1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
AGAGGAGGATATTCAGGCGTGCGAGGAGAGGTACAATAAGAGCAAGCTTGTTCACTCGATTATGCGGCATGTTGCCGAGACGATGCAGCTTGATTTGGAGgtacattgggtcgattctagtggttggttgctgagaaaattgattttgttttcaaatcattaacaaactaaactaagccaaatcgcaggttatcctttgt...
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv13s0067g01710.t01 |
intron # | 1 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TTCACTCGATTATGCGGCATGTTGCCGAGACGATGCAGCTTGATTTGGAG GATTTATACATCCACGTCGGATGGCCTTTATACCGAAAATATGGTCATGCTEST: gi|349810908|gb|FQ405896.1|FQ405896
genomic: TTCACTCGATTATGCGGCATGTTGCCGAGACGATGCAGCTTGATTTGGAGgtacattggg ... cttataacagGATTTATACATCCACGTCGGATGGCCTTTATACCGAAAATATGGTCATGCT
EST: TTCACTCGATTATGCGGCATGTTGCCGAGACGATGCAGCTTGATTTGGAG GATTTATACATCCACGTCGGGTGGCCTTTATACCGAAAATATGGTCATGCTEST: gi|110698113|gb|EE075755.1|EE075755
genomic: TTCACTCGATTATGCGGCATGTTGCCGAGACGATGCAGCTTGATTTGGAGgtacattggg ... cttataacagGATTTATACATCCACGTCGGATGGCCTTTATACCGAAAATATGGTCATGCT
EST: TTCACTCGATTATGCGGCATGTTGCCGAGACGATGCAGCTTGATTTGGAG GATTTATACATCCACGTCGGATGGCCTTTATACCGAAAATATGGTCATGCTEST: gi|110720646|gb|EE096749.1|EE096749
genomic: TTCACTCGATTATGCGGCATGTTGCCGAGACGATGCAGCTTGATTTGGAGgtacattggg ... cttataacagGATTTATACATCCACGTCGGATGGCCTTTATACCGAAAATATGGTCATGCT
EST: TTCACTCGATTATGCGGCATGTTGCCGAGACGATGCAGCTTGATTTGGAG GATTTATACATCCACGTCGGATGGCCTTTATACCGAAAATATGGTCATGCTEST: gi|71870361|gb|DT019416.1|DT019416
genomic: TTCACTCGATTATGCGGCATGTTGCCGAGACGATGCAGCTTGATTTGGAGgtacattggg ... cttataacagGATTTATACATCCACGTCGGATGGCCTTTATACCGAAAATATGGTCATGCT
EST: TTCACTCGATTATGCGGCATGTTGCCGAGACGATGCAGCTTGATTTGGAG GATTTATACATCCACGTCGGATGGCCTTTATACCGAAAATATGGTCATGCTEST: gi|32268823|gb|CD717982.1|CD717982
genomic: TTCACTCGATTATGCGGCATGTTGCCGAGACGATGCAGCTTGATTTGGAGgtacattggg ... cttataacagGATTTATACATCCACGTCGGATGGCCTTTATACCGAAAATATGGTCATGCT
EST: TTCACTCGATTATGCGGCATGTTGCCGAGACGATGCAGCTTGATTTGGAG GATTTATACATCCACGTCGGATGGCCTTTATACCGAAAATATGGTCATGCTEST: gi|110686590|gb|EE064398.1|EE064398
genomic: TTCACTCGATTATGCGGCATGTTGCCGAGACGATGCAGCTTGATTTGGAGgtacattggg ... cttataacagGATTTATACATCCACGTCGGATGGCCTTTATACCGAAAATATGGTCATGCT
EST: TTCACTCGATTATGCGGCATGTTGCCGAGACGATGCAGCTTGATTTGGAG GATTTATACATCCACGTCGGATGGCCTTTATACCGAAAATATGGTCATGCTEST: gi|349821373|gb|FQ410994.1|FQ410994
genomic: TTCACTCGATTATGCGGCATGTTGCCGAGACGATGCAGCTTGATTTGGAGgtacattggg ... cttataacagGATTTATACATCCACGTCGGATGGCCTTTATACCGAAAATATGGTCATGCT
EST: TTCACTCGATTATGCGGCATGTTGCCGAGACCATGCAGCTTGATTTGGAG GATTTATACATCCACGTCAGG-TGGCCTTTATACCGAAAAAATGGTCATGCEST: gi|110708703|gb|EE086544.1|EE086544
genomic: TTCACTCGATTATGCGGCATGTTGCCGAGACGATGCAGCTTGATTTGGAGgtacattggg ... cttataacagGATTTATACATCCACGTC-GGATGGCCTTTATACCGAAAATATGGTCATGC
EST: ACGATGCAGCTTGATTTGGAG GATTTATACATCCACGTCGGATGGCCTTTATACCGAAAATATGGTCATGCT
genomic: ACGATGCAGCTTGATTTGGAGgtacattggg ... cttataacagGATTTATACATCCACGTCGGATGGCCTTTATACCGAAAATATGGTCATGCT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| AGAGGAGGATATTCAGGCGTGCGAGGAGAGGTACAATAAGAGCAAGCTTGTTCACTCGATTATGCGGCATGTTGCCGAGACGATGCAGCTTGATTTGGAGgtacattgggtcgattctagtggttggttgctgagaaaattgattttgttttcaaatcattaacaaactaaactaagccaaatcgcaggttatcctttgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gagaaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - taacaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaactaa