Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CTGCTGCTTGTGGGTGTTGTTGGTGGATTTGCCACTGTTGGGTATGTCTACAGGGACCAGATCAATGCCTTCCTGACTCAGTTTTCGGGCTTCATTGAAGgtaatttgctataattggttgcatatttggtttttttctgagagtttggtgtgcgttttgttcgttagggcgattagatttgggcatccgcggtgccctt...

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv18s0001g03830.t01
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|352794480|gb|FQ481713.1|FQ481713
EST:     CAGGGACCAGATCAATGCCTTCCTGACTCAGTTTTCGGGCTTCATTGAAG                         GTTATGGACCAGCTGGATATGCTTTGTTTGTAGCAGTTTATGCTGGACTAG
genomic: CAGGGACCAGATCAATGCCTTCCTGACTCAGTTTTCGGGCTTCATTGAAGgtaatttgct ... gaatgaatagGTTATGGACCAGCTGGATATGCTTTGTTTGTAGCAGTTTATGCTGGACTAG
EST: gi|30251710|gb|CB969443.1|CB969443
EST:     AGGGACCAGATCAATGCCTTCCTGACTCGGTTTTCGGGCTTCATTGAAG                         GTTATGGACCAGCTGGATATGCTTTGTTTGTAGCAGTTTATGCTGGACTAG
genomic: AGGGACCAGATCAATGCCTTCCTGACTCAGTTTTCGGGCTTCATTGAAGgtaatttgct ... gaatgaatagGTTATGGACCAGCTGGATATGCTTTGTTTGTAGCAGTTTATGCTGGACTAG
EST: gi|349819285|gb|FQ412179.1|FQ412179
EST:     CAGGGACCAGATCAATGCCTTCCTGACTCAGTTTTCGGGCTTCATTGAAG                         GTTATGGACCAGCTGGATATGCTTTGTTTGTAGCAGTTTATGCTGGACTAG
genomic: CAGGGACCAGATCAATGCCTTCCTGACTCAGTTTTCGGGCTTCATTGAAGgtaatttgct ... gaatgaatagGTTATGGACCAGCTGGATATGCTTTGTTTGTAGCAGTTTATGCTGGACTAG
EST: gi|351034940|gb|FQ458297.1|FQ458297
EST:     CAGGGACCAGATCAATGCCTTCCTGACTCAGTTTTCGGGCTTCATTGAAG                         GTTATGGACCAGCTGGATATGCTTTGTTTGTAGCAGTTTATGCTGGACTAG
genomic: CAGGGACCAGATCAATGCCTTCCTGACTCAGTTTTCGGGCTTCATTGAAGgtaatttgct ... gaatgaatagGTTATGGACCAGCTGGATATGCTTTGTTTGTAGCAGTTTATGCTGGACTAG
EST: gi|351034901|gb|FQ458258.1|FQ458258
EST:     CAGGGACCAGATCAATGCCTTCCTGACTCAGTTTTCGGGCTTCATTGAAG                         GTTATGGACCAGCTGGATATGCTTTGTTTGTAGCAGTTTATGCTGGACTAG
genomic: CAGGGACCAGATCAATGCCTTCCTGACTCAGTTTTCGGGCTTCATTGAAGgtaatttgct ... gaatgaatagGTTATGGACCAGCTGGATATGCTTTGTTTGTAGCAGTTTATGCTGGACTAG
EST: gi|351057222|gb|FQ450929.1|FQ450929
EST:     CAGGGACCAGATCAATGCCTTCCTGACTCAGTTTTCGGGCTTCATTGAAG                         GTTATGGACCAGCTGGATATGCTTTGTTTGTAGCAGTTTATGCTGGACTAG
genomic: CAGGGACCAGATCAATGCCTTCCTGACTCAGTTTTCGGGCTTCATTGAAGgtaatttgct ... gaatgaatagGTTATGGACCAGCTGGATATGCTTTGTTTGTAGCAGTTTATGCTGGACTAG
EST: gi|351036114|gb|FQ463959.1|FQ463959
EST:     CAGGGACCAGGTCAATGCCTTCCTGACTCAGTTTTCGGGCTTCATTGAAG                         GTTATGGACCAGCTGGATACGCTTTGTTTGTAGCAGTTTATGCTGGTCTAG
genomic: CAGGGACCAGATCAATGCCTTCCTGACTCAGTTTTCGGGCTTCATTGAAGgtaatttgct ... gaatgaatagGTTATGGACCAGCTGGATATGCTTTGTTTGTAGCAGTTTATGCTGGACTAG
EST: gi|351039397|gb|FQ461264.1|FQ461264
EST:     CAGGGACCAGGTCAATGCCTTCCTGACTCAGTTTTCGGGCTTCATTGAAG                         GTTATGGACCAGCTGGATACGCTTTGTTTGTAGCAGTTTATGCTGGACTAG
genomic: CAGGGACCAGATCAATGCCTTCCTGACTCAGTTTTCGGGCTTCATTGAAGgtaatttgct ... gaatgaatagGTTATGGACCAGCTGGATATGCTTTGTTTGTAGCAGTTTATGCTGGACTAG
EST: gi|351034737|gb|FQ458094.1|FQ458094
EST:     CAGGGACCAGATCAATGCCTTCCTGACTCAGTTTTCGGGCTTCATTGAAG                         GTTATGGACCAGCTGGATATGCTTTGTTTGTAGCAGTTTATGCTGGACTAG
genomic: CAGGGACCAGATCAATGCCTTCCTGACTCAGTTTTCGGGCTTCATTGAAGgtaatttgct ... gaatgaatagGTTATGGACCAGCTGGATATGCTTTGTTTGTAGCAGTTTATGCTGGACTAG
EST: gi|30251561|gb|CB969294.1|CB969294
EST:     CAGGGACCAGATCAATGCCTTCCTGACTCGGTTTTCGGGCTTCATTGAAG                         GTTATGGACCAGCTGGATATGCTTTGTTTGTAGCAGTTTATGCTGGACTAG
genomic: CAGGGACCAGATCAATGCCTTCCTGACTCAGTTTTCGGGCTTCATTGAAGgtaatttgct ... gaatgaatagGTTATGGACCAGCTGGATATGCTTTGTTTGTAGCAGTTTATGCTGGACTAG
EST: gi|351045198|gb|FQ451646.1|FQ451646
EST:     CAGGGACCAGATCAATGCCTTCCTGACTCAGTTTTCGGGCTTCATTGAAG                         GTTATGGACCAGCTGGATATGCTTTGTTTGTAGCAGTTTATGCTGGACTAG
genomic: CAGGGACCAGATCAATGCCTTCCTGACTCAGTTTTCGGGCTTCATTGAAGgtaatttgct ... gaatgaatagGTTATGGACCAGCTGGATATGCTTTGTTTGTAGCAGTTTATGCTGGACTAG
EST: gi|349808981|gb|FQ406831.1|FQ406831
EST:     CAGGGACCAGATCAATGCCTTCCTGACTCAGTTTTCGGGCTTCATTGAAG                         GTTATGGACCAGCTGGATATGCTTTGTTTGTAGCAGTTTATGCTGGACTAG
genomic: CAGGGACCAGATCAATGCCTTCCTGACTCAGTTTTCGGGCTTCATTGAAGgtaatttgct ... gaatgaatagGTTATGGACCAGCTGGATATGCTTTGTTTGTAGCAGTTTATGCTGGACTAG
EST: gi|351036320|gb|FQ458695.1|FQ458695
EST:     CAGGGACCAGATCAATGCCTTCCTGACTCAGTTTTCGGGCTTCATTGAAG                         GTTATGGACCAGCTGGATATGCTTTGTTTGTAGCAGTTTATGCTGGACTAG
genomic: CAGGGACCAGATCAATGCCTTCCTGACTCAGTTTTCGGGCTTCATTGAAGgtaatttgct ... gaatgaatagGTTATGGACCAGCTGGATATGCTTTGTTTGTAGCAGTTTATGCTGGACTAG
EST: gi|351032915|gb|FQ461804.1|FQ461804
EST:     CAGGGACCAGATCAATGCCTTCCTGACTCAGTTTTCGGGCTTCATTGAAG                         GTTATGGACCAGCTGGATATGCTTTGTTTGTAGCAGTTTATGCTGGACTAG
genomic: CAGGGACCAGATCAATGCCTTCCTGACTCAGTTTTCGGGCTTCATTGAAGgtaatttgct ... gaatgaatagGTTATGGACCAGCTGGATATGCTTTGTTTGTAGCAGTTTATGCTGGACTAG
EST: gi|351037983|gb|FQ465221.1|FQ465221
EST:     CAGGGACCGGGTCAATGCCTTCCTGACTCAGTTTTCGGGCTTCATTGAAG                         GTTATGGACCAGCTGGATACGCTTTGTTTGTAGCAGTTTATGCTGGACTAG
genomic: CAGGGACCAGATCAATGCCTTCCTGACTCAGTTTTCGGGCTTCATTGAAGgtaatttgct ... gaatgaatagGTTATGGACCAGCTGGATATGCTTTGTTTGTAGCAGTTTATGCTGGACTAG
EST: gi|351033705|gb|FQ462235.1|FQ462235
EST:     CAGGGACCAGATCAATGCCTTCCTGACTCAGTTTTCGGGCTTCATTGAAG                         GTTATGGACCAGCTGGATATGCTTTGTTTGTAGCAGTTTATGCTGGACTAG
genomic: CAGGGACCAGATCAATGCCTTCCTGACTCAGTTTTCGGGCTTCATTGAAGgtaatttgct ... gaatgaatagGTTATGGACCAGCTGGATATGCTTTGTTTGTAGCAGTTTATGCTGGACTAG
EST: gi|351052004|gb|FQ450695.1|FQ450695
EST:     CAGGGACCAGATCAATGCCTTCCTGACTCAGTTTTCGGGCTTCATTGAAG                         GTTATGGACCAGCTGGATATGCTTTGTTTGTAGCAGTTTATGCTGGACTAG
genomic: CAGGGACCAGATCAATGCCTTCCTGACTCAGTTTTCGGGCTTCATTGAAGgtaatttgct ... gaatgaatagGTTATGGACCAGCTGGATATGCTTTGTTTGTAGCAGTTTATGCTGGACTAG
EST: gi|30251627|gb|CB969360.1|CB969360
EST:     CAGGGACCAGATCAATGCCTTCCTGACTCGGTTTTCGGGCTTCATTGAAG                         GTTATGGACCAGCTGGATATGCTTTGTTTGTAGCAGTTTATGCTGGACTAG
genomic: CAGGGACCAGATCAATGCCTTCCTGACTCAGTTTTCGGGCTTCATTGAAGgtaatttgct ... gaatgaatagGTTATGGACCAGCTGGATATGCTTTGTTTGTAGCAGTTTATGCTGGACTAG
EST: gi|351032199|gb|FQ460456.1|FQ460456
EST:     CAGGGACCAGATCAATGCCTTCCTGACTCGGTTTTCGGGCTTCATTGAAG                         GTTATGGACCAGCTGGATATGCTTTGTTTGTAGCAGTTTATGCTGGACTAG
genomic: CAGGGACCAGATCAATGCCTTCCTGACTCAGTTTTCGGGCTTCATTGAAGgtaatttgct ... gaatgaatagGTTATGGACCAGCTGGATATGCTTTGTTTGTAGCAGTTTATGCTGGACTAG
EST: gi|351046526|gb|FQ453142.1|FQ453142
EST:     CAGGGACCAGATCAATGCCTTCCTGACTCAGTTTTCGGGCTTCATTGAAG                         GTTATGGACCAGCTGGATATGCTTTGTTTGTAGCAGTTTATGCTGGACTAG
genomic: CAGGGACCAGATCAATGCCTTCCTGACTCAGTTTTCGGGCTTCATTGAAGgtaatttgct ... gaatgaatagGTTATGGACCAGCTGGATATGCTTTGTTTGTAGCAGTTTATGCTGGACTAG
EST: gi|110724658|gb|EE100678.1|EE100678
EST:     CAGGGACCAGATCAATGCCTTCCTGACTCAGTTTTCGGGCTTCATTGAAG                         GTTATGGACCAGCCGGATATGCTTTGTTTGTAGCAGTTTATGCTGGACTAG
genomic: CAGGGACCAGATCAATGCCTTCCTGACTCAGTTTTCGGGCTTCATTGAAGgtaatttgct ... gaatgaatagGTTATGGACCAGCTGGATATGCTTTGTTTGTAGCAGTTTATGCTGGACTAG
EST: gi|30251641|gb|CB969374.1|CB969374
EST:     AGGGACCAGATCAATGCCTTCCTGACTCGGTTTTCGGGCTTCATTGAAG                         GTTATGGACCAGCTGGATATGCTTTGTTTGTAGCAGTTTATGCTGGACTAG
genomic: AGGGACCAGATCAATGCCTTCCTGACTCAGTTTTCGGGCTTCATTGAAGgtaatttgct ... gaatgaatagGTTATGGACCAGCTGGATATGCTTTGTTTGTAGCAGTTTATGCTGGACTAG
EST: gi|352798388|gb|FQ480413.1|FQ480413
EST:     CAGGGACCAGATCAATGCCTTCCTGACTCAGTTTTCGGGCTTCATTGAAG                         GTTATGGACCAGCTGGATATGCTTTGTTTGTAGCAGTTTATGCTGGACTAG
genomic: CAGGGACCAGATCAATGCCTTCCTGACTCAGTTTTCGGGCTTCATTGAAGgtaatttgct ... gaatgaatagGTTATGGACCAGCTGGATATGCTTTGTTTGTAGCAGTTTATGCTGGACTAG
EST: gi|351041669|gb|FQ455879.1|FQ455879
EST:     CAGGGACCAGATCAATGCCTTCCTGACTCAGTTTTCGGGCTTCATTGAAG                         GTTATGGACCAGCTGGATATGCTTTGTTTGTAGCAGTTTATGCTGGACTAG
genomic: CAGGGACCAGATCAATGCCTTCCTGACTCAGTTTTCGGGCTTCATTGAAGgtaatttgct ... gaatgaatagGTTATGGACCAGCTGGATATGCTTTGTTTGTAGCAGTTTATGCTGGACTAG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CTGCTGCTTGTGGGTGTTGTTGGTGGATTTGCCACTGTTGGGTATGTCTACAGGGACCAGATCAATGCCTTCCTGACTCAGTTTTCGGGCTTCATTGAAGgtaatttgctataattggttgcatatttggtttttttctgagagtttggtgtgcgttttgttcgttagggcgattagatttgggcatccgcggtgccctt

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGATCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG