Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CCTGCACTTCTTTATATTGTACCAGCAGTTATTGGATTTATGGCTGCTCATTGCATATGGAATGGCGAAGTTAAACCGgtttgtttgataactttaccttattttgtttctcctatttataatgttattcgcattccattttatatataactacatttctgtctttctttggttggtt...

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv06s0009g03520.t01
intron # 11
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv06s0009g03520.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 11
lower sequence: GLYMA04G08510.1 (Glycine max), 5'ss of exon 11
CCTGCACTTCTTTATATTGTACCAGCAGTTATTGGATTTATGGCTGCTCATTGCATATGGAATGGCGAAGTTAAACCGgtttgtttg-ataactttaccttat--tttgtttctcctatttataatgttattcgcattccattttatatataactacatttctgtctttctttggttggtt--
||||| ||| | |||||||||||  | || ||||||||| |||||||||||||| |||||||||| || || |||| |||||||||  ||  |||    || |  ||| ||| | ||  |   ||||||| ||    ||| ||||||  ||  |||  || || ||  || || |||      
CCTGCTCTTTTGTATATTGTACCTTCTGTAATTGGATTTTTGGCTGCTCATTGCTTATGGAATGGTGATGTCAAACAGgtttgttttcattgcttagttttctgatttctttgttctcatatcaatgttaatca---tcctttttatgcat--ctagtttgctttcaatcattagttttactt

upper sequence: Vv06s0009g03520.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 11
lower sequence: GLYMA06G08620.3 (Glycine max), 5'ss of exon 11
CCTGCACTTCTTTATATTGTACCAGCAGTTATTGGATTTATGGCTGCTCATTGCATATGGAATGGCGAAGTTAAACCGgtttgtttgataactttaccttattttgtttctccta--tttataatgttattcgcattccattttatatataactacatttctgtctttctttggttggtt--
|| || ||| | |||||||||||  | || ||||| ||| |||||||||||||| |||||||||| || || |||| |||||||||  | | |      | ||| | ||   ||    | |||    | ||     ||| ||||||  ||  |||  ||||| ||  || || |||      
CCGGCTCTTTTGTATATTGTACCTTCTGTAATTGGGTTTTTGGCTGCTCATTGCTTATGGAATGGTGATGTCAAACAGgtttgttt--tcattgcgtagtttttcgatttctctggtctcatatcaatgttaatcatcctttttatgcat--ctagttttctttcaatcattagttttactt

upper sequence: Vv06s0009g03520.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 11
lower sequence: GLYMA14G21190.1 (Glycine max), 5'ss of exon 6
CCTGCACTTCTTTATATTGTACCAGCAGTTATTGGATTTATGGCTGCTCATTGCATATGGAATGGCGAAGTTAAACCGgtttgtttgataactttac-cttattttgtttctcctatttataatgttattcgcattccattttatatataactacatttctgtctttctttggttggtt-
||||| ||||| || ||||||||  | |||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||| || || |||| ||||| ||| |   | | |   |||  || ||| |  | | |  ||| ||| || ||| |  | | ||  ||        | |    ||||||  ||||    
CCTGCCCTTCTATACATTGTACCTTCTGTTATTGGGTTTTTAGCTGCTCATTGCATATGGAATGGTGACGTCAAACAGgtttctttcacttcctaatatttaccttttttatgttgtat-caatattaatc-catcctttctaatgcatctgatttgtacacaatttcttgtgttgaagt

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|22012962|gb|BQ797996.1|BQ797996
EST:     TTATTGGATTTATGGCTGCTCATTGCATATGGAATGGCGAAGTTAAACCG                         TTGTTGGAGTTTGATGAATCTAAGACTGCTAGCTCATCAAAAGATGATGGT
genomic: TTATTGGATTTATGGCTGCTCATTGCATATGGAATGGCGAAGTTAAACCGgtttgtttga ... ttatatgcagTTGTTGGAGTTTGATGAATCTAAGACTGCTAGCTCATCAAAAGATGATGGT
EST: gi|110391760|gb|EC956760.1|EC956760
EST:     TTATTGGATTTATGGCTGCTCATTGCATATGGAATGGCGAAGTTAAACCG                         TTGTTGGAGTTTGATGAATCTAAGACTGCTAGCTCATCAAAAGATGATGGT
genomic: TTATTGGATTTATGGCTGCTCATTGCATATGGAATGGCGAAGTTAAACCGgtttgtttga ... ttatatgcagTTGTTGGAGTTTGATGAATCTAAGACTGCTAGCTCATCAAAAGATGATGGT
EST: gi|27580263|gb|CB002958.1|CB002958
EST:     TTATTGGATTTATGGCTGCTCATTGCATATGGAATGGCGAAGTTAAACCG                         TTGTTGGAGTTTGATGAATCTAAGACTGCTAGCTCATCAAAAGATGATGGT
genomic: TTATTGGATTTATGGCTGCTCATTGCATATGGAATGGCGAAGTTAAACCGgtttgtttga ... ttatatgcagTTGTTGGAGTTTGATGAATCTAAGACTGCTAGCTCATCAAAAGATGATGGT
EST: gi|32246622|gb|CD712441.1|CD712441
EST:     TTATTGGATTTATGGCTGCTCATTGCATATGGAATGGCGAAGTTAAACCG                         TTGTTGGAGTTTGATGAATCTAAGACTGCTAGCTCATCAAAAGATGATGGT
genomic: TTATTGGATTTATGGCTGCTCATTGCATATGGAATGGCGAAGTTAAACCGgtttgtttga ... ttatatgcagTTGTTGGAGTTTGATGAATCTAAGACTGCTAGCTCATCAAAAGATGATGGT
EST: gi|34364249|gb|CF405834.1|CF405834
EST:     TTATTGGATTTATGGCTGCTCATTGCATATGGAATGGCGAAGTTAAACCG                         TTGTTGGAGTTTGATGAATCTAAGACTGCTAGCTCATCAAAAGATGATGGT
genomic: TTATTGGATTTATGGCTGCTCATTGCATATGGAATGGCGAAGTTAAACCGgtttgtttga ... ttatatgcagTTGTTGGAGTTTGATGAATCTAAGACTGCTAGCTCATCAAAAGATGATGGT
EST: gi|110691134|gb|EE068892.1|EE068892
EST:     TTATTGGATTTATGGCTGCTCATTGCATATGGAATGGCGAAGTTAAACCG                         TTGTTGGAGTTTGATGAATCTAAGACTGCTAGCTCATCAAAAGATGATGGT
genomic: TTATTGGATTTATGGCTGCTCATTGCATATGGAATGGCGAAGTTAAACCGgtttgtttga ... ttatatgcagTTGTTGGAGTTTGATGAATCTAAGACTGCTAGCTCATCAAAAGATGATGGT
EST: gi|110361505|gb|EC924984.1|EC924984
EST:     TTATTGGATTTATGGCTGCTCATTGCATATGGAATGGCGAAGTTAAACCG                         TTGTTGGAGTTTGATGAATCTAAGACTGCTAGCTCATCAAAAGATGATGGT
genomic: TTATTGGATTTATGGCTGCTCATTGCATATGGAATGGCGAAGTTAAACCGgtttgtttga ... ttatatgcagTTGTTGGAGTTTGATGAATCTAAGACTGCTAGCTCATCAAAAGATGATGGT
EST: gi|34362254|gb|CF403839.1|CF403839
EST:     ATTGGATTTATGGCTGCTCATTGCATATGGAATGGCGAAGTTAAACCG                         TTGTTGGAGTTTGATGAATCTAAGACTGCTAGCTCATCAAAAGATGATGGT
genomic: ATTGGATTTATGGCTGCTCATTGCATATGGAATGGCGAAGTTAAACCGgtttgtttga ... ttatatgcagTTGTTGGAGTTTGATGAATCTAAGACTGCTAGCTCATCAAAAGATGATGGT
EST: gi|110376904|gb|EC941978.1|EC941978
EST:     TTATTGGATTTATGGCTGCTCATTGCATATGGAATGGCGAAGTTAAACCG                         TTGTTGGAGTTTGATGAATCTAAGACTGCTAGCTCATCAAAAGATGATGGT
genomic: TTATTGGATTTATGGCTGCTCATTGCATATGGAATGGCGAAGTTAAACCGgtttgtttga ... ttatatgcagTTGTTGGAGTTTGATGAATCTAAGACTGCTAGCTCATCAAAAGATGATGGT
EST: gi|110383384|gb|EC947755.1|EC947755
EST:     TTATTGGATTTATGGCTGCTCATTGCATATGGAATGGCGAAGTTAAACCG                         TTGTTGGAGTTTGATGAATCTAAGACTGCTAGCTCATCAAAAGATGATGGT
genomic: TTATTGGATTTATGGCTGCTCATTGCATATGGAATGGCGAAGTTAAACCGgtttgtttga ... ttatatgcagTTGTTGGAGTTTGATGAATCTAAGACTGCTAGCTCATCAAAAGATGATGGT
EST: gi|27582830|gb|CB005525.1|CB005525
EST:     TTATTGGATTTATGGCTGCTCATTGCATATGGAATGGCGAAGTTAAACCG                         TTGTTGGAGTTTGATGAATCTAAGACTGCTAGCTCATCAAAAGATGATGGT
genomic: TTATTGGATTTATGGCTGCTCATTGCATATGGAATGGCGAAGTTAAACCGgtttgtttga ... ttatatgcagTTGTTGGAGTTTGATGAATCTAAGACTGCTAGCTCATCAAAAGATGATGGT
EST: gi|110374870|gb|EC939811.1|EC939811
EST:     TTATTGGATTTATGGCTGCTCATTGCATATGGAATGGCGAAGTTAAACCG                         TTGTTGGAGTTTGATGAATCTAAGACTGCTAGCTCATCAAAAGATGATGGT
genomic: TTATTGGATTTATGGCTGCTCATTGCATATGGAATGGCGAAGTTAAACCGgtttgtttga ... ttatatgcagTTGTTGGAGTTTGATGAATCTAAGACTGCTAGCTCATCAAAAGATGATGGT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CCTGCACTTCTTTATATTGTACCAGCAGTTATTGGATTTATGGCTGCTCATTGCATATGGAATGGCGAAGTTAAACCGgtttgtttgataactttaccttattttgtttctcctatttataatgttattcgcattccattttatatataactacatttctgtctttctttggttggtt

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT