Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   		32  
 5'  3'   		33  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTCATTAGAGGTGGCAGACCCGTGGAGATATCAATATTTGATATTGTTGTTGGTGATGTTGTACCTTTAAGCATAGGTGACCAGgtaagtgtacttcgattgctgaatattgtcttgaatacctctatttattttaaaattaactcgagtcaccgcgttttggtgttttatccag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv09s0018g02130.t01
intron # 10
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv09s0018g02130.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 10
lower sequence: LOC_Os02g08018.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 6
GTCATTAGAGGTGGCAGACCCGTGGAGATATCAATATTTGATATTGTTGTTGGTGATGTTGTACCTTTAAGCATAGGTGACCAGgtaagtgtacttcgattgctgaatattgtcttgaatacctctatttattttaaaattaactcgagtcaccgcg--ttttggtgttttatccag
|| ||||||||||| |||    | ||  | ||||||||||||||||| ||||||||||| ||  || |||  || ||||||||||||||  ||  |  ||   || ||  ||  |||| |     | | |  | |     |  ||    | |    |    |   |      |  ||
GTTATTAGAGGTGGTAGAAGGATTGAAGTGTCAATATTTGATATTGTAGTTGGTGATGTAGTGGCTCTAAAAATTGGTGACCAGgtaagattatgtaaatccatgcattctgatttgatttatgttctatgctgtttgtatttctgagattataatgaaactaaatacaccttttag

upper sequence: Vv09s0018g02130.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 10
lower sequence: GLYMA08G23760.1 (Glycine max), 5'ss of exon 11
GTCATTAGAGGTGGCAGACCCGTGGAGATATCAATATTTGATATTGTTGTTGGTGATGTTGTACCTTTAAGCATAGGTGACCAGgtaagtgtacttcgattgctgaatattgtcttgaatacctctatttattttaaaattaactcgagtcaccg--cgttttggtgttttatccag
|| ||||||||||| ||| |  |  | || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||  | |  ||||| || ||||| |||             || ||    | |||| |   ||| |  |||    | ||  ||    ||||||     | |   |   ||   ||
GTTATTAGAGGTGGGAGAACAATTAAAATTTCAATATTTGATATTGTTGTTGGTGATGTTATACCCCTTAAAATAGGAGATCAGgtgagt------------ttgtatggcattttgagtttgtctgtaaattgagcagttttctttgttcaccgattactctatgggcatacttag

upper sequence: Vv09s0018g02130.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 10
lower sequence: GLYMA07G00630.1 (Glycine max), 5'ss of exon 11
GTCATTAGAGGTGGCAGACCCGTGGAGATATCAATATTTGATATTGTTGTTGGTGATGTTGTACCTTTAAGCATAGGTGACCAGgtaagtgtacttcgattgctgaatattgtcttgaatacctctatttattttaaaattaactcgagtcaccgcgttttggtgttttatccag
|| ||||||||||| ||| |  |  | || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||  | |  ||||| || ||||| ||| |   | |  |  ||| | |||||| |||       | |  ||||    || || ||| |        | |   |   ||  |||
GTTATTAGAGGTGGGAGAACAATTAAAATTTCAATATTTGATATTGTTGTTGGTGATGTTATACCCCTTAAAATAGGAGATCAGgtgagtttgtatggtattttgagt-ttgtctggaaattgagcagtattttttg--ttcac-cgatt------actctatgggcatactcag

upper sequence: Vv09s0018g02130.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 10
lower sequence: GLYMA13G44990.1 (Glycine max), 5'ss of exon 10
GTCATTAGAGGTGGCAGACCCGTGGAGATATCAATATTTGATATTGTTGTTGGTGATGTTGTACCTTTAAGCATAGGTGACCAGgtaagtgtacttcg-attgctgaatattgtcttgaatacc-----tctatttattttaaaattaac-tcgagtc-accgcgttttggtgttttatccag-
|||||||||||||||||| |  |  | ||||| |||||||||||||||||||||||| | || ||  | |  ||||| || ||||| ||| | |   | ||| |    | |||   |  | |       ||| ||| |||| || ||    | || |  |    |  ||| ||  | ||  || 
GTCATTAGAGGTGGCAGAACAATACAAATATCGATATTTGATATTGTTGTTGGTGATTTAGTGCCCCTTAAAATAGGAGATCAGgtgagtttgcaaagtatttcattttgttgctctccaaattgaaggtctgtttgtttttaagttggggtagaattgattttgaattgctgaataattgaga

upper sequence: Vv09s0018g02130.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 10
lower sequence: GLYMA15G00340.1 (Glycine max), 5'ss of exon 9
GTCATTAGAGGTGGCAGACCCGTGGAGATATCAATATTTGATATTGTTGTTGGTGATGTTGTACCTTTAAGCATAGGTGACCAGgtaagt-------gtacttcgatt-gctgaatattgtcttgaatacctctatttattttaaaattaactcgagtcaccgcgttttggtgttttatccag---
|||||||||||||||||| |  |  | ||||| |||||||||||||||||||||||| | || ||  | |  ||||| || ||||| |||       ||| |||  || | ||         |||||   || | |||   ||    |  | | || |    |  |  | |  | | ||  ||   
GTCATTAGAGGTGGCAGAACAATACAAATATCCATATTTGATATTGTTGTTGGTGATTTAGTGCCCCTTAAAATAGGAGATCAGgtgagtttgcaaagtatttcattttgttgctctccaaattgaaggtctgttttttagttggggtagaattgattt--tgaatagttgaatataattgagatg