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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTGTCAGAGCTTGTGAATGTGGATGGCTATAGTGATTGGATACATTTAGTAGCAGAGTTCACGTTAAAGTCCTTACAATCCTGGCAGgttgaatagtgtttatatcccttgagtttctccacatgtaaatttatactttcatttaaaaaagatattgcttaagcggcattgaactgattattcgcatcctagcactcgttttgacttgacatactcattaagtttgccttcttactcag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv13s0067g01920.t01
intron # 11
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv13s0067g01920.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 11
lower sequence: GLYMA04G00430.1 (Glycine max), 5'ss of exon 9
TTGTCAGAGCTTGTGAATGTGGATGGCTATAGTGATTGGATACATTTAGTAGCAGAGTTCACGTTAAAGTCCTTACAATCCTGGCAGgttgaatagtgtttatatcccttgagtttctccacatgtaaatt-tatactttcatttaaaaaagatattgcttaagcggcattgaactgattattcgcatcctagcactcgttttgacttgacatactca--ttaagtt---tgccttcttactcag--------------------------------------
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TTGTCAGAGCTTGTTAATGTGGAAGGCTACAGCGATTGGATACGTTTGGTTGCAGAGTTTACTCTCAAGTCTTTGCAATCATGGCAGgttaattattgtgttgctttaaaatattttcccgaaaatacatgatata-ttgcacttaaaaatcatatt--caggattacatcatg-tgataattatcaataagatatgcttcatgagttaataatttcaacttaggttttttgcacgtttattctgaaatagagatattgattaagctgataccttgttgtcag

upper sequence: Vv13s0067g01920.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 11
lower sequence: GLYMA06G00520.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
TTGTCAGAGCTTGTGAATGTGGATGGCTATAGTGATTGGATACATTTAGTAGCAGAGTTCACGTTAAAGTCCTTACAATCCTGGCAGgttgaatagtgtttatatcccttgagtttctccacatgtaaatttatac-tttcatttaaaaaagatattgcttaagcggcattgaactgattattcgcatcctagcactcgttttgacttgacatactca--ttaagttt---gccttcttactcag----------------------------------------
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TTGTCAGAGCTTGTTAATATGGAAGGCTACAGCGATTGGATACGTTTGGTTGCAGAGTTTACTCTCAAATCTTTGCAATCATGGCAGgttaattattgtgt-tgctttaaaatattttccagaaaatacatgatatattgcgcttaaaaatcatatt--caggattacatcatg-tgataattatcattaagatatgcttcataagttaataatttcaaattaggttttttgcacctgtattctgaaatgttgagatattgattaagctgataccttgttgtcag