1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
CCTGAGCTCAATCCGGGTGGTGCTGTCCGGGGCAGCCCCGCTGGGGAAGGAGCTGGAGGCGGCTCTCCGGAGCAGGGTGCCTCAGGCGGTGCTTGGCCAGgtatgattactaattcactgcgcgtcaaacaatccatgcatggaaggttattttcgttattttatcaaaatcgtgagggcatttttgtcctttgacttga...
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv16s0039g02040.t01 |
intron # | 1 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: AGCTGGAGGCGGCTCTCCGGAGCAGGGTGCCTCAGGCGGTGCTTGGCCAG GGTTATGGAATGACAGAGGCCGGACCGGTGTTATCGATGTGCCTAGGCTTCEST: gi|110699052|gb|EE077254.1|EE077254
genomic: AGCTGGAGGCGGCTCTCCGGAGCAGGGTGCCTCAGGCGGTGCTTGGCCAGgtatgattac ... ttatgtgtagGGTTATGGAATGACAGAGGCCGGACCGGTGTTATCGATGTGCCTAGCCTTC
EST: AGCTGGAGGCGGCTCTCCGGAGCAGGGTGCCTCAGGCGGTGCTTGGCCAG GGTTATGGAATGACAGAG-CCGGACCGGTGTTATCGATGTGCCTAGCCTTCEST: gi|33404900|gb|CF210527.1|CF210527
genomic: AGCTGGAGGCGGCTCTCCGGAGCAGGGTGCCTCAGGCGGTGCTTGGCCAGgtatgattac ... ttatgtgtagGGTTATGGAATGACAGAGGCCGGACCGGTGTTATCGATGTGCCTAGCCTTC
EST: AGCTGGAGGCGGCTCTCCGGAGCAGGGTGCCTCAGGCGGTGCTTGGCCAG GGTTATGGAATGACAGAGGCCGGACCGGTTTTATCGATGTGCCTAGCTTTCEST: gi|110699199|gb|EE075988.1|EE075988
genomic: AGCTGGAGGCGGCTCTCCGGAGCAGGGTGCCTCAGGCGGTGCTTGGCCAGgtatgattac ... ttatgtgtagGGTTATGGAATGACAGAGGCCGGACCGGTGTTATCGATGTGCCTAGCCTTC
EST: AGCTGGAGGCGGCTCTCCGGAGCAGGGTGCCTCAGGCGGTGCTTGGCCAG GGTTATGGAATGACAGAGGCCGGACCGGTGTTATCGATGTGCCTAGCCTTCEST: gi|33404985|gb|CF210612.1|CF210612
genomic: AGCTGGAGGCGGCTCTCCGGAGCAGGGTGCCTCAGGCGGTGCTTGGCCAGgtatgattac ... ttatgtgtagGGTTATGGAATGACAGAGGCCGGACCGGTGTTATCGATGTGCCTAGCCTTC
EST: AGCTGGAGGCGGCTCTCCGGAGCAGGGTGCCTCAGGCGGTGCTTGGCCAG GGTTATGGAATGACAGAGGCCGGACCGGTTTTATCGATGTGCCTAGCTTTCEST: gi|349816672|gb|FQ404919.1|FQ404919
genomic: AGCTGGAGGCGGCTCTCCGGAGCAGGGTGCCTCAGGCGGTGCTTGGCCAGgtatgattac ... ttatgtgtagGGTTATGGAATGACAGAGGCCGGACCGGTGTTATCGATGTGCCTAGCCTTC
EST: AGCTGGATGCGGCTCTCCGGAGCAGGGTGCCTCAGGCGGTGCTTGGCCAG GGTTATGGAATGACAGAGGGCCGGACCGGTTTT-TCGATGTGCCEST: gi|110376549|gb|EC941609.1|EC941609
genomic: AGCTGGAGGCGGCTCTCCGGAGCAGGGTGCCTCAGGCGGTGCTTGGCCAGgtatgattac ... ttatgtgtagGGTTATGGAATGACAGAGG-CCGGACCGGTGTTATCGATGTGCC
EST: AGCTGGAGGCGGCTCTCCGGAGCAGGGTGCCTCAGGCGGTGCTTGGCCAG GGTTATGGAATGACAGAGGCCGGACCGGTGTTATCGATGTGCCTAGGCTTC
genomic: AGCTGGAGGCGGCTCTCCGGAGCAGGGTGCCTCAGGCGGTGCTTGGCCAGgtatgattac ... ttatgtgtagGGTTATGGAATGACAGAGGCCGGACCGGTGTTATCGATGTGCCTAGCCTTC
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| CCTGAGCTCAATCCGGGTGGTGCTGTCCGGGGCAGCCCCGCTGGGGAAGGAGCTGGAGGCGGCTCTCCGGAGCAGGGTGCCTCAGGCGGTGCTTGGCCAGgtatgattactaattcactgcgcgtcaaacaatccatgcatggaaggttattttcgttattttatcaaaatcgtgagggcatttttgtcctttgacttga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -caaacaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -atcaaaa