Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTTGAGAGTGCTTTTGGGAAATTTATTTTCCGTGAACTTAGTGCGGTTGCTGGTGCTATCACAATCACTTGCCTCATGgtttgccctttttcttataagcaataattttatgttagaattaattatctgcatttaatttcctttgaaattcatagcgtattatgatatttatgtttcc...

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv00s0449g00010.t01
intron # 10
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv00s0449g00010.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 10
lower sequence: GLYMA10G41940.1 (Glycine max), 5'ss of exon 16
GTTGAGAGTGCTTTTGGGAAATTTATTTTCCGTGAACTTAGTGCGGTTGCTGGTGCTATCACAATCACTTGCCTCATGgtttgccctttttcttataagcaataattttatgttagaattaattatctgcatttaatttcctttgaaattcatagcgtattatgata-tttatgtttcc-----
| | ||||| |||||||  |||  || || |||||||| ||||| |||||||||||  | ||||| ||||| ||||||||||| ||||        | ||  | |    |  |  ||||     || |  |  | ||    |   | | | ||    ||    |  | |||||| | |      
GCTCAGAGTTCTTTTGGAGAATGCATATTTCGTGAACTCAGTGCTGTTGCTGGTGCAGTGACAATTACTTGTCTCATGgtttgtcctt------gaatgctctcacagaacatacgaatatcacatttttacctgataaagtaaaagaatgatgttttaaggggtcagtttatgatgcaacaag