1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' |
TGTTAAAACAGAGGTTAGCTGGAGCTTTATTTGGGTCATCATTCTTGGATTGGCAGCAGCTGGAGTTGGAGGATATGCCCTGTACAAGTACAGAATCCGGgtatgctgatgttttctgacattcttacacaataggcgtgcgtgcatgggatttatggatcagattttaactattggtttattatcctagttcattctgg...
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv08s0058g01360.t01 |
intron # | 11 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TGGCAGCAGCTGGAGTTGGAGGATATGCCCTGTACAAGTACAGAATCCGG AGATACATGGATTCTGAGATTAGGGCAATCATGGCACAGTACATGCCTTTGEST: gi|32246668|gb|CD712487.1|CD712487
genomic: TGGCAGCAGCTGGAGTTGGAGGATATGCCCTGTACAAGTACAGAATCCGGgtatgctgat ... gctgttgcagAGATACATGGATTCTGAGATTAGGGCAATCATGGCACAGTACATGCCTTTG
EST: TGGCAGCAGCTGGAGTTGGAGGATATGCCCTGTACAAGTACAGAATCCGG AGATACATGGATTCTGAGATTAGGGCAATCATGGCACAGTACATGCCTTTGEST: gi|37186947|gb|CF606300.1|CF606300
genomic: TGGCAGCAGCTGGAGTTGGAGGATATGCCCTGTACAAGTACAGAATCCGGgtatgctgat ... gctgttgcagAGATACATGGATTCTGAGATTAGGGCAATCATGGCACAGTACATGCCTTTG
EST: GCCCTGTACAAGTACAGAATCCGG AGATACATGGATTCTGAGATTAGGGCAATCATGGCACAGTACATGCCTTTGEST: gi|29781753|gb|CB346482.2|CB346482
genomic: GCCCTGTACAAGTACAGAATCCGGgtatgctgat ... gctgttgcagAGATACATGGATTCTGAGATTAGGGCAATCATGGCACAGTACATGCCTTTG
EST: TGGCAGCAGCTGGAGTTGGAGGATATGCCCTGTACAAGTACAGAATCCGG AGATACATGGATTCTGAGATTAGGGCAATGATGGCACAGTACATGCCTTTGEST: gi|110709458|gb|EE084946.1|EE084946
genomic: TGGCAGCAGCTGGAGTTGGAGGATATGCCCTGTACAAGTACAGAATCCGGgtatgctgat ... gctgttgcagAGATACATGGATTCTGAGATTAGGGCAATCATGGCACAGTACATGCCTTTG
EST: TGGCAGCAGCTGGAGTTGGAGGATATGCCCTGTACAAGTACAGAATCCGG AGATACATGGATTCTGAGATTAGGGCAATCATGGCACAGTACATGCCTTTGEST: gi|28959761|gb|CB339881.1|CB339881
genomic: TGGCAGCAGCTGGAGTTGGAGGATATGCCCTGTACAAGTACAGAATCCGGgtatgctgat ... gctgttgcagAGATACATGGATTCTGAGATTAGGGCAATCATGGCACAGTACATGCCTTTG
EST: TGGCAGCAGCTGGAGTTGGAGGATATGCCCTGTACAAGTACAGAATCCGG AGATACATGGATTCTGAGATTAGGGCAATCATGGCACAGTACATGCCTTTGEST: gi|33405675|gb|CF211302.1|CF211302
genomic: TGGCAGCAGCTGGAGTTGGAGGATATGCCCTGTACAAGTACAGAATCCGGgtatgctgat ... gctgttgcagAGATACATGGATTCTGAGATTAGGGCAATCATGGCACAGTACATGCCTTTG
EST: TGGCAGCAGCTGGAGTTGGAGGATATGCCCTGTACAAGTACAGAATCCGG AGATACATGGATTCTGAGATTAGGGCAATCATGGCACGGTACATGCCTTTGEST: gi|22014493|gb|BQ799527.1|BQ799527
genomic: TGGCAGCAGCTGGAGTTGGAGGATATGCCCTGTACAAGTACAGAATCCGGgtatgctgat ... gctgttgcagAGATACATGGATTCTGAGATTAGGGCAATCATGGCACAGTACATGCCTTTG
EST: TGGCAGCAGCTGGAGTTGGAGGATATGCCCTGTACAAGTACAGAATCCGG AGATACATGGATTCTGAGATTAGGGCAATCATGGCACAGTACATGCCTTTGEST: gi|46910453|gb|CN545828.1|CN545828
genomic: TGGCAGCAGCTGGAGTTGGAGGATATGCCCTGTACAAGTACAGAATCCGGgtatgctgat ... gctgttgcagAGATACATGGATTCTGAGATTAGGGCAATCATGGCACAGTACATGCCTTTG
EST: TGGCAGCAGCTGGAGTTGGAGGATATGCCCTGTACAAGTACAGAATCCGG AGATACGTGGATTCTGAGATTAGGGCAATCATGGCACAGTACATGCCTTTGEST: gi|71881336|gb|DT030391.1|DT030391
genomic: TGGCAGCAGCTGGAGTTGGAGGATATGCCCTGTACAAGTACAGAATCCGGgtatgctgat ... gctgttgcagAGATACATGGATTCTGAGATTAGGGCAATCATGGCACAGTACATGCCTTTG
EST: GCTGGAGTTGGAGGATATGCCCTGTACAAGTACAGAATCCGG AGATACATGGATTCTGAGATTAGGGCAATCATGGCACAGTACATGCCTTTGEST: gi|110702269|gb|EE080793.1|EE080793
genomic: GCTGGAGTTGGAGGATATGCCCTGTACAAGTACAGAATCCGGgtatgctgat ... gctgttgcagAGATACATGGATTCTGAGATTAGGGCAATCATGGCACAGTACATGCCTTTG
EST: TGGCAGCAGCTGGAGTTGGAGGATATGCCCTGTACAAGTACAGAATCCGG AGATACATGGATTCTGAGATTAGGGCAATCATGGCACAGTACATGCCTTTGEST: gi|110390350|gb|EC955254.1|EC955254
genomic: TGGCAGCAGCTGGAGTTGGAGGATATGCCCTGTACAAGTACAGAATCCGGgtatgctgat ... gctgttgcagAGATACATGGATTCTGAGATTAGGGCAATCATGGCACAGTACATGCCTTTG
EST: TGGCAGCAGCTGGAGTTGGAGGATATGCCCTGTACAAGTACAGAATCCGG AGATACATGGATTCTGAGATTAGGGCAATCATGGCACAGTACATGCCTTTGEST: gi|30255039|gb|CB971486.1|CB971486
genomic: TGGCAGCAGCTGGAGTTGGAGGATATGCCCTGTACAAGTACAGAATCCGGgtatgctgat ... gctgttgcagAGATACATGGATTCTGAGATTAGGGCAATCATGGCACAGTACATGCCTTTG
EST: TGGCAGCAGCTGGAGTTGGAGGATATGCCCTGTACAAGTACAGAATCCGG AGATACATGGATTTTGAGATTAGGGCAATCATGGCACAGTACATGCCTTTGEST: gi|110404060|gb|EC970018.1|EC970018
genomic: TGGCAGCAGCTGGAGTTGGAGGATATGCCCTGTACAAGTACAGAATCCGGgtatgctgat ... gctgttgcagAGATACATGGATTCTGAGATTAGGGCAATCATGGCACAGTACATGCCTTTG
EST: TGGCAGCAGCTGGAGTTGGAGGATATGCCCTGTACAAGTACAGAATCCGG AGATACATGGATTCTGAGATTAGGGCAATCATGGCACAGTACATGCCTTTGEST: gi|110387405|gb|EC952066.1|EC952066
genomic: TGGCAGCAGCTGGAGTTGGAGGATATGCCCTGTACAAGTACAGAATCCGGgtatgctgat ... gctgttgcagAGATACATGGATTCTGAGATTAGGGCAATCATGGCACAGTACATGCCTTTG
EST: TGGCAGCAGCTGGAGTTGGAGGATATGCCCTGTACAAGTACAGAATCCGG AGATACATGGATTCTGAGATTAGGGCAATCATGGCACAGTACATGCCTTTGEST: gi|71875647|gb|DT024702.1|DT024702
genomic: TGGCAGCAGCTGGAGTTGGAGGATATGCCCTGTACAAGTACAGAATCCGGgtatgctgat ... gctgttgcagAGATACATGGATTCTGAGATTAGGGCAATCATGGCACAGTACATGCCTTTG
EST: TGGCAGCAGCTGGAGTTGGAGGATATGCCCTGTACAAGTACAGAATCCGG AGATACATGGATTCTGAGATTAGGGCAATCATGGCACAGTACATGCCTTTGEST: gi|110390265|gb|EC955167.1|EC955167
genomic: TGGCAGCAGCTGGAGTTGGAGGATATGCCCTGTACAAGTACAGAATCCGGgtatgctgat ... gctgttgcagAGATACATGGATTCTGAGATTAGGGCAATCATGGCACAGTACATGCCTTTG
EST: TGGCAGCAGCTGGAGTTGGAGGATATGCCCTGTACAAGTACAGAATCCGG AGATACATGGATTCTGAGATTAGGGCAATCATGGCACAGTACATGCCTTTGEST: gi|110371604|gb|EC935716.1|EC935716
genomic: TGGCAGCAGCTGGAGTTGGAGGATATGCCCTGTACAAGTACAGAATCCGGgtatgctgat ... gctgttgcagAGATACATGGATTCTGAGATTAGGGCAATCATGGCACAGTACATGCCTTTG
EST: TGGCAGCAGCTGGAGTTGGAGGATATGCCCTGTACAAGTACAGAATCCGG AGATACATGGATTCTGAGATTAGGGCAATCATGGCACAGTACATGCCTTTG
genomic: TGGCAGCAGCTGGAGTTGGAGGATATGCCCTGTACAAGTACAGAATCCGGgtatgctgat ... gctgttgcagAGATACATGGATTCTGAGATTAGGGCAATCATGGCACAGTACATGCCTTTG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TGTTAAAACAGAGGTTAGCTGGAGCTTTATTTGGGTCATCATTCTTGGATTGGCAGCAGCTGGAGTTGGAGGATATGCCCTGTACAAGTACAGAATCCGGgtatgctgatgttttctgacattcttacacaataggcgtgcgtgcatgggatttatggatcagattttaactattggtttattatcctagttcattctgg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT