Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTTCCCGAGAAAACTAGAGAGAGAAAGTAGGGATCAGTAATGGCTCGCGAGAACTTCGTCTACATAGCTAAGCTCGCTGAGCAAGCCGAGAGATACGATGgtcagtgtttcgtccttcgctttccagatctgctgttttaatttcgctagggctagggtttcagattctaactggatttcactctttttgcgaaaattttgtgcag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv19s0014g01420.t01
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|71868950|gb|DT018005.1|DT018005
EST:     GAACTTCGTCTACATAGCTAAGCTCGCTGAGCAAGCCGAGAGATACGATG                         AAATGGTGGATGCGATGAAGAAAGTGGCGAAGCTGGATGTGGATTTGACTG
genomic: GAACTTCGTCTACATAGCTAAGCTCGCTGAGCAAGCCGAGAGATACGATGgtcagtgttt ... ttttgtgcagAAATGGTGGATGCGATGAAGAAAGTGGCGAAGCTGGATGTGGATTTGACTG
EST: gi|71867720|gb|DT016775.1|DT016775
EST:     GAACTTCGTCTACATAGCTAAGCTCGCTGAGCAAGCCGAGAGATACGATG                         AAATGGTGGATGCGATGAAGAAAGTGGCGAAGCTGGATGTGGATTTGACTG
genomic: GAACTTCGTCTACATAGCTAAGCTCGCTGAGCAAGCCGAGAGATACGATGgtcagtgttt ... ttttgtgcagAAATGGTGGATGCGATGAAGAAAGTGGCGAAGCTGGATGTGGATTTGACTG
EST: gi|71877337|gb|DT026392.1|DT026392
EST:     GAACTTCGTCTACATAGCTAAGCTCGCTGAGCAAGCCGAGAGATACGACG                         AAATGGTGGATGCGATGAAGAAAGTGGCGAAGCTGGATGTGGATTTGACTG
genomic: GAACTTCGTCTACATAGCTAAGCTCGCTGAGCAAGCCGAGAGATACGATGgtcagtgttt ... ttttgtgcagAAATGGTGGATGCGATGAAGAAAGTGGCGAAGCTGGATGTGGATTTGACTG
EST: gi|71857701|gb|DT006756.1|DT006756
EST:     GAACTTCGTCTACATAGCTAAGCTCGCTGAGCAAGCCGAGAGATACGATG                         AAATGGTGGATGCGATGAAGAAAGTGGCGAAGCTGGATGTGGATTTGACTG
genomic: GAACTTCGTCTACATAGCTAAGCTCGCTGAGCAAGCCGAGAGATACGATGgtcagtgttt ... ttttgtgcagAAATGGTGGATGCGATGAAGAAAGTGGCGAAGCTGGATGTGGATTTGACTG
EST: gi|71881137|gb|DT030192.1|DT030192
EST:     GAACTTCGTCTACATAGCTAAGCTCGCTGAGCAAGCCGAGAGATACGACG                         AAATGGTGGATGCGATGAAGAAAGTGGCGAAGCTGGATGTGGATTTGACTG
genomic: GAACTTCGTCTACATAGCTAAGCTCGCTGAGCAAGCCGAGAGATACGATGgtcagtgttt ... ttttgtgcagAAATGGTGGATGCGATGAAGAAAGTGGCGAAGCTGGATGTGGATTTGACTG
EST: gi|77580649|gb|DV219228.1|DV219228
EST:     GAACTTCGTCTACATAGCTAAGCTCGCTGAGCAAGCCGAGAGATACGACG                         AAATGGTGGATGCGATGAAGAAAGTGGCGAAGCTGGATGTGGATTTGACTG
genomic: GAACTTCGTCTACATAGCTAAGCTCGCTGAGCAAGCCGAGAGATACGATGgtcagtgttt ... ttttgtgcagAAATGGTGGATGCGATGAAGAAAGTGGCGAAGCTGGATGTGGATTTGACTG
EST: gi|33401507|gb|CF207134.1|CF207134
EST:     GAACTTCGTCTACATAGCTAAGCTCGCTGAGCAAGCCGAGAGATACGACG                         AAATGGTGGATGCGATGAAGAAAGTGGCGAAGCTGGATGTGGATTTGACTG
genomic: GAACTTCGTCTACATAGCTAAGCTCGCTGAGCAAGCCGAGAGATACGATGgtcagtgttt ... ttttgtgcagAAATGGTGGATGCGATGAAGAAAGTGGCGAAGCTGGATGTGGATTTGACTG
EST: gi|71859540|gb|DT008595.1|DT008595
EST:     GAACTTCGTCTACATAGCTAAGCTCGCTGAGCAAGCCGGGAGATACGACG                         AAATGGTGGATGCGATGAAGAAAGTGGCGAAGCTGGATGTGGATTTGACTG
genomic: GAACTTCGTCTACATAGCTAAGCTCGCTGAGCAAGCCGAGAGATACGATGgtcagtgttt ... ttttgtgcagAAATGGTGGATGCGATGAAGAAAGTGGCGAAGCTGGATGTGGATTTGACTG
EST: gi|161716244|gb|FC066507.1|FC066507
EST:     GAACTTCGTCTACATAGCTAAGCTCGCTGAGCAAGCCGAGAGATACGACG                         AAATGGTGGATGCGATGAAGAAAGTGGCGAAGCTGGATGTGGATTTGACTG
genomic: GAACTTCGTCTACATAGCTAAGCTCGCTGAGCAAGCCGAGAGATACGATGgtcagtgttt ... ttttgtgcagAAATGGTGGATGCGATGAAGAAAGTGGCGAAGCTGGATGTGGATTTGACTG
EST: gi|110364728|gb|EC928194.1|EC928194
EST:     GAACTTCGTCTACATAGCTAAGCTCGCTGAGCAAGCCGAGAGATACGATG                         AAATGGTGGATGCGATGAAGAAAGTGGCGAAGCTGGATGTGGATTTGACTG
genomic: GAACTTCGTCTACATAGCTAAGCTCGCTGAGCAAGCCGAGAGATACGATGgtcagtgttt ... ttttgtgcagAAATGGTGGATGCGATGAAGAAAGTGGCGAAGCTGGATGTGGATTTGACTG
EST: gi|71858322|gb|DT007377.1|DT007377
EST:     GAACTTCGTCTACATAGCTAAGCTCGCTGAGCAAGCCGAGAGATACGACG                         AAATGGTGGATGCGATGAAGAAAGTGGCGAAGCTGGATGTGGATTTGACTG
genomic: GAACTTCGTCTACATAGCTAAGCTCGCTGAGCAAGCCGAGAGATACGATGgtcagtgttt ... ttttgtgcagAAATGGTGGATGCGATGAAGAAAGTGGCGAAGCTGGATGTGGATTTGACTG
EST: gi|71876369|gb|DT025424.1|DT025424
EST:     GAACTTCGTCTACATAGCTAAGCTCGCTGAGCAAGCCGAGAGATACGACG                         AAATGGTGGATGCGATGAAGAAAGTGGCGAAGCTGGATGTGGATTTGACTG
genomic: GAACTTCGTCTACATAGCTAAGCTCGCTGAGCAAGCCGAGAGATACGATGgtcagtgttt ... ttttgtgcagAAATGGTGGATGCGATGAAGAAAGTGGCGAAGCTGGATGTGGATTTGACTG
EST: gi|71881683|gb|DT030738.1|DT030738
EST:     GAACTTCGTCTACATAGCTAAGCTCGCTGAGCAAGCCGAGAGATACGACG                         AAATGGTGGATGCGATGAAGAAAGTGGCGAAGCTGGATGTGGATTTGACTG
genomic: GAACTTCGTCTACATAGCTAAGCTCGCTGAGCAAGCCGAGAGATACGATGgtcagtgttt ... ttttgtgcagAAATGGTGGATGCGATGAAGAAAGTGGCGAAGCTGGATGTGGATTTGACTG
EST: gi|30251891|gb|CB969624.1|CB969624
EST:     GAACTTCGTCTACATAGCTAAGCTCGCTGAGCAAGCCGAGAGATACGACG                         AAATGGTGGATGCGATGAAGAAAGTGGCGAAGCTGGATGTGGATTTGACTG
genomic: GAACTTCGTCTACATAGCTAAGCTCGCTGAGCAAGCCGAGAGATACGATGgtcagtgttt ... ttttgtgcagAAATGGTGGATGCGATGAAGAAAGTGGCGAAGCTGGATGTGGATTTGACTG
EST: gi|71858192|gb|DT007247.1|DT007247
EST:     GAACTTCGTCTACATAGCTAAGCTCGCTGAGCAAGCCGAGAGATACGACG                         AAATGGTGGATGCGATGAAGAAAGTGGCGAAGCTGGATGTGGATTTGACTG
genomic: GAACTTCGTCTACATAGCTAAGCTCGCTGAGCAAGCCGAGAGATACGATGgtcagtgttt ... ttttgtgcagAAATGGTGGATGCGATGAAGAAAGTGGCGAAGCTGGATGTGGATTTGACTG
EST: gi|71860008|gb|DT009063.1|DT009063
EST:     GAACTTCGTCTACATAGCTAAGCTCGCTGAGCAAGCCGAGAGATACGACG                         AAATGGTGGATGCGATGAAGAAAGTGGCGAAGCTGGATGTGGATTTGACTG
genomic: GAACTTCGTCTACATAGCTAAGCTCGCTGAGCAAGCCGAGAGATACGATGgtcagtgttt ... ttttgtgcagAAATGGTGGATGCGATGAAGAAAGTGGCGAAGCTGGATGTGGATTTGACTG
EST: gi|161713475|gb|FC064040.1|FC064040
EST:     GAACTTCGTCTACATAGCTAAGCTCGCTGAGCAAGCCGAGAGATACGATG                         AAATGGTGGATGCGATGAAGAAAGTGGCGAAGCTGGATGTGGATTTGACTG
genomic: GAACTTCGTCTACATAGCTAAGCTCGCTGAGCAAGCCGAGAGATACGATGgtcagtgttt ... ttttgtgcagAAATGGTGGATGCGATGAAGAAAGTGGCGAAGCTGGATGTGGATTTGACTG
EST: gi|161716569|gb|FC066230.1|FC066230
EST:     GAACTTCGTCTACATAGCTAAGCTCGCTGAGCAAGCCGAGAGATACGATG                         AAATGGTGGATGCGATGAAGAAAGTGGCGAAGCTGGATGTGGATTTGACTG
genomic: GAACTTCGTCTACATAGCTAAGCTCGCTGAGCAAGCCGAGAGATACGATGgtcagtgttt ... ttttgtgcagAAATGGTGGATGCGATGAAGAAAGTGGCGAAGCTGGATGTGGATTTGACTG
EST: gi|161719421|gb|FC067668.1|FC067668
EST:     GAACTTCGTCTACATAGCTAAGCTCGCTGAGCAAGCCGAGAGATACGACG                         AAATGGTGGATGCGATGAAGAAAGTGGCGAAGCTGGATGTGGATTTGACTG
genomic: GAACTTCGTCTACATAGCTAAGCTCGCTGAGCAAGCCGAGAGATACGATGgtcagtgttt ... ttttgtgcagAAATGGTGGATGCGATGAAGAAAGTGGCGAAGCTGGATGTGGATTTGACTG
EST: gi|71858199|gb|DT007254.1|DT007254
EST:     GAACTTCGTCTACATAGCTAAGCTCGCTGAGCAAGCCGAGAGATACGATG                         AAATGGTGGATGCGATGAAGAAAGTGGCGAAGCTGGATGTGGATTTGACTG
genomic: GAACTTCGTCTACATAGCTAAGCTCGCTGAGCAAGCCGAGAGATACGATGgtcagtgttt ... ttttgtgcagAAATGGTGGATGCGATGAAGAAAGTGGCGAAGCTGGATGTGGATTTGACTG
EST: gi|71859779|gb|DT008834.1|DT008834
EST:     GAACTTCGTCTACATAGCTAAGCTCGCTGAGCAAGCCGAGAGATACGATG                         AAATGGTGGATGCGATGAAGAAAGTGGCGAAGCTGGATGTGGATTTGACTG
genomic: GAACTTCGTCTACATAGCTAAGCTCGCTGAGCAAGCCGAGAGATACGATGgtcagtgttt ... ttttgtgcagAAATGGTGGATGCGATGAAGAAAGTGGCGAAGCTGGATGTGGATTTGACTG
EST: gi|30130890|gb|CB916229.1|CB916229
EST:     GAACTTCGTCTACATAGCTAAGCTCGCTGAGCAAGCCGAGAGATACGACG                         AAATGGTGGATGCGATGAAGAAAGTGGCGAAGCTGGATGTGGATTTGACTG
genomic: GAACTTCGTCTACATAGCTAAGCTCGCTGAGCAAGCCGAGAGATACGATGgtcagtgttt ... ttttgtgcagAAATGGTGGATGCGATGAAGAAAGTGGCGAAGCTGGATGTGGATTTGACTG
EST: gi|77580824|gb|DV219328.1|DV219328
EST:     GAACTTCGTCTACATAGCTAAGCTCGCTGAGCAAGCCGAGAGATACGATG                         AAATGGTGGATGCGATGAAGAAAGTGGCGAAGCTGGATGTGGATTTGACTG
genomic: GAACTTCGTCTACATAGCTAAGCTCGCTGAGCAAGCCGAGAGATACGATGgtcagtgttt ... ttttgtgcagAAATGGTGGATGCGATGAAGAAAGTGGCGAAGCTGGATGTGGATTTGACTG
EST: gi|71860120|gb|DT009175.1|DT009175
EST:     GAACTTCGTCTACATAGCTAAGCTCGCTGAGCAAGCCGAGAGATACGACG                         AAATGGTGGATGCGATGAAGAAAGTGGCGAAGCTGGATGTGGATTTGACTG
genomic: GAACTTCGTCTACATAGCTAAGCTCGCTGAGCAAGCCGAGAGATACGATGgtcagtgttt ... ttttgtgcagAAATGGTGGATGCGATGAAGAAAGTGGCGAAGCTGGATGTGGATTTGACTG
EST: gi|33403459|gb|CF209086.1|CF209086
EST:     GAACTTCGCCTACATAGCTAAGCTCGCTGAGCAAGCCGAGAGATACGACG                         AAATGGTGGATGCGATGAAGAAAGTGGCGAAGCTGGATGTGGATTTGACTG
genomic: GAACTTCGTCTACATAGCTAAGCTCGCTGAGCAAGCCGAGAGATACGATGgtcagtgttt ... ttttgtgcagAAATGGTGGATGCGATGAAGAAAGTGGCGAAGCTGGATGTGGATTTGACTG
EST: gi|110690696|gb|EE068079.1|EE068079
EST:     GAACTTCGTCTACATAGCTAAGCTCGCTGAGCAAGCCGAGAGATACGACG                         AAATGGTGGATGCGATGAAGAAAGTGGCGAAGCTGGATGTGGATTTGACTG
genomic: GAACTTCGTCTACATAGCTAAGCTCGCTGAGCAAGCCGAGAGATACGATGgtcagtgttt ... ttttgtgcagAAATGGTGGATGCGATGAAGAAAGTGGCGAAGCTGGATGTGGATTTGACTG
EST: gi|110684625|gb|EE062116.1|EE062116
EST:     GAACTTCGTCTACATAGCTAAGCTCGCTGAGCAAGCCGAGAGATACGACG                         AAATGGTGGATGCGATGAAGAAAGTGGCGAAGCTGGATGTGGATTTGACTG
genomic: GAACTTCGTCTACATAGCTAAGCTCGCTGAGCAAGCCGAGAGATACGATGgtcagtgttt ... ttttgtgcagAAATGGTGGATGCGATGAAGAAAGTGGCGAAGCTGGATGTGGATTTGACTG
EST: gi|30251888|gb|CB969621.1|CB969621
EST:     GAACTTCGTCTACATAGCTAAGCTCGCTGAGCAAGCCGAGAGATACGACG                         AAATGGTGGATGCGATGAAGAAAGTGGCGAAGCTGGATGTGGATTTGACTG
genomic: GAACTTCGTCTACATAGCTAAGCTCGCTGAGCAAGCCGAGAGATACGATGgtcagtgttt ... ttttgtgcagAAATGGTGGATGCGATGAAGAAAGTGGCGAAGCTGGATGTGGATTTGACTG
EST: gi|110688139|gb|EE066347.1|EE066347
EST:     GAACTTCGTCTACATAGCTAAGCTCGCTGAGCAAGCCGAGAGATACGACG                         AAATGGTGGATGCGATGAAGAAAGTGGCGAAGCTGGATGTGGATTTGACTG
genomic: GAACTTCGTCTACATAGCTAAGCTCGCTGAGCAAGCCGAGAGATACGATGgtcagtgttt ... ttttgtgcagAAATGGTGGATGCGATGAAGAAAGTGGCGAAGCTGGATGTGGATTTGACTG
EST: gi|110700468|gb|EE078544.1|EE078544
EST:     GAACTTCGTCTACATAGCTAAGCTCGCTGAGCAAGCCGAGAGATACGACG                         AAATGGTGGATGCGATGAAGAAAGTGGCGAAGCTGGATGTGGATTTGACTG
genomic: GAACTTCGTCTACATAGCTAAGCTCGCTGAGCAAGCCGAGAGATACGATGgtcagtgttt ... ttttgtgcagAAATGGTGGATGCGATGAAGAAAGTGGCGAAGCTGGATGTGGATTTGACTG
EST: gi|71868345|gb|DT017400.1|DT017400
EST:     GAACTTCGTCTACATAGCTAAGCTCGCTGAGCAAGCCGAGAGATACGACG                         AAATGGTGGATGCGATGAAGAAAGTGGCGAAGCTGGATGTGGATTTGACTG
genomic: GAACTTCGTCTACATAGCTAAGCTCGCTGAGCAAGCCGAGAGATACGATGgtcagtgttt ... ttttgtgcagAAATGGTGGATGCGATGAAGAAAGTGGCGAAGCTGGATGTGGATTTGACTG
EST: gi|110720850|gb|EE097135.1|EE097135
EST:     GAACTTCGTCTACATAGCTAAGCTCGCTGAGCAAGCCGAGAGATACGATG                         AAATGGTGGATGCGATGAAGAAAGTGGCGAAGCTGGATGTGGATTTGACTG
genomic: GAACTTCGTCTACATAGCTAAGCTCGCTGAGCAAGCCGAGAGATACGATGgtcagtgttt ... ttttgtgcagAAATGGTGGATGCGATGAAGAAAGTGGCGAAGCTGGATGTGGATTTGACTG
EST: gi|161711067|gb|FC058631.1|FC058631
EST:     GCTGAGCAAGCCGAGAGATACGATG                         AAATGGTGGATGCGATGAAGAAAGTGGCGAAGCTGGATGTGGATTTGACTG
genomic: GCTGAGCAAGCCGAGAGATACGATGgtcagtgttt ... ttttgtgcagAAATGGTGGATGCGATGAAGAAAGTGGCGAAGCTGGATGTGGATTTGACTG
EST: gi|71858664|gb|DT007719.1|DT007719
EST:     GAACTTCGTCTACATAGCTAAGCTCGCTGAGCAAGCCGAGAGATACGATG                         AAATGGTGGATGCGATGAAGAAAGTGGCGAAGCTGGATGTAGATTTGACTG
genomic: GAACTTCGTCTACATAGCTAAGCTCGCTGAGCAAGCCGAGAGATACGATGgtcagtgttt ... ttttgtgcagAAATGGTGGATGCGATGAAGAAAGTGGCGAAGCTGGATGTGGATTTGACTG
EST: gi|110703927|gb|EE081301.1|EE081301
EST:     GAACTTCGTCTACATAGCTAAGCTCGCTGAGCAAGCCGAGAGATACGATG                         AAATGGTGGATGCGATGAAGAAAGTGGCGAAGCTGGATGTGGATTTGACTG
genomic: GAACTTCGTCTACATAGCTAAGCTCGCTGAGCAAGCCGAGAGATACGATGgtcagtgttt ... ttttgtgcagAAATGGTGGATGCGATGAAGAAAGTGGCGAAGCTGGATGTGGATTTGACTG
EST: gi|110700161|gb|EE077885.1|EE077885
EST:     GAACTTCGTCTACATAGCTAAGCTCGCTGAGCAAGCCGAGAGATACGATG                         AAATGGTGGATGCGATGAAGAAAGTGGCGAAGCTGGATGTGGATTTGACTG
genomic: GAACTTCGTCTACATAGCTAAGCTCGCTGAGCAAGCCGAGAGATACGATGgtcagtgttt ... ttttgtgcagAAATGGTGGATGCGATGAAGAAAGTGGCGAAGCTGGATGTGGATTTGACTG
EST: gi|71871805|gb|DT020860.1|DT020860
EST:     GAACTTCGTCTACATAGCTAAGCTCGCTGAGCAAGCCGAGAGATACGATG                         AAATGGTGGATGCGATGAAGAAAGTGGCGAAGCTGGATGTGGATTTGACTG
genomic: GAACTTCGTCTACATAGCTAAGCTCGCTGAGCAAGCCGAGAGATACGATGgtcagtgttt ... ttttgtgcagAAATGGTGGATGCGATGAAGAAAGTGGCGAAGCTGGATGTGGATTTGACTG
EST: gi|71858762|gb|DT007817.1|DT007817
EST:     GAACTTCGTCTACATAGCTAAGCTCGCTGAGCAAGCCGAGAGATACGACG                         AAATGGTGGATGCGATGAAGAAAGTGGCGAAGCTGGATGTGGATTTGACTG
genomic: GAACTTCGTCTACATAGCTAAGCTCGCTGAGCAAGCCGAGAGATACGATGgtcagtgttt ... ttttgtgcagAAATGGTGGATGCGATGAAGAAAGTGGCGAAGCTGGATGTGGATTTGACTG
EST: gi|71860720|gb|DT009775.1|DT009775
EST:     GAACTTCGTCTACATAGCTAAGCTCGCTGAGCAAGCCGAGAGATACGACG                         AAATGGTGGATGCGATGAAGAAAGTGGCGAAGCTGGATGTGGATTTGACTG
genomic: GAACTTCGTCTACATAGCTAAGCTCGCTGAGCAAGCCGAGAGATACGATGgtcagtgttt ... ttttgtgcagAAATGGTGGATGCGATGAAGAAAGTGGCGAAGCTGGATGTGGATTTGACTG
EST: gi|71857884|gb|DT006939.1|DT006939
EST:     GAACTTCGTCTACATAGCTAAGCTCGCTGAACAAGCCGAGAGATACGACG                         AAATGGTGGATGCGATGAAGAAAGTGGCGAAGCTGGATGTGGATTTGACTG
genomic: GAACTTCGTCTACATAGCTAAGCTCGCTGAGCAAGCCGAGAGATACGATGgtcagtgttt ... ttttgtgcagAAATGGTGGATGCGATGAAGAAAGTGGCGAAGCTGGATGTGGATTTGACTG
EST: gi|71855082|gb|DT004137.1|DT004137
EST:     GAACTTCGTCTACATAGCTAAGCTCGCTGAGCAAGCCGAGAGATACGACG                         AAATGGTGGATGCGATGAAGAAAGTGGCGAAGCTGGATGTGGATTTGACTG
genomic: GAACTTCGTCTACATAGCTAAGCTCGCTGAGCAAGCCGAGAGATACGATGgtcagtgttt ... ttttgtgcagAAATGGTGGATGCGATGAAGAAAGTGGCGAAGCTGGATGTGGATTTGACTG
EST: gi|71857775|gb|DT006830.1|DT006830
EST:     GAACTTCGTCTACATAGCTAAGCTCGCTGAGCAAGCCGAGAGATACGACG                         AAATGGTGGATGCGATGAAGAAAGTGGCGAAGCTGGATGTGGATTTGACTG
genomic: GAACTTCGTCTACATAGCTAAGCTCGCTGAGCAAGCCGAGAGATACGATGgtcagtgttt ... ttttgtgcagAAATGGTGGATGCGATGAAGAAAGTGGCGAAGCTGGATGTGGATTTGACTG
EST: gi|71857396|gb|DT006451.1|DT006451
EST:     GAACTTCGTCTACATAGCTAAGCTCGCTGAGCAAGCCGAGAGATACGATG                         AAATGGTGGATGCGATGAAGAAAGTGGCGAAGCTGGATGTGGATTTGACTG
genomic: GAACTTCGTCTACATAGCTAAGCTCGCTGAGCAAGCCGAGAGATACGATGgtcagtgttt ... ttttgtgcagAAATGGTGGATGCGATGAAGAAAGTGGCGAAGCTGGATGTGGATTTGACTG
EST: gi|71861304|gb|DT010359.1|DT010359
EST:     GAACTTCGTCTACATAGCTAAGCTCGCTGAGCAAGCCGAGAGATACGACG                         AAATGGTGGATGCGATGAAGAAAGTGGCGAAGATGGATGTGGATTTGACTG
genomic: GAACTTCGTCTACATAGCTAAGCTCGCTGAGCAAGCCGAGAGATACGATGgtcagtgttt ... ttttgtgcagAAATGGTGGATGCGATGAAGAAAGTGGCGAAGCTGGATGTGGATTTGACTG
EST: gi|110702703|gb|EE078916.1|EE078916
EST:     GAACTTCGTCTACATAGCTAAGCTCGCTGAGCAAGCCGAGAGATACGATG                         AAATGGTGGATGCGATGAAGAAAGTGGCGAAGCTGGATGTGGATTTGACTG
genomic: GAACTTCGTCTACATAGCTAAGCTCGCTGAGCAAGCCGAGAGATACGATGgtcagtgttt ... ttttgtgcagAAATGGTGGATGCGATGAAGAAAGTGGCGAAGCTGGATGTGGATTTGACTG
EST: gi|71855663|gb|DT004718.1|DT004718
EST:     GAACTTCGTCTACATAGCTAAGCTCGCTGAGCAAGCCGAGAGATACGATG                         AAATGGTGGATGCGATGAAGAAAGTGGCGAAGCTGGATGTGGATTTGACTG
genomic: GAACTTCGTCTACATAGCTAAGCTCGCTGAGCAAGCCGAGAGATACGATGgtcagtgttt ... ttttgtgcagAAATGGTGGATGCGATGAAGAAAGTGGCGAAGCTGGATGTGGATTTGACTG
EST: gi|33404615|gb|CF210242.1|CF210242
EST:     GAACTTCGTCTACATAGCTAAGCTCGCTGAGCAAGCCGAGAGATACGACG                         AAATGGTGGATGCGATGAAGAAAGTGGCGAAGCTGGATGTGGATTTGACTG
genomic: GAACTTCGTCTACATAGCTAAGCTCGCTGAGCAAGCCGAGAGATACGATGgtcagtgttt ... ttttgtgcagAAATGGTGGATGCGATGAAGAAAGTGGCGAAGCTGGATGTGGATTTGACTG
EST: gi|352785466|gb|FQ477680.1|FQ477680
EST:     GAACTTCGTCTACATAGCTAAGCTCGCTGAGCAAGCCGAGAGATACGACG                         AAATGGTGGATGCGATGAAGAAAGTGGCGAAGCTGGATGTGGATTTGACTG
genomic: GAACTTCGTCTACATAGCTAAGCTCGCTGAGCAAGCCGAGAGATACGATGgtcagtgttt ... ttttgtgcagAAATGGTGGATGCGATGAAGAAAGTGGCGAAGCTGGATGTGGATTTGACTG
EST: gi|110716473|gb|EE091484.1|EE091484
EST:     GAACTTCGTCTACATAGCTAAGCTCGCTGAGCAAGCCGAGAGATACGATG                         AAATGGTGGATGCGATGAAGAAAGTGGCGAAGCTGGATGTGGATTTGACTG
genomic: GAACTTCGTCTACATAGCTAAGCTCGCTGAGCAAGCCGAGAGATACGATGgtcagtgttt ... ttttgtgcagAAATGGTGGATGCGATGAAGAAAGTGGCGAAGCTGGATGTGGATTTGACTG
EST: gi|161706092|gb|FC056242.1|FC056242
EST:     GAACTTCGTCTACATAGCTAAGCTCGCTGAGCCAGCCGAGAGATACGATG                         AAATGGTGGGATGCGATGAAGACAGTGGCGAAGCTGGATGTGGATTTGACT
genomic: GAACTTCGTCTACATAGCTAAGCTCGCTGAGCAAGCCGAGAGATACGATGgtcagtgttt ... ttttgtgcagAAATGGTGG-ATGCGATGAAGAAAGTGGCGAAGCTGGATGTGGATTTGACT
EST: gi|161713958|gb|FC063143.1|FC063143
EST:     GAACTTCGTCTACATAGCTAAGCTCGCTGAGCAAGCCGAGAGATACGATG                         AAATGGTGGATGCGATGAAGAAAGTGGCGAAGCTGGATGTGGATTTGACTG
genomic: GAACTTCGTCTACATAGCTAAGCTCGCTGAGCAAGCCGAGAGATACGATGgtcagtgttt ... ttttgtgcagAAATGGTGGATGCGATGAAGAAAGTGGCGAAGCTGGATGTGGATTTGACTG
EST: gi|71864504|gb|DT013559.1|DT013559
EST:     GAACTTCGTCTACATAGCTAAGCTCGCTGAGCAAGCCGAGAGATACGACG                         AAATGGTGGATGCGATGAAGAAAGTGGCGAAGATGGATGTGGATTTGACTG
genomic: GAACTTCGTCTACATAGCTAAGCTCGCTGAGCAAGCCGAGAGATACGATGgtcagtgttt ... ttttgtgcagAAATGGTGGATGCGATGAAGAAAGTGGCGAAGCTGGATGTGGATTTGACTG
EST: gi|161717772|gb|FC068161.1|FC068161
EST:     GAACTTCGTCTACATAGCTAAGCTCGCTGAGCAAGCCGAGAGATACGATG                         AAATGGTGGATGCGATGAAGAAAGTGGCGAAGCTGGATGTGGATTTGACTG
genomic: GAACTTCGTCTACATAGCTAAGCTCGCTGAGCAAGCCGAGAGATACGATGgtcagtgttt ... ttttgtgcagAAATGGTGGATGCGATGAAGAAAGTGGCGAAGCTGGATGTGGATTTGACTG
EST: gi|110698951|gb|EE077033.1|EE077033
EST:     GAACTTCGTCTACATAGCTAAGCTCGCTGAGCAAGCCGAGAGATACGACG                         AAATGGTGGATGCGATGAAGAAAGTGGCGAAGCTGGATGTGGATTTGACTG
genomic: GAACTTCGTCTACATAGCTAAGCTCGCTGAGCAAGCCGAGAGATACGATGgtcagtgttt ... ttttgtgcagAAATGGTGGATGCGATGAAGAAAGTGGCGAAGCTGGATGTGGATTTGACTG
EST: gi|71855419|gb|DT004474.1|DT004474
EST:     GAACTTCGTCTACATAGCTAAGCTCGCTGAGCAAGCCGAGAGATACGATG                         AAATGGTGGATGCGATGAAGAAAGTGGCGAAGCTGGATGTGGATTTGACTG
genomic: GAACTTCGTCTACATAGCTAAGCTCGCTGAGCAAGCCGAGAGATACGATGgtcagtgttt ... ttttgtgcagAAATGGTGGATGCGATGAAGAAAGTGGCGAAGCTGGATGTGGATTTGACTG
EST: gi|71859543|gb|DT008598.1|DT008598
EST:     GAACTTCGTCTACATAGCTAAGCTCGCTGAGCAAGCCGGGAGATACGACG                         AAATGGTGGATGCGATGAAGAAAGTGGCGAAGCTGGATGTGGATTTGACTG
genomic: GAACTTCGTCTACATAGCTAAGCTCGCTGAGCAAGCCGAGAGATACGATGgtcagtgttt ... ttttgtgcagAAATGGTGGATGCGATGAAGAAAGTGGCGAAGCTGGATGTGGATTTGACTG
EST: gi|30251910|gb|CB969643.1|CB969643
EST:     GAACTTCGTCTACATAGCTAAGCTCGCTGAGCAAGCCGAGAGATACGATG                         AAATGGTGGATGCGATGAAGAAAGTGGCGAAGCTGGATGTGGATTTGACTG
genomic: GAACTTCGTCTACATAGCTAAGCTCGCTGAGCAAGCCGAGAGATACGATGgtcagtgttt ... ttttgtgcagAAATGGTGGATGCGATGAAGAAAGTGGCGAAGCTGGATGTGGATTTGACTG
EST: gi|110359344|gb|EC920679.1|EC920679
EST:     GAACTTCGTCTACATAGCTAAGCTCGCTGAGCAAGCCGAGAGATACGACG                         AAATGGTGGATGCGATGAAGAAAGTGGCGAAGCTGGATGTGGATTTGACTG
genomic: GAACTTCGTCTACATAGCTAAGCTCGCTGAGCAAGCCGAGAGATACGATGgtcagtgttt ... ttttgtgcagAAATGGTGGATGCGATGAAGAAAGTGGCGAAGCTGGATGTGGATTTGACTG
EST: gi|71874184|gb|DT023239.1|DT023239
EST:     GAACTTCGTCTACATAGCTAAGCTCGCTGAGCAAGCCGAGAGATACGATG                         AAATGGTGGATGCGATGAAGAAAGTGGCGAAGCTGGATGTGGATTTGACTG
genomic: GAACTTCGTCTACATAGCTAAGCTCGCTGAGCAAGCCGAGAGATACGATGgtcagtgttt ... ttttgtgcagAAATGGTGGATGCGATGAAGAAAGTGGCGAAGCTGGATGTGGATTTGACTG
EST: gi|71872622|gb|DT021677.1|DT021677
EST:     GAACTTCGTCTACATAGCTAAGCTCGCTGAGCAAGCCGAGAGATACGATG                         AAATGGTGGATGCGATGAAGAAAGTGGCGAAGCTGGATGTGGATTTGACTG
genomic: GAACTTCGTCTACATAGCTAAGCTCGCTGAGCAAGCCGAGAGATACGATGgtcagtgttt ... ttttgtgcagAAATGGTGGATGCGATGAAGAAAGTGGCGAAGCTGGATGTGGATTTGACTG
EST: gi|110688709|gb|EE067573.1|EE067573
EST:     GAACTTCGTCTACATAGCTAAGCTCGCTGAGCAAGCCGAGAGATACGACG                         AAATGGTGGATGCGATGAAGAAAGTGGCGAAGCTGGATGTGGATTTGACTG
genomic: GAACTTCGTCTACATAGCTAAGCTCGCTGAGCAAGCCGAGAGATACGATGgtcagtgttt ... ttttgtgcagAAATGGTGGATGCGATGAAGAAAGTGGCGAAGCTGGATGTGGATTTGACTG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TTTCCCGAGAAAACTAGAGAGAGAAAGTAGGGATCAGTAATGGCTCGCGAGAACTTCGTCTACATAGCTAAGCTCGCTGAGCAAGCCGAGAGATACGATGgtcagtgtttcgtccttcgctttccagatctgctgttttaatttcgctagggctagggtttcagattctaactggatttcactctttttgcgaaaattttgtgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGCAAG