Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATTTTCTACTTAATTGGGTTTGCCTTGTTTTGCTTAGAGATGCTTCTAAGCTTATGGGTGATTCAGgtaagagattggaacaattgtacttttttcatgcataatccctagatagctattggatggccccaaaccaacttctgtttgtctgtgttgtgtttgtgat...

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv02s0012g02790.t01
intron # 11
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv02s0012g02790.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 11
lower sequence: GLYMA09G34400.1 (Glycine max), 5'ss of exon 11
ATTTTCTACTTAATTGGGTTTGCCTTGTTTTGCTTAGAGATGCTTCTAAGCTTATGGGTGATTCAGgtaagaga---ttggaacaattgtacttttttcatgcataatccctagatagctattggatggcccca---aaccaacttctgtttgtctgtgttgtgttt-gtgat-----------------------------------------------------
|| ||||| || ||||| |||| | |||||||||| |||   |||||||||||||||||| ||||||| || ||   ||  | | |||  | |||||  ||    || |  ||| |   | | | |||          | || | ||   ||| | ||    | |||  | ||                                                     
ATATTCTATTTGATTGGATTTGGCATGTTTTGCTTGGAGGCTCTTCTAAGCTTATGGGTGCTTCAGgtgagggacattttcatcgatttgaatttttatattgtcaaacagtagctttttgt-gcatgcttttgcttcatcaccatcgacttgcccgtaaattattttataatgcgtgtttaacattattgcttcatgattgtttccttttcttttgtgtgtgcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110705231|gb|EE081878.1|EE081878
EST:     GGTTTGCCTTGTTTTGCTTAAAGATGCTTCTAAGCTTATGGGTGATTCAA                         AAAGTTTATTTGCGTTTCAAANGGAGGAAGTGAGACATCCGATTGCTTCTT
genomic: GGTTTGCCTTGTTTTGCTTAGAGATGCTTCTAAGCTTATGGGTGATTCAGgtaagagatt ... tctcatgcagAAAGTTTATTTGCGTTTCAGAGGGAGGAAGTGAGACATCCGATTGCTTCTT
EST: gi|110364860|gb|EC928418.1|EC928418
EST:     GGTTTGCCTTGTTTTGCTTAGAGATGCTTCTAAGCTTATGGGTGATTCAG                         AAAGTTTATTTGCGTTTCAGAGGGAGGAAGTGAGACATCCG
genomic: GGTTTGCCTTGTTTTGCTTAGAGATGCTTCTAAGCTTATGGGTGATTCAGgtaagagatt ... tctcatgcagAAAGTTTATTTGCGTTTCAGAGGGAGGAAGTGAGACATCCG
EST: gi|110704711|gb|EE081697.1|EE081697
EST:     GGTTTGCCTTGTTTTGCTTANAGATGCTTCTAAGCTTATGGGTGATTCAG                         AAAGTTTATTTGCGTTTCAGAGGGAGGAAGTGAGACATCCGATTGCTTCTT
genomic: GGTTTGCCTTGTTTTGCTTAGAGATGCTTCTAAGCTTATGGGTGATTCAGgtaagagatt ... tctcatgcagAAAGTTTATTTGCGTTTCAGAGGGAGGAAGTGAGACATCCGATTGCTTCTT
EST: gi|32461120|gb|CD802294.1|CD802294
EST:     GGTTTGCCTTATTTTGCTTAGAGATGCTTCTAAGCTTATGGGTGATTCAG                         AAAGTTTATTTGCGTTTCAGAGGGAGGAAGTGAGACATCCGATTGCTTCT-
genomic: GGTTTGCCTTGTTTTGCTTAGAGATGCTTCTAAGCTTATGGGTGATTCAGgtaagagatt ... tctcatgcagAAAGTTTATTTGCGTTTCAGAGGGAGGAAGTGAGACATCCGATTGCTTCTT
EST: gi|110392190|gb|EC957433.1|EC957433
EST:     GGTTTGCCTTGTTTTGCTTAGAGATGCTTCTAAGCTTATGGGTGATTCAG                         AAAGTTTATTTGCGTTTCAGAGGGAGGAAGTGAGACATCCGATTGCTTCT-
genomic: GGTTTGCCTTGTTTTGCTTAGAGATGCTTCTAAGCTTATGGGTGATTCAGgtaagagatt ... tctcatgcagAAAGTTTATTTGCGTTTCAGAGGGAGGAAGTGAGACATCCGATTGCTTCTT
EST: gi|22010972|gb|BQ796006.1|BQ796006
EST:     GGTTTGCCTTGTTTTGCTTAGAGATGCTTCTAAGCTTATGGGTGATTCAG                         AAAGTTTATTTGCGTTTCAGAGGGAGGAAGTGAGACATCCGATTGCTTCTT
genomic: GGTTTGCCTTGTTTTGCTTAGAGATGCTTCTAAGCTTATGGGTGATTCAGgtaagagatt ... tctcatgcagAAAGTTTATTTGCGTTTCAGAGGGAGGAAGTGAGACATCCGATTGCTTCTT
EST: gi|110428271|gb|EC994738.1|EC994738
EST:     GGTTTGCCTTGTTTTGCTTAGAGATGCTTCTAAGCTTATGGGTGATTCAG                         AAAGTTTATTTGCGTTTCAGAGGGAGGAAGTGAGACATCCGATTGCTTCTT
genomic: GGTTTGCCTTGTTTTGCTTAGAGATGCTTCTAAGCTTATGGGTGATTCAGgtaagagatt ... tctcatgcagAAAGTTTATTTGCGTTTCAGAGGGAGGAAGTGAGACATCCGATTGCTTCTT
EST: gi|110381779|gb|EC935360.1|EC935360
EST:     TATGGGTGATTCAG                         AAAGTTTATTTGCGTTTCAGAGGGAGGAAGTGAGACATCCGATTGCTTCTT
genomic: TATGGGTGATTCAGgtaagagatt ... tctcatgcagAAAGTTTATTTGCGTTTCAGAGGGAGGAAGTGAGACATCCGATTGCTTCTT
EST: gi|22010685|gb|BQ795719.1|BQ795719
EST:     GGTTTGCCTTGTTTTGCTTAGAGATGCTTCTAAGCTTATGGGTGATTCAG                         AAAGTTTATTTGCGTTTCAGAGGGAGGAAGTGAGACATCCGATTGCTTCTT
genomic: GGTTTGCCTTGTTTTGCTTAGAGATGCTTCTAAGCTTATGGGTGATTCAGgtaagagatt ... tctcatgcagAAAGTTTATTTGCGTTTCAGAGGGAGGAAGTGAGACATCCGATTGCTTCTT
EST: gi|26257869|gb|CA808932.1|CA808932
EST:     GGTTTGCCTTGTTTTGCTTAGAGATGCTTCTAAGCTTATGGGTGATTCAG                         AAAGTTTATTTGCGTTTCAGAGGGAGGAAGTGAGACATCCGATTGCTTCT-
genomic: GGTTTGCCTTGTTTTGCTTAGAGATGCTTCTAAGCTTATGGGTGATTCAGgtaagagatt ... tctcatgcagAAAGTTTATTTGCGTTTCAGAGGGAGGAAGTGAGACATCCGATTGCTTCTT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ATTTTCTACTTAATTGGGTTTGCCTTGTTTTGCTTAGAGATGCTTCTAAGCTTATGGGTGATTCAGgtaagagattggaacaattgtacttttttcatgcataatccctagatagctattggatggccccaaaccaacttctgtttgtctgtgttgtgtttgtgat

- - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ggaacaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaaccaa