Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTATGAAGCTGCTGCTGTGGCTTTTGAGGCTATACCACGGACATTGGCACAGAATTGTGGGGTTAATGTGATACGGACCATGACTGCACTCCAGGGAAAGgtaaaaaaaaaaaaattctattcttctccccataactaattcctttttcttttttgtttgaatattaataatgatttcatttcctcctgaacgctgatctctctcttcattgctctcaaattttaataaaag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv07s0130g00410.t01
intron # 11
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|349808330|gb|FQ405474.1|FQ405474
EST:     AGAATTGTGGGGTTAATGTGATACGGACCATGACTGCACTCCAGGGAAAG                         CATGCAAATGGTGAAAATGCATGGATGGGCATAGATGGGAACACGGGTGCA
genomic: AGAATTGTGGGGTTAATGTGATACGGACCATGACTGCACTCCAGGGAAAGgtaaaaaaaa ... ttaataaaagCATGCAAATGGTGAAAATGCATGGATGGGCATAGATGGGAACACGGGTGCA
EST: gi|33405452|gb|CF211079.1|CF211079
EST:     AGAATTGTGGGGTTAATGTGATACGGACCATGACTGCACTCCAGGGAAAG                         CATGCAAATGGATCNAA-TGCATGGATGGGCATAGATGGGAACACGGGTGC
genomic: AGAATTGTGGGGTTAATGTGATACGGACCATGACTGCACTCCAGGGAAAGgtaaaaaaaa ... ttaataaaagCATGCAAATGG-TGAAAATGCATGGATGGGCATAGATGGGAACACGGGTGC
EST: gi|349823591|gb|FQ415001.1|FQ415001
EST:     AGAATTGTGGGGTTAATGTGATACGGACCATGACTGCACTCCAGGGAAAG                         CATGCAAATGGTGAAAATGCATGGATGGGCATAGATGGGAACACGGGTGCA
genomic: AGAATTGTGGGGTTAATGTGATACGGACCATGACTGCACTCCAGGGAAAGgtaaaaaaaa ... ttaataaaagCATGCAAATGGTGAAAATGCATGGATGGGCATAGATGGGAACACGGGTGCA
EST: gi|351034297|gb|FQ448094.1|FQ448094
EST:     AGAATTGTGGGGTTAATGTGATACGGACCATGACTGCACTCCAGGGAAAG                         CATGCAAATGGTGAAAATGCATGGATGGGCATAGATGGGAACACGGGTGCA
genomic: AGAATTGTGGGGTTAATGTGATACGGACCATGACTGCACTCCAGGGAAAGgtaaaaaaaa ... ttaataaaagCATGCAAATGGTGAAAATGCATGGATGGGCATAGATGGGAACACGGGTGCA
EST: gi|110426184|gb|EC992582.1|EC992582
EST:     AGAATTGTGGGGTTAATGTGATACGGACCATGACTGCACTCCAGGGAAAG                         CATGCAAATGGTGAAAATGCATGGATGGGCATAGATGGGAACACGGGTGCA
genomic: AGAATTGTGGGGTTAATGTGATACGGACCATGACTGCACTCCAGGGAAAGgtaaaaaaaa ... ttaataaaagCATGCAAATGGTGAAAATGCATGGATGGGCATAGATGGGAACACGGGTGCA