Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CTTATAACGGAAGAGCTTGGTTTGAACCTTGAGAAGGCAGAACTGGATATGCTTGGCACTTGCAAAAAGgtaaactttgctaccatttaagatatgtattttggttttggactatgattttttccactggagtaatattcatattgatgtgtcttaatttctatttaat...

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv05s0051g00340.t01
intron # 11
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110686767|gb|EE064783.1|EE064783
EST:     GTTTGAACCTTGAGAAGGCAGAACTGGATATGCTTGGCACTTGCAAAAAG                         GTTACAATATCTAAGGACGATACTGTTATCCTTGATGGGGCTGGTGACNAG
genomic: GTTTGAACCTTGAGAAGGCAGAACTGGATATGCTTGGCACTTGCAAAAAGgtaaactttg ... catgttttagGTTACAATATCTAAGGACGATACTGTTATCCTTGATGGGGCTGGTGACAAG
EST: gi|110691710|gb|EE070124.1|EE070124
EST:     GTTTGAACCTTGAGAAGGCAGAACTGGATATGCTTGGCACTTGCAAAAAG                         GTTACAATATCTAAGGACGATACTGTTATCCTTGATGGGGCTGGTGACAN-
genomic: GTTTGAACCTTGAGAAGGCAGAACTGGATATGCTTGGCACTTGCAAAAAGgtaaactttg ... catgttttagGTTACAATATCTAAGGACGATACTGTTATCCTTGATGGGGCTGGTGACAAG
EST: gi|71873742|gb|DT022797.1|DT022797
EST:     GTTTGAACCTTGAGAAGGCAGAACTGGATATGCTTGGCACTTGCAAAAAG                         GTTACAATATCTAAGGACGATACTGTTATCCTTGATGGGGCTGGTGACAAG
genomic: GTTTGAACCTTGAGAAGGCAGAACTGGATATGCTTGGCACTTGCAAAAAGgtaaactttg ... catgttttagGTTACAATATCTAAGGACGATACTGTTATCCTTGATGGGGCTGGTGACAAG
EST: gi|77586617|gb|DV222437.1|DV222437
EST:     GTTTGAACCTTGAGAAGGCAGAACTGGATATGCTTGGCACTTGCAAAAAG                         GTTACAATATCTAAGGACGATACTGTTATCCTTGATGGGGCTGGTGACAAG
genomic: GTTTGAACCTTGAGAAGGCAGAACTGGATATGCTTGGCACTTGCAAAAAGgtaaactttg ... catgttttagGTTACAATATCTAAGGACGATACTGTTATCCTTGATGGGGCTGGTGACAAG
EST: gi|110700181|gb|EE077929.1|EE077929
EST:     AGAACTGGATATGCTTGGCACTTGCAAAAAG                         GTTACAATATCAAAGGACGATACTGTTATCCTTGATGGGGCTGGTGACAAG
genomic: AGAACTGGATATGCTTGGCACTTGCAAAAAGgtaaactttg ... catgttttagGTTACAATATCTAAGGACGATACTGTTATCCTTGATGGGGCTGGTGACAAG