1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' | 16 5' 3' | 17 5' 3' | 18 5' 3' | 19 5' 3' | 20 5' 3' |
GTAAGGAAGATCACATTTACAGGCTCAACAGCTGTCGGAAAGAAGTTGATGGCTGGTGCAGCTCAGACTGTTAAAAAGgttggcatagtagaaattgttaaaggaacaagccttcagagatcattatattgttaattgccttaatcataatttttctag
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv19s0085g00880.t01 |
intron # | 10 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: CAGCTGTCGGAAAGAAGTTGATGGCTGGTGCAGCTCAGACTGTTAAAAAG GTATCTCTGGAACTTGGTGGTAATGCACCTTGCATAATCTTTGACGATGCAEST: gi|351040417|gb|FQ434550.1|FQ434550
genomic: CAGCTGTCGGAAAGAAGTTGATGGCTGGTGCAGCTCAGACTGTTAAAAAGgttggcatag ... atttttctagGTATCTCTGGAACTTGGTGGTAATGCACCTTGCATAATCTTTGACGATGCA
EST: CAGCTGTCGGAAAGAAGTTGATGGCTGGTGCAGCTCAGACTGTTAAAAAG GTATCTCTGGAACTTGGTGGTAATGCACCTTGCATAATCTTTGACGATGCAEST: gi|110688026|gb|EE066106.1|EE066106
genomic: CAGCTGTCGGAAAGAAGTTGATGGCTGGTGCAGCTCAGACTGTTAAAAAGgttggcatag ... atttttctagGTATCTCTGGAACTTGGTGGTAATGCACCTTGCATAATCTTTGACGATGCA
EST: CAGCTGTCGGAAAGAAGTTGATGGCTGGTGCAGCTCAGACTGTTAAAAAG GTATCTCTGGAACTTGGTGGTAATGCACCTTGCATAATCTTTGACGATGCAEST: gi|351042224|gb|FQ442691.1|FQ442691
genomic: CAGCTGTCGGAAAGAAGTTGATGGCTGGTGCAGCTCAGACTGTTAAAAAGgttggcatag ... atttttctagGTATCTCTGGAACTTGGTGGTAATGCACCTTGCATAATCTTTGACGATGCA
EST: CAGCTGTCGGAAAGAAGTTGATGGCTGGTGCAGCTCAGACTGTTAAAAAG GTATCTCTGGAACTTGGTGGTAATGCACCTTGCATAATCTTTGACGATGCAEST: gi|30302041|gb|CB978835.1|CB978835
genomic: CAGCTGTCGGAAAGAAGTTGATGGCTGGTGCAGCTCAGACTGTTAAAAAGgttggcatag ... atttttctagGTATCTCTGGAACTTGGTGGTAATGCACCTTGCATAATCTTTGACGATGCA
EST: CAGCTGTCGGAAAGAAGTTGATGGCTGGTGCAGCTCAGACTGTTAAAAAG GTATCTCTGGAACTTGGTGGTAATGCACCTTGCATAATCTTTGACGATGCAEST: gi|351028680|gb|FQ446353.1|FQ446353
genomic: CAGCTGTCGGAAAGAAGTTGATGGCTGGTGCAGCTCAGACTGTTAAAAAGgttggcatag ... atttttctagGTATCTCTGGAACTTGGTGGTAATGCACCTTGCATAATCTTTGACGATGCA
EST: CAGCTGTCGGAAAGAAGTTGATGGCTGGTGCAGCTCAGACTGTTAAAAAG GTATCTCTGGAACTTGGTGGTAATGCACCTTGCATAATCTTTGACGATGCAEST: gi|29785203|gb|CB341997.2|CB341997
genomic: CAGCTGTCGGAAAGAAGTTGATGGCTGGTGCAGCTCAGACTGTTAAAAAGgttggcatag ... atttttctagGTATCTCTGGAACTTGGTGGTAATGCACCTTGCATAATCTTTGACGATGCA
EST: CAGCTGTCGGAAAGAAGTTGATGGCTGGTGCAACTCAGACTGTTAAAAAG GTATCTCTGGAACTTGGTGGTAATGCACCTTGCATAATCTTTGACGATGCAEST: gi|351027073|gb|FQ439934.1|FQ439934
genomic: CAGCTGTCGGAAAGAAGTTGATGGCTGGTGCAGCTCAGACTGTTAAAAAGgttggcatag ... atttttctagGTATCTCTGGAACTTGGTGGTAATGCACCTTGCATAATCTTTGACGATGCA
EST: CAGACTGTTAAAAAG GTATCTCTGGAACTTGGTGGTAATGCACCTTGCATAATCTTTGACGATGCAEST: gi|351022813|gb|FQ428722.1|FQ428722
genomic: CAGACTGTTAAAAAGgttggcatag ... atttttctagGTATCTCTGGAACTTGGTGGTAATGCACCTTGCATAATCTTTGACGATGCA
EST: CAGCTGTCGGAAAGAAGTTGATGGCTGGTGCAGCTCAGACTGTTAAAAAG GTATCTCTGGAACTTGGTGGTAATGCACCTTGCATAATCTTTGACGATGCAEST: gi|349827719|gb|FQ422587.1|FQ422587
genomic: CAGCTGTCGGAAAGAAGTTGATGGCTGGTGCAGCTCAGACTGTTAAAAAGgttggcatag ... atttttctagGTATCTCTGGAACTTGGTGGTAATGCACCTTGCATAATCTTTGACGATGCA
EST: CAGCTGTCGGAAAGAAGTTGATGGCTGGTGCAGCTCAGACTGTTAAAAAG GTATCTCTGGAACTTGGTGGTAATGCACCTTGCATAATCTTTGACGATGCAEST: gi|110712816|gb|EE088195.1|EE088195
genomic: CAGCTGTCGGAAAGAAGTTGATGGCTGGTGCAGCTCAGACTGTTAAAAAGgttggcatag ... atttttctagGTATCTCTGGAACTTGGTGGTAATGCACCTTGCATAATCTTTGACGATGCA
EST: CAGCTGTCGGAAAGAAGTTGATGGCTGGTGCAGCTCAGACTGTTAAAAAG GTATCTCTGGAACTTGGTGGTAATGCACCTTGCATAATCTTTGACGATGCAEST: gi|77587321|gb|DV222801.1|DV222801
genomic: CAGCTGTCGGAAAGAAGTTGATGGCTGGTGCAGCTCAGACTGTTAAAAAGgttggcatag ... atttttctagGTATCTCTGGAACTTGGTGGTAATGCACCTTGCATAATCTTTGACGATGCA
EST: CAGCTGTCGGAAAGAAGTTGATGGCTGGTGCAGCTCAGACTGTTAAAAAG GTATCTCTGGAACTTGGTGGTAATGCACCTTGCATAATCTTTGACGATGCAEST: gi|351018416|gb|FQ439228.1|FQ439228
genomic: CAGCTGTCGGAAAGAAGTTGATGGCTGGTGCAGCTCAGACTGTTAAAAAGgttggcatag ... atttttctagGTATCTCTGGAACTTGGTGGTAATGCACCTTGCATAATCTTTGACGATGCA
EST: CAGCTGTCGGAAAGAAGTTGATGGCTGGTGCAGCTCAGACTGTTAAAAAG GTATCTCTGGAACTTGGTGGTAATGCACCTTGCATAATCTTTGACGATGCAEST: gi|349820783|gb|FQ404157.1|FQ404157
genomic: CAGCTGTCGGAAAGAAGTTGATGGCTGGTGCAGCTCAGACTGTTAAAAAGgttggcatag ... atttttctagGTATCTCTGGAACTTGGTGGTAATGCACCTTGCATAATCTTTGACGATGCA
EST: CAGCTGTCGGAAAGAAGTTGATGGCTGGTGCAGCTCAGACTGTTAAAAAG GTATCTCTGGAACTTGGTGGTAATGCACCTTGCATAATCTTTGACGATGCAEST: gi|161718701|gb|FC066339.1|FC066339
genomic: CAGCTGTCGGAAAGAAGTTGATGGCTGGTGCAGCTCAGACTGTTAAAAAGgttggcatag ... atttttctagGTATCTCTGGAACTTGGTGGTAATGCACCTTGCATAATCTTTGACGATGCA
EST: CAGCTGTCGGAAAGAAGTTGATGGCTGGTGCAGCTCAGACTGTTAAAAAG GTATCTCTGGAACTTGGTGGTAATGCACCTTGCATAATCTTTGACGATGCAEST: gi|349832930|gb|FQ423052.1|FQ423052
genomic: CAGCTGTCGGAAAGAAGTTGATGGCTGGTGCAGCTCAGACTGTTAAAAAGgttggcatag ... atttttctagGTATCTCTGGAACTTGGTGGTAATGCACCTTGCATAATCTTTGACGATGCA
EST: CAGCTGTCGGAAAGAAGTTGATGGCTGGTGCAGCTCAGACTGTTAAAAAG GTATCTCTGGAACTTGGTGGTAATGCACCTTGCATAATCTTTGACGATGCAEST: gi|34543124|gb|CF511356.1|CF511356
genomic: CAGCTGTCGGAAAGAAGTTGATGGCTGGTGCAGCTCAGACTGTTAAAAAGgttggcatag ... atttttctagGTATCTCTGGAACTTGGTGGTAATGCACCTTGCATAATCTTTGACGATGCA
EST: CAGCTGTCGGAAAGAAGTTGATGGCTGGTGCAGCTCAGACTGTTAAAAAG GTATCTCTGGAACTTGGTGGTAATGCACCTTGCATAATCTTTGACGATGCAEST: gi|110393201|gb|EC958271.1|EC958271
genomic: CAGCTGTCGGAAAGAAGTTGATGGCTGGTGCAGCTCAGACTGTTAAAAAGgttggcatag ... atttttctagGTATCTCTGGAACTTGGTGGTAATGCACCTTGCATAATCTTTGACGATGCA
EST: CAGCTGTCGGAAAGAAGTTGATGGCTGGTGCAGCTCAGACTGTTAAAAAG GTATCTCTGGAACTTGGTGGTAATGCACCTTGCATAATCTTTGACGATGCAEST: gi|110377270|gb|EC942333.1|EC942333
genomic: CAGCTGTCGGAAAGAAGTTGATGGCTGGTGCAGCTCAGACTGTTAAAAAGgttggcatag ... atttttctagGTATCTCTGGAACTTGGTGGTAATGCACCTTGCATAATCTTTGACGATGCA
EST: CAGCTGTCGGAAAGAAGTTGATGGCTGGTGCAGCTCAGACTGTTAAAAAG GTATCTCTGGAACTTGGTEST: gi|29785173|gb|CB341929.2|CB341929
genomic: CAGCTGTCGGAAAGAAGTTGATGGCTGGTGCAGCTCAGACTGTTAAAAAGgttggcatag ... atttttctagGTATCTCTGGAACTTGGT
EST: CAGCTGTCGGAAAGAAGTTGATGGCTGGTGCAACTCAGACTGTTAAAAAG GTATCTCTGGAACTTGGTGGTAATGCACCTTGCATAATCTTTGACGATGCAEST: gi|351029837|gb|FQ427677.1|FQ427677
genomic: CAGCTGTCGGAAAGAAGTTGATGGCTGGTGCAGCTCAGACTGTTAAAAAGgttggcatag ... atttttctagGTATCTCTGGAACTTGGTGGTAATGCACCTTGCATAATCTTTGACGATGCA
EST: CAGCTGTCGGAAAGAAGTTGATGGCTGGTGCAGCTCAGACTGTTAAAAAG GTATCTCTGGAACTTGGTGGTAATGCACCTTGCATAATCTTTGACGATGCAEST: gi|30251721|gb|CB969454.1|CB969454
genomic: CAGCTGTCGGAAAGAAGTTGATGGCTGGTGCAGCTCAGACTGTTAAAAAGgttggcatag ... atttttctagGTATCTCTGGAACTTGGTGGTAATGCACCTTGCATAATCTTTGACGATGCA
EST: CAGCTGTCGGAAAGAAGTTGATGGCTGGTGCAGCTCAGACTGTTAAAAAG GTATCTCTGGAACTTGGTGGTAATGCACCTTGCATAATCTTTGACGATACAEST: gi|351028364|gb|FQ427260.1|FQ427260
genomic: CAGCTGTCGGAAAGAAGTTGATGGCTGGTGCAGCTCAGACTGTTAAAAAGgttggcatag ... atttttctagGTATCTCTGGAACTTGGTGGTAATGCACCTTGCATAATCTTTGACGATGCA
EST: CAGCTGTCGGAAAGAAGTTGATGGCTGGTGCAGCTCAGACTGTTAAAAAG GTATCTCTGGAACTTGGTGGTAATGCACCTTGCATAATCTTTGACGATGCAEST: gi|351040173|gb|FQ425259.1|FQ425259
genomic: CAGCTGTCGGAAAGAAGTTGATGGCTGGTGCAGCTCAGACTGTTAAAAAGgttggcatag ... atttttctagGTATCTCTGGAACTTGGTGGTAATGCACCTTGCATAATCTTTGACGATGCA
EST: CAGCTGTCGGAAAGAAGTTGATGGCTGGTGCAGCTCAGACTGTTAAAAAG GTATCTCTGGAACTTGGTGGTAATGCACCTTGCATAATCTTTGACGACGCAEST: gi|351033667|gb|FQ462197.1|FQ462197
genomic: CAGCTGTCGGAAAGAAGTTGATGGCTGGTGCAGCTCAGACTGTTAAAAAGgttggcatag ... atttttctagGTATCTCTGGAACTTGGTGGTAATGCACCTTGCATAATCTTTGACGATGCA
EST: CAGCTGTCGGAAAGAAGTTGATGGCTGGTGCAGCTCAGACTGTTAAAAAG GTATCTCTGGAACTTGGTGGTAATGCACCTTGCATAATCTTTGACGATGCA
genomic: CAGCTGTCGGAAAGAAGTTGATGGCTGGTGCAGCTCAGACTGTTAAAAAGgttggcatag ... atttttctagGTATCTCTGGAACTTGGTGGTAATGCACCTTGCATAATCTTTGACGATGCA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GTAAGGAAGATCACATTTACAGGCTCAACAGCTGTCGGAAAGAAGTTGATGGCTGGTGCAGCTCAGACTGTTAAAAAGgttggcatagtagaaattgttaaaggaacaagccttcagagatcattatattgttaattgccttaatcataatttttctag
- - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTCA