Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   
2  
 5'  3'   
3  
 5'  3'   
4  
 5'  3'   
5  
 5'  3'   
6  
 5'  3'   
7  
 5'  3'   
8  
 5'  3'   
9  
 5'  3'   
10  
 5'  3'   
11  
 5'  3'   
12  
 5'  3'   
13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATGTGGGAGTTGAACAACAATGGCACCCTTTTAAACAGTCATTCTGGTCTATGTGCAACTGTGAATGCGGTGCAAGgtgaaatactgaagttgattgcttctttatataatatctggagcataaatgtctaaaagttagttttatgtcgcatccgctaactgactttttattcacag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv01s0137g00630.t01
intron # 12
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|37189209|gb|CF608558.1|CF608558
EST:     CCTTTTAAACAGTCATTCTGGTCTATGTGCAACTGTGAATGCGGTGCAAG                         ATGATGCTGTTTCTGGTGGAATTCGTTCTTGGATTGCAACTGGAAGA
genomic: CCTTTTAAACAGTCATTCTGGTCTATGTGCAACTGTGAATGCGGTGCAAGgtgaaatact ... ttattcacagATGATGCTGTTTCTGGTGGAATTCGTTCTTGGATTGCAACTGGAAGA
EST: gi|32245921|gb|CD711740.1|CD711740
EST:     CCTTTTAAACAGTCATTCTGGTCTATGTGCAACTGTGAATGCGGTGCAAG                         ATGATGCTGTTTCTGGTGGAATTCGTTCTTGGATTGCAACTGGAAGAAAAG
genomic: CCTTTTAAACAGTCATTCTGGTCTATGTGCAACTGTGAATGCGGTGCAAGgtgaaatact ... ttattcacagATGATGCTGTTTCTGGTGGAATTCGTTCTTGGATTGCAACTGGAAGAAAAG
EST: gi|18459504|gb|BM437782.1|BM437782
EST:     CCTTTTAAACAGTCATTCTGGTCTATGTGCAACTGTGAATGCGGTGCAAG                         ATGATGCTGTTTCTGGTGGAATTCGTTCTTGGATTGCAACTGGAAGAAAAG
genomic: CCTTTTAAACAGTCATTCTGGTCTATGTGCAACTGTGAATGCGGTGCAAGgtgaaatact ... ttattcacagATGATGCTGTTTCTGGTGGAATTCGTTCTTGGATTGCAACTGGAAGAAAAG
EST: gi|37189485|gb|CF608834.1|CF608834
EST:     CCTTTTAAACAGTCATTCTGGTCTATGTGCAACTGTGAATGCGGTGCAAG                         ATGATGCTGTTTCTGGTGGAATTCGTTCTTGGATTGCAACTGGAAG
genomic: CCTTTTAAACAGTCATTCTGGTCTATGTGCAACTGTGAATGCGGTGCAAGgtgaaatact ... ttattcacagATGATGCTGTTTCTGGTGGAATTCGTTCTTGGATTGCAACTGGAAG
EST: gi|110380121|gb|EC945365.1|EC945365
EST:     CCTTTTAAACAGTCATTCTGGTCTATGTGCAACTGTGAATGCGGTGCAAG                         ATGATGCTGTTTCTGGTGGAATTCGTTCTTGGATTGCAACTGGAAGAAAAG
genomic: CCTTTTAAACAGTCATTCTGGTCTATGTGCAACTGTGAATGCGGTGCAAGgtgaaatact ... ttattcacagATGATGCTGTTTCTGGTGGAATTCGTTCTTGGATTGCAACTGGAAGAAAAG