Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTTGCAGATGCAGTTCTTAGAGAATACATATTTGTTCACCTTGATAACAATTATGACAAATTCAATCTGCTCATgttggttatcgtctcctttaaatttctgtcttatccttatctaatagttgctaccattgttgtatgttgtctttctttcccttgtttctatgagtgtgcttggggcggttggggttggggatagtatatatttacttattttttgcaatgttaacatagttctttcctttag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv13s0084g00600.t01
intron # 10
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv13s0084g00600.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 10
lower sequence: GLYMA17G23500.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
GTTGCAGATGCAGTTCTTAGAGAATACATATTTGTTCACCTTGATAACAATTATGACAAATTCAATCTGCTCATgttggttatcgtctcctttaaatttctgtcttatccttatctaatagttgctaccattgttgtatgttgtctttctttcccttgtttctatgagtgtgcttggggcggttggggttggggatagtatatatttacttattttttgcaatgttaacatagttctttcctttag
|| || || || ||| | |  || | |||||| ||||| || |||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |  |    ||| | |   ||| | | | ||  || |  ||||  |         ||  ||| |  |  ||  ||     |     ||   | |||| | ||   ||     | |   |  || || ||   || |  || ||        | |  |||  | ||||||
GTGGCTGAAGCTGTTTTGAAGGACTGCATATTAGTTCATCTGGATAACAATTTTGACAAATTCAATCTTCTCATgttaggcacttgctcttct---tttttatgtgatgatttttgaataacta--------gtcatatttaattgtttcttatggagaagaaatatttttgctggagg-atttattaattgttttcttacattttgggttttggttggctcctc---ctttcttccctgctttag

upper sequence: Vv13s0084g00600.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 10
lower sequence: GLYMA13G26190.1 (Glycine max), 5'ss of exon 14
GTTGCAGATGCAGTTCTTAGAGAATACATATTTGTTCACCTTGATAACAATTATGACAAATTCAATCTGCTCATgttggttatcgtctcctttaaatttctgtcttatccttatctaa-tagttgctacca-ttgttgtatgttgtct-------ttctttcccttgtttctatgagtgtgcttggggcggttggggttggggatagtatatatttacttattttttgcaatgttaacatagttctttcctttag
|| || ||||| ||| | |  || | |||||| ||||| || |||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |  |    ||| | |   ||| | | | ||  || | ||| ||||  |    | |||||   | | | |        || || |    |  | ||||  |    ||    |  || |||||  || | |    || || |||   | ||                            
GTGGCTGATGCTGTTTTGAAGGACTGCATATTAGTTCATCTGGATAACAATTTTGACAAATTCAATCTTCTCATgttaggcacttgctcttgt---tttttatgtgatgattttgtaactagtaaccttaaattgtttcttatggacaagaaatatttttgctggaggatttatgtattgttttctcacattttgggttttggtttgctcctactttcttccctctttag-------------------------