Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTTTTCCTGGAGCTGATGAAGGTTCCACGAGTTGAATCCAAGTTGCGAGTATTTTCATTTAAAATAACCTTTTCAAGTCAGgtatatttgtttgtaaatgcacgtttgtatatttgtttgtaaatgtgcgtttttttgttttattttacatgataatttgttgtgggtgacagtttgtgcttatagccttgaactttttcag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv02s0033g01360.t01
intron # 10
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv02s0033g01360.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 10
lower sequence: GLYMA09G34830.1 (Glycine max), 5'ss of exon 10
TTTTTCCTGGAGCTGATGAAGGTTCCACGAGTTGAATCCAAGTTGCGAGTATTTTCATTTAAAATAACCTTTTCAAGTCAGgtatatttgtttgtaaatgcacgtttgtatatttgtttgtaaatgtgcgtttttttgttttattttacatgataatttgttgtgggtgacagtttgtgcttatagccttgaactttttcag
|||||  |||||||||||||||||||||| || |||||||| ||  | || ||| | |||||||| ||||||||   |||||||| |    | |   ||| || | ||  ||| | | | |   | |||  | |  | ||| ||    ||| |  ||||||| |   ||    ||                           
TTTTTTATGGAGCTGATGAAGGTTCCACGTGTGGAATCCAAATTAAGGGTTTTTGCTTTTAAAATCACCTTTTCTTCTCAGgtatgtagtctaggttatgaacttatgattatctctgtatggttttgc--tataatatttcat---gcataaagatttgtttttcatgcttcttcag------------------------