Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTGGAGGCCTGGTGTTGCGATTCTTCCAGTTCGCGTTTGCGGCAGTGTCGCTGTGTGTCATGGCCACCACCAGCGATTTCCCCTCTGTCACCGCCTTCTGgtatggcatccttctttctctgtagctttaaaattttttagatgcgtagaacttggaagtacagatgcagaactggagttgttgcaaagcttcggatcag...

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv13s0019g04330.t01
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110392468|gb|EC957912.1|EC957912
EST:     CTGTGTGTCATGGCCACCACCAGCGATTTCCCCTCTGTCACCGCCTTCTG                         CTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCTTGCAAAGCTTGTGGAGCCTTTCTCTTGC
genomic: CTGTGTGTCATGGCCACCACCAGCGATTTCCCCTCTGTCACCGCCTTCTGgtatggcatc ... tctgtgccagCTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCTTGCAAAGCTTGTGGAGCCTTTCTCTTGC
EST: gi|18459141|gb|BM437419.1|BM437419
EST:     CTGTGTGTCATGGCCACCACCAGCGATTTCCCCTCTGTCACCGCCTTCTG                         CTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCTTGCAAAGCTTGTGGAGCCTTTCTCTTGC
genomic: CTGTGTGTCATGGCCACCACCAGCGATTTCCCCTCTGTCACCGCCTTCTGgtatggcatc ... tctgtgccagCTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCTTGCAAAGCTTGTGGAGCCTTTCTCTTGC
EST: gi|22012661|gb|BQ797695.1|BQ797695
EST:     CTGTGTGTCATGGCCACCACCAGCGATTTCCCCTCTGTCACCGCCTTCTG                         CTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCTTGCAAAGCTTGTGGAGCCTTTCTCTTGC
genomic: CTGTGTGTCATGGCCACCACCAGCGATTTCCCCTCTGTCACCGCCTTCTGgtatggcatc ... tctgtgccagCTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCTTGCAAAGCTTGTGGAGCCTTTCTCTTGC
EST: gi|30321178|gb|CD004440.1|CD004440
EST:     CTGTGTGTCATGGCCACCACCAGCGATTTCCCCTCTGTCACCGCCTTCTG                         CTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCTTGCAAAGCTTGTGGAGCCTTTCTCTTGC
genomic: CTGTGTGTCATGGCCACCACCAGCGATTTCCCCTCTGTCACCGCCTTCTGgtatggcatc ... tctgtgccagCTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCTTGCAAAGCTTGTGGAGCCTTTCTCTTGC
EST: gi|71890446|gb|DT039501.1|DT039501
EST:     CTGTGTGTCATGGCCACCACCAGCGATTTCCCCTCTGTCACCGCCTTCTG                         CTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCTTGCAAAGCTTGTGGAGCCTTTCTCTTGC
genomic: CTGTGTGTCATGGCCACCACCAGCGATTTCCCCTCTGTCACCGCCTTCTGgtatggcatc ... tctgtgccagCTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCTTGCAAAGCTTGTGGAGCCTTTCTCTTGC
EST: gi|32269001|gb|CD718160.1|CD718160
EST:     CTGTGTGTCATGGCCACCACCAGCGATTTCCCCTCTGTCACCGCCTTCTG                         CTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCTTGCAAAGCTTGTGGAGCCTTTCTCTTGC
genomic: CTGTGTGTCATGGCCACCACCAGCGATTTCCCCTCTGTCACCGCCTTCTGgtatggcatc ... tctgtgccagCTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCTTGCAAAGCTTGTGGAGCCTTTCTCTTGC
EST: gi|32248058|gb|CD713877.1|CD713877
EST:     CTGTGTGTCATGGCCACCACCAGCGATTTCCCCTCTGTCACCGCCTTCTG                         CTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCTTGCAAAGCTTGTGGAGCCTTTCTCTTGC
genomic: CTGTGTGTCATGGCCACCACCAGCGATTTCCCCTCTGTCACCGCCTTCTGgtatggcatc ... tctgtgccagCTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCTTGCAAAGCTTGTGGAGCCTTTCTCTTGC
EST: gi|22012872|gb|BQ797906.1|BQ797906
EST:     CTGTGTGTCATGGCCACCACCAGCGATTTCCCCTCTGTCACCGCCTTCTG                         CTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCTTGCAAAGCTTGTGGAGCCTTTCTCTTGC
genomic: CTGTGTGTCATGGCCACCACCAGCGATTTCCCCTCTGTCACCGCCTTCTGgtatggcatc ... tctgtgccagCTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCTTGCAAAGCTTGTGGAGCCTTTCTCTTGC
EST: gi|110412553|gb|EC978306.1|EC978306
EST:     CTGTGTGTCATGGCCACCACCAGCGATTTCCCCTCTGTCACCGCCTTCTG                         CTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCTTGCAAAGCTTGTGGAGCCTTTCTCTTGC
genomic: CTGTGTGTCATGGCCACCACCAGCGATTTCCCCTCTGTCACCGCCTTCTGgtatggcatc ... tctgtgccagCTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCTTGCAAAGCTTGTGGAGCCTTTCTCTTGC
EST: gi|110386673|gb|EC951289.1|EC951289
EST:     CTGTGTGTCATGGCCACCACCAGCGATTTCCCCTCTGTCACCGCCTTCTG                         CTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCTTGCAAAGCTTGTGGAGCCTTTCTCTTGC
genomic: CTGTGTGTCATGGCCACCACCAGCGATTTCCCCTCTGTCACCGCCTTCTGgtatggcatc ... tctgtgccagCTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCTTGCAAAGCTTGTGGAGCCTTTCTCTTGC
EST: gi|30320649|gb|CD003911.1|CD003911
EST:     CTGTGTGTCATGGCCACCACCAGCGATTTCCCCTCTGTCACCGCCTTCTG                         CTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCTTGCAAAGCTTGTGGAGCCTTTCTCTTGC
genomic: CTGTGTGTCATGGCCACCACCAGCGATTTCCCCTCTGTCACCGCCTTCTGgtatggcatc ... tctgtgccagCTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCTTGCAAAGCTTGTGGAGCCTTTCTCTTGC
EST: gi|22014253|gb|BQ799287.1|BQ799287
EST:     CTGTGTGTCATGGCCACCACCAGCGATTTCCCCTCTGTCACCGCCTTCTG                         CTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCTTGCAAAGCTTGTGGAGCCTTTCTCTTGC
genomic: CTGTGTGTCATGGCCACCACCAGCGATTTCCCCTCTGTCACCGCCTTCTGgtatggcatc ... tctgtgccagCTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCTTGCAAAGCTTGTGGAGCCTTTCTCTTGC
EST: gi|30252183|gb|CB969734.1|CB969734
EST:     CTGTGTGTCATGGCCACCACCAGCGATTTCCCCTCTGTCACCGCCTTTTG                         CTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCTTGCAAAGCTTGTGGAGCCTTTCTCTTGC
genomic: CTGTGTGTCATGGCCACCACCAGCGATTTCCCCTCTGTCACCGCCTTCTGgtatggcatc ... tctgtgccagCTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCTTGCAAAGCTTGTGGAGCCTTTCTCTTGC
EST: gi|83275125|gb|DV939221.1|DV939221
EST:     CTGTGTGTCATGGCCACCACCAGCGATTTCCCCTCTGTCACCGCCTTCTG                         CTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCTTGCAAAGCTTGTGGAGCCTTTCTCTTGC
genomic: CTGTGTGTCATGGCCACCACCAGCGATTTCCCCTCTGTCACCGCCTTCTGgtatggcatc ... tctgtgccagCTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCTTGCAAAGCTTGTGGAGCCTTTCTCTTGC
EST: gi|28968424|gb|CB347457.1|CB347457
EST:     CTGTGTGTCATGGCCACCACCAGCGATTTCCCCTCTGTCACCGCCTTCTG                         CTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCTTGCAAAGCTTGTGGAGCCTTTCTCTTGC
genomic: CTGTGTGTCATGGCCACCACCAGCGATTTCCCCTCTGTCACCGCCTTCTGgtatggcatc ... tctgtgccagCTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCTTGCAAAGCTTGTGGAGCCTTTCTCTTGC