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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CAAAACCCATTACTTTGTGAACAAGGGTTTCTTTCCTTCAAATTCATTCCTGTTGGATAATATTGAAAAGATCAGGTGTATTAATTTAATAATTGTACAGgtatgtttttttttaacacttatcacttgtgtcctggctttttttagttattttttgcagcaaggaatccatatagaaagaatatttcatgcataatgta...

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv19s0014g04860.t01
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|30304287|gb|CB981081.1|CB981081
EST:     TGTTGGATAATATTGAAAAGATCAGGTGTATTAATTTAATAATTGTACAG                         GCTTAAAAGGAGTTGATGGCTTCAAAGTTGCAGCAGTTGCAACCCAAGGCT
genomic: TGTTGGATAATATTGAAAAGATCAGGTGTATTAATTTAATAATTGTACAGgtatgttttt ... tattggccagGCTTAAAAGGAGTTGATGGCTTCAAAGTTGCAGCAGTTGCAATCCAAGGCT
EST: gi|110429353|gb|EC995844.1|EC995844
EST:     TGTTGGATAATATTGAAAAGATCAGGTGTATTAATTTAATAATTGTACAG                         GCTTAAAAGGAGTTGATGGCTTCAAAGTTGCAGCAGTTGCAATCCAAGGCT
genomic: TGTTGGATAATATTGAAAAGATCAGGTGTATTAATTTAATAATTGTACAGgtatgttttt ... tattggccagGCTTAAAAGGAGTTGATGGCTTCAAAGTTGCAGCAGTTGCAATCCAAGGCT
EST: gi|110709551|gb|EE085109.1|EE085109
EST:     TGTTGGATAATATTGAAAAGATCAGGTGTATTAATTTAATAATTGTACAG                         GCTTAAAAGGAGTTGATGGCTTCAAAGTTGCAGCAGTTGCAATCCAAGGCT
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EST: gi|161710877|gb|FC058575.1|FC058575
EST:     TGTTGGATAATATTGAAAAGATCAGGTGTATTAATTTAATAATTGTACAG                         GCTTAAAAGGAGTTGATGGCTTCAAAGTTGCAGCAGTTGCAATCCAAGGCT
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EST: gi|110722766|gb|EE099308.1|EE099308
EST:     TGTTGGATAATATTGAAAAGATCAGGTGTATTAATTTAATAATTGTACAG                         GCTTAAAAGGAGTTGATGGCTTCAAAGTTGCAGCAGTTGCAATCCAAGGCT
genomic: TGTTGGATAATATTGAAAAGATCAGGTGTATTAATTTAATAATTGTACAGgtatgttttt ... tattggccagGCTTAAAAGGAGTTGATGGCTTCAAAGTTGCAGCAGTTGCAATCCAAGGCT
EST: gi|71867287|gb|DT016342.1|DT016342
EST:     TGTTGGATAATATTGAAAAGATCAGGTGTATTAATTTAATAATTGTACAG                         GCTTAAAAGGAGTTGATGGCTTCAAAGTTGCAGCAGTTGCAATCCAAGGCT
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EST: gi|71874607|gb|DT023662.1|DT023662
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EST: gi|110361937|gb|EC925443.1|EC925443
EST:     TGTTGGATAATATTGAAAAGATCAGGTGTATTAATTTAATAATTGTACAG                         GCTTAAAAGGAGTTGATGGCTTCAAAGTTGCAGCAGTTGCAATCCAAGGCT
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EST: gi|110717104|gb|EE092668.1|EE092668
EST:     TGTTGGATAATATTGAAAAGATCAGGTGTATTAATTTAATAATTGTACAG                         GCTTAAAAGGAGTTGATGGCTTCAAAGTTGCAGCAGTTGCAATCCAAGGCT
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EST: gi|34415924|gb|CF414678.1|CF414678
EST:     TGTTGGATAATATTGAAAAGATCAGGTGTATTAATTTAATAATTGTACAG                         GCTTAAAAGGAGTTGATGGCTTCAAAGTTGCAGCAGTTGCAATCCAAGGCT
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EST: gi|110707803|gb|EE084620.1|EE084620
EST:     TGTTGGATAATATTGAAAAGATCAGGTGTATTAATTTAATAATTGTACAG                         GCTTAAAAGGAGTTGATGGCTTCAAAGTTGCAGCAGTTGCAATCCAAGGCT
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EST: gi|110376288|gb|EC941340.1|EC941340
EST:     GAAAAGATCAGGTGTATTAATTTAATAATTGTACAG                         GCTTAAAAGGAGTTGATGGCTTCAAAGTTGCAGCAGTTGCAATCCAAGGCT
genomic: GAAAAGATCAGGTGTATTAATTTAATAATTGTACAGgtatgttttt ... tattggccagGCTTAAAAGGAGTTGATGGCTTCAAAGTTGCAGCAGTTGCAATCCAAGGCT
EST: gi|71867013|gb|DT016068.1|DT016068
EST:     TGTTGGATAATATTGAAAAGATCAGGTGTATTAATTTAATAATTGTACAG                         GCTTAAAAGGAGTTGATGGCTTCAAAGTTGCAGCAGTTGCAATCCAAGGCT
genomic: TGTTGGATAATATTGAAAAGATCAGGTGTATTAATTTAATAATTGTACAGgtatgttttt ... tattggccagGCTTAAAAGGAGTTGATGGCTTCAAAGTTGCAGCAGTTGCAATCCAAGGCT
EST: gi|30304081|gb|CB980875.1|CB980875
EST:     TGTTGGATAATATTGAAAAGATCAGGTGTATTAATTTAATAATTGTACAG                         GCTTAAAAGGAGTTGATGGCTTCAAAGTTGCAGCAGTTGCAATCCAAGGCT
genomic: TGTTGGATAATATTGAAAAGATCAGGTGTATTAATTTAATAATTGTACAGgtatgttttt ... tattggccagGCTTAAAAGGAGTTGATGGCTTCAAAGTTGCAGCAGTTGCAATCCAAGGCT
EST: gi|110699573|gb|EE076691.1|EE076691
EST:     TGTTGGATAATATTAAAAAGATCAGGTGTATTAATTTAATAATTGTACAG                         GCTTAAAAGGAGTTGATGGCTTCAAAGTTGCAGCAGTTGCAATCCAAGGCT
genomic: TGTTGGATAATATTGAAAAGATCAGGTGTATTAATTTAATAATTGTACAGgtatgttttt ... tattggccagGCTTAAAAGGAGTTGATGGCTTCAAAGTTGCAGCAGTTGCAATCCAAGGCT
EST: gi|110391148|gb|EC956105.1|EC956105
EST:     TGTTGGATAATATTGAAAAGATCAGGTGTATTAATTTAATAATTGTACAG                         GCTTAAAAGGAGTTGATGGCTTCAAAGTTGCAGCAGTTGCAATCCAAGGCT
genomic: TGTTGGATAATATTGAAAAGATCAGGTGTATTAATTTAATAATTGTACAGgtatgttttt ... tattggccagGCTTAAAAGGAGTTGATGGCTTCAAAGTTGCAGCAGTTGCAATCCAAGGCT
EST: gi|110361076|gb|EC924529.1|EC924529
EST:     TGTTGGATAATATTGAAAAGATCAGGTGTATTAATTTAATAATTGTACAG                         GCTTAAAAGGAGTTGATGGCTTCAAAGTTGCAGCAGTTGCAATCCAAGGCT
genomic: TGTTGGATAATATTGAAAAGATCAGGTGTATTAATTTAATAATTGTACAGgtatgttttt ... tattggccagGCTTAAAAGGAGTTGATGGCTTCAAAGTTGCAGCAGTTGCAATCCAAGGCT
EST: gi|71868902|gb|DT017957.1|DT017957
EST:     TGTTGGATAATATTGAAAAGATCAGGTGTATTAATTTAATAATTGTACAG                         GCTTAAAAGGAGTTGATGGCTTCAAAGTTGCAGCAGTTGCAATCCAAGGCT
genomic: TGTTGGATAATATTGAAAAGATCAGGTGTATTAATTTAATAATTGTACAGgtatgttttt ... tattggccagGCTTAAAAGGAGTTGATGGCTTCAAAGTTGCAGCAGTTGCAATCCAAGGCT
EST: gi|110717754|gb|EE093885.1|EE093885
EST:     TGTTGGATAATATTGAAAAGATCAGGTGTATTAATTTAATAATTGTACAG                         GCTTAAAAGGAGTTGATGGCTTCAAAGTTGCAGCAGTTGCAATCCAAGGCT
genomic: TGTTGGATAATATTGAAAAGATCAGGTGTATTAATTTAATAATTGTACAGgtatgttttt ... tattggccagGCTTAAAAGGAGTTGATGGCTTCAAAGTTGCAGCAGTTGCAATCCAAGGCT
EST: gi|110399726|gb|EC966248.1|EC966248
EST:     TGTTGGATAATATTGAAAAGATCAGGTGTATTAATTTAATAATTGTACAG                         GCTTAAAAGGAGTTGATGGCTTCAAAGTTGCAGCAGTTGCAATCCAAGGCT
genomic: TGTTGGATAATATTGAAAAGATCAGGTGTATTAATTTAATAATTGTACAGgtatgttttt ... tattggccagGCTTAAAAGGAGTTGATGGCTTCAAAGTTGCAGCAGTTGCAATCCAAGGCT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
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CAAAACCCATTACTTTGTGAACAAGGGTTTCTTTCCTTCAAATTCATTCCTGTTGGATAATATTGAAAAGATCAGGTGTATTAATTTAATAATTGTACAGgtatgtttttttttaacacttatcacttgtgtcctggctttttttagttattttttgcagcaaggaatccatatagaaagaatatttcatgcataatgta

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGATCA
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- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gaaagaa