1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
AGGTTTTAGAAGATGGCCGATGCCGAGGATATCCAGCCTCTTGTGTGTGACAATGGAACTGGAATGGTCAAGgtttgtcagttattcttatttatttcaatgagttcatatgtttgtgtctgcacttgtttagataaagggctttagggattttacaaaatgaatttgactc...
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv12s0178g00200.t01 |
intron # | 1 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: CCGAGGATATCCAGCCTCTTGTGTGTGACAATGGAACTGGAATGGTCAAG GCTGGATTTGCTGGTGATGATGCTCCGAGGGCTGTGTTCCCCAGTATTGTTEST: gi|37183457|gb|CF602811.1|CF602811
genomic: CCGAGGATATCCAGCCTCTTGTGTGTGACAATGGAACTGGAATGGTCAAGgtttgtcagt ... aaatgtgcagGCTGGATTTGCTGGTGATGATGCTCCGAGGGCTGTGTTCCCCAGTATTGTT
EST: CCGAGGATATCCAGCCTCTTGTGTGTGACAATGGAACTGGAATGGTCAAG GCTGGATTTGCTGGTGATGATGCTCCGAGGGCTGTGTTCCCCAGTATTGTTEST: gi|161711336|gb|FC059109.1|FC059109
genomic: CCGAGGATATCCAGCCTCTTGTGTGTGACAATGGAACTGGAATGGTCAAGgtttgtcagt ... aaatgtgcagGCTGGATTTGCTGGTGATGATGCTCCGAGGGCTGTGTTCCCCAGTATTGTT
EST: CCGAGGATATCCAGCCTCTTGTGTGTGACAATGGAACTGGAATGGTCAAG GCTGGATTTGCTGGTGATGATGCTCCGAGGGCTGTGTTCCCCAGTATTGTCEST: gi|161716641|gb|FC065562.1|FC065562
genomic: CCGAGGATATCCAGCCTCTTGTGTGTGACAATGGAACTGGAATGGTCAAGgtttgtcagt ... aaatgtgcagGCTGGATTTGCTGGTGATGATGCTCCGAGGGCTGTGTTCCCCAGTATTGTT
EST: CCGAGGATATCCAGCCTCTTGTGTGTGACAATGGAACTGGAATGGTCAAG GCTGGATTTGCTGGTGATGATGCTCCGAGGGCTGTGTTCCCCAGTATTGTCEST: gi|71885906|gb|DT034961.1|DT034961
genomic: CCGAGGATATCCAGCCTCTTGTGTGTGACAATGGAACTGGAATGGTCAAGgtttgtcagt ... aaatgtgcagGCTGGATTTGCTGGTGATGATGCTCCGAGGGCTGTGTTCCCCAGTATTGTT
EST: CCGAGGATATCCAGCCTCTTGTGTGTGACAATGGAACTGGAATGGTCAAG GCTGGATTTGCTGGTGATGATGCTCCGAGGGCTGTGTTCCCCAGTATTGTCEST: gi|161713214|gb|FC063658.1|FC063658
genomic: CCGAGGATATCCAGCCTCTTGTGTGTGACAATGGAACTGGAATGGTCAAGgtttgtcagt ... aaatgtgcagGCTGGATTTGCTGGTGATGATGCTCCGAGGGCTGTGTTCCCCAGTATTGTT
EST: CCGAGGATATCCAGCCTCTTGTGTGTGACAATGGAACTGGAATGGTCAAG GCTGGATTTGCTGGTGATGATGCTCCGAGGGCTGTGTTCCCCAGTATTGTCEST: gi|110700325|gb|EE078233.1|EE078233
genomic: CCGAGGATATCCAGCCTCTTGTGTGTGACAATGGAACTGGAATGGTCAAGgtttgtcagt ... aaatgtgcagGCTGGATTTGCTGGTGATGATGCTCCGAGGGCTGTGTTCCCCAGTATTGTT
EST: CCGAGGATATCCAGCCTCTTGTGTGTGACAATGGAACTGGAATGGTCAAG GCTGGATTTGCTGGTGATGATGCTCCGAGGGCTGTGTTCCCCAGTATTGTTEST: gi|37185060|gb|CF604413.1|CF604413
genomic: CCGAGGATATCCAGCCTCTTGTGTGTGACAATGGAACTGGAATGGTCAAGgtttgtcagt ... aaatgtgcagGCTGGATTTGCTGGTGATGATGCTCCGAGGGCTGTGTTCCCCAGTATTGTT
EST: CCGAGGATATCCAGCCTCTTGTGTGTGACAATGGAACTGGAATGGTCAAG GCTGGATTTGCTGGTGATGATGCTCCGAGGGCTGTGTTCCCCAGTATTGTTEST: gi|110718999|gb|EE096472.1|EE096472
genomic: CCGAGGATATCCAGCCTCTTGTGTGTGACAATGGAACTGGAATGGTCAAGgtttgtcagt ... aaatgtgcagGCTGGATTTGCTGGTGATGATGCTCCGAGGGCTGTGTTCCCCAGTATTGTT
EST: GGAACTGGAATGGTCAAG GCTGGATTTGCTGGTGATGATGCTCCGAGGGCTGTGTTCCCCAGTATTGTTEST: gi|110724122|gb|EE099673.1|EE099673
genomic: GGAACTGGAATGGTCAAGgtttgtcagt ... aaatgtgcagGCTGGATTTGCTGGTGATGATGCTCCGAGGGCTGTGTTCCCCAGTATTGTT
EST: CCGAGGATATCCAGCCTCTTGTGTGTGACAATGGAACTGGAATGGTCAAG GCTGGATTTGCTGGTGATGATGCTCCGAGGGCTGTGTTCCCCAGTATTGTTEST: gi|30251740|gb|CB969473.1|CB969473
genomic: CCGAGGATATCCAGCCTCTTGTGTGTGACAATGGAACTGGAATGGTCAAGgtttgtcagt ... aaatgtgcagGCTGGATTTGCTGGTGATGATGCTCCGAGGGCTGTGTTCCCCAGTATTGTT
EST: GGAATGGTCAAG GCTGGATTTGCTGGTGATGATGCTCCGAGGGCTGTGTTCCCCAGTATTGTCEST: gi|161714645|gb|FC064228.1|FC064228
genomic: GGAATGGTCAAGgtttgtcagt ... aaatgtgcagGCTGGATTTGCTGGTGATGATGCTCCGAGGGCTGTGTTCCCCAGTATTGTT
EST: CCGAGGATATCCAGCCTCTTGTGTGTGACAATGGAACTGGAATGGTCAAG GCTGGATTTGCTGGTGATGATGCTCCGAGGGCTGTGTTCCCCAGTATTGTC
genomic: CCGAGGATATCCAGCCTCTTGTGTGTGACAATGGAACTGGAATGGTCAAGgtttgtcagt ... aaatgtgcagGCTGGATTTGCTGGTGATGATGCTCCGAGGGCTGTGTTCCCCAGTATTGTT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| AGGTTTTAGAAGATGGCCGATGCCGAGGATATCCAGCCTCTTGTGTGTGACAATGGAACTGGAATGGTCAAGgtttgtcagttattcttatttatttcaatgagttcatatgtttgtgtctgcacttgtttagataaagggctttagggattttacaaaatgaatttgactc
- - - - - - - - - - - - GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gataaag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaaatga