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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGATACCATGTGCTCTGCCTGTTCAATGGCAGTTGTCTGGATACAAAATAAGCTTGGTCAGAATGAAACGATTGACCGTATATTAAAATACGTCAATGAGgtaaaaataacctaattccattcagtatttgtttcataagttacagttctggtttctcacactcatttgcaattccag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv19s0090g00830.t01
intron # 11
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|352789999|gb|FQ479609.1|FQ479609
EST:     AGCTTGGTCAGAATGAAACGATTGACCGTATATTAAAATACGTCAATGAG                         CTCTGTGATCGGCTGCCTAGTCCAATGGGAGAATCAGCAGTTGATTGTGGT
genomic: AGCTTGGTCAGAATGAAACGATTGACCGTATATTAAAATACGTCAATGAGgtaaaaataa ... gcaattccagCTCTGTGATCGGCTGCCTAGTCCAATGGGAGAATCAGCAGTTGATTGTGGT
EST: gi|349814602|gb|FQ399242.1|FQ399242
EST:     AGCTTGGTCAGAATGAAACGATTGACCGTATATTAAAATACGTCAATGAG                         CTCTGTGATCGGCTGCCTAGTCCAATGGGAGAATCAGCAGTTGATTGTGGT
genomic: AGCTTGGTCAGAATGAAACGATTGACCGTATATTAAAATACGTCAATGAGgtaaaaataa ... gcaattccagCTCTGTGATCGGCTGCCTAGTCCAATGGGAGAATCAGCAGTTGATTGTGGT
EST: gi|349811128|gb|FQ406140.1|FQ406140
EST:     AGCTTGGTCAGAATGAAACGATTGACCGTATATTAAAATACGTCAATGAG                         CTCTGTGATCGGCTGCCTAGTCCAATGGGAGAATCAGCAGTTGATTGTGGT
genomic: AGCTTGGTCAGAATGAAACGATTGACCGTATATTAAAATACGTCAATGAGgtaaaaataa ... gcaattccagCTCTGTGATCGGCTGCCTAGTCCAATGGGAGAATCAGCAGTTGATTGTGGT
EST: gi|349818053|gb|FQ408828.1|FQ408828
EST:     AGCTTGGTCAGAATGAAACGATTGACCGTATATTAAAATACGTCAATGAG                         CTCTGTGATCGGCTGCCTAGTCCAATGGGAGAATCAGCAGTTGATTGTGGT
genomic: AGCTTGGTCAGAATGAAACGATTGACCGTATATTAAAATACGTCAATGAGgtaaaaataa ... gcaattccagCTCTGTGATCGGCTGCCTAGTCCAATGGGAGAATCAGCAGTTGATTGTGGT
EST: gi|349817267|gb|FQ405271.1|FQ405271
EST:     AGCTTGGTCAGAATGAAGCGATTGACCGTATATTAAAATACGTCAATGAG                         CTCTGTGATCGGCTGCCTAGTCCAATGGGAGAATCAGCAGTTGATTGTGGT
genomic: AGCTTGGTCAGAATGAAACGATTGACCGTATATTAAAATACGTCAATGAGgtaaaaataa ... gcaattccagCTCTGTGATCGGCTGCCTAGTCCAATGGGAGAATCAGCAGTTGATTGTGGT
EST: gi|349811678|gb|FQ409675.1|FQ409675
EST:     AGCTTGGTCAGAATGAAACGATTGACCGTATATTAAAATACGTCAATGAG                         CTCTGTGATCGGCTGCCTAGTCCAATGGGAGAATCAGCAGTTGATTGTGGT
genomic: AGCTTGGTCAGAATGAAACGATTGACCGTATATTAAAATACGTCAATGAGgtaaaaataa ... gcaattccagCTCTGTGATCGGCTGCCTAGTCCAATGGGAGAATCAGCAGTTGATTGTGGT
EST: gi|349811177|gb|FQ406165.1|FQ406165
EST:     AGCTTGGTCAGAATGAAACGATTGACCGTATATTAAAATACGTCAATGAG                         CTCTGAGATCGGCTGCCTAGTCCAATGGGAGAATCAGCAGTTGATTGTGGT
genomic: AGCTTGGTCAGAATGAAACGATTGACCGTATATTAAAATACGTCAATGAGgtaaaaataa ... gcaattccagCTCTGTGATCGGCTGCCTAGTCCAATGGGAGAATCAGCAGTTGATTGTGGT
EST: gi|110362682|gb|EC926231.1|EC926231
EST:     AGCTTGGTCAGAATGAAACAATTGACCGTATATTAAAATACGTCAATGAG                         CTCTGTGATCGGCTGCCTAGTCCAATGGGAGAATCAGCAGTTGATTGTGGT
genomic: AGCTTGGTCAGAATGAAACGATTGACCGTATATTAAAATACGTCAATGAGgtaaaaataa ... gcaattccagCTCTGTGATCGGCTGCCTAGTCCAATGGGAGAATCAGCAGTTGATTGTGGT
EST: gi|349807900|gb|FQ402291.1|FQ402291
EST:     AGCTTGGTCAGAATGAAACGATTGACCGTATATTAAAATACGTCAATGAG                         CTCTGTGATCGGCTGCCTAGTCCAATGGGAGAATCAGCAGTTGATTGTGGT
genomic: AGCTTGGTCAGAATGAAACGATTGACCGTATATTAAAATACGTCAATGAGgtaaaaataa ... gcaattccagCTCTGTGATCGGCTGCCTAGTCCAATGGGAGAATCAGCAGTTGATTGTGGT
EST: gi|352798701|gb|FQ480726.1|FQ480726
EST:     AGCTTGGTCAGAATGAAACGATTGACCGTATATTAAAATACGTCAATGAG                         CTCCGTGATCGGCTGCCTAGTCCAATGGGAGAATCAGCAGTTGATTGTGGT
genomic: AGCTTGGTCAGAATGAAACGATTGACCGTATATTAAAATACGTCAATGAGgtaaaaataa ... gcaattccagCTCTGTGATCGGCTGCCTAGTCCAATGGGAGAATCAGCAGTTGATTGTGGT
EST: gi|349809773|gb|FQ398398.1|FQ398398
EST:     AGCTTGGTCAGAATGAAACGATTGACCGTATATTAAAATACGTCAATGAG                         CTCTGTGATCGGCTGCCTAGTCCAATGGGACAATCAGCAGTTGATTGTGGT
genomic: AGCTTGGTCAGAATGAAACGATTGACCGTATATTAAAATACGTCAATGAGgtaaaaataa ... gcaattccagCTCTGTGATCGGCTGCCTAGTCCAATGGGAGAATCAGCAGTTGATTGTGGT
EST: gi|351036374|gb|FQ458749.1|FQ458749
EST:     AGCTTGGTCAGAATGAAACGATTGACCGTATATTAAAATACGTCAATGAG                         CTCTGTGATCGGCTGCCTAGTCCAATGGGAGAATCAGCAGTTGATTGTGGT
genomic: AGCTTGGTCAGAATGAAACGATTGACCGTATATTAAAATACGTCAATGAGgtaaaaataa ... gcaattccagCTCTGTGATCGGCTGCCTAGTCCAATGGGAGAATCAGCAGTTGATTGTGGT
EST: gi|349818969|gb|FQ411664.1|FQ411664
EST:     AGCTTGGTCAGAATGAAACGATTGACCGTATATTAAAATACGTCAATGAG                         CTCTGTGATCGGCTGCCTAGTCCAATGGGAGAATCAGCAGTTGATTGTGGT
genomic: AGCTTGGTCAGAATGAAACGATTGACCGTATATTAAAATACGTCAATGAGgtaaaaataa ... gcaattccagCTCTGTGATCGGCTGCCTAGTCCAATGGGAGAATCAGCAGTTGATTGTGGT
EST: gi|349816754|gb|FQ399622.1|FQ399622
EST:     AGCTTGGTCAGAATGAAACGATTGACCGTATATTAAAATACGTCAATGAG                         CTCTGTGATCGGCTGCCTAGTCCAATGGGAGAATCAGCAGTTGATTGTGGT
genomic: AGCTTGGTCAGAATGAAACGATTGACCGTATATTAAAATACGTCAATGAGgtaaaaataa ... gcaattccagCTCTGTGATCGGCTGCCTAGTCCAATGGGAGAATCAGCAGTTGATTGTGGT
EST: gi|351051626|gb|FQ450178.1|FQ450178
EST:     AGCTTGGTCAGAATGAAACGATTGACCGTATATTAAAATACGTCAATGAG                         CTCTGTGATCGGCTGCCTAGTCCAATGGGAGAATCAGCAGTTGATTGTGGT
genomic: AGCTTGGTCAGAATGAAACGATTGACCGTATATTAAAATACGTCAATGAGgtaaaaataa ... gcaattccagCTCTGTGATCGGCTGCCTAGTCCAATGGGAGAATCAGCAGTTGATTGTGGT
EST: gi|349817835|gb|FQ407824.1|FQ407824
EST:     AGCTTGGTCAGAATGAAGCGATTGACCGTATATTAAAATACGTCAATGAG                         CTCTGTGATCGGCTGCCTAGTCCAATGGGAGAATCAGCAGTTGATTGTGGT
genomic: AGCTTGGTCAGAATGAAACGATTGACCGTATATTAAAATACGTCAATGAGgtaaaaataa ... gcaattccagCTCTGTGATCGGCTGCCTAGTCCAATGGGAGAATCAGCAGTTGATTGTGGT
EST: gi|349814554|gb|FQ399194.1|FQ399194
EST:     AGCTTGGTCAGAATGAAGCGATTGACCGTATATTAAAATACGTCAATGAG                         CTCTGTGATCGGCTGCCTAGTCCAATGGGAGAATCAGCAGTTGATTGTGGT
genomic: AGCTTGGTCAGAATGAAACGATTGACCGTATATTAAAATACGTCAATGAGgtaaaaataa ... gcaattccagCTCTGTGATCGGCTGCCTAGTCCAATGGGAGAATCAGCAGTTGATTGTGGT
EST: gi|349810986|gb|FQ405974.1|FQ405974
EST:     AGCTTGGTCAGAATGAAACGATTGACCGTATATTAAAATACGTCAATGAG                         CTCTGTGATCGGCTGCCTAGATCCAATGGGAGAATCA
genomic: AGCTTGGTCAGAATGAAACGATTGACCGTATATTAAAATACGTCAATGAGgtaaaaataa ... gcaattccagCTCTGTGATCGGCTGCCTAG-TCCAATGGGAGAATCA
EST: gi|351037515|gb|FQ460714.1|FQ460714
EST:     AGCTTGGTCAGAATGAAACGATTGACCGTATATTAAAATACGTCAATGAG                         CTCTGTGATCGGCTGCCTAGTCCAATGGGAGAATCAGCAGTTGATTGTGGT
genomic: AGCTTGGTCAGAATGAAACGATTGACCGTATATTAAAATACGTCAATGAGgtaaaaataa ... gcaattccagCTCTGTGATCGGCTGCCTAGTCCAATGGGAGAATCAGCAGTTGATTGTGGT