1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
TCAGAAACTGTCACACTTGTCACTGCTACACCTTTTGATTATGGGAGTGGCCATGTTACTCCTAGAGCGGCTCTGGATCCTGGACTTATCTTTGATGCAGgtttgtcttattccttcttattttatggtatttgtcctttctctttctgttttcaaaagctaagacataggaaatgaaaatgtaaacatggacaaaaaga...
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv11s0103g00550.t01 |
intron # | 10 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: CCATGTTACTCCTAGAGCGGCTCTGGATCCTGGACTTATCTTTGATGCAG CTTATGAGGACTACATAGGGTTCTTGTGCACAACACCAGGAATTGATGCTCEST: gi|30254462|gb|CB971207.1|CB971207
genomic: CCATGTTACTCCTAGAGCGGCTCTGGATCCTGGACTTATCTTTGATGCAGgtttgtctta ... ttttttgtagCTTATGAGGACTACATAGGGTTCTTGTGCACAACACCAGGAATTGATGCTC
EST: CCATGTTACTCCTAGAGCGGCTCTGGATCCTGGACTTATCTTTGATGCAG CTTATGAGGACTACATAGGGTTCTTGTGCACAACACCAGGAATTGATGCTCEST: gi|110417520|gb|EC983584.1|EC983584
genomic: CCATGTTACTCCTAGAGCGGCTCTGGATCCTGGACTTATCTTTGATGCAGgtttgtctta ... ttttttgtagCTTATGAGGACTACATAGGGTTCTTGTGCACAACACCAGGAATTGATGCTC
EST: CCATGTTACTCCTAGAGCGGCTCTGGATCCTGGACTTATCTTTGATGCAG CTTATGAGGACTACATAGGGTTCTTGTGCACAACACCAGGAATTGATGCTCEST: gi|110421837|gb|EC988140.1|EC988140
genomic: CCATGTTACTCCTAGAGCGGCTCTGGATCCTGGACTTATCTTTGATGCAGgtttgtctta ... ttttttgtagCTTATGAGGACTACATAGGGTTCTTGTGCACAACACCAGGAATTGATGCTC
EST: CTTTGATGCAG CTTATGAGGACTACATAGGGTTCTTGTGCACAACACCAGGAATTGATGCTC
genomic: CTTTGATGCAGgtttgtctta ... ttttttgtagCTTATGAGGACTACATAGGGTTCTTGTGCACAACACCAGGAATTGATGCTC
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TCAGAAACTGTCACACTTGTCACTGCTACACCTTTTGATTATGGGAGTGGCCATGTTACTCCTAGAGCGGCTCTGGATCCTGGACTTATCTTTGATGCAGgtttgtcttattccttcttattttatggtatttgtcctttctctttctgttttcaaaagctaagacataggaaatgaaaatgtaaacatggacaaaaaga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaaagcta
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -atgaaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gtaaaca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -acaaaaa