Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTTTATACCACCGGAAATCCTTATGGTGTAGCAGAGGGTATTGTTTTCAGCATGCCATGCCGATCAAAAgtaagtctatggtcagagattttcatgttctgctcaaattcatttgaaatcatctctaaaacataaatactgttcttcag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv13s0019g05250.t01
intron # 11
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv13s0019g05250.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 11
lower sequence: GRMZM2G129513_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 11
GTTTATACCACCGGAAATCCTTATGGTGTAGCAGAGGGTATTGTTTTCAGCATGCCATGCCGATCAAAAgta-agtcta-tggtcagag-attttcatgttctgctcaaattcatttgaaatcatctctaaaa-cataaatactgttcttcag
|||||||| || ||||||||||||||  ||||||||| ||| || ||||||||||||||| |||| || |||   |||| |  ||| |   |  ||||  | |        | || ||  | ||     |  | ||||||     |    |||
GTTTATACGACTGGAAATCCTTATGGCATAGCAGAGGATATCGTGTTCAGCATGCCATGCAGATCGAAGgtatgatctactaatcaaattgtcctcattatttttgtcctatgatatggcaccactctgatgatcataaaattcttcgaacag

upper sequence: Vv13s0019g05250.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 11
lower sequence: GLYMA10G34150.2 (Glycine max), 5'ss of exon 11
GTTTATACCACCGGAAATCCTTATGGTGTAGCAGAGGGTATTGTTTTCAGCATGCCATGCCGATCAAAAgtaagtctatggtcagagattttcatgttctgctcaaattc---atttgaaatcatc---tctaaaacataaatactgttcttcag
|| |||| |   ||||||||||||||  |||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| | |   | | | | |||||  |||  | || |||   |  ||  ||  ||   | |   ||  || |  | | | | ||
GTATATAGCGATGGAAATCCTTATGGAATAGCTGAAGGTATTGTTTTCAGTATGCCATGCCGATCAAAGgtaagtttgtttactgtgttcttcat--tctttttaatttctataactgctattgtcctatgtgtgacgaaagttttatccattag

upper sequence: Vv13s0019g05250.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 11
lower sequence: GLYMA20G33380.1 (Glycine max), 5'ss of exon 13
GTTTATACCACCGGAAATCCTTATGGTGTAGCAGAGGGTATTGTTTTCAGCATGCCATGCCGATCAAAAgtaagtctatggtcagagattttcatgttct-----gctcaaattcatttgaaatcatctctaaaacataaatactgttcttcag
|| |||| ||  ||||||||||||||  |||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| | |   | | | | |||||  | |         ||| |   ||     | ||     |  | |  |  | | | | ||
GTATATAGCAATGGAAATCCTTATGGAATAGCTGAAGGTATTGTTTTCAGTATGCCATGCCGATCAAAGgtaagtttgtttactgtgttcttcattctttttaatttctaaaattgcttttgtccctcctgtgacgaaagtttttatccattag

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|34550508|gb|CF518726.1|CF518726
EST:     CTTATGGTATAGCAGAGGGTATTGTTTTCAGCATGCCATACCGATCAAAA                         GGAGATGGTGACTATGAACTTGTCAAGGATGTAATATTTGATGAATACCTC
genomic: CTTATGGTGTAGCAGAGGGTATTGTTTTCAGCATGCCATGCCGATCAAAAgtaagtctat ... tgttcttcagGGAGATGGTGACTATGAACTTGTCAAGGATGTAATATTTGATGAATACCTC
EST: gi|34550427|gb|CF518645.1|CF518645
EST:     CTTATGGTATAGCAGAGGGTATTGTTTTCAGCATGCCATACCGATCAAAA                         GGAGATGGTGACTATGAACTTGTCAAGGATGTAATATTTGATGAATACCTC
genomic: CTTATGGTGTAGCAGAGGGTATTGTTTTCAGCATGCCATGCCGATCAAAAgtaagtctat ... tgttcttcagGGAGATGGTGACTATGAACTTGTCAAGGATGTAATATTTGATGAATACCTC
EST: gi|110725848|gb|EE102783.1|EE102783
EST:     CTTATGGTATAGCAGAGGGTATTGTTTTCAGCATGCCATGCCGATCAAAA                         GGAGATGGTGACTATGAACTTGTCAAGGATGTAATATTTGATGAATACCTC
genomic: CTTATGGTGTAGCAGAGGGTATTGTTTTCAGCATGCCATGCCGATCAAAAgtaagtctat ... tgttcttcagGGAGATGGTGACTATGAACTTGTCAAGGATGTAATATTTGATGAATACCTC
EST: gi|351040604|gb|FQ438148.1|FQ438148
EST:     CTTATGGTGTAGCAGAGGGTATTGTTTTCAGCATGCCATGCCGATCAAAA                         GGAGATGGTGACTATGAACTTGTCAAGGATGTAATATTTGATGAATACCTC
genomic: CTTATGGTGTAGCAGAGGGTATTGTTTTCAGCATGCCATGCCGATCAAAAgtaagtctat ... tgttcttcagGGAGATGGTGACTATGAACTTGTCAAGGATGTAATATTTGATGAATACCTC
EST: gi|110381192|gb|EC946513.1|EC946513
EST:     CTTATGGTATAGCAGAGGGTATTGTTTTCAGCATGCCATGCCGATCAAAA                         GGAGATGGTGACTATGAACTTGTCAAGGATGTAATATTTGATGAATACCTC
genomic: CTTATGGTGTAGCAGAGGGTATTGTTTTCAGCATGCCATGCCGATCAAAAgtaagtctat ... tgttcttcagGGAGATGGTGACTATGAACTTGTCAAGGATGTAATATTTGATGAATACCTC
EST: gi|28963316|gb|CB342349.1|CB342349
EST:     CTTATGGTGTAGCAGAGGGTATTGTTTTCAGCATGCCATGCCGATCAAAA                         GGAGATGGTGACTATGAACTTGTCAAGGATGTAATATTTGATGAATACCTC
genomic: CTTATGGTGTAGCAGAGGGTATTGTTTTCAGCATGCCATGCCGATCAAAAgtaagtctat ... tgttcttcagGGAGATGGTGACTATGAACTTGTCAAGGATGTAATATTTGATGAATACCTC
EST: gi|33402579|gb|CF208206.1|CF208206
EST:     CTTATGGTATAGCAGAGGGTATTGTTTTCAGCATGCCATGCCGATCAAAA                         GGAGATGGTGACTATGAACTTGTCAAGGATGTAATATTTGATGAATACCTC
genomic: CTTATGGTGTAGCAGAGGGTATTGTTTTCAGCATGCCATGCCGATCAAAAgtaagtctat ... tgttcttcagGGAGATGGTGACTATGAACTTGTCAAGGATGTAATATTTGATGAATACCTC
EST: gi|110367124|gb|EC931047.1|EC931047
EST:     CTTATGGTGTAGCAGAGGGTATTGTTTTCAGCATGCCATGCCGATCAAAA                         GGAGATGGTGACTATGAACTTGTCAAGGATGTAATATTTGATGAATACCTC
genomic: CTTATGGTGTAGCAGAGGGTATTGTTTTCAGCATGCCATGCCGATCAAAAgtaagtctat ... tgttcttcagGGAGATGGTGACTATGAACTTGTCAAGGATGTAATATTTGATGAATACCTC
EST: gi|110392317|gb|EC957652.1|EC957652
EST:     CTTATGGTATAGCAGAGGGTATTGTTTTCAGCATGCCATGCCGATCAAAA                         GGAGATGGTGACTATGAACTTGTCAAGGATGTAATATTTGATGAATACCTC
genomic: CTTATGGTGTAGCAGAGGGTATTGTTTTCAGCATGCCATGCCGATCAAAAgtaagtctat ... tgttcttcagGGAGATGGTGACTATGAACTTGTCAAGGATGTAATATTTGATGAATACCTC
EST: gi|351046814|gb|FQ454424.1|FQ454424
EST:     CTTATGGTGTAGCAGAGGGTATTGTTTTCAGCATGCCATGCCGATCAAAA                         GGAGATGGTGACTATGAACTTGTCAAGGATGTAATATTTGATGAATACCTC
genomic: CTTATGGTGTAGCAGAGGGTATTGTTTTCAGCATGCCATGCCGATCAAAAgtaagtctat ... tgttcttcagGGAGATGGTGACTATGAACTTGTCAAGGATGTAATATTTGATGAATACCTC
EST: gi|349811478|gb|FQ409474.1|FQ409474
EST:     CTTATGGTGTAGCAGAGGGTATTGTTTTCAGCATGCCATGCCGATCAAAA                         GGAGATGGTGACTATGAACTTGTCAAGGATGTAATATTTGATGAATACCTC
genomic: CTTATGGTGTAGCAGAGGGTATTGTTTTCAGCATGCCATGCCGATCAAAAgtaagtctat ... tgttcttcagGGAGATGGTGACTATGAACTTGTCAAGGATGTAATATTTGATGAATACCTC
EST: gi|110423097|gb|EC989434.1|EC989434
EST:     CTTATGGTGTAGCAGAGGGTATTGTTTTCAGCATGCCATGCCGATCAAAA                         GGAGATGGTGACTATGAACTTGTCAAGGATGTAATATTTGATGAATACCTC
genomic: CTTATGGTGTAGCAGAGGGTATTGTTTTCAGCATGCCATGCCGATCAAAAgtaagtctat ... tgttcttcagGGAGATGGTGACTATGAACTTGTCAAGGATGTAATATTTGATGAATACCTC
EST: gi|32245213|gb|CD711032.1|CD711032
EST:     CTTATGGTGTAGCAGAGGGTATTGTTTTCAGCATGCCATGCCGATCAAAA                         GGAGATGGTGACTATGAACTTGTCAAGGATGTAATATTTGATGAATACCTC
genomic: CTTATGGTGTAGCAGAGGGTATTGTTTTCAGCATGCCATGCCGATCAAAAgtaagtctat ... tgttcttcagGGAGATGGTGACTATGAACTTGTCAAGGATGTAATATTTGATGAATACCTC
EST: gi|18458671|gb|BM436949.1|BM436949
EST:     CTTATGGTGTAGCAGAGGGTATTGTTTTCAGCATGCCATGCCGATCAAAA                         GGAGATGGTGACTATGAACTTGTCAAGGATGTAATATTTGATGAATACCTC
genomic: CTTATGGTGTAGCAGAGGGTATTGTTTTCAGCATGCCATGCCGATCAAAAgtaagtctat ... tgttcttcagGGAGATGGTGACTATGAACTTGTCAAGGATGTAATATTTGATGAATACCTC
EST: gi|110393853|gb|EC959389.1|EC959389
EST:     CTTATGGTATAGCAGAGGGTATTGTTTTCAGCATGCCATGCCGATCAAAA                         GGAGATGGTGACTATGAACTTGTCAAGGATGTAATATTTGATGAATACCTC
genomic: CTTATGGTGTAGCAGAGGGTATTGTTTTCAGCATGCCATGCCGATCAAAAgtaagtctat ... tgttcttcagGGAGATGGTGACTATGAACTTGTCAAGGATGTAATATTTGATGAATACCTC
EST: gi|29785366|gb|CB342287.2|CB342287
EST:     CTTATGGTGTAGCAGAGGGTATTGTTTTCAGCATGCCATGCCGATCAAAA                         GGAGATGGTGACTATGAACTTGTCAAGGATGTAATATTTGATGAATACCTC
genomic: CTTATGGTGTAGCAGAGGGTATTGTTTTCAGCATGCCATGCCGATCAAAAgtaagtctat ... tgttcttcagGGAGATGGTGACTATGAACTTGTCAAGGATGTAATATTTGATGAATACCTC