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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AATTTGAGACCAATGAGGCATGTGAACAAGCATATTTTAAGgtactggaactatattttgttccctattctctgtctgcctgtcttgctactcttatatgattactttatgtatataatcctcaggcaagtttatttttct...

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv19s0027g01660.t01
intron # 11
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|351013338|gb|FQ425043.1|FQ425043
EST:     AATTTGAGACCAATGAGGCATGTGAACAAGCATATTTTAAG                         ATGGATAATGCGTTAATTGATGACCGGAGAATACATGTGGATTTCAGTCAA
genomic: AATTTGAGACCAATGAGGCATGTGAACAAGCATATTTTAAGgtactggaac ... ttcaagtcagATGGATAATGCGTTAATTGATGACCGGAGAATACATGTGGATTTCAGTCAA
EST: gi|351056299|gb|FQ454160.1|FQ454160
EST:     AATTTGAGACCAATGAGGCATGTGAACAAGCATATTTTAAG                         ATGGATAATGCGTTAATTGATGACCGGAGAATACATGTGGATTTCAGTCAA
genomic: AATTTGAGACCAATGAGGCATGTGAACAAGCATATTTTAAGgtactggaac ... ttcaagtcagATGGATAATGCGTTAATTGATGACCGGAGAATACATGTGGATTTCAGTCAA
EST: gi|351019880|gb|FQ439697.1|FQ439697
EST:     AATTTGAGACCAATGAGGCATGTGAACAAGCATATTTTAAG                         ATGGATAATGCGTTAATTGATGACCGGAGAATACATGTGGATTTCAGTCAA
genomic: AATTTGAGACCAATGAGGCATGTGAACAAGCATATTTTAAGgtactggaac ... ttcaagtcagATGGATAATGCGTTAATTGATGACCGGAGAATACATGTGGATTTCAGTCAA
EST: gi|349829098|gb|FQ419630.1|FQ419630
EST:     AATTTGAGACCAATGAGGCATGTGAACAAGCATATTTTAAG                         ATGGATAATGCGTTAATTGATGACCGGAGAATACATGTGGATTTCAGTCAA
genomic: AATTTGAGACCAATGAGGCATGTGAACAAGCATATTTTAAGgtactggaac ... ttcaagtcagATGGATAATGCGTTAATTGATGACCGGAGAATACATGTGGATTTCAGTCAA
EST: gi|351021566|gb|FQ429670.1|FQ429670
EST:     AATTTGAGACCAATGAGGCATGTGAACAAGCATATTTTAAG                         ATGGATAATGCGTTAATTTG-TGACCGGAGAATACATGTGGATTTCAGTCA
genomic: AATTTGAGACCAATGAGGCATGTGAACAAGCATATTTTAAGgtactggaac ... ttcaagtcagATGGATAATGCGTTAATT-GATGACCGGAGAATACATGTGGATTTCAGTCA
EST: gi|349828467|gb|FQ417209.1|FQ417209
EST:     AATTTGAGACCAATGAGGCATGTGAACAAGCATATTTTAAG                         ATGGATAATGCGTTAATTGATGACCGGAGAATACATGTGGATTTCAGTCAA
genomic: AATTTGAGACCAATGAGGCATGTGAACAAGCATATTTTAAGgtactggaac ... ttcaagtcagATGGATAATGCGTTAATTGATGACCGGAGAATACATGTGGATTTCAGTCAA
EST: gi|351015245|gb|FQ445529.1|FQ445529
EST:     AATTTGAGACCAATGAGGCATGTGAACAAGCATATTTTAAG                         ATGGATAATGCGTTAATTGATGACCGGAGAATACATGTGGATTTCAGTCAA
genomic: AATTTGAGACCAATGAGGCATGTGAACAAGCATATTTTAAGgtactggaac ... ttcaagtcagATGGATAATGCGTTAATTGATGACCGGAGAATACATGTGGATTTCAGTCAA
EST: gi|352786284|gb|FQ478895.1|FQ478895
EST:     AATTTGAGACCAATGAGGCATGTGAACAAGCATATTTTAAG                         ATGGATAATGCGTTAATTGATGACCGGAGAATACATGTGGATTTCAGTCAA
genomic: AATTTGAGACCAATGAGGCATGTGAACAAGCATATTTTAAGgtactggaac ... ttcaagtcagATGGATAATGCGTTAATTGATGACCGGAGAATACATGTGGATTTCAGTCAA
EST: gi|351014040|gb|FQ434192.1|FQ434192
EST:     AATTTGAGACCAATGAGGCATGTGAACAAGCATATTTTAAG                         ATGGATAATGCGTTAATTGATGACCGGAGAATACATGTGGATTTCAGTCAA
genomic: AATTTGAGACCAATGAGGCATGTGAACAAGCATATTTTAAGgtactggaac ... ttcaagtcagATGGATAATGCGTTAATTGATGACCGGAGAATACATGTGGATTTCAGTCAA
EST: gi|349824097|gb|FQ417484.1|FQ417484
EST:     AATTTGAGACCAATGAGGCATGTGAACAAGCATATTTTAAG                         ATGGATAATGCGTTAATTGATGACCGGAGAATACATGTGGATTTCAGTCAA
genomic: AATTTGAGACCAATGAGGCATGTGAACAAGCATATTTTAAGgtactggaac ... ttcaagtcagATGGATAATGCGTTAATTGATGACCGGAGAATACATGTGGATTTCAGTCAA
EST: gi|351014258|gb|FQ434847.1|FQ434847
EST:     AATTTGAGACCAATGAGGCATGTGAACAAGCATATTTTAAG                         ATGGATAATGCGTTAATTGATGACCGGAGAATACATGTGGATTTCAGTCAA
genomic: AATTTGAGACCAATGAGGCATGTGAACAAGCATATTTTAAGgtactggaac ... ttcaagtcagATGGATAATGCGTTAATTGATGACCGGAGAATACATGTGGATTTCAGTCAA
EST: gi|351019573|gb|FQ439390.1|FQ439390
EST:     AATTTGAGACCAATGAGGCATGTGAACAAGCATATTTTAAG                         ATGGATAATGCGTTAATTGATGACCGGAGAATACATGTGGATTTCAGTCAA
genomic: AATTTGAGACCAATGAGGCATGTGAACAAGCATATTTTAAGgtactggaac ... ttcaagtcagATGGATAATGCGTTAATTGATGACCGGAGAATACATGTGGATTTCAGTCAA
EST: gi|351030963|gb|FQ438999.1|FQ438999
EST:     AATTTGAGACCAATGAGGCATGTGAACAAGCATATTTTAAG                         ATGGATAATGCGTTAATTGATGACCGGAGAATACATGTGGATTTCAGTCAA
genomic: AATTTGAGACCAATGAGGCATGTGAACAAGCATATTTTAAGgtactggaac ... ttcaagtcagATGGATAATGCGTTAATTGATGACCGGAGAATACATGTGGATTTCAGTCAA
EST: gi|351030959|gb|FQ438995.1|FQ438995
EST:     AATTTGAGACCAATGAGGCATGTGAACAAGCATATTTTAAG                         ATGGATAATGCGTTTATTGATGACCGGAGAATACATGTGGATTTTAGTTCA
genomic: AATTTGAGACCAATGAGGCATGTGAACAAGCATATTTTAAGgtactggaac ... ttcaagtcagATGGATAATGCGTTAATTGATGACCGGAGAATACATGTGGATTTCAGT-CA
EST: gi|351015056|gb|FQ444345.1|FQ444345
EST:     AATTTGAGACCAATGAGGCATGCGAACAAGCATATTTTAAG                         ATGGATAATGCGTTAATTGATGACCGGAGAATACATGTGGATTTCAGTCAA
genomic: AATTTGAGACCAATGAGGCATGTGAACAAGCATATTTTAAGgtactggaac ... ttcaagtcagATGGATAATGCGTTAATTGATGACCGGAGAATACATGTGGATTTCAGTCAA
EST: gi|351052152|gb|FQ450722.1|FQ450722
EST:     AATTTGAGACCAATGAGGCATGTGAACAAGCATATTTTAAG                         ATGGATAATGCGTTAATTGATGACCGGAGAATACATGTGGATTTCAGTCCA
genomic: AATTTGAGACCAATGAGGCATGTGAACAAGCATATTTTAAGgtactggaac ... ttcaagtcagATGGATAATGCGTTAATTGATGACCGGAGAATACATGTGGATTTCAGTCAA
EST: gi|349832490|gb|FQ421051.1|FQ421051
EST:     AATTTGAGACCAATGAGGCATGTGAACAAGCATATTTTAAG                         ATGGATAATGCGTTAATTGATGACCGGAGAATACATGTGGATTTCAGTCAA
genomic: AATTTGAGACCAATGAGGCATGTGAACAAGCATATTTTAAGgtactggaac ... ttcaagtcagATGGATAATGCGTTAATTGATGACCGGAGAATACATGTGGATTTCAGTCAA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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AATTTGAGACCAATGAGGCATGTGAACAAGCATATTTTAAGgtactggaactatattttgttccctattctctgtctgcctgtcttgctactcttatatgattactttatgtatataatcctcaggcaagtttatttttct

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