Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GAGAGAGAGAGACGGCGATGGAGGAAAGAGAGCAACAGGTTTACTTGGCTAGGCTTGCTGAGCAAGCTGAGAGATATGATGgtacgctttcttcctttcataccctcatcgtccccatcagcccttctctgaatctctgtttttttatttattttttattttttttattcttttttttttt...

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv18s0001g05720.t01
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|351056616|gb|FQ442444.1|FQ442444
EST:     GCAACAGGTTTACTTGGCTAGGCTTGCTGAGCAAGCTGAGAGATATGATG                         GGATGGTTGAAGCAATGAAGAAAGTTGCTAAATTGGATGTGGAATTGACAG
genomic: GCAACAGGTTTACTTGGCTAGGCTTGCTGAGCAAGCTGAGAGATATGATGgtacgctttc ... cttgtttcagAGATGGTTGAAGCAATGAAGAAAGTTGCTAAATTGGATGTGGAACTGACAG
EST: gi|349828294|gb|FQ416247.1|FQ416247
EST:     GCAACAGGTTTACTTGGCTAGGCTTGCTGAGCAAGCTGAGAGATATGATG                         AGATGGTTGAAGCAATGAAGAAAGTTGCTAAATTGGATGTGGAACTGACAG
genomic: GCAACAGGTTTACTTGGCTAGGCTTGCTGAGCAAGCTGAGAGATATGATGgtacgctttc ... cttgtttcagAGATGGTTGAAGCAATGAAGAAAGTTGCTAAATTGGATGTGGAACTGACAG
EST: gi|110397825|gb|EC963748.1|EC963748
EST:     GCAACAGGTTTACTTGGCTAGGCTTGCTGAGCAAGCTGAGAGATATGATG                         AGATGGTTGAAGCAATGAAGAAAGTTGCTAAATTGGATGTGGAATTGACAG
genomic: GCAACAGGTTTACTTGGCTAGGCTTGCTGAGCAAGCTGAGAGATATGATGgtacgctttc ... cttgtttcagAGATGGTTGAAGCAATGAAGAAAGTTGCTAAATTGGATGTGGAACTGACAG
EST: gi|71890616|gb|DT039671.1|DT039671
EST:     GCAACAGGTTTACTTGGCTAGGCTTGCTGAGCAAGCTGAGAGATATGATG                         AGATGGTTGAAGCAATGAAGAAAGTTGCTAAATTGGATGTGGAATTGACAG
genomic: GCAACAGGTTTACTTGGCTAGGCTTGCTGAGCAAGCTGAGAGATATGATGgtacgctttc ... cttgtttcagAGATGGTTGAAGCAATGAAGAAAGTTGCTAAATTGGATGTGGAACTGACAG
EST: gi|30133232|gb|CB918571.1|CB918571
EST:     GCAACAGGTTTACTTGGCTAGGCTTGCTGAGCAAGCTGAGAGATATGATG                         AGATGGTTGAAGCAATGAAGAAAGTTGCTAAATTGGATGTGGAATTGACAG
genomic: GCAACAGGTTTACTTGGCTAGGCTTGCTGAGCAAGCTGAGAGATATGATGgtacgctttc ... cttgtttcagAGATGGTTGAAGCAATGAAGAAAGTTGCTAAATTGGATGTGGAACTGACAG
EST: gi|351054545|gb|FQ452021.1|FQ452021
EST:     GCAACAGGTTTACTTGGCTAGGCTTGCTGAGCAAGCTGAGAGATATGATG                         AGATGGTTGAAGCAATGAAGAAAGTTGCTAAATTGGATGTGGAATTGACAG
genomic: GCAACAGGTTTACTTGGCTAGGCTTGCTGAGCAAGCTGAGAGATATGATGgtacgctttc ... cttgtttcagAGATGGTTGAAGCAATGAAGAAAGTTGCTAAATTGGATGTGGAACTGACAG
EST: gi|71890882|gb|DT039937.1|DT039937
EST:     GCAACAGGTTTACTTGGCTAGGCTTGCTGAGCAAGCTGAGAGATATGATG                         AGATGGTTGAAGCAATGAAGAAAGTTGCTAAATTGGATGTGGAATTGACAG
genomic: GCAACAGGTTTACTTGGCTAGGCTTGCTGAGCAAGCTGAGAGATATGATGgtacgctttc ... cttgtttcagAGATGGTTGAAGCAATGAAGAAAGTTGCTAAATTGGATGTGGAACTGACAG
EST: gi|161705989|gb|FC056700.1|FC056700
EST:     GC-ACAGGTTTACTTGGCTAGGCTTGCTGAGCAAGCTGAGAGATATGATG                         AGATGGTTGAAGCAATGAAGAAAGTTGCTAAATTGGATGTGGAATTGACAG
genomic: GCAACAGGTTTACTTGGCTAGGCTTGCTGAGCAAGCTGAGAGATATGATGgtacgctttc ... cttgtttcagAGATGGTTGAAGCAATGAAGAAAGTTGCTAAATTGGATGTGGAACTGACAG
EST: gi|71886552|gb|DT035607.1|DT035607
EST:     GCAACAGGTTTACTTGGCTAGGCTTGCTGAGCAAGCTGAGAGATATGATG                         AGATGGTTGAAGCAATGAAGAAAGTTGCTAAATTGGATGTGGAATTGACAG
genomic: GCAACAGGTTTACTTGGCTAGGCTTGCTGAGCAAGCTGAGAGATATGATGgtacgctttc ... cttgtttcagAGATGGTTGAAGCAATGAAGAAAGTTGCTAAATTGGATGTGGAACTGACAG
EST: gi|71882296|gb|DT031351.1|DT031351
EST:     GCAACAGGTTTACTTGGCTAGGCTTGCTGAGCAAGCTGAGAGATATGATG                         AGATGGTTGAAGCAATGAAGAAAGTTGCTAAATTGGATGTGGAATTGACAG
genomic: GCAACAGGTTTACTTGGCTAGGCTTGCTGAGCAAGCTGAGAGATATGATGgtacgctttc ... cttgtttcagAGATGGTTGAAGCAATGAAGAAAGTTGCTAAATTGGATGTGGAACTGACAG
EST: gi|351012745|gb|FQ430308.1|FQ430308
EST:     GCAACAGGTTTACTTGGCTAGGCTTGCTGAGCAAGCTGAGAGATATGATG                         AGTTGGTTGAAGCAATGAAGAAAGTTGCTAAATTGGATGTGGAACTGACAG
genomic: GCAACAGGTTTACTTGGCTAGGCTTGCTGAGCAAGCTGAGAGATATGATGgtacgctttc ... cttgtttcagAGATGGTTGAAGCAATGAAGAAAGTTGCTAAATTGGATGTGGAACTGACAG
EST: gi|71858331|gb|DT007386.1|DT007386
EST:     GCAACAGGTTTACTTGGCTAGGCTTGCTGAGCAAGCTGAGAGATATGATG                         AGATGGTTGAAGCAATGAAGAAAGTTGCTAAATTGGATGTGGAATTGACAG
genomic: GCAACAGGTTTACTTGGCTAGGCTTGCTGAGCAAGCTGAGAGATATGATGgtacgctttc ... cttgtttcagAGATGGTTGAAGCAATGAAGAAAGTTGCTAAATTGGATGTGGAACTGACAG
EST: gi|71857173|gb|DT006228.1|DT006228
EST:     GCAACAGGTTTACTTGGCTAGGCTTGCTGAGCAAGCTGAGAGATATGATG                         AGATGGTTGAAGCAATGAAGAAAGTTGCTAAATTGGATGTGGAATTGACAG
genomic: GCAACAGGTTTACTTGGCTAGGCTTGCTGAGCAAGCTGAGAGATATGATGgtacgctttc ... cttgtttcagAGATGGTTGAAGCAATGAAGAAAGTTGCTAAATTGGATGTGGAACTGACAG
EST: gi|71890644|gb|DT039699.1|DT039699
EST:     GCAACAGGTTTACTTGGCTAGGCTTGCTGAGCAAGCTGAGAGATATGATG                         AGATGGTTGAAGCAATGAAGAAAGTTGCTAAATTGGATGTGGAATTGACAG
genomic: GCAACAGGTTTACTTGGCTAGGCTTGCTGAGCAAGCTGAGAGATATGATGgtacgctttc ... cttgtttcagAGATGGTTGAAGCAATGAAGAAAGTTGCTAAATTGGATGTGGAACTGACAG
EST: gi|110701469|gb|EE079073.1|EE079073
EST:     GCAACAGGTTTACTTGGCTAGGCTTGCTGAGCAAGCTGAGAGATATGATG                         AGATGGTTGAAGCAATGAAGAAAGTTGCTAAATTGGATGTGGAACTGACAG
genomic: GCAACAGGTTTACTTGGCTAGGCTTGCTGAGCAAGCTGAGAGATATGATGgtacgctttc ... cttgtttcagAGATGGTTGAAGCAATGAAGAAAGTTGCTAAATTGGATGTGGAACTGACAG
EST: gi|30134657|gb|CB919995.1|CB919995
EST:     GCAACAGGTTTACTTGGCTAGGCTTGCTGAGCAAGCTGAGAGATATGATG                         AGATGGTTGAAGCAATGAAGAAAGTTGCTAAATTGGATGTGGAATTGACAG
genomic: GCAACAGGTTTACTTGGCTAGGCTTGCTGAGCAAGCTGAGAGATATGATGgtacgctttc ... cttgtttcagAGATGGTTGAAGCAATGAAGAAAGTTGCTAAATTGGATGTGGAACTGACAG
EST: gi|110417293|gb|EC983336.1|EC983336
EST:     GCAACAGGTTTACTTGGCTAGGCTTGCTGAGCAAGCTGAGAGATATGATG                         AGATGGTTGAAGCAATGAAGAAAGTTGCTAAATTGGATGTGGAATTGACAG
genomic: GCAACAGGTTTACTTGGCTAGGCTTGCTGAGCAAGCTGAGAGATATGATGgtacgctttc ... cttgtttcagAGATGGTTGAAGCAATGAAGAAAGTTGCTAAATTGGATGTGGAACTGACAG
EST: gi|71865310|gb|DT014365.1|DT014365
EST:     GCAACAGGTTTACTTGGCTAGGCTTGCTGAGCAAGCTGAGAGATATGATG                         AGATGGTTGAAGCAATGAAGAAAGTTGCTAAATTGGATGTGGAATTGACAG
genomic: GCAACAGGTTTACTTGGCTAGGCTTGCTGAGCAAGCTGAGAGATATGATGgtacgctttc ... cttgtttcagAGATGGTTGAAGCAATGAAGAAAGTTGCTAAATTGGATGTGGAACTGACAG
EST: gi|110700774|gb|EE077725.1|EE077725
EST:     GCAACAGGTTTACTTGGCTAGGCTTGCTGAGCAAGCTGAGAGATATGATG                         AGATGGTTGAAGCAATGAAGAAAGTTGCTAAATTGGATGTGGAACTGACAG
genomic: GCAACAGGTTTACTTGGCTAGGCTTGCTGAGCAAGCTGAGAGATATGATGgtacgctttc ... cttgtttcagAGATGGTTGAAGCAATGAAGAAAGTTGCTAAATTGGATGTGGAACTGACAG
EST: gi|71887923|gb|DT036978.1|DT036978
EST:     GCAACAGGTTTACTTGGCTAGGCTTGCTGAGCAAGCTGAGAGATATGATG                         AGATGGTTGAAGCAATGAAGAAAGTTGCTAAATTGGATGTGGAATTGACAG
genomic: GCAACAGGTTTACTTGGCTAGGCTTGCTGAGCAAGCTGAGAGATATGATGgtacgctttc ... cttgtttcagAGATGGTTGAAGCAATGAAGAAAGTTGCTAAATTGGATGTGGAACTGACAG
EST: gi|351040928|gb|FQ443704.1|FQ443704
EST:     GCAACAGGTTTACTTGGCTAGGCTTGCTGAGCAAGCTGAGAGATATGATG                         AGATGGTTGAAGCAATGAAGAAAGTTGCTAAATTGGATGTGGAATTGACAG
genomic: GCAACAGGTTTACTTGGCTAGGCTTGCTGAGCAAGCTGAGAGATATGATGgtacgctttc ... cttgtttcagAGATGGTTGAAGCAATGAAGAAAGTTGCTAAATTGGATGTGGAACTGACAG
EST: gi|351026498|gb|FQ428510.1|FQ428510
EST:     GCAACAGGTTTACTTGGCTAGGCTTGCTGAGCAAGCTGAGAGATATGATG                         AGATGGTTGAAGCAATGAAGAAAGTTGCTAAATTGGATGTGGAATTGACAG
genomic: GCAACAGGTTTACTTGGCTAGGCTTGCTGAGCAAGCTGAGAGATATGATGgtacgctttc ... cttgtttcagAGATGGTTGAAGCAATGAAGAAAGTTGCTAAATTGGATGTGGAACTGACAG
EST: gi|18458453|gb|BM436731.1|BM436731
EST:     GCAACAGGTTTACTTGGCTAGGCTTGCTGAGCAAGCTGAGAGATATGATG                         AGATGGTTGAAGCAATGAAGAAAGTTGCTAAATTGGATGTGGAATTGACAG
genomic: GCAACAGGTTTACTTGGCTAGGCTTGCTGAGCAAGCTGAGAGATATGATGgtacgctttc ... cttgtttcagAGATGGTTGAAGCAATGAAGAAAGTTGCTAAATTGGATGTGGAACTGACAG
EST: gi|34549688|gb|CF517920.1|CF517920
EST:     GCAACAGGTTTACTTGGCTAGGCTTGCTGAGCAAGCTGAGAGATATGATG                         AGATGGTTGAAGCAATGAAGAAAGTTGCTAAATTGGATGTGGAATTGACAG
genomic: GCAACAGGTTTACTTGGCTAGGCTTGCTGAGCAAGCTGAGAGATATGATGgtacgctttc ... cttgtttcagAGATGGTTGAAGCAATGAAGAAAGTTGCTAAATTGGATGTGGAACTGACAG
EST: gi|18458948|gb|BM437226.1|BM437226
EST:     GCAACAGGTTTACTTGGCTAGGCTTGCTGAGCAAGCTGAGAGATATGATG                         AGATGGTTGAAGCAATGAAGAAAGTTGCTAAATTGGATGTGGAATTGACAG
genomic: GCAACAGGTTTACTTGGCTAGGCTTGCTGAGCAAGCTGAGAGATATGATGgtacgctttc ... cttgtttcagAGATGGTTGAAGCAATGAAGAAAGTTGCTAAATTGGATGTGGAACTGACAG
EST: gi|294966583|gb|GW837718.1|GW837718
EST:     GCAACAGGTTTACTTGGCTAGGCTTGCTGAGCAAGCTGAGAGATATGATG                         AGATGGTTGAAGCAATGAAGAAAGTTGCTAAATTGGATGTGGAACTGACAG
genomic: GCAACAGGTTTACTTGGCTAGGCTTGCTGAGCAAGCTGAGAGATATGATGgtacgctttc ... cttgtttcagAGATGGTTGAAGCAATGAAGAAAGTTGCTAAATTGGATGTGGAACTGACAG
EST: gi|71883642|gb|DT032697.1|DT032697
EST:     GCAACAGGTTTACTTGGCTAGGCTTGCTGAGCAAGCTGAGAGATATGATG                         AGATGGTTGAAGCAATGAAGAAAGTTGCTAAATTGGATGTGGAATTGACAG
genomic: GCAACAGGTTTACTTGGCTAGGCTTGCTGAGCAAGCTGAGAGATATGATGgtacgctttc ... cttgtttcagAGATGGTTGAAGCAATGAAGAAAGTTGCTAAATTGGATGTGGAACTGACAG
EST: gi|161720183|gb|FC065142.1|FC065142
EST:     GCAACAGGTTTACTTGGCTAGGCTTGCTGAGCAAGCTGAGAGATATGATG                         AGATGGTTGAAGCAATGAAGAAAGTTGCTAAATTGGATGTGGAATTGACAG
genomic: GCAACAGGTTTACTTGGCTAGGCTTGCTGAGCAAGCTGAGAGATATGATGgtacgctttc ... cttgtttcagAGATGGTTGAAGCAATGAAGAAAGTTGCTAAATTGGATGTGGAACTGACAG
EST: gi|34544771|gb|CF513003.1|CF513003
EST:     GCAACAGGTTTACTTGGCTAGGCTTGCTGAGCAAGCTGAGAGATATGATG                         AGATGGTTGAAGCAATGAAGAAAGTTGCTAAATTGGATGTGGAATTGACAG
genomic: GCAACAGGTTTACTTGGCTAGGCTTGCTGAGCAAGCTGAGAGATATGATGgtacgctttc ... cttgtttcagAGATGGTTGAAGCAATGAAGAAAGTTGCTAAATTGGATGTGGAACTGACAG
EST: gi|110708623|gb|EE086376.1|EE086376
EST:     GCAACAGGTTTACTTGGCTAGGCTTGCTGAGCAAGCTGAGAGATATGATG                         AGATGGTTGAAGCAATGAAGAAAGTTGCTAAATTGGATGTGGAACTGACAG
genomic: GCAACAGGTTTACTTGGCTAGGCTTGCTGAGCAAGCTGAGAGATATGATGgtacgctttc ... cttgtttcagAGATGGTTGAAGCAATGAAGAAAGTTGCTAAATTGGATGTGGAACTGACAG
EST: gi|71890727|gb|DT039782.1|DT039782
EST:     GCAACAGGTTTACTTGGCTAGGCTTGCTGAGCAAGCTGAGAGATATGATG                         AGATGGTTGAAGCAATGAAGAAAGTTGCTAAATTGGATGTGGAATTGACAG
genomic: GCAACAGGTTTACTTGGCTAGGCTTGCTGAGCAAGCTGAGAGATATGATGgtacgctttc ... cttgtttcagAGATGGTTGAAGCAATGAAGAAAGTTGCTAAATTGGATGTGGAACTGACAG
EST: gi|161709152|gb|FC061368.1|FC061368
EST:     GCAACAGGTTTACTTGGCTAGGCTTGCTGAGCAAGCTGAGAGATATGATG                         AGATGGTTGAAGCAATGAAGAAAGTTGCTAAATTGGATGTGGAATTGACAG
genomic: GCAACAGGTTTACTTGGCTAGGCTTGCTGAGCAAGCTGAGAGATATGATGgtacgctttc ... cttgtttcagAGATGGTTGAAGCAATGAAGAAAGTTGCTAAATTGGATGTGGAACTGACAG
EST: gi|161721649|gb|FC069779.1|FC069779
EST:     GCAACAGGTTTACTTGGCTAGGCTTGCTGAGCAAGCTGAGAGATATGATG                         AGATGGTTGAAGCAATGAAGAAAGTTGCTAAATTGGATGTGGAATTGACAG
genomic: GCAACAGGTTTACTTGGCTAGGCTTGCTGAGCAAGCTGAGAGATATGATGgtacgctttc ... cttgtttcagAGATGGTTGAAGCAATGAAGAAAGTTGCTAAATTGGATGTGGAACTGACAG
EST: gi|161712664|gb|FC062236.1|FC062236
EST:     GCAACAGGTTTACTTGTCTAGGCTTGCTGAGCAAGCTGAGAGATATGATG                         AGATGGTTGAAGCAATGAAGAAAGTTGCTAAATTGGATGTGGAATTGACAG
genomic: GCAACAGGTTTACTTGGCTAGGCTTGCTGAGCAAGCTGAGAGATATGATGgtacgctttc ... cttgtttcagAGATGGTTGAAGCAATGAAGAAAGTTGCTAAATTGGATGTGGAACTGACAG
EST: gi|77579060|gb|DV218356.1|DV218356
EST:     ACTTGGCTAGGCTTGCTGAGCAAGCTGAGAGATATGATG                         AGATGGTTGAAGCAATGAAGAAAGTTGCTAAATTGGATGTGGAATTGACAG
genomic: ACTTGGCTAGGCTTGCTGAGCAAGCTGAGAGATATGATGgtacgctttc ... cttgtttcagAGATGGTTGAAGCAATGAAGAAAGTTGCTAAATTGGATGTGGAACTGACAG
EST: gi|351022476|gb|FQ446998.1|FQ446998
EST:     GCAACAGGTTTACTTGGCTAGGCTTGCTGAGCAAGCTGAGAGATATGATG                         AGATGGTTGAAGCAATGAAGAAAGTTGCTAAATTGGATGTGGAATTGACAG
genomic: GCAACAGGTTTACTTGGCTAGGCTTGCTGAGCAAGCTGAGAGATATGATGgtacgctttc ... cttgtttcagAGATGGTTGAAGCAATGAAGAAAGTTGCTAAATTGGATGTGGAACTGACAG
EST: gi|71884972|gb|DT034027.1|DT034027
EST:     CAGGTTTACTTGGCTAGGCTTGCTGAGCAAGCTGAGAGATATGATG                         AGATGGTTGAAGCAATGAAGAAAGTTGCTAAATTGGATGTGGAATTGACAG
genomic: CAGGTTTACTTGGCTAGGCTTGCTGAGCAAGCTGAGAGATATGATGgtacgctttc ... cttgtttcagAGATGGTTGAAGCAATGAAGAAAGTTGCTAAATTGGATGTGGAACTGACAG
EST: gi|110398286|gb|EC964539.1|EC964539
EST:     GCAACAGGTTTACTTGGCTAGGCTTGCTGAGCAAGCTGAGAGATATGATG                         AGATGGTTGAAGCAATGAAGAAAGTTGCTAAATTGGATGTGGAATTGACAG
genomic: GCAACAGGTTTACTTGGCTAGGCTTGCTGAGCAAGCTGAGAGATATGATGgtacgctttc ... cttgtttcagAGATGGTTGAAGCAATGAAGAAAGTTGCTAAATTGGATGTGGAACTGACAG
EST: gi|110699231|gb|EE076048.1|EE076048
EST:     GCAACAGGTTTACTTGGCTAGGCTTGCTGAGCAAGCTGAGATATATGATG                         AGATGGTTGAAGCAATGAAGAAAGTTGCTAAATTGGATGTGGAACTGACAG
genomic: GCAACAGGTTTACTTGGCTAGGCTTGCTGAGCAAGCTGAGAGATATGATGgtacgctttc ... cttgtttcagAGATGGTTGAAGCAATGAAGAAAGTTGCTAAATTGGATGTGGAACTGACAG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GAGAGAGAGAGACGGCGATGGAGGAAAGAGAGCAACAGGTTTACTTGGCTAGGCTTGCTGAGCAAGCTGAGAGATATGATGgtacgctttcttcctttcataccctcatcgtccccatcagcccttctctgaatctctgtttttttatttattttttattttttttattcttttttttttt

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ccttctc