Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGCAATAATAGAATACATTCCTTTACTAGCAAGTCAGCTGGGTGTTGGTTTTTTTGATGACAAGCTTGGTGCTCTTTGCATGCAATGGTTAAAAGATAAGgtcagtgaagttctagactaagagtaatgatcatgtaaaatgaattttacttgttcctttgactctgatcatcatccatgctcagaatagtttcctgttg...

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv17s0000g03870.t01
intron # 10
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv17s0000g03870.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 10
lower sequence: LOC_Os09g07510.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 9
TGCAATAATAGAATACATTCCTTTACTAGCAAGTCAGCTGGGTGTTGGTTTTTTTGATGACAAGCTTGGTGCTCTTTGCATGCAATGGTTAAAAGATAAGgt---cagtgaagttctagactaagagtaatgatcatgtaaaatgaattttacttgttcctttgactctgatcatcatccatgctcagaatagtttcctgttg
||||||||| || |||||||||||| | || |||||  | || ||||| ||||| ||||||||||| || || |||||||||||||||||  ||||||||||    |      |   |  |||||  |   |||||| || | |    |  ||     |  |  | | | |||| ||| | ||     |  |  |   | |  
TGCAATAATTGAGTACATTCCTTTATTGGCTAGTCAATTAGGCGTTGGATTTTTCGATGACAAGCTGGGGGCACTTTGCATGCAATGGTTGGAAGATAAGgtatttaccaggctgtcattctaagtctctcgatcatctata-tattgtgcacaaaggcactctaatattatcaacatacgtgagtgtagcaactgttttt--

upper sequence: Vv17s0000g03870.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 10
lower sequence: GLYMA07G10000.1 (Glycine max), 5'ss of exon 8
TGCAATAATAGAATACATTCCTTTACTAGCAAGTCAGCTGGGTGTTGGTTTTTTTGATGACAAGCTTGGTGCTCTTTGCATGCAATGGTTAAAAGATAAGgtcagtgaagtt-ctagactaagagtaatgatcatgtaaaatgaattttacttgttcctttgactctgatca--tcatccatgctcagaatagtttcctgttg
|||||| ||||||||||| || ||| | ||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| |||| || |||||  ||||||   ||| | | | | | |   |  |   |     |||||    ||   | | |     | ||  | ||     ||   | ||   |  |    
TGCAATCATAGAATACATACCCTTATTGGCAAGCCAGTTGGGTGTTGGTTTTTTTGATGATAAGCTTGGAGCTCTTTGCATGCAATGGCTAAAGGACAAGgtttgtgaagcaactaaaatgatattcaaatttgttctactcttatttttgaagtctgtgttatcaaaaacaagttattttatcttgtactaacatgtta---

upper sequence: Vv17s0000g03870.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 10
lower sequence: GLYMA09G31760.1 (Glycine max), 5'ss of exon 9
TGCAATAATAGAATACATTCCTTTACTAGCAAGTCAGCTGGGTGTTGGTTTTTTTGATGACAAGCTTGGTGCTCTTTGCATGCAATGGTTAAAAGATAAGgtcagtgaagtt-ctagactaagagtaatgatcatgtaaaatgaattttacttgttcctttgactctgatca--tcatccatgctcagaatagtttcctgttg
|||||| |||||||| || || ||| | ||||| ||| |||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| |||| || |||||  ||||||   ||| | | | | | |   |  |   |      ||||    |||  | | | |   |  |  | ||     ||   |  ||  |  |    
TGCAATCATAGAATATATACCCTTATTGGCAAGCCAGTTGGGTGTTAGTTTTTTTGATGATAAGCTTGGAGCTCTTTGCATGCAATGGCTAAAGGACAAGgtttgtgaagcaactaaaattatattcaaatttgttctactcttgtttttgaagtttatgttattgaaaataagttattttatcttgtaccagcatgtta---

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|349825185|gb|FQ415732.1|FQ415732
EST:     NNNNNGATGACAAGCTTGGTGCTCTTTGCATGCAATGGTTAAAAGATAAG                         GTTTATTCAATTCGTGATGCAGCTGCTAATAATGTGAAGCGCCTTGCAGAG
genomic: TTTTTGATGACAAGCTTGGTGCTCTTTGCATGCAATGGTTAAAAGATAAGgtcagtgaag ... tgaattgtagGTTTATTCAATTCGTGATGCAGCTGCTAATAATGTGAAGCGCCTTGCAGAG
EST: gi|352769560|gb|FQ468488.1|FQ468488
EST:     NNNNNGATGACAAGCTTGGTGCTCTTTGCATGCAATGGTTAAAAGATAAG                         GTTTATTCAATTCGTGATGCAGCTGCTAATAATGTGAAGCGCCTTGCAGAG
genomic: TTTTTGATGACAAGCTTGGTGCTCTTTGCATGCAATGGTTAAAAGATAAGgtcagtgaag ... tgaattgtagGTTTATTCAATTCGTGATGCAGCTGCTAATAATGTGAAGCGCCTTGCAGAG
EST: gi|352776768|gb|FQ472655.1|FQ472655
EST:     NNNNNGATGACAAGCTTGGTGCTCTTTGCATGCAATGGTTAAAAGATAAG                         GTTTATTCAATTCGTGATGCAGCTGCTAATAATGTGAAGCGCCTTGCAGAG
genomic: TTTTTGATGACAAGCTTGGTGCTCTTTGCATGCAATGGTTAAAAGATAAGgtcagtgaag ... tgaattgtagGTTTATTCAATTCGTGATGCAGCTGCTAATAATGTGAAGCGCCTTGCAGAG
EST: gi|110414406|gb|EC980237.1|EC980237
EST:     GATGACAAGCTTGGTGCTCTTTGCATGCAATGGTTAAAAGATAAG                         GTTTATTCAATTCGTGATGCAGCTGCTAATAATGTGAAGCGCCTTGCAGAG
genomic: GATGACAAGCTTGGTGCTCTTTGCATGCAATGGTTAAAAGATAAGgtcagtgaag ... tgaattgtagGTTTATTCAATTCGTGATGCAGCTGCTAATAATGTGAAGCGCCTTGCAGAG
EST: gi|352787200|gb|FQ477820.1|FQ477820
EST:     GCATGCAATGGTTAAAAGATAAG                         GTTTTTTCAATTCGTGATGCAGCTGCTAATAATGTGAAGCGCCTTGCAGAG
genomic: GCATGCAATGGTTAAAAGATAAGgtcagtgaag ... tgaattgtagGTTTATTCAATTCGTGATGCAGCTGCTAATAATGTGAAGCGCCTTGCAGAG
EST: gi|22012824|gb|BQ797858.1|BQ797858
EST:     NNNNNGATGACAAGCTTGGTGCTCTTTGCATGCAATGGTTAAAAGATAAG                         GTTTATTCAATTCGTGATGCAGCTGCTAATAATGTGAAGCGCCTTGCAGAG
genomic: TTTTTGATGACAAGCTTGGTGCTCTTTGCATGCAATGGTTAAAAGATAAGgtcagtgaag ... tgaattgtagGTTTATTCAATTCGTGATGCAGCTGCTAATAATGTGAAGCGCCTTGCAGAG
EST: gi|110691608|gb|EE069902.1|EE069902
EST:     NNNNNGATGACAAGCTTGGTGCTCTTTGCATGCAATGGTTAAAAGATAAG                         GTTTATTCAATTCGTGATGCAGCTGCTAATAATGTGAAGCGCCTTGCAGAG
genomic: TTTTTGATGACAAGCTTGGTGCTCTTTGCATGCAATGGTTAAAAGATAAGgtcagtgaag ... tgaattgtagGTTTATTCAATTCGTGATGCAGCTGCTAATAATGTGAAGCGCCTTGCAGAG
EST: gi|110399866|gb|EC966397.1|EC966397
EST:     NNNNNGATGACAAGCTTGGTGCTCTTTGCATGCAATGGTTAAAAGATAAG                         GTTTATTCAATTCGTGATGCAGCTGCTAATAATGTGAAGCGCCTTGCAGAG
genomic: TTTTTGATGACAAGCTTGGTGCTCTTTGCATGCAATGGTTAAAAGATAAGgtcagtgaag ... tgaattgtagGTTTATTCAATTCGTGATGCAGCTGCTAATAATGTGAAGCGCCTTGCAGAG
EST: gi|110429193|gb|EC995682.1|EC995682
EST:     NNNNNGATGACAAGCTTGGTGCTCTTTGCATGCAATGGTTAAAAGATAAG                         GTTTATTCAATTCGTGATGCAGCTGCTAATAATGTGAAGCGCCTTGCAGAG
genomic: TTTTTGATGACAAGCTTGGTGCTCTTTGCATGCAATGGTTAAAAGATAAGgtcagtgaag ... tgaattgtagGTTTATTCAATTCGTGATGCAGCTGCTAATAATGTGAAGCGCCTTGCAGAG
EST: gi|22012767|gb|BQ797801.1|BQ797801
EST:     NNNNNGATGACAAGCTTGGTGCTCTTTGCATGCAATGGTTAAAAGATAAG                         GTTTATTCAATTCGTGATGCAGCTGCTAATAATGTGAAGCGCCTTGCAGAG
genomic: TTTTTGATGACAAGCTTGGTGCTCTTTGCATGCAATGGTTAAAAGATAAGgtcagtgaag ... tgaattgtagGTTTATTCAATTCGTGATGCAGCTGCTAATAATGTGAAGCGCCTTGCAGAG
EST: gi|110697249|gb|EE074074.1|EE074074
EST:     CTTTGCATGCAATGGTTAAAAGATAAG                         GTTTATTCAATTCGTGATGCAGCTGCTAATAATGTGAAGCGCCTTGCAGAG
genomic: CTTTGCATGCAATGGTTAAAAGATAAGgtcagtgaag ... tgaattgtagGTTTATTCAATTCGTGATGCAGCTGCTAATAATGTGAAGCGCCTTGCAGAG
EST: gi|351031302|gb|FQ445327.1|FQ445327
EST:     NNNNNGATGACAAGCTTGGTGCTCTTTGCATGCAATGGTTAAAAGATAAG                         GTTTATTCAATTCGTGATGCAGCTGCTAATAATGTGAAGCGCCTTGCAGAG
genomic: TTTTTGATGACAAGCTTGGTGCTCTTTGCATGCAATGGTTAAAAGATAAGgtcagtgaag ... tgaattgtagGTTTATTCAATTCGTGATGCAGCTGCTAATAATGTGAAGCGCCTTGCAGAG
EST: gi|71866595|gb|DT015650.1|DT015650
EST:     NNNNNGATGACAAGCTTGGTGCTCTTTGCATGCAATGGTTAAAAGATAAG                         GTTTATTCAATTCGTGATGCAGCTGCTAATAATGTGAAGCGCCTTGCAGAG
genomic: TTTTTGATGACAAGCTTGGTGCTCTTTGCATGCAATGGTTAAAAGATAAGgtcagtgaag ... tgaattgtagGTTTATTCAATTCGTGATGCAGCTGCTAATAATGTGAAGCGCCTTGCAGAG
EST: gi|110428387|gb|EC994857.1|EC994857
EST:     NNNNNGATGACAAGCTTGGTGCTCTTTGCATGCAATGGTTAAAAGATAAG                         GTTTATTCAATTCGTGATGCAGCTGCTAATAATGTGAAGCGCCTTGCAGAG
genomic: TTTTTGATGACAAGCTTGGTGCTCTTTGCATGCAATGGTTAAAAGATAAGgtcagtgaag ... tgaattgtagGTTTATTCAATTCGTGATGCAGCTGCTAATAATGTGAAGCGCCTTGCAGAG
EST: gi|30300336|gb|CB977130.1|CB977130
EST:     GATGA-AAGCTTGGTGCTCTTTGCATGCAATGGTTAAAAGATAAG                         GTTTATTCAATTCGTGATGCAGCTGCTAATAATGTGAAGCGCCTTGCAGAG
genomic: GATGACAAGCTTGGTGCTCTTTGCATGCAATGGTTAAAAGATAAGgtcagtgaag ... tgaattgtagGTTTATTCAATTCGTGATGCAGCTGCTAATAATGTGAAGCGCCTTGCAGAG
EST: gi|110388878|gb|EC953676.1|EC953676
EST:     TTGCATGCAATGGTTAAAAGATAAG                         GTCTATTCAATTCGTGATGCAGCTGCTAATAATGTGAAGCGCCTTGCAGAG
genomic: TTGCATGCAATGGTTAAAAGATAAGgtcagtgaag ... tgaattgtagGTTTATTCAATTCGTGATGCAGCTGCTAATAATGTGAAGCGCCTTGCAGAG
EST: gi|110411876|gb|EC977604.1|EC977604
EST:     NNNNNGATGACAAGCTTGGTGCTCTTTGCATGCAATGGTTAAAAGATAAG                         GTTTATTCAATTCGTGATGCAGCTGCTAATAATGTGAAGCGCCTTGCAGAG
genomic: TTTTTGATGACAAGCTTGGTGCTCTTTGCATGCAATGGTTAAAAGATAAGgtcagtgaag ... tgaattgtagGTTTATTCAATTCGTGATGCAGCTGCTAATAATGTGAAGCGCCTTGCAGAG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TGCAATAATAGAATACATTCCTTTACTAGCAAGTCAGCTGGGTGTTGGTTTTTTTGATGACAAGCTTGGTGCTCTTTGCATGCAATGGTTAAAAGATAAGgtcagtgaagttctagactaagagtaatgatcatgtaaaatgaattttacttgttcctttgactctgatcatcatccatgctcagaatagtttcctgttg

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - agagtaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaaatga