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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GAAGCCACACACCTCCACCGCAGATCTGCTCACTTGGTCTGAAACCCCTCCCGCCGATTCTCCCGCCTCCGCTTCTCGCCCTGCCGTCCGCTCTCACCAGgtacctcatttttccccggactggtaatggagttgtacgtttttttttttttttttgatcgtgtaatttagggtttaaatttcatttttggaag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv18s0001g05480.t01
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|351042370|gb|FQ442837.1|FQ442837
EST:     CCGCCGATTCTCCCGCCTCCGCTTCTCGCCCTGCCGTCCGCTCTCACCAG                         CCTTCCGATGGGATCAGTAAGGTGGTGTTTGGAGGACAGGTGACTGATGAA
genomic: CCGCCGATTCTCCCGCCTCCGCTTCTCGCCCTGCCGTCCGCTCTCACCAGgtacctcatt ... tttttggaagCCTTCCGATGGGATCAGTAAGGTGGTGTTTGGAGGACAGGTGACTGATGAA
EST: gi|71871397|gb|DT020452.1|DT020452
EST:     CCGCCGATTCTCCCGCCTCCGCTTCTCGCCCTGCCGTCCGCTCTCACCAG                         CCTTCCGATGGGATCAGTAAGGTGGTGTTTGGAGGACAGGTGACTGATGAA
genomic: CCGCCGATTCTCCCGCCTCCGCTTCTCGCCCTGCCGTCCGCTCTCACCAGgtacctcatt ... tttttggaagCCTTCCGATGGGATCAGTAAGGTGGTGTTTGGAGGACAGGTGACTGATGAA
EST: gi|351055304|gb|FQ441902.1|FQ441902
EST:     CCGCCGATTCTCCCGCCTCCGCTTCTCGCCCTGCCGTCCGCTCTCACCAG                         CCTTCCGATGGGATCAGTAAGGTGGTGTTTGGAGGACAGGTGACTGATGAA
genomic: CCGCCGATTCTCCCGCCTCCGCTTCTCGCCCTGCCGTCCGCTCTCACCAGgtacctcatt ... tttttggaagCCTTCCGATGGGATCAGTAAGGTGGTGTTTGGAGGACAGGTGACTGATGAA
EST: gi|351025084|gb|FQ433501.1|FQ433501
EST:     CCGCCGATTCTCCCGCCTCCGCTTCTCGCCCTGCCGTCCGCTCTCACCAG                         CCTTCCGATGGGATCAGTAAGGTGGTGTTTGGAGGACAGGTGACTGATGAA
genomic: CCGCCGATTCTCCCGCCTCCGCTTCTCGCCCTGCCGTCCGCTCTCACCAGgtacctcatt ... tttttggaagCCTTCCGATGGGATCAGTAAGGTGGTGTTTGGAGGACAGGTGACTGATGAA
EST: gi|349808206|gb|FQ403393.1|FQ403393
EST:     CCGCCGATTCTCCCGCCTCCGCTTCTCGCCCTGCCGTCCGCTCTCACCAG                         CCTTCCGATGGGATCAGTAAGGTGGTGTTTGGAGGACAGGTGACTGATGAA
genomic: CCGCCGATTCTCCCGCCTCCGCTTCTCGCCCTGCCGTCCGCTCTCACCAGgtacctcatt ... tttttggaagCCTTCCGATGGGATCAGTAAGGTGGTGTTTGGAGGACAGGTGACTGATGAA
EST: gi|161715954|gb|FC065517.1|FC065517
EST:     CCGCCGATTCTCCCGCCTCCGCTTCTCGCCCTGCCGTCCGCTCTCACCAG                         CCTTCCGATGGGATCAGTAAGGTGGTGTTTGGAGGACAGGTGACTGATGAA
genomic: CCGCCGATTCTCCCGCCTCCGCTTCTCGCCCTGCCGTCCGCTCTCACCAGgtacctcatt ... tttttggaagCCTTCCGATGGGATCAGTAAGGTGGTGTTTGGAGGACAGGTGACTGATGAA
EST: gi|351052161|gb|FQ450731.1|FQ450731
EST:     CCGCCGATTCTCCCGCCTCCGCTTCTCGCCCTGCCGTCCGCTCTCACCAG                         CCTTCCGATGGGATCAGTAAGGTGGTGTTTGGAGGACAGGTGACTGATGAA
genomic: CCGCCGATTCTCCCGCCTCCGCTTCTCGCCCTGCCGTCCGCTCTCACCAGgtacctcatt ... tttttggaagCCTTCCGATGGGATCAGTAAGGTGGTGTTTGGAGGACAGGTGACTGATGAA
EST: gi|351033213|gb|FQ461985.1|FQ461985
EST:     CCGCCGATTCTCCCGCCTCCGCTTCTCGCCCTGCCGTCCGCTCTCACCAG                         CCTTCCGGTGGGATCAGTAAGGTGGTGTTTGGAGGACAGGTGACTGATGAA
genomic: CCGCCGATTCTCCCGCCTCCGCTTCTCGCCCTGCCGTCCGCTCTCACCAGgtacctcatt ... tttttggaagCCTTCCGATGGGATCAGTAAGGTGGTGTTTGGAGGACAGGTGACTGATGAA
EST: gi|352795622|gb|FQ480210.1|FQ480210
EST:     CCGCCGATTCTCCCGCCTCCGCTTCTCGCCCTGCCGTCCGCTCTCACCAG                         CCTTCCGATGGGATCAGTAAGGTGGTGTTTGGAGGACAGGTGACTGATGAA
genomic: CCGCCGATTCTCCCGCCTCCGCTTCTCGCCCTGCCGTCCGCTCTCACCAGgtacctcatt ... tttttggaagCCTTCCGATGGGATCAGTAAGGTGGTGTTTGGAGGACAGGTGACTGATGAA
EST: gi|351034181|gb|FQ463115.1|FQ463115
EST:     CCGCCGATTCTCCCGCCTCCGCTTCTCGCCCTGCCGTCCGCTCTCACCAG                         CCTTCCGATGGGATCAGTAAGGTGGTGTTTGGAGGACAGGTGACTGATGAA
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EST: gi|351016411|gb|FQ423838.1|FQ423838
EST:     CCGCCGATTCTCCCGCCTCCGCTTCTCGCCCTGCCGTCCGCTCTCACCAG                         CCTTCCGATGGGATCAGTAAGGTGGTGTTTGGAGGACAGGTGACTGATGAA
genomic: CCGCCGATTCTCCCGCCTCCGCTTCTCGCCCTGCCGTCCGCTCTCACCAGgtacctcatt ... tttttggaagCCTTCCGATGGGATCAGTAAGGTGGTGTTTGGAGGACAGGTGACTGATGAA
EST: gi|161717140|gb|FC066563.1|FC066563
EST:     CCGCCGATTCTCCCGCCTCCGCTTCTCGCCCTGCCGTCCGCTCTCACCAG                         CCTTCCGATGGGATCAGTAAGGTGGTGTTTGGAGGACAGGTGACTGATGAA
genomic: CCGCCGATTCTCCCGCCTCCGCTTCTCGCCCTGCCGTCCGCTCTCACCAGgtacctcatt ... tttttggaagCCTTCCGATGGGATCAGTAAGGTGGTGTTTGGAGGACAGGTGACTGATGAA
EST: gi|351056465|gb|FQ454326.1|FQ454326
EST:     CCGCCGATGCTCCCGCCTCCGCTTCTCGCCCTGCCGTCCGCTCTCACCAG                         CCTTCCGATGGGATCAGTAAGGTGGTGTTTGGAGGACAGGTGACTGATGAA
genomic: CCGCCGATTCTCCCGCCTCCGCTTCTCGCCCTGCCGTCCGCTCTCACCAGgtacctcatt ... tttttggaagCCTTCCGATGGGATCAGTAAGGTGGTGTTTGGAGGACAGGTGACTGATGAA
EST: gi|110703051|gb|EE079558.1|EE079558
EST:     CCGCCGATTCTCCCGCCTCCGCTTCTCGCCCTGCCGTCCGCTCTCACCAG                         CCTTCCGATGGGATCAGTAAGGTGGTGTTTGGAGGACAGGTGACTGATGAA
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EST: gi|161706465|gb|FC057590.1|FC057590
EST:     CCGCCGATTCTCCCGCCTCCGCTTCTCGCCCTGCCGTCCGCTCTCACCAG                         CCTTCCGATGGGATCAGTAAGGTGGTGTTTGGAGGACAGGTGACTGATGAA
genomic: CCGCCGATTCTCCCGCCTCCGCTTCTCGCCCTGCCGTCCGCTCTCACCAGgtacctcatt ... tttttggaagCCTTCCGATGGGATCAGTAAGGTGGTGTTTGGAGGACAGGTGACTGATGAA
EST: gi|110429233|gb|EC995723.1|EC995723
EST:     CCGCCGATTCTCCCGCCTCCGCTTCTCGCCCTGCCGTCCGCTCTCACCAG                         CCTTCCGATGGGATCAGTAAGGTGGTGTTTGGAGGACAGGTGACTGATGAA
genomic: CCGCCGATTCTCCCGCCTCCGCTTCTCGCCCTGCCGTCCGCTCTCACCAGgtacctcatt ... tttttggaagCCTTCCGATGGGATCAGTAAGGTGGTGTTTGGAGGACAGGTGACTGATGAA
EST: gi|351022504|gb|FQ447026.1|FQ447026
EST:     CCGCCGATTCTCCCGCCTCCGCTTCTCGCCCTGCCGTCCGCTCTCACCAG                         CCTTCCGATGGGATCAGTAAGGTGGTGTTTGGAGGACAGGTGACTGATGAA
genomic: CCGCCGATTCTCCCGCCTCCGCTTCTCGCCCTGCCGTCCGCTCTCACCAGgtacctcatt ... tttttggaagCCTTCCGATGGGATCAGTAAGGTGGTGTTTGGAGGACAGGTGACTGATGAA
EST: gi|349824984|gb|FQ406556.1|FQ406556
EST:     CCGCCGATTCTCCCGCCTCCGCTTCTCGCCCTGCCGTCCGCTCTCACCAG                         CCTTCCGATGGGATCAGTAAGGTGGTGTTTGGAGGACCGGTGACTGATGAA
genomic: CCGCCGATTCTCCCGCCTCCGCTTCTCGCCCTGCCGTCCGCTCTCACCAGgtacctcatt ... tttttggaagCCTTCCGATGGGATCAGTAAGGTGGTGTTTGGAGGACAGGTGACTGATGAA
EST: gi|351022653|gb|FQ428562.1|FQ428562
EST:     CCGCCGATTCTCCCGCCTCCGCTTCTCGCCCTGCCGTCCGCTCTCACCAG                         CCTTCCGATGGGATCAGTAAGGTGGTGTTTGGAGGACAGGTGACTGATGAA
genomic: CCGCCGATTCTCCCGCCTCCGCTTCTCGCCCTGCCGTCCGCTCTCACCAGgtacctcatt ... tttttggaagCCTTCCGATGGGATCAGTAAGGTGGTGTTTGGAGGACAGGTGACTGATGAA
EST: gi|110700659|gb|EE077505.1|EE077505
EST:     CCGCCGATTCTCCCGCCTCCGCTTCTCGCCCTGCCGTCCGCTCTCACCAG                         CCTTCCGATGGGATCAGTAAGGTGGTGTTTGGAGGACAGGTGACTGATGAA
genomic: CCGCCGATTCTCCCGCCTCCGCTTCTCGCCCTGCCGTCCGCTCTCACCAGgtacctcatt ... tttttggaagCCTTCCGATGGGATCAGTAAGGTGGTGTTTGGAGGACAGGTGACTGATGAA
EST: gi|351055621|gb|FQ452086.1|FQ452086
EST:     CCGCCGATTCTCCCGCCTCCGCTTCTCGCCCTGCCGTCCGCTCTCACCAG                         CCTTCCGATGGGATCAGTAAGGTGGTGTTTGGAGGACAGGTGACTGATGAA
genomic: CCGCCGATTCTCCCGCCTCCGCTTCTCGCCCTGCCGTCCGCTCTCACCAGgtacctcatt ... tttttggaagCCTTCCGATGGGATCAGTAAGGTGGTGTTTGGAGGACAGGTGACTGATGAA
EST: gi|71867999|gb|DT017054.1|DT017054
EST:     CCGCCGATTCTCCCGCCTCCGCTTCTCGCCCTGCCGTCCGCTCTCACCAG                         CCTTCCGATGGGATCAGTAAGGTGGTGTTTGGAGGACAGGTGACTGATGAA
genomic: CCGCCGATTCTCCCGCCTCCGCTTCTCGCCCTGCCGTCCGCTCTCACCAGgtacctcatt ... tttttggaagCCTTCCGATGGGATCAGTAAGGTGGTGTTTGGAGGACAGGTGACTGATGAA
EST: gi|351038942|gb|FQ457617.1|FQ457617
EST:     CCGCCGATTCTCCCGCCTCCGCTTCTCGCCCTGCCGTCCGCTCTCACCAG                         CCTTCCGATGGGATCAGTAAGGTGGTGTTTGGAGGACAGGTGACTGATGAA
genomic: CCGCCGATTCTCCCGCCTCCGCTTCTCGCCCTGCCGTCCGCTCTCACCAGgtacctcatt ... tttttggaagCCTTCCGATGGGATCAGTAAGGTGGTGTTTGGAGGACAGGTGACTGATGAA
EST: gi|351034791|gb|FQ458148.1|FQ458148
EST:     CCGCCGATTCTCCCGCCTCCGCTTCTCGCCCTGCCGTCCGCTCTCACCAG                         CCTTCCGATGGGATCAGTAAGGTGGTGTTTGGAGGACAGGTGGCTGATGAA
genomic: CCGCCGATTCTCCCGCCTCCGCTTCTCGCCCTGCCGTCCGCTCTCACCAGgtacctcatt ... tttttggaagCCTTCCGATGGGATCAGTAAGGTGGTGTTTGGAGGACAGGTGACTGATGAA
EST: gi|351036728|gb|FQ457441.1|FQ457441
EST:     CTGCCGATTCTCCCGCCTCCGCTTCTCGCCCTGCCGTCCGCTCTCACCAG                         CCTTCCGATGGGATCAGTAAGGTGGTGTTTGGAGGACAGGTGACTGATGAA
genomic: CCGCCGATTCTCCCGCCTCCGCTTCTCGCCCTGCCGTCCGCTCTCACCAGgtacctcatt ... tttttggaagCCTTCCGATGGGATCAGTAAGGTGGTGTTTGGAGGACAGGTGACTGATGAA
EST: gi|351052900|gb|FQ453887.1|FQ453887
EST:     CCGCCGATTCTCCCGCCTCCGCTTCTCGCCCTGCCGTCCGCTCTCACCAG                         CCTTCCGATGGGATCAGTAAGGTGGTGTTTGGAGGACAGGTGACTGATGAA
genomic: CCGCCGATTCTCCCGCCTCCGCTTCTCGCCCTGCCGTCCGCTCTCACCAGgtacctcatt ... tttttggaagCCTTCCGATGGGATCAGTAAGGTGGTGTTTGGAGGACAGGTGACTGATGAA