Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TCTGCTTTGGTTGCTCTAGCCGCCCATGCTTCTGATCCCAGTGAAGCTGATAGGTTGAAATATCTTGCATCTCCTTCTGGAAAGgttgggaattttcatgcagatctttgatatgaaaactggttcccttgttatgcctctcatgagaatatgttttacag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv11s0052g00880.t01
intron # 11
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|71856704|gb|DT005759.1|DT005759
EST:     ATCCCAGTGAAGCTGATAGGTTGAAATATCTTGCATCTCCTTCTGGAAAG                         GATGAATATGCACAATGGGTAGTTGCAAGTCAGAGAAGTCTCCTTGAGATA
genomic: ATCCCAGTGAAGCTGATAGGTTGAAATATCTTGCATCTCCTTCTGGAAAGgttgggaatt ... tgttttacagGATGAATATGCACAATGGGTAGTTGCAAGTCAGAGAAGTCTCCTTGAGATA
EST: gi|110695029|gb|EE072582.1|EE072582
EST:     ATCCCAGTGAAGCTGATAGGTTGAAATATCTTGCATCTCCTTCTGGAAAG                         GATGAATATGCACAATGGGTAGTTGCAAGTCAGAGAAGTCTCCTTGAGATA
genomic: ATCCCAGTGAAGCTGATAGGTTGAAATATCTTGCATCTCCTTCTGGAAAGgttgggaatt ... tgttttacagGATGAATATGCACAATGGGTAGTTGCAAGTCAGAGAAGTCTCCTTGAGATA
EST: gi|27582064|gb|CB004759.1|CB004759
EST:     ATCCCAGTGAAGCTGATAGGTTGAAATATCTTGCATCTCCTTCTGGAAAG                         GATGAATATGCACAATGGGTAGTTGCAAGTCAGAGAAGTCTCCTTGAGATA
genomic: ATCCCAGTGAAGCTGATAGGTTGAAATATCTTGCATCTCCTTCTGGAAAGgttgggaatt ... tgttttacagGATGAATATGCACAATGGGTAGTTGCAAGTCAGAGAAGTCTCCTTGAGATA
EST: gi|71865093|gb|DT014148.1|DT014148
EST:     ATCCCAGTGAAGCTGATAGGTTGAAATATCTTGCATCTCCTTCTGGAAAG                         GATGAATATGTACAATGGGTAGTTGCAAGTCAGA
genomic: ATCCCAGTGAAGCTGATAGGTTGAAATATCTTGCATCTCCTTCTGGAAAGgttgggaatt ... tgttttacagGATGAATATGCACAATGGGTAGTTGCAAGTCAGA
EST: gi|30300181|gb|CB976975.1|CB976975
EST:     ATCCCAGTGAAGCTGATAGGTTGAAATATCTTGCATCTCCTTCTGGAAAG                         GATGAATATGCACAATGGGTAGTTGCAAGTCAGAGAAGTCTCCTTGAGATA
genomic: ATCCCAGTGAAGCTGATAGGTTGAAATATCTTGCATCTCCTTCTGGAAAGgttgggaatt ... tgttttacagGATGAATATGCACAATGGGTAGTTGCAAGTCAGAGAAGTCTCCTTGAGATA
EST: gi|71861275|gb|DT010330.1|DT010330
EST:     ATCCCAGTGAAGCTGATAGGTTGAAATATCTTGCATCTCCTTCTGGAAAG                         GATGAATATGTACAATGGG
genomic: ATCCCAGTGAAGCTGATAGGTTGAAATATCTTGCATCTCCTTCTGGAAAGgttgggaatt ... tgttttacagGATGAATATGCACAATGGG
EST: gi|110699884|gb|EE077290.1|EE077290
EST:     CTCCTTCTTGACAG                         GATGAATATGCACAATGGGTAGTTGCAAGTCAGAGAAGTCTCCTTGAGATA
genomic: CTCCTTCTGGAAAGgttgggaatt ... tgttttacagGATGAATATGCACAATGGGTAGTTGCAAGTCAGAGAAGTCTCCTTGAGATA
EST: gi|71864604|gb|DT013659.1|DT013659
EST:     ATCCCAGTGAAGCTGATAGGTTGAAATATCTTGCATCTCCTTCTGGAAAG                         GATGAATATGTACAATGGGTAGTTGCAAGTCAGAGAAGTCTCCTTGAGATA
genomic: ATCCCAGTGAAGCTGATAGGTTGAAATATCTTGCATCTCCTTCTGGAAAGgttgggaatt ... tgttttacagGATGAATATGCACAATGGGTAGTTGCAAGTCAGAGAAGTCTCCTTGAGATA
EST: gi|32270293|gb|CD719452.1|CD719452
EST:     ATCCCAGTGAAGCTGATAGGTTGAAATATCTTGCATCTCCTTCTGGAAAG                         GATGAATATGCACAATGGGTAGTTGCAAGTCAGAGAAGTCTCCTTGAGATA
genomic: ATCCCAGTGAAGCTGATAGGTTGAAATATCTTGCATCTCCTTCTGGAAAGgttgggaatt ... tgttttacagGATGAATATGCACAATGGGTAGTTGCAAGTCAGAGAAGTCTCCTTGAGATA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TCTGCTTTGGTTGCTCTAGCCGCCCATGCTTCTGATCCCAGTGAAGCTGATAGGTTGAAATATCTTGCATCTCCTTCTGGAAAGgttgggaattttcatgcagatctttgatatgaaaactggttcccttgttatgcctctcatgagaatatgttttacag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGAT