1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' |
AAGGGGGAGTGCCAGCCCTTGTCCATCTTTGTGCTTCCTCAGTATCAAAAATGGCACGCTTCATGGCTGCATTGGCACTTGCATACATGTTTGATGGAAGgtatttactcccaattctatgtagttagacccaatattgtgctcaagtcactctctttgccaaattcctttgaaaagcacccccccaccccccttccttt...
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv15s0021g01810.t01 |
intron # | 10 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: ATGGCACGCTTCATGGCTGCATTGGCACTTGCATACATGTTTGATGGAAG AATGGATGAGTTTGCACTGATAGGGACTTCTTCAGAAAGCACTTCAAAAAGEST: gi|34545402|gb|CF513634.1|CF513634
genomic: ATGGCACGCTTCATGGCTGCATTGGCACTTGCATACATGTTTGATGGAAGgtatttactc ... aattctacagAATGGATGAGTTTGCACTGATAGGGACTTCTTCAGAAAGCACTTCAAAAAG
EST: ATGGCACGCTTCATGGCTGCATTGGCACTTGCATACATGTTTGATGGAAG AATGGATGAGTTTGCACTGATAGGGACTTCTTCAGAAAGCACTTCAAAAAG
genomic: ATGGCACGCTTCATGGCTGCATTGGCACTTGCATACATGTTTGATGGAAGgtatttactc ... aattctacagAATGGATGAGTTTGCACTGATAGGGACTTCTTCAGAAAGCACTTCAAAAAG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| AAGGGGGAGTGCCAGCCCTTGTCCATCTTTGTGCTTCCTCAGTATCAAAAATGGCACGCTTCATGGCTGCATTGGCACTTGCATACATGTTTGATGGAAGgtatttactcccaattctatgtagttagacccaatattgtgctcaagtcactctctttgccaaattcctttgaaaagcacccccccaccccccttccttt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - cactctc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ttgaaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ccccccc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -cccccct