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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGGCATCCTTTCAGCAATTGATTTGTTCTCTGACCATGTGCTTGTGGGGgtgagttttaaatcattgcatgcatgctgtattcaactctctctctctctctctctctctctctctctctctgcgctgcttactatgcaatgatttaaag...

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv02s0012g02790.t01
intron # 10
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110705231|gb|EE081878.1|EE081878
EST:     GGGCATCCTTTCAGCAATTGATTTGTTCTCTGACCATGTGCTTGTGGGG                         ATTTTCTACTTAATTGGGTTTGCCTTGTTTTGCTTAAAGATGCTTCTAAGC
genomic: GGGCATCCTTTCAGCAATTGATTTGTTCTCTGACCATGTGCTTGTGGGGgtgagtttta ... ttttctgcagATTTTCTACTTAATTGGGTTTGCCTTGTTTTGCTTAGAGATGCTTCTAAGC
EST: gi|110364860|gb|EC928418.1|EC928418
EST:     GGGCATCCTTTCAGCAATTGATTTGTTCTCTGACCATGTGCTTGTGGGG                         ATTTTCTACTTAATTGGGTTTGCCTTGTTTTGCTTAGAGATGCTTCTAAGC
genomic: GGGCATCCTTTCAGCAATTGATTTGTTCTCTGACCATGTGCTTGTGGGGgtgagtttta ... ttttctgcagATTTTCTACTTAATTGGGTTTGCCTTGTTTTGCTTAGAGATGCTTCTAAGC
EST: gi|110704711|gb|EE081697.1|EE081697
EST:     GGGCATCCTTTCAGCAATTGATTTGTTCTCTGACCATGTGCTTGTGGGG                         ATTTTCTACTTAATTGGGTTTGCCTTGTTTTGCTTANAGATGCTTCTAAGC
genomic: GGGCATCCTTTCAGCAATTGATTTGTTCTCTGACCATGTGCTTGTGGGGgtgagtttta ... ttttctgcagATTTTCTACTTAATTGGGTTTGCCTTGTTTTGCTTAGAGATGCTTCTAAGC
EST: gi|32461120|gb|CD802294.1|CD802294
EST:     GGGCATCCTTTCAGCAATTGATTTGTTCTCTGACCATGTGCTTGTGGGG                         ATTTTCTACTTAATTGGGTTTGCCTTATTTTGCTTAGAGATGCTTCTAAGC
genomic: GGGCATCCTTTCAGCAATTGATTTGTTCTCTGACCATGTGCTTGTGGGGgtgagtttta ... ttttctgcagATTTTCTACTTAATTGGGTTTGCCTTGTTTTGCTTAGAGATGCTTCTAAGC
EST: gi|110392190|gb|EC957433.1|EC957433
EST:     GGGCATCCTTTCAGCAATTGATTTGTTCTCTGACCATGTGCTTGTGGGG                         ATTTTCTACTTAATTGGGTTTGCCTTGTTTTGCTTAGAGATGCTTCTAAGC
genomic: GGGCATCCTTTCAGCAATTGATTTGTTCTCTGACCATGTGCTTGTGGGGgtgagtttta ... ttttctgcagATTTTCTACTTAATTGGGTTTGCCTTGTTTTGCTTAGAGATGCTTCTAAGC
EST: gi|22010972|gb|BQ796006.1|BQ796006
EST:     GGGCATCCTTTCAGCAATTGATTTGTTCTCTGACCATGTGCTTGTGGGG                         ATTTTCTACTTAATTGGGTTTGCCTTGTTTTGCTTAGAGATGCTTCTAAGC
genomic: GGGCATCCTTTCAGCAATTGATTTGTTCTCTGACCATGTGCTTGTGGGGgtgagtttta ... ttttctgcagATTTTCTACTTAATTGGGTTTGCCTTGTTTTGCTTAGAGATGCTTCTAAGC
EST: gi|110428271|gb|EC994738.1|EC994738
EST:     GGGCATCCTTTCAGCAATTGATTTGTTCTCTGACCATGTGCTTGTGGGG                         ATTTTCTACTTAATTGGGTTTGCCTTGTTTTGCTTAGAGATGCTTCTAAGC
genomic: GGGCATCCTTTCAGCAATTGATTTGTTCTCTGACCATGTGCTTGTGGGGgtgagtttta ... ttttctgcagATTTTCTACTTAATTGGGTTTGCCTTGTTTTGCTTAGAGATGCTTCTAAGC
EST: gi|22010685|gb|BQ795719.1|BQ795719
EST:     GGGCATCCTTTCAGCAATTGATTTGTTCTCTGACCATGTGCTTGTGGGG                         ATTTTCTACTTAATTGGGTTTGCCTTGTTTTGCTTAGAGATGCTTCTAAGC
genomic: GGGCATCCTTTCAGCAATTGATTTGTTCTCTGACCATGTGCTTGTGGGGgtgagtttta ... ttttctgcagATTTTCTACTTAATTGGGTTTGCCTTGTTTTGCTTAGAGATGCTTCTAAGC
EST: gi|351033642|gb|FQ462172.1|FQ462172
EST:     GGGCATCCTTTCAGCAATTGATTTGTTCTCTGACCATGTGCTTGTGGGG                         ATTTTCTACTTAATTGGGTTTGCCTTGTTTTGCTTAGAGATGCTTCTAAGC
genomic: GGGCATCCTTTCAGCAATTGATTTGTTCTCTGACCATGTGCTTGTGGGGgtgagtttta ... ttttctgcagATTTTCTACTTAATTGGGTTTGCCTTGTTTTGCTTAGAGATGCTTCTAAGC
EST: gi|351032807|gb|FQ461696.1|FQ461696
EST:     GGGCATCCTTTCAGCAATTGATTTGTTCTCTGACCATGTGCTTGTGGGG                         G
genomic: GGGCATCCTTTCAGCAATTGATTTGTTCTCTGACCATGTGCTTGTGGGGgtgagtttta ... ttttctgcag-
EST: gi|351032807|gb|FQ461696.1|FQ461696
EST:     GGGCATCCTTTCAGCAATTGATTTGTTCTCTGACCATGTGCTTGTGGGG                         G
genomic: GGGCATCCTTTCAGCAATTGATTTGTTCTCTGACCATGTGCTTGTGGGGgtgagtttta ... ttttctgcag-
EST: gi|352798335|gb|FQ480360.1|FQ480360
EST:     GGGCATCCTTTCAGCAATTGATTTGTTCTCTGACCATGTGCTTGTGGAG                         ATTTTCTACTTAATTGGGTTTGCCTTGTTTTGCTTAGAGA
genomic: GGGCATCCTTTCAGCAATTGATTTGTTCTCTGACCATGTGCTTGTGGGGgtgagtttta ... ttttctgcagATTTTCTACTTAATTGGGTTTGCCTTGTTTTGCTTAGAGA
EST: gi|351033496|gb|FQ462147.1|FQ462147
EST:     GGGCATCCTTTCAGCAATTGATTTGTTCTCTGACCATGTGCTTGTGGGG                         ATTTTCTACTTAATTGGGTTTGCCTTGTTTTG
genomic: GGGCATCCTTTCAGCAATTGATTTGTTCTCTGACCATGTGCTTGTGGGGgtgagtttta ... ttttctgcagATTTTCTACTTAATTGGGTTTGCCTTGTTTTG
EST: gi|26257869|gb|CA808932.1|CA808932
EST:     GGGCATCCTTTCAGCAATTGATT-GTTCTCTGACCATGTGCTTGTGGGG                         ATTTTCTACTTAATTGGGTTTGCCTTGTTTTGCTTAGAGATGCTTCTAAGC
genomic: GGGCATCCTTTCAGCAATTGATTTGTTCTCTGACCATGTGCTTGTGGGGgtgagtttta ... ttttctgcagATTTTCTACTTAATTGGGTTTGCCTTGTTTTGCTTAGAGATGCTTCTAAGC
EST: gi|110724316|gb|EE100035.1|EE100035
EST:     GGGCATCCTTTCAGCAATTGATTTGTTCTCTGACCATGTGCTTGTGGGG                         ATTTTCTACTTAATTGGGTTTGCCTTGTTTTGCNTANAGATGCTTCTAAGC
genomic: GGGCATCCTTTCAGCAATTGATTTGTTCTCTGACCATGTGCTTGTGGGGgtgagtttta ... ttttctgcagATTTTCTACTTAATTGGGTTTGCCTTGTTTTGCTTAGAGATGCTTCTAAGC
EST: gi|351044729|gb|FQ443260.1|FQ443260
EST:     GGGCATCCTTTCAGCAATTGATTTGTTCTCTGACCATGTGCTTGTGGGG                         ATTTTCTACTT
genomic: GGGCATCCTTTCAGCAATTGATTTGTTCTCTGACCATGTGCTTGTGGGGgtgagtttta ... ttttctgcagATTTTCTACTT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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GGGCATCCTTTCAGCAATTGATTTGTTCTCTGACCATGTGCTTGTGGGGgtgagttttaaatcattgcatgcatgctgtattcaactctctctctctctctctctctctctctctctctctgcgctgcttactatgcaatgatttaaag

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