCATCACATATGTGGCACTGAACTTGATGGATGGGCATGGCCAAC
EST: gi|32246367|gb|CD712186.1|CD712186
EST:     GAATATCCAAACTGGATACTTTTTGTGGGCAATGTTTGCTTATGGATTAG                         GTCTTCTCATTACATATGTGGCACTGAACTTGATGGATGGGCATGGCCAAC
genomic: GAATATCCAAACTGGATACTTTTTGTGGGCAATGTTTGCTTATGGATTAGgtaaagtagc ... gaactggtagGTCTTCTCATCACATATGTGGCACTGAACTTGATGGATGGGCATGGCCAAC
EST: gi|110687575|gb|EE065143.1|EE065143
EST:     GAATATCCAAACTGGATACTTTTTGTGGGCAATGTTTGCTTATGGATTAG                         GTCTTCTCATCACATATGTGGCACTGAACTTGATGGATGGGCATGGCCAAC
genomic: GAATATCCAAACTGGATACTTTTTGTGGGCAATGTTTGCTTATGGATTAGgtaaagtagc ... gaactggtagGTCTTCTCATCACATATGTGGCACTGAACTTGATGGATGGGCATGGCCAAC