Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   		32  
 5'  3'   		33  
 5'  3'   		34  
 5'  3'   		35  
 5'  3'   		36  
 5'  3'   		37  
 5'  3'   		38  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTAGAAGATGCTGTGTCTCGTGCTGCTGATGGAACTTCTGCTGTGCAAGATTTAGATTTTTCCTCTTTACGTTCGCAATTAGGTCCTTTGGCTGCAgtaagtgttcaaaattgtatttctttaccctctttttctcaggtggaaggggattttcaagattttctatgtagggtaagctaacatacatgtgttccatgccag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv04s0008g04520.t01
intron # 11
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv04s0008g04520.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 11
lower sequence: AT2G25730.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 10
GTAGAAGATGCTGTGTCTCGTGCTGCTGATGGAACTTCTGCTGTGCAAGATTTAGATTTTTCCTCTTTACGTTCGCAATTAGGTCCTTTGGCTGCAgtaagtgttcaaaattgtatttctttaccctcttt-ttctcaggtggaaggggatttt--caagattttctatgtagggtaagctaacatacatgtgttccatgccag
||||||||||   |||||||| ||||||| ||| |  |||| ||||||||||||||||||   |||||| |||| |||||  |||| ||||||   ||||||        |  || |||||  | ||     | |  | |    ||  |||| |  || |||| ||    |    | |  |  | |||      || | |    
GTAGAAGATGTAATGTCTCGTACTGCTGAAGGAGCAGCTGCCGTGCAAGATTTAGATTTTCATTCTTTAGGTTCTCAATTGAGTCCATTGGCTATGgtaagtccatgtcgtcataattcttgtctctaaccatacaaatgctttagcagattctgacaggattatcc---tgcaatcaattgtcttacccac-ctctaag----

upper sequence: Vv04s0008g04520.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 11
lower sequence: AT2G25730.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 10
GTAGAAGATGCTGTGTCTCGTGCTGCTGATGGAACTTCTGCTGTGCAAGATTTAGATTTTTCCTCTTTACGTTCGCAATTAGGTCCTTTGGCTGCAgtaagtgttcaaaattgtatttctttaccctc-tttttctcaggtggaaggggatttt--caagatt-ttctatgtagggtaagctaacatacatgt------gttccatgccag--------------------
||||||||||   |||||||| ||||||| ||| |  |||| ||||||||||||||||||   |||||| |||| |||||  |||| ||||||   ||||||        |  || |||||  | ||     | |  | |    ||  |||| |  || |||| | ||        |   || ||  || | |      |||  | |  ||                    
GTAGAAGATGTAATGTCTCGTACTGCTGAAGGAGCAGCTGCCGTGCAAGATTTAGATTTTCATTCTTTAGGTTCTCAATTGAGTCCATTGGCTATGgtaagtccatgtcgtcataattcttgtctctaaccatacaaatgctttagcagattctgacaggattatcctgcaatcaattgtcttacccacctctaagcaagttttaagttagttacctttttgtgatgccag