Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CTCCAGAATGCACATCTATGTTCGAAGAGGTGGTCCTAACTATCAGACTGGCTTGGCAAGGATGCGTGCCTTGGGAGAGGAACTGGGAATCCCTCTTGAGgtatgatatgacttctatactctggatgtgaaaaccgcattagtcagctccacattttttgaagtatgggaaatttttagggtttgtttggcaatgtttt...

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv14s0060g00550.t01
intron # 11
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|33402711|gb|CF208338.1|CF208338
EST:     GCTTGGCAAGGATGCGTGCCTTGGGAGAGGAACTGGGAATCCCTCTTGAG                         GTATATGGGCCTGAGGCAACAATGACCGGGATTTGCAAGCAGGCAATTGAT
genomic: GCTTGGCAAGGATGCGTGCCTTGGGAGAGGAACTGGGAATCCCTCTTGAGgtatgatatg ... tctgttgcagGTTTATGGGCCTGAGGCAACAATGACCGGGATTTGCAAGCAGGCAATTGAT
EST: gi|45771480|gb|CN007332.1|CN007332
EST:     GCTTGGCAAGGATGCGTGCCTTGGGAGAGGAACTGGGAATCCCTCTTGAG                         GTTTATGGGCCTGAGGCAACAATGACCGGGATTTGCAAGCAGGCAATTGAT
genomic: GCTTGGCAAGGATGCGTGCCTTGGGAGAGGAACTGGGAATCCCTCTTGAGgtatgatatg ... tctgttgcagGTTTATGGGCCTGAGGCAACAATGACCGGGATTTGCAAGCAGGCAATTGAT
EST: gi|29783688|gb|CB350023.2|CB350023
EST:     GCTTGGCAAGGATGCGTGCCTTGGGAGAGGAACTGGGAATCCCTCTTGAG                         GTTTATGGGCCTGAGGCAACAATGACCGGGATTTGCAAGCAGGCAATTGAT
genomic: GCTTGGCAAGGATGCGTGCCTTGGGAGAGGAACTGGGAATCCCTCTTGAGgtatgatatg ... tctgttgcagGTTTATGGGCCTGAGGCAACAATGACCGGGATTTGCAAGCAGGCAATTGAT
EST: gi|30300959|gb|CB977753.1|CB977753
EST:     GCTTGGCAAGGATGCGTGCCTTGGGAGAGGAACTGGGAATCCCTCTTGAG                         GTTTATGGGCCTGAGGCAACAATGACCGGGATTTGCAAGCAGGCAATTGAT
genomic: GCTTGGCAAGGATGCGTGCCTTGGGAGAGGAACTGGGAATCCCTCTTGAGgtatgatatg ... tctgttgcagGTTTATGGGCCTGAGGCAACAATGACCGGGATTTGCAAGCAGGCAATTGAT
EST: gi|33410181|gb|CF215808.1|CF215808
EST:     GCTTGGCAAGGATGCGTGCCTTGGGAGAGGAACTGGGAATCCCTCTTGAG                         GTATATGGGCCTGAGGCAACAATGACCGGGATTTGCAAGCAGGCAATTGAT
genomic: GCTTGGCAAGGATGCGTGCCTTGGGAGAGGAACTGGGAATCCCTCTTGAGgtatgatatg ... tctgttgcagGTTTATGGGCCTGAGGCAACAATGACCGGGATTTGCAAGCAGGCAATTGAT
EST: gi|30253173|gb|CB970724.1|CB970724
EST:     GCTTGGCAAGGATGCGTGCCTTGGGAGAGGAACTGGGAATCCCTCTTGAG                         GTATATGGGCCTGAGGCAACAATGACCGGGATTTGCAAGCAGGCAATTGAT
genomic: GCTTGGCAAGGATGCGTGCCTTGGGAGAGGAACTGGGAATCCCTCTTGAGgtatgatatg ... tctgttgcagGTTTATGGGCCTGAGGCAACAATGACCGGGATTTGCAAGCAGGCAATTGAT
EST: gi|30301408|gb|CB978202.1|CB978202
EST:     GCTTGGCAAGGATGCGTGCCTTGGGAGAGGAACTGGGAATCCCTCTTGAG                         GTATATGGGCCTGAGGCAACAATGACCGGGATTTGCAAGCAGGCAATTGAT
genomic: GCTTGGCAAGGATGCGTGCCTTGGGAGAGGAACTGGGAATCCCTCTTGAGgtatgatatg ... tctgttgcagGTTTATGGGCCTGAGGCAACAATGACCGGGATTTGCAAGCAGGCAATTGAT
EST: gi|30256368|gb|CB972211.1|CB972211
EST:     GCTTGGCAAGGATGCGTGCCTTGGGAGAGGAACTGGGAATCCCTCTTGAG                         GTTTATGGGCCTGAGGCAACAATGACCGGGATTTGCAAGCAGGCAATTGAT
genomic: GCTTGGCAAGGATGCGTGCCTTGGGAGAGGAACTGGGAATCCCTCTTGAGgtatgatatg ... tctgttgcagGTTTATGGGCCTGAGGCAACAATGACCGGGATTTGCAAGCAGGCAATTGAT
EST: gi|29783867|gb|CB350325.2|CB350325
EST:     GCTTGGCAAGGATGCGTGCCTTGGGAGAGGAACTGGGAATCCCTCTTGAG                         GTTTATGGGCCTGAGGCAACAATGACCGGGATTTGCAAGCAGGCAATTGAT
genomic: GCTTGGCAAGGATGCGTGCCTTGGGAGAGGAACTGGGAATCCCTCTTGAGgtatgatatg ... tctgttgcagGTTTATGGGCCTGAGGCAACAATGACCGGGATTTGCAAGCAGGCAATTGAT
EST: gi|45770305|gb|CN006157.1|CN006157
EST:     GCTTGGCAAGGATGCGTGCCTTGGGAGAGGAACTGGGAATCCCTCTTGAG                         GTTTATGGGCCTGAGGCAACAATGACCGGGATTTGCAAGCAGGCAATTGAT
genomic: GCTTGGCAAGGATGCGTGCCTTGGGAGAGGAACTGGGAATCCCTCTTGAGgtatgatatg ... tctgttgcagGTTTATGGGCCTGAGGCAACAATGACCGGGATTTGCAAGCAGGCAATTGAT
EST: gi|71890536|gb|DT039591.1|DT039591
EST:     GCTTGGCAAGGATGCGTGCCTTGGGAGAGGAACTGGGAATCCCTCTTGAG                         GTATATGGGCCTGAGGCAACAATGACCGGGATTTGCAAGCAGGCAATTGAT
genomic: GCTTGGCAAGGATGCGTGCCTTGGGAGAGGAACTGGGAATCCCTCTTGAGgtatgatatg ... tctgttgcagGTTTATGGGCCTGAGGCAACAATGACCGGGATTTGCAAGCAGGCAATTGAT
EST: gi|71870674|gb|DT019729.1|DT019729
EST:     CTTGGCAAGGATGCGTGCCTTGGGAGAGGAACTGGGAATCCCTCTTTGAG                         GTT-ATGGGCCTGAGGCA-CAATGACCGGGATTTGCA-GCAGGCA-TTGA
genomic: CTTGGCAAGGATGCGTGCCTTGGGAGAGGAACTGGGAATCCCTCTT-GAGgtatgatatg ... tctgttgcagGTTTATGGGCCTGAGGCAACAATGACCGGGATTTGCAAGCAGGCAATTGA
EST: gi|83275433|gb|DV939441.1|DV939441
EST:     GCTTGGCAAGGATGCGTGCCTTGGGAGAGGAACTGGGAATCCCTCTTGAG                         GTATATGGGCCTGAGGCAACAATGACCGGGATTTGCAAGCAGGCAATTGAT
genomic: GCTTGGCAAGGATGCGTGCCTTGGGAGAGGAACTGGGAATCCCTCTTGAGgtatgatatg ... tctgttgcagGTTTATGGGCCTGAGGCAACAATGACCGGGATTTGCAAGCAGGCAATTGAT
EST: gi|33401628|gb|CF207255.1|CF207255
EST:     GCTTGGCAAGGATGCGTGCCTTGGGAGAGGAACTGGGAATCCCTCTTGAG                         GTATATGGGCCTGAGGCAACAATGACCGGGATTTGCAAGCAGGCAATTGAT
genomic: GCTTGGCAAGGATGCGTGCCTTGGGAGAGGAACTGGGAATCCCTCTTGAGgtatgatatg ... tctgttgcagGTTTATGGGCCTGAGGCAACAATGACCGGGATTTGCAAGCAGGCAATTGAT
EST: gi|45771805|gb|CN007657.1|CN007657
EST:     GCTTGGCAAGGATGCGTGCCTTGGGAGAGGAACTGGGAATCCCTCTTGAG                         GTATATGGGCCTGAGGCAACAATGACCGGGATTTGCAAGCAGGCAATTGAT
genomic: GCTTGGCAAGGATGCGTGCCTTGGGAGAGGAACTGGGAATCCCTCTTGAGgtatgatatg ... tctgttgcagGTTTATGGGCCTGAGGCAACAATGACCGGGATTTGCAAGCAGGCAATTGAT
EST: gi|45771366|gb|CN007218.1|CN007218
EST:     GCTTGGCAAGGATGCGTGCCTTGGGAGAGGAACTGGGAATCCCTCTTGAG                         GTTTATGGGCCTGAGGCAACAATGACCGGGATTTGCAAGCAGGCAATTGAT
genomic: GCTTGGCAAGGATGCGTGCCTTGGGAGAGGAACTGGGAATCCCTCTTGAGgtatgatatg ... tctgttgcagGTTTATGGGCCTGAGGCAACAATGACCGGGATTTGCAAGCAGGCAATTGAT
EST: gi|77578610|gb|DV218094.1|DV218094
EST:     GCTTGGCAAGGATGCGTGCCTTGGGAGAGGAACTGGGAATCCCTCTTGAG                         GTATATGGGCCTGAGGCAACAATGACCGGGATTTGCAAGCAGGCAATTGAT
genomic: GCTTGGCAAGGATGCGTGCCTTGGGAGAGGAACTGGGAATCCCTCTTGAGgtatgatatg ... tctgttgcagGTTTATGGGCCTGAGGCAACAATGACCGGGATTTGCAAGCAGGCAATTGAT
EST: gi|45771374|gb|CN007226.1|CN007226
EST:     GCTTGGCAAGGATGCGTGCCTTGGGAGAGGAACTGGGAATCCCTCTTGAG                         GTATATGGGCCTGAGGCAACAATGACCGGGATTTGCAAGCAGGCAATTGAT
genomic: GCTTGGCAAGGATGCGTGCCTTGGGAGAGGAACTGGGAATCCCTCTTGAGgtatgatatg ... tctgttgcagGTTTATGGGCCTGAGGCAACAATGACCGGGATTTGCAAGCAGGCAATTGAT
EST: gi|352794922|gb|FQ477032.1|FQ477032
EST:     GCTTGGCAGGGATGCGTGCCTTGGGAGAGGAACTGGGAATCCCTCTTGAG                         GTATATGGGCCTGAGGCAACAATGACCGGGATTTGCAAGCAGGCAATTGAT
genomic: GCTTGGCAAGGATGCGTGCCTTGGGAGAGGAACTGGGAATCCCTCTTGAGgtatgatatg ... tctgttgcagGTTTATGGGCCTGAGGCAACAATGACCGGGATTTGCAAGCAGGCAATTGAT
EST: gi|30300892|gb|CB977686.1|CB977686
EST:     GCTTGGCAAGGATGCGTGCCTTGGGAGAGGAACTGGGAATCCCTCTTGAG                         GTTTATGGGCCTGAGGCAACAATGACCGGGATTTGCAAGCAGGCAATTGAT
genomic: GCTTGGCAAGGATGCGTGCCTTGGGAGAGGAACTGGGAATCCCTCTTGAGgtatgatatg ... tctgttgcagGTTTATGGGCCTGAGGCAACAATGACCGGGATTTGCAAGCAGGCAATTGAT
EST: gi|352769105|gb|FQ471053.1|FQ471053
EST:     GCTTGGCAAGGATGCGTGCCTTGGGAGAGGAACTGGGAATCCCTCTTGAG                         GTTTATGGGCCTGAGGCAACAATGACCGGGATTTGCAAGCAGGCAATTGAT
genomic: GCTTGGCAAGGATGCGTGCCTTGGGAGAGGAACTGGGAATCCCTCTTGAGgtatgatatg ... tctgttgcagGTTTATGGGCCTGAGGCAACAATGACCGGGATTTGCAAGCAGGCAATTGAT
EST: gi|30298308|gb|CB975102.1|CB975102
EST:     GCTTGGCAAGGATGCGTGCCTTGGGAGAGGAACTGGGAATCCCTCTTGAG                         GTTTATGGGCCTGAGGCAACAATGACCGGGATTTGCAAGCAGGCAATTGAT
genomic: GCTTGGCAAGGATGCGTGCCTTGGGAGAGGAACTGGGAATCCCTCTTGAGgtatgatatg ... tctgttgcagGTTTATGGGCCTGAGGCAACAATGACCGGGATTTGCAAGCAGGCAATTGAT
EST: gi|45771291|gb|CN007143.1|CN007143
EST:     GCTTGGCAAGGATGCGTGCCTTGGGAGAGGAACTGGGAATCCCTCTTGAG                         GTTTATGGGCCTGAGGCAACAATGACCGGGATTTGCAAGCAGGCAATTGAT
genomic: GCTTGGCAAGGATGCGTGCCTTGGGAGAGGAACTGGGAATCCCTCTTGAGgtatgatatg ... tctgttgcagGTTTATGGGCCTGAGGCAACAATGACCGGGATTTGCAAGCAGGCAATTGAT
EST: gi|30298235|gb|CB975029.1|CB975029
EST:     GCTTGGCAAGGATGCGTGCCTTGGGAGAGGAACTGGGAATCCCTCTTGAG                         GTTTATGGGCCTGAGGGAACAATGACCGGGATTTGCAAGCGAG-CAATTTG
genomic: GCTTGGCAAGGATGCGTGCCTTGGGAGAGGAACTGGGAATCCCTCTTGAGgtatgatatg ... tctgttgcagGTTTATGGGCCTGAGGCAACAATGACCGGGATTTGCAAGC-AGGCAATT-G
EST: gi|110714941|gb|EE092422.1|EE092422
EST:     GCTTGGCAAGGATGCGTGCCTTGGGAGAGGAACTGGGAATCCCTCTTGAG                         GTTTATGGGCCTGAGGCAACAATGACCGGGATTTGCAAGCAGGCAATTGAT
genomic: GCTTGGCAAGGATGCGTGCCTTGGGAGAGGAACTGGGAATCCCTCTTGAGgtatgatatg ... tctgttgcagGTTTATGGGCCTGAGGCAACAATGACCGGGATTTGCAAGCAGGCAATTGAT
EST: gi|83275729|gb|DV939737.1|DV939737
EST:     GCTTGGCAAGGATGCGTGCCTTGGGAGAGGAACTGGGAATCCCTCTTGAG                         GTATATGGGCCTGAGGCAACAATGACCGGGATTTGCAAGCAGGCAATTGAT
genomic: GCTTGGCAAGGATGCGTGCCTTGGGAGAGGAACTGGGAATCCCTCTTGAGgtatgatatg ... tctgttgcagGTTTATGGGCCTGAGGCAACAATGACCGGGATTTGCAAGCAGGCAATTGAT
EST: gi|110400520|gb|EC967085.1|EC967085
EST:     GCTTGGCAAGGATGCGTGCCTTGGGAGAGGAACTGGGAATCCCTCTTGAG                         GTTTATGGGCCTGAGGCAACAATGACCGGGATTTGCAAGCAGGCAATTGAT
genomic: GCTTGGCAAGGATGCGTGCCTTGGGAGAGGAACTGGGAATCCCTCTTGAGgtatgatatg ... tctgttgcagGTTTATGGGCCTGAGGCAACAATGACCGGGATTTGCAAGCAGGCAATTGAT
EST: gi|45771364|gb|CN007216.1|CN007216
EST:     GCTTGGCAAGGATGCGTGCCTTGGGAGAGGAACTGGGAATCCCTCTTGAG                         GTATATGGGCCTGAGGCAACAATGACCGGGATTTGCAAGCAGGCAATTGAT
genomic: GCTTGGCAAGGATGCGTGCCTTGGGAGAGGAACTGGGAATCCCTCTTGAGgtatgatatg ... tctgttgcagGTTTATGGGCCTGAGGCAACAATGACCGGGATTTGCAAGCAGGCAATTGAT
EST: gi|45771785|gb|CN007637.1|CN007637
EST:     GCTTGGCAAGGATGCGTGCCTTGGGAGAGGAACTGGGAATCCCTCTTGAG                         GTTTATGGGCCTGAGGCAACAATGACCGGGATTTGCAAGCAGGCAATTGAT
genomic: GCTTGGCAAGGATGCGTGCCTTGGGAGAGGAACTGGGAATCCCTCTTGAGgtatgatatg ... tctgttgcagGTTTATGGGCCTGAGGCAACAATGACCGGGATTTGCAAGCAGGCAATTGAT
EST: gi|110426851|gb|EC993276.1|EC993276
EST:     CTGGGAATCCCTCTTGAG                         GTTTATGGGCCTGAGGCAACAATGACCGGGATTTGCAAGCAGGCAATTGAT
genomic: CTGGGAATCCCTCTTGAGgtatgatatg ... tctgttgcagGTTTATGGGCCTGAGGCAACAATGACCGGGATTTGCAAGCAGGCAATTGAT
EST: gi|45771092|gb|CN006944.1|CN006944
EST:     GCTTGGCAAGGATGCGTGCCTTGGGAGAGGAACTGGGAATCCCTCTTGAG                         GTTTATGGGCCTGAGGCAACAATGACCGGGATTTGCAAGCAGGCAATTGAT
genomic: GCTTGGCAAGGATGCGTGCCTTGGGAGAGGAACTGGGAATCCCTCTTGAGgtatgatatg ... tctgttgcagGTTTATGGGCCTGAGGCAACAATGACCGGGATTTGCAAGCAGGCAATTGAT
EST: gi|156735475|gb|EV239596.1|EV239596
EST:     GCTTGGCAAGGATGCGTGCCTTGGGAGAGGAACTGGGAATCCCTCTTGAG                         GTTTATGGGCCTGAGGCAACAATGACCGGGATTTGCAAGCAGGCAATTGAT
genomic: GCTTGGCAAGGATGCGTGCCTTGGGAGAGGAACTGGGAATCCCTCTTGAGgtatgatatg ... tctgttgcagGTTTATGGGCCTGAGGCAACAATGACCGGGATTTGCAAGCAGGCAATTGAT
EST: gi|45771387|gb|CN007239.1|CN007239
EST:     GCTTGGCAAGGATGCGTGCCTTGGGAGAGGAACTGGGAATCCCTCTTGAG                         GTATATGGGCCTGAGGCAACAATGACCGGGATTTGCAAGCAGGCAATTGAT
genomic: GCTTGGCAAGGATGCGTGCCTTGGGAGAGGAACTGGGAATCCCTCTTGAGgtatgatatg ... tctgttgcagGTTTATGGGCCTGAGGCAACAATGACCGGGATTTGCAAGCAGGCAATTGAT
EST: gi|33410422|gb|CF216049.1|CF216049
EST:     GCTTGGCAAGGATGCGTGCCTTGGGAGAGGAACTGGGAATCCCTCTTGAG                         GTATATGGGCCTGAGGCAACAATGACCGGGATTTGCAAGCAGGCAATTGAT
genomic: GCTTGGCAAGGATGCGTGCCTTGGGAGAGGAACTGGGAATCCCTCTTGAGgtatgatatg ... tctgttgcagGTTTATGGGCCTGAGGCAACAATGACCGGGATTTGCAAGCAGGCAATTGAT
EST: gi|45770416|gb|CN006268.1|CN006268
EST:     GCTTGGCAAGGATGCGTGCCTTGGGAGAGGAACTGGGAATCCCTCTTGAG                         GTATATGGGCCTGAGGCAACAATGACCGGGATTTGCAAGCAGGCAATTGAT
genomic: GCTTGGCAAGGATGCGTGCCTTGGGAGAGGAACTGGGAATCCCTCTTGAGgtatgatatg ... tctgttgcagGTTTATGGGCCTGAGGCAACAATGACCGGGATTTGCAAGCAGGCAATTGAT
EST: gi|30137171|gb|CB922509.1|CB922509
EST:     GCTTGGCAAGGATGCGTGCCTTGGGAGAGGAACTGGGAATCCCTCTTGAG                         GTATATGGGCCTGAGGCAACAATGACCGGGATTTGCAAGCAGGCAATTGAT
genomic: GCTTGGCAAGGATGCGTGCCTTGGGAGAGGAACTGGGAATCCCTCTTGAGgtatgatatg ... tctgttgcagGTTTATGGGCCTGAGGCAACAATGACCGGGATTTGCAAGCAGGCAATTGAT
EST: gi|110724074|gb|EE099583.1|EE099583
EST:     GCTTGGCAAGGATGCGTGCCTTGGGAGAGGAACTGGGAATCCCTCTTGAG                         GTTTATGGGCCTGAGGCAACAATGACCGGGATTTGCAAGCAGGCAATTGAT
genomic: GCTTGGCAAGGATGCGTGCCTTGGGAGAGGAACTGGGAATCCCTCTTGAGgtatgatatg ... tctgttgcagGTTTATGGGCCTGAGGCAACAATGACCGGGATTTGCAAGCAGGCAATTGAT
EST: gi|33404311|gb|CF209938.1|CF209938
EST:     GCTTGGCAAGGGTGCGTGCCTTGGGAGAGGAACTGGGAATCCCTCTTGAG                         GTATATGGGCCTGAGGCAACAATGACCGGGATTTGCAAGCAGGCAATTGAT
genomic: GCTTGGCAAGGATGCGTGCCTTGGGAGAGGAACTGGGAATCCCTCTTGAGgtatgatatg ... tctgttgcagGTTTATGGGCCTGAGGCAACAATGACCGGGATTTGCAAGCAGGCAATTGAT
EST: gi|34363267|gb|CF404852.1|CF404852
EST:     GCTTGGCAAGGATGCGTACCTTGGGAGAGGAACTGGGAATCCCTCTTGAG                         GTTTATGGGCCTGAGGCAACAATGACCGGGATTTGCAAGCAGGCAATTGAT
genomic: GCTTGGCAAGGATGCGTGCCTTGGGAGAGGAACTGGGAATCCCTCTTGAGgtatgatatg ... tctgttgcagGTTTATGGGCCTGAGGCAACAATGACCGGGATTTGCAAGCAGGCAATTGAT
EST: gi|110363975|gb|EC927611.1|EC927611
EST:     GCTTGGCAAGGATGCGTGCCTTGGGAGAGGAACTGGGAATCCCTCTTGAG                         GTATATGGGCCTGAGGCAACAATGACCGGGATTTGCAAGCAGGCAATTGAT
genomic: GCTTGGCAAGGATGCGTGCCTTGGGAGAGGAACTGGGAATCCCTCTTGAGgtatgatatg ... tctgttgcagGTTTATGGGCCTGAGGCAACAATGACCGGGATTTGCAAGCAGGCAATTGAT
EST: gi|46910160|gb|CN545535.1|CN545535
EST:     GCTTGGCAAGGATGCGTGCCTTGGGAGAGGAACTGGGAATCCCTCTTGAG                         GTATATGGGCCTGAGGCAACAATGACCGGGATTTGCAAGCAGGCAATTGAT
genomic: GCTTGGCAAGGATGCGTGCCTTGGGAGAGGAACTGGGAATCCCTCTTGAGgtatgatatg ... tctgttgcagGTTTATGGGCCTGAGGCAACAATGACCGGGATTTGCAAGCAGGCAATTGAT
EST: gi|33409430|gb|CF215057.1|CF215057
EST:     GCTTGGCAAGGATGCGTGCCTTGGGAGAGGAACTGGGAATCCCTCTTGAG                         GTTTATGGGCCTGAGGCAACAATGACCGGGATTTGCAAGCAGGCAATTGAT
genomic: GCTTGGCAAGGATGCGTGCCTTGGGAGAGGAACTGGGAATCCCTCTTGAGgtatgatatg ... tctgttgcagGTTTATGGGCCTGAGGCAACAATGACCGGGATTTGCAAGCAGGCAATTGAT
EST: gi|77579387|gb|DV218527.1|DV218527
EST:     GCTTGGCAAGGATGCGTGCCTTGGGAGAGGAACTGGGAATCCCTCTTGAG                         GTATATGGGCCTGA
genomic: GCTTGGCAAGGATGCGTGCCTTGGGAGAGGAACTGGGAATCCCTCTTGAGgtatgatatg ... tctgttgcagGTTTATGGGCCTGA
EST: gi|34362299|gb|CF403884.1|CF403884
EST:     GCTTGGCAAGGATGCGTGCCTTGGGAGAGGAACTGGGAATCCCTCTTGAG                         GTTTATGGGCCTGAGGCAACAATGACCGGGATTTGCAAGCAGGCAATTGAT
genomic: GCTTGGCAAGGATGCGTGCCTTGGGAGAGGAACTGGGAATCCCTCTTGAGgtatgatatg ... tctgttgcagGTTTATGGGCCTGAGGCAACAATGACCGGGATTTGCAAGCAGGCAATTGAT
EST: gi|110420694|gb|EC986971.1|EC986971
EST:     GCTTGGCAAGGATGCGTGCCTTGGGAGAGGAACTGGGAATCCCTCTTGAG                         GTTTATGGGCCTGAGGCAACAATGACCGGGATTTGCAAGCAGGCAATTGAT
genomic: GCTTGGCAAGGATGCGTGCCTTGGGAGAGGAACTGGGAATCCCTCTTGAGgtatgatatg ... tctgttgcagGTTTATGGGCCTGAGGCAACAATGACCGGGATTTGCAAGCAGGCAATTGAT
EST: gi|33407817|gb|CF213444.1|CF213444
EST:     GCTTGGCAAGGATGCGTGCCTTGGGAGAGGAACTGGGAATCCCTCTTGAG                         GTATATGGGCCTGAGGCAACAATGACCGGGATTTGCAAGCAGGCAATTGAT
genomic: GCTTGGCAAGGATGCGTGCCTTGGGAGAGGAACTGGGAATCCCTCTTGAGgtatgatatg ... tctgttgcagGTTTATGGGCCTGAGGCAACAATGACCGGGATTTGCAAGCAGGCAATTGAT
EST: gi|46910399|gb|CN545774.1|CN545774
EST:     GCTTGGCAAGGATGCGTGCCTTGGGAGAGGAACTGGGAATCCCTCTTGAG                         GTTTATGGGCCTGAGGCAACAATGACCGGGATTTGCAAGCAGGCAATTGAT
genomic: GCTTGGCAAGGATGCGTGCCTTGGGAGAGGAACTGGGAATCCCTCTTGAGgtatgatatg ... tctgttgcagGTTTATGGGCCTGAGGCAACAATGACCGGGATTTGCAAGCAGGCAATTGAT
EST: gi|37189020|gb|CF608369.1|CF608369
EST:     GCTTGGCAAGGATGCGTGCCTTGGGAGAGGAACTGGGAATCCCTCTTGAG                         GTATATGGGCCTGAGGCAACAATGACCGGGATTTGCAAGCAGGCAATTGAT
genomic: GCTTGGCAAGGATGCGTGCCTTGGGAGAGGAACTGGGAATCCCTCTTGAGgtatgatatg ... tctgttgcagGTTTATGGGCCTGAGGCAACAATGACCGGGATTTGCAAGCAGGCAATTGAT
EST: gi|110698064|gb|EE075650.1|EE075650
EST:     GCTTGGCAAGGATGCGTGCCTTGGGAGAGGAACTGGGAATCCCTCTTGAG                         GTT-ATGGGCCTGAGGCAACAATGACCGGGATTTGCAAGCAGGCAATTGAT
genomic: GCTTGGCAAGGATGCGTGCCTTGGGAGAGGAACTGGGAATCCCTCTTGAGgtatgatatg ... tctgttgcagGTTTATGGGCCTGAGGCAACAATGACCGGGATTTGCAAGCAGGCAATTGAT
EST: gi|30134877|gb|CB920215.1|CB920215
EST:     GGGAATCCCTCTTGAG                         GTTTATGGGCCTGAGGCAACAATGACCGGGATTTGCAAGCAGGCAATTGAT
genomic: GGGAATCCCTCTTGAGgtatgatatg ... tctgttgcagGTTTATGGGCCTGAGGCAACAATGACCGGGATTTGCAAGCAGGCAATTGAT
EST: gi|110710370|gb|EE086656.1|EE086656
EST:     GCTTGGCAAGGATGCGTGCCTTGGGAGAGGAACTGGGAATCCCTCTTGAG                         GTTTATGGGCCTGAGGCAACAATGACCGGGATTTGCAAGCAGGCAATTGAT
genomic: GCTTGGCAAGGATGCGTGCCTTGGGAGAGGAACTGGGAATCCCTCTTGAGgtatgatatg ... tctgttgcagGTTTATGGGCCTGAGGCAACAATGACCGGGATTTGCAAGCAGGCAATTGAT
EST: gi|110704746|gb|EE081772.1|EE081772
EST:     GCTTGGCAAGGATGCGTGCCTTGGGAGAGGAACTGGGAATCCCTCTTGAG                         GTTTATGGGCCTGAGGCAACAATGACCGGGATTTGCAAGCAGGCAATTGAT
genomic: GCTTGGCAAGGATGCGTGCCTTGGGAGAGGAACTGGGAATCCCTCTTGAGgtatgatatg ... tctgttgcagGTTTATGGGCCTGAGGCAACAATGACCGGGATTTGCAAGCAGGCAATTGAT
EST: gi|71871483|gb|DT020538.1|DT020538
EST:     GCTTGGCAAGGATGCGTGCCTTGGGAGAGGAACTGGGAATCCCTCTTGAG                         GTATATGGGCCTGAGGCAACAATGACCGGGATTTGCAAGCAGGCAATTGAT
genomic: GCTTGGCAAGGATGCGTGCCTTGGGAGAGGAACTGGGAATCCCTCTTGAGgtatgatatg ... tctgttgcagGTTTATGGGCCTGAGGCAACAATGACCGGGATTTGCAAGCAGGCAATTGAT
EST: gi|45771800|gb|CN007652.1|CN007652
EST:     GCTTGGCAAGGATGCGTGCCTTGGGAGAGGAACTGGGAATCCCTCTTGAG                         GTATATGGGCCTGAGGCAACAATGACCGGGATTTGCAAGCAGGCAATTGAT
genomic: GCTTGGCAAGGATGCGTGCCTTGGGAGAGGAACTGGGAATCCCTCTTGAGgtatgatatg ... tctgttgcagGTTTATGGGCCTGAGGCAACAATGACCGGGATTTGCAAGCAGGCAATTGAT
EST: gi|110725762|gb|EE102635.1|EE102635
EST:     GCTTGGCAAGGATGCGTGCCTTGGGAGAGGAACTGGGAATCCCTCTTGAG                         GTTTATGGGCCTGAGGCAACAATGACCGGGATTTGCAAGCAGGCAATTGAT
genomic: GCTTGGCAAGGATGCGTGCCTTGGGAGAGGAACTGGGAATCCCTCTTGAGgtatgatatg ... tctgttgcagGTTTATGGGCCTGAGGCAACAATGACCGGGATTTGCAAGCAGGCAATTGAT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CTCCAGAATGCACATCTATGTTCGAAGAGGTGGTCCTAACTATCAGACTGGCTTGGCAAGGATGCGTGCCTTGGGAGAGGAACTGGGAATCCCTCTTGAGgtatgatatgacttctatactctggatgtgaaaaccgcattagtcagctccacattttttgaagtatgggaaatttttagggtttgtttggcaatgtttt

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gtgaaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gggaaat