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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GAGTCCTTGTATGGAACGTGCAGTATTGGACCAACTTGTGGATTATTTTGAGAGACGGTTGGCTGGCTATCCTACCACTATGAGTGAAGACGAGTGTTTGgtgattttcacacttctcttaaagtttatggcatcttgaactttactgtatagcttgctgagctttaatttgatatgcttttaataattag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv14s0171g00310.t01
intron # 10
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|34545844|gb|CF514076.1|CF514076
EST:     AGAGACGGTTGGCTGGCTATCCTACCACTATGAGTGAAGACGAGTGTTTG                         TTGGCAGATAGTAATTTGAACCCGAAGAAGCTAGTTGCCACACAGCTTGTC
genomic: AGAGACGGTTGGCTGGCTATCCTACCACTATGAGTGAAGACGAGTGTTTGgtgattttca ... taataattagTTGGCAGATAGTAATTTGAACCCAAAGAAGCTAGTTGCCACACAGCTTGTC
EST: gi|30131113|gb|CB916452.1|CB916452
EST:     AGAGACGGTTGGCTGGCTATCCTACCACTATGAGTGAAGACGAGTGTTTG                         TTGGCAGATAGTAATTTGAACCCAAAGAAGCTAGTTGCCACACAGCTTGTC
genomic: AGAGACGGTTGGCTGGCTATCCTACCACTATGAGTGAAGACGAGTGTTTGgtgattttca ... taataattagTTGGCAGATAGTAATTTGAACCCAAAGAAGCTAGTTGCCACACAGCTTGTC
EST: gi|27585508|gb|CB008203.1|CB008203
EST:     AGAGACGGTTGGCTGGCTATCCTACCACTATGAGTGAAGACGAGTGTTTG                         TTGGCAGATAGTAATTTGAACCCAAAGAAGCTAGTTGCCACACAGCTTGTC
genomic: AGAGACGGTTGGCTGGCTATCCTACCACTATGAGTGAAGACGAGTGTTTGgtgattttca ... taataattagTTGGCAGATAGTAATTTGAACCCAAAGAAGCTAGTTGCCACACAGCTTGTC
EST: gi|30137480|gb|CB922818.1|CB922818
EST:     AGAGACGGTTGGCTGGCTATCCTACCACTATGAGTGAAGACGAGTGTTTG                         TTGGCAGATAGTAATTTGAACCCAAAGAAGCTAGTTGCCACACAGCTTGTC
genomic: AGAGACGGTTGGCTGGCTATCCTACCACTATGAGTGAAGACGAGTGTTTGgtgattttca ... taataattagTTGGCAGATAGTAATTTGAACCCAAAGAAGCTAGTTGCCACACAGCTTGTC
EST: gi|30129363|gb|CB914702.1|CB914702
EST:     AGAGACGGTTGGCTGGCTATCCTACCACTATGAGTGAAGACGAGTGTTTG                         TTGGCAGATAGTAATTTGAACCCAAAGAAGCTAGTTGCCACACAGCTTGTC
genomic: AGAGACGGTTGGCTGGCTATCCTACCACTATGAGTGAAGACGAGTGTTTGgtgattttca ... taataattagTTGGCAGATAGTAATTTGAACCCAAAGAAGCTAGTTGCCACACAGCTTGTC

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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GAGTCCTTGTATGGAACGTGCAGTATTGGACCAACTTGTGGATTATTTTGAGAGACGGTTGGCTGGCTATCCTACCACTATGAGTGAAGACGAGTGTTTGgtgattttcacacttctcttaaagtttatggcatcttgaactttactgtatagcttgctgagctttaatttgatatgcttttaataattag

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