Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTATGAAGCTGCTGCTATAGCTTTTGAGGCTATTCCACGTACTTTGGCACAGAATTGTGGTGTGAATGTGATTAGGACTATGACTGCTTTGCAGGGAAAGgtaagagctgtatttagttatatatacctttctctttgagcttttgagttcgcttgagagtgattttgcaagggctgaagatgctgtttagtgcctggaa...

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv17s0000g08170.t01
intron # 11
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv17s0000g08170.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 11
lower sequence: LOC_Os06g34690.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 12
TTATGAAGCTGCTGCTATAGCTTTTGAGGCTATTCCACGTACTTTGGCACAGAATTGTGGTGTGAATGTGATTAGGACTATGACTGCTTTGCAGGGAAAGgtaagagctgta-tttagttatatatacctttct---ctttgagcttttgagttcgc----ttgagagtgattttgcaagggctgaagatgctgtttagtgcctggaa
 ||||||||||||||| |||| ||||| || |||||| | |||||||| || ||||||||  ||||||| || ||||  |||||     | ||||||||||||| |  |  | | |  || |  | || | |       |||     | | | || |    |     | |    | ||         ||| |||| |||         
CTATGAAGCTGCTGCTTTAGCATTTGAAGCAATTCCAAGAACTTTGGCTCAAAATTGTGGGTTGAATGTCATCAGGATAATGACACAACTCCAGGGAAAGgtaataattaaactcttcttgttaacacttgtggaaatgttggaagctggggctctcagtctcagaggagggactccagcattcatggatcctgtctaga--------

upper sequence: Vv17s0000g08170.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 11
lower sequence: GRMZM2G175510_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 12
TTATGAAGCTGCTGCTATAGCTTTTGAGGCTATTCCACGTACTTTGGCACAGAATTGTGGTGTGAATGTGATTAGGACTATGACTGCTTTGCAGGGAAAGgtaagag--ctgtatttagttatatatacctttctctttgagcttttgagttcgcttgagagtgattttgcaagggctgaagatgctgtttagtgcctggaa
 ||||||||||||||| |||| |||||||| |||||| | |||||||| || ||||||||| ||||||| |||||||  |||||     | ||||||||||||| |   |   |  |  || ||| |   | |    |||  | | ||||   |    | |    || |   ||     |  ||     || |    | |  
CTATGAAGCTGCTGCTCTAGCATTTGAGGCAATTCCAAGGACTTTGGCCCAAAATTGTGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAGGGAAAGgtaataatcccaaaactccttttatgtttgtgtgaacttgtccctgtgaggaagtggtacatgccttctatcagaagc-atcataa-acttggcatttaggt

upper sequence: Vv17s0000g08170.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 11
lower sequence: GRMZM2G069765_T05 (Zea mays), 5'ss of exon 12
TTATGAAGCTGCTGCTATAGCTTTTGAGGCTATTCCACGTACTTTGGCACAGAATTGTGGTGTGAATGTGATTAGGACTATGACTGCTTTGCAGGGAAAGgtaa--------gagctgtatttagttatatatacctttctctttgagcttttgagttcgcttgagagtgattttgcaagggctgaagatgctgtttagtgcctggaa
 ||||||||||||||| |||| |||||||| |||||| | |||||||| || ||||| ||| ||||||| |||||||  |||||     | || ||||||||||         |  |  |||  ||| |||  || | || || |       || || |   | |  ||  | |  ||   ||   | |  ||   | |    |    
CTATGAAGCTGCTGCTCTAGCATTTGAGGCAATTCCAAGGACTTTGGCCCAAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAGgtaataaatcccaaaatacattatgttttatggacttgtccctgtatcgaagtg-gtacctgtaaatgtattctatcagaagcatcataaact---tggcattt----

upper sequence: Vv17s0000g08170.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 11
lower sequence: GLYMA16G33380.1 (Glycine max), 5'ss of exon 12
TTATGAAGCTGCTGCTATAGCTTTTGAGGCTATTCCACGTACTTTGGCACAGAATTGTGGTGTGAATGTGATTAGGACTATGACTGCTTTGCAGGGAAAGgtaagagctgtatttagttatatatacctttctctttgagcttttgagttcgcttgagagtgattttgcaagggctgaagatgctgtttagtgcctggaa
|||||||||||||||  |||||||||| || || ||||| ||||||||||| |||||||| || ||||||||  |||||||||||||| | || ||||| |||||    || |     ||  ||     | |  |||   || |  |||  | |   |  | || |||       |||| ||  |               
TTATGAAGCTGCTGCCCTAGCTTTTGAAGCCATACCACGAACTTTGGCACAAAATTGTGGAGTAAATGTGATCCGGACTATGACTGCTCTACAAGGAAAAgtaagtatagtttgctagtacttactgtatacagttttttctctgaagtctgatcatgtttaatgttgtgttt-ttgaaaataatag-------------

upper sequence: Vv17s0000g08170.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 11
lower sequence: GLYMA20G35760.1 (Glycine max), 5'ss of exon 9
TTATGAAGCTGCTGCTATAGCTTTTGAGGCTATTCCACGTACTTTGGCACAGAATTGTGGTGTGAATGTGATTAGGACTATGACTGCTTTGCAGGGAAAGgtaagagctgtatttagttatatatacctttctctttgagcttttgagttcgcttgagagtgattttgcaagggctgaagatgctgtttagtgcctggaa
||||||||||||||| || ||||||||||| || || |||||||||||||| |||||||| || ||||||||  | |||||||||||  | || ||||| ||||||  | | | | |||| |  | |   |   | |     | ||| |  | |||| | ||  |||    |   || ||                    
TTATGAAGCTGCTGCCATTGCTTTTGAGGCAATCCCCCGTACTTTGGCACAAAATTGTGGAGTAAATGTGATCCGCACTATGACTGCACTACAAGGAAAAgtaagaattttttct-gttacagttgcggatgattctt--tctctgattatgtttgacattgtgtttttg-gaattgtag--------------------

upper sequence: Vv17s0000g08170.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 11
lower sequence: GLYMA09G28650.2 (Glycine max), 5'ss of exon 12
TTATGAAGCTGCTGCTATAGCTTTTGAGGCTATTCCACGTACTTTGGCACAGAATTGTGGTGTGAATGTGATTAGGACTATGACTGCTTTGCAGGGAAAGgtaagagctgtat-ttagt------tatatata-cctttctctttgagcttttgagttcgcttgagagtgattttgcaagggctgaagatgctgtttagtgcctggaa
|||||||||||||||  |||||||||| || || ||||| |||||||| || |||||||| || ||||| ||  |||||||||||||| | || ||||| ||||||   || | |||||      | |||| |  |||| ||| |||  |  | |   || || | | || | ||| ||    |                        
TTATGAAGCTGCTGCCCTAGCTTTTGAAGCCATACCACGAACTTTGGCTCAAAATTGTGGAGTAAATGTCATCCGGACTATGACTGCTCTACAAGGAAAAgtaagaatagtttgttagtacttattgtatacagtctttttctctgaagtcat-atcacgtttaacactgttcttgaaaataatag----------------------

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|352764587|gb|FQ472944.1|FQ472944
EST:     AGAATTGTGGTGTGAATGTGATTAGGACTATGACTGCTTTGCAGGGAAAG                         CATGCAAATGGTGAAAATGCCTGGATCGGAATAGATGGAAGTACTGGTGCA
genomic: AGAATTGTGGTGTGAATGTGATTAGGACTATGACTGCTTTGCAGGGAAAGgtaagagctg ... ttttctctagCATGCAAATGGTGAAAATGCCTGGATCGGAATAGATGGAAGTACTGGTGCA
EST: gi|352769724|gb|FQ468652.1|FQ468652
EST:     AGAATTGTGGTGTGAATGTGATTAGGACTATGACTGCTTTGCAGGGAAAG                         CATGCAAATGGTGAAAATGCCTGGATCGGAATAGATGGAAGTACTGGTGCA
genomic: AGAATTGTGGTGTGAATGTGATTAGGACTATGACTGCTTTGCAGGGAAAGgtaagagctg ... ttttctctagCATGCAAATGGTGAAAATGCCTGGATCGGAATAGATGGAAGTACTGGTGCA
EST: gi|32269227|gb|CD718386.1|CD718386
EST:     AGAATTGTGGTGTGAATGTGATTAGGACTATGACTGCTTTGCAGGGAAAG                         CATGCAAATGGTGAAAATGCCTGGATCGGAATAGATGGAAGTACTGGTGCA
genomic: AGAATTGTGGTGTGAATGTGATTAGGACTATGACTGCTTTGCAGGGAAAGgtaagagctg ... ttttctctagCATGCAAATGGTGAAAATGCCTGGATCGGAATAGATGGAAGTACTGGTGCA
EST: gi|352773627|gb|FQ472409.1|FQ472409
EST:     AGAATTGTGGTGTGAATGTGATTAGGACTATGACTGCTTTGCAGGGAAAG                         CATGCAAATGGTGAAAATGCCTGGATCGGAATAGATGGAAGTACTGGTGCA
genomic: AGAATTGTGGTGTGAATGTGATTAGGACTATGACTGCTTTGCAGGGAAAGgtaagagctg ... ttttctctagCATGCAAATGGTGAAAATGCCTGGATCGGAATAGATGGAAGTACTGGTGCA
EST: gi|30325800|gb|CD009062.1|CD009062
EST:     AGAATTGTGGTGTGAATGTGATTAGGACTATGACTGCTTTGCAGGGAAAG                         CATGCAAATGGTGAAAATGCCTGGATCGGAATAGATGGAAGTACTGGTGCA
genomic: AGAATTGTGGTGTGAATGTGATTAGGACTATGACTGCTTTGCAGGGAAAGgtaagagctg ... ttttctctagCATGCAAATGGTGAAAATGCCTGGATCGGAATAGATGGAAGTACTGGTGCA
EST: gi|110365989|gb|EC929587.1|EC929587
EST:     AGAATTGTGGTGTGAATGTGATTAGGACTATGACTGCTTTGCAGGGAAAG                         CATGCAAATGGTGAAAATGCCTGGATCGGAATAGATGGAAGTACTGGTGCA
genomic: AGAATTGTGGTGTGAATGTGATTAGGACTATGACTGCTTTGCAGGGAAAGgtaagagctg ... ttttctctagCATGCAAATGGTGAAAATGCCTGGATCGGAATAGATGGAAGTACTGGTGCA
EST: gi|77582694|gb|DV220335.1|DV220335
EST:     AGAATTGTGGTGTGAATGTGATTAGGACTATGACTGCTTTGCAGGGAAAG                         CATGCAAATGGTGAAAATGCCTGGATCGGAATAGATGGAAGTACTGGTGCA
genomic: AGAATTGTGGTGTGAATGTGATTAGGACTATGACTGCTTTGCAGGGAAAGgtaagagctg ... ttttctctagCATGCAAATGGTGAAAATGCCTGGATCGGAATAGATGGAAGTACTGGTGCA
EST: gi|30324113|gb|CD007375.1|CD007375
EST:     AGAATTGTGGTGTGAATGTGATTAGGACTATGACTGCTTTGCAGGGAAAG                         CATGCAAATGGTGAAAATGCCTGGATCGGAATAGATGGAAGTACTGGTGCA
genomic: AGAATTGTGGTGTGAATGTGATTAGGACTATGACTGCTTTGCAGGGAAAGgtaagagctg ... ttttctctagCATGCAAATGGTGAAAATGCCTGGATCGGAATAGATGGAAGTACTGGTGCA
EST: gi|161716671|gb|FC065567.1|FC065567
EST:     AGAATTGTGGTGTGAATGTGATTAGGACTATGACTGCTTTGCAGGGAAAG                         CATGCAAATGGTGAAAATGCCTGGATCGGAATAGATGGAAGTACTGGTGCA
genomic: AGAATTGTGGTGTGAATGTGATTAGGACTATGACTGCTTTGCAGGGAAAGgtaagagctg ... ttttctctagCATGCAAATGGTGAAAATGCCTGGATCGGAATAGATGGAAGTACTGGTGCA
EST: gi|32248018|gb|CD713837.1|CD713837
EST:     AGAATTGTGGTGTGAATGTGATTAGGACTATGACTGCTTTGCAGGGAAAG                         CATGCAAATGGTGAAAATGCCTGGATCGGAATAGATGGAAGTACTGGTGCA
genomic: AGAATTGTGGTGTGAATGTGATTAGGACTATGACTGCTTTGCAGGGAAAGgtaagagctg ... ttttctctagCATGCAAATGGTGAAAATGCCTGGATCGGAATAGATGGAAGTACTGGTGCA
EST: gi|45770455|gb|CN006307.1|CN006307
EST:     ATTAGGACTATGACTGCTTTGCAGGGAAAG                         CATGCAAATGGTGAAAATGCCTGGATCGGAATAGATGGAAGTACTGGTGCA
genomic: ATTAGGACTATGACTGCTTTGCAGGGAAAGgtaagagctg ... ttttctctagCATGCAAATGGTGAAAATGCCTGGATCGGAATAGATGGAAGTACTGGTGCA
EST: gi|71865428|gb|DT014483.1|DT014483
EST:     AGAATTGTGGTGTGAATGTGATTAGGACTATGACTGCTTTGCAGGGAAAG                         CATGCAAATGGTGAAAATGCCTGGATCGGAATAGATGGAAGTACTGGTGCA
genomic: AGAATTGTGGTGTGAATGTGATTAGGACTATGACTGCTTTGCAGGGAAAGgtaagagctg ... ttttctctagCATGCAAATGGTGAAAATGCCTGGATCGGAATAGATGGAAGTACTGGTGCA
EST: gi|110392915|gb|EC957538.1|EC957538
EST:     AGAATTGTGGTGTGAATGTGATTAGGACTATGACTGCTTTGCAGGGAAAG                         CATGCAAATGGTGAAAATGCCTGGATCGGAATAGATGGAAGTACTGGTGCA
genomic: AGAATTGTGGTGTGAATGTGATTAGGACTATGACTGCTTTGCAGGGAAAGgtaagagctg ... ttttctctagCATGCAAATGGTGAAAATGCCTGGATCGGAATAGATGGAAGTACTGGTGCA
EST: gi|32247862|gb|CD713681.1|CD713681
EST:     AGAATTGTGGTGTGAATGTGATTAGGACTATGACTGCTTTGCAGGGAAAG                         CATGCAAATGGTGAAAATGCCTGGATCGGAATAGATGGAAGTACTGGTGCA
genomic: AGAATTGTGGTGTGAATGTGATTAGGACTATGACTGCTTTGCAGGGAAAGgtaagagctg ... ttttctctagCATGCAAATGGTGAAAATGCCTGGATCGGAATAGATGGAAGTACTGGTGCA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TTATGAAGCTGCTGCTATAGCTTTTGAGGCTATTCCACGTACTTTGGCACAGAATTGTGGTGTGAATGTGATTAGGACTATGACTGCTTTGCAGGGAAAGgtaagagctgtatttagttatatatacctttctctttgagcttttgagttcgcttgagagtgattttgcaagggctgaagatgctgtttagtgcctggaa

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gagagtga