Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CACAGCAGAGGACGCCATTGTGAGGCTCACCAGGGAGATTGTGCCTGGAATGATCGTTACAGGCATGGAAGTTGCAGAGATTGATGGGGCTCCAAGGATGgtaatttctgaaaaaactttccaattccaccatagttttcccatccaccaaacagaggagctcttgactaccctgattgtattgcttccttgcggttaattttctttgctgatttttcag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv10s0116g00530.t01
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv10s0116g00530.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 1
lower sequence: GLYMA20G27990.1 (Glycine max), 5'ss of exon 1
CACAGCAGAGGACGCCATTGTGAGGCTCACCAGGGAGATTGTGCCTGGAATGATCGTTACAGGCATGGAAGTTGCAGAGATTGATGGGGCTCCAAGGATGgtaatttctgaaaaaactttccaattccaccatagtt-ttcccatccaccaaacagaggagctcttgactaccctgattgtattgcttccttgcggttaattttctttgctgatttttcag
  | || |||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||| || || |||||||| |||||||| ||||||||  | || || ||||||    ||    |   |||  | || |  | || ||  ||   |  |        |  |     | | |  |  ||    |   ||    || |   || |                   
TGCTGCTGAGGACGCTATTGTCAGGCTCACTAGGGAGATTGTGCCTGGCATGATTGTCACTGGCATGGAGGTTGCAGAAATTGATGGCTCCCCGAGAATGgtatgcactttcta---ttttaattttcgtcctaattactctagtatattgttattattattatgttaatcacaagacaaaaacactggggtgtgaaaaagta------------------

upper sequence: Vv10s0116g00530.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 1
lower sequence: GLYMA10G39740.1 (Glycine max), 5'ss of exon 1
CACAGCAGAGGACGCCATTGTGAGGCTCACCAGGGAGATTGTGCCTGGAATGATCGTTACAGGCATGGAAGTTGCAGAGATTGATGGGGCTCCAAGGATGgtaatttctgaaaaaactttccaattccaccatagttttcccatccaccaaacagaggagctcttgactac-cctgattgtattgcttccttgcggttaattttctttgctgatttttcag
  | |||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||| || ||||| || || |||||||| || ||||| ||||||||  | ||||||||||||     || |     |||| | |   | | | ||  |     |      | |       | || || |    ||  |  ||       || |  | ||| || || |     | | |||
TGCTGCAGAGGATGCTATTGTGAGGCTCACGAGGGAGATTGTGCCCGGCATGATTGTCACCGGCATGGAGGTGGCAGAAATTGATGGCTCCCCAAGGATGgta-----tgcag----tttctattctaatcttggtcctaattacttaagtatattattattattcacaagatttgtctacataaaacattttcaat-aatattgttggtgatatatgcag

upper sequence: Vv10s0116g00530.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 1
lower sequence: EFJ04508 (Selaginella moellendorffii), 5'ss of exon 1
CACAGCAGAGGACGCCATTGTGAGGCTCACCAGGGAGATTGTGCCTGGAATGATCGTTACAGGCATGGAAGTTGCAGAGATTGATGGGGCTCCAAGGATGgtaatttctgaaaaaactttccaattccaccatagttttcccatccaccaaacagaggagctcttgactaccctgattgtattgcttccttgcggttaattttctttgctgatttttcag
||| || |||||||| || |||||||||||  | ||| |||| ||||| |||||||| || ||||||||||| || ||||| |||||||| || |||||||||       || |   |||    |||   | | ||| |||     | |       ||   ||  |                                                      
CACTGCCGAGGACGCGATCGTGAGGCTCACTCGCGAGGTTGTTCCTGGGATGATCGTCACTGGCATGGAAGTCGCGGAGATCGATGGGGCACCGAGGATGgta-------aagaggttttt--gttctttctttgttgtccgtcttaacgtttctcgg--ttccag------------------------------------------------------

upper sequence: Vv10s0116g00530.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 1
lower sequence: EFJ26284 (Selaginella moellendorffii), 5'ss of exon 1
CACAGCAGAGGACGCCATTGTGAGGCTCACCAGGGAGATTGTGCCTGGAATGATCGTTACAGGCATGGAAGTTGCAGAGATTGATGGGGCTCCAAGGATGgtaatttctgaaaaaactttccaattccaccatagttttcccatccaccaaacagaggagctcttgactaccctgattgtattgcttccttgcggttaattttctttgctgatttttcag
||| || |||||||| || |||||||||||  | ||| |||| ||||| |||||||| || ||||||||||| || ||||| |||||||| || |||||||||       || |   |||    |||   | | ||| | |     | |       ||   ||  |                                                      
CACTGCCGAGGACGCGATCGTGAGGCTCACTCGCGAGGTTGTTCCTGGGATGATCGTCACTGGCATGGAAGTCGCGGAGATCGATGGGGCACCGAGGATGgta-------aagaggttttt--gttctttctttgttgttcgtcttaacgtttctcgg--ttccag------------------------------------------------------

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|351043512|gb|FQ430986.1|FQ430986
EST:     TGATCGTTACAGGCATGGAAGTTGCAGAGATTGATGGGGCTCCAAGGATG                         GGTCCTACCTTTGGGGCTATGATGATATCGGGGCAGAAGGCTGCACATTTG
genomic: TGATCGTTACAGGCATGGAAGTTGCAGAGATTGATGGGGCTCCAAGGATGgtaatttctg ... gatttttcagGGTCCTACCTTTGGGGCTATGATGATATCGGGGCAGAAGGCTGCACATTTG
EST: gi|156738641|gb|EV242762.1|EV242762
EST:     TCGTTACAGGCATGGAAGTTGCAGAGATTGATGGGGCCTCCCAAGAATG
genomic: TCGTTACAGGCATGGAAGTTGCAGAGATTGATGGGGC-TCC-AAGGATG
EST: gi|352768886|gb|FQ468077.1|FQ468077
EST:     TGATCGTTACAGGCATGGAAGTTGCAGAGATTGATGGGGCTCCAAGGATG                         GGTCCTACCTTTGGGGCTATGATGATATCGGGGCAGAAGGCTGCACATTTG
genomic: TGATCGTTACAGGCATGGAAGTTGCAGAGATTGATGGGGCTCCAAGGATGgtaatttctg ... gatttttcagGGTCCTACCTTTGGGGCTATGATGATATCGGGGCAGAAGGCTGCACATTTG
EST: gi|352781142|gb|FQ466455.1|FQ466455
EST:     TGATCGTTACAGGCATGGAAGTTGCAGAGATTGATGGGGCTCCAGGGATG                         GGTCCTACCTTTGGGGCTATGATGATATCGGGGCAGAAGGCTGCACATTTG
genomic: TGATCGTTACAGGCATGGAAGTTGCAGAGATTGATGGGGCTCCAAGGATGgtaatttctg ... gatttttcagGGTCCTACCTTTGGGGCTATGATGATATCGGGGCAGAAGGCTGCACATTTG
EST: gi|28961025|gb|CB340520.1|CB340520
EST:     TGATCGTTACAGGCATGGAAGTTGCAGAGATTGATGGGGCTCCAAGGATG                         GGTCCTACCTTTGGGGCTATGATGATATCGGGGCAGAAGGCTGCACATTTG
genomic: TGATCGTTACAGGCATGGAAGTTGCAGAGATTGATGGGGCTCCAAGGATGgtaatttctg ... gatttttcagGGTCCTACCTTTGGGGCTATGATGATATCGGGGCAGAAGGCTGCACATTTG
EST: gi|22010839|gb|BQ795873.1|BQ795873
EST:     TGATCGTTACAGGCATGGAAGTTGCAGAGATTGATGGGGCTCCAAGGATG                         GGTCCTACCTTTGGGGCTATGATGATATCGGGGCAGAAGGCTGCACATTTG
genomic: TGATCGTTACAGGCATGGAAGTTGCAGAGATTGATGGGGCTCCAAGGATGgtaatttctg ... gatttttcagGGTCCTACCTTTGGGGCTATGATGATATCGGGGCAGAAGGCTGCACATTTG
EST: gi|28960199|gb|CB340100.1|CB340100
EST:     TGATCGTTACAGGCATGGAAGTTGCAGAGATTGATGGGGCTCCAAGGATG                         GGTCCTACCTTTGGGGCTATGATGATATCGGGGCAGAAGGCTGCACATTTG
genomic: TGATCGTTACAGGCATGGAAGTTGCAGAGATTGATGGGGCTCCAAGGATGgtaatttctg ... gatttttcagGGTCCTACCTTTGGGGCTATGATGATATCGGGGCAGAAGGCTGCACATTTG
EST: gi|110390520|gb|EC955432.1|EC955432
EST:     TGATCGTTACAGGCATGGAAGTTGCAGAGATTGATGGGGCTCCAAGGATG                         GGTCCTACCTTTGGGGCTATGATGATATCGGGGCAGAAGGCTGCACATTTG
genomic: TGATCGTTACAGGCATGGAAGTTGCAGAGATTGATGGGGCTCCAAGGATGgtaatttctg ... gatttttcagGGTCCTACCTTTGGGGCTATGATGATATCGGGGCAGAAGGCTGCACATTTG
EST: gi|352776714|gb|FQ472601.1|FQ472601
EST:     TGATCGTTACAGGCATGGAAGTTGCAGAGATTGATGGGGCTCCAAGGATG                         GGTCCTACCTTTGGGGCTATGATGATATCGGGGCAGAAGGCTGCACATTTG
genomic: TGATCGTTACAGGCATGGAAGTTGCAGAGATTGATGGGGCTCCAAGGATGgtaatttctg ... gatttttcagGGTCCTACCTTTGGGGCTATGATGATATCGGGGCAGAAGGCTGCACATTTG
EST: gi|351041194|gb|FQ444171.1|FQ444171
EST:     TGATCGTTACAGGCATGGAAGTTGCAGAGATTGATGGGGCTCCAAGGATG                         GGTCCTACCTTTGGGGCTATGATGGTATCGGGGCAGAAGGCTGCACATTTG
genomic: TGATCGTTACAGGCATGGAAGTTGCAGAGATTGATGGGGCTCCAAGGATGgtaatttctg ... gatttttcagGGTCCTACCTTTGGGGCTATGATGATATCGGGGCAGAAGGCTGCACATTTG
EST: gi|22007526|gb|BQ792560.1|BQ792560
EST:     TGATCGTTACAGGCATGGAAGTTGCAGAGATTGATGGGGCTCCAAGGATG                         GGTCCTACCTTTGGGGCTATGATGATATCGGGGCAGAAGGCTGCACATTTG
genomic: TGATCGTTACAGGCATGGAAGTTGCAGAGATTGATGGGGCTCCAAGGATGgtaatttctg ... gatttttcagGGTCCTACCTTTGGGGCTATGATGATATCGGGGCAGAAGGCTGCACATTTG
EST: gi|34364361|gb|CF405946.1|CF405946
EST:     TGATCGTTACAGGCATGGAAGTTGCAGAGATTGATGGGGCTCCAAGGATG                         GGTCCTACCTTTGGGGCTATGATGATATCGGGGCAGAAGGCTGCCCATTTG
genomic: TGATCGTTACAGGCATGGAAGTTGCAGAGATTGATGGGGCTCCAAGGATGgtaatttctg ... gatttttcagGGTCCTACCTTTGGGGCTATGATGATATCGGGGCAGAAGGCTGCACATTTG
EST: gi|352763584|gb|FQ473287.1|FQ473287
EST:     TGATCGTTACAGGCATGGAAGTTGCAGAGATTGATGGGGCTCCAAGGATG                         GGTCCTACCTTTGGGGCTATGATGATATCGGGGCAGAAGGCTGCACATTTG
genomic: TGATCGTTACAGGCATGGAAGTTGCAGAGATTGATGGGGCTCCAAGGATGgtaatttctg ... gatttttcagGGTCCTACCTTTGGGGCTATGATGATATCGGGGCAGAAGGCTGCACATTTG
EST: gi|352763618|gb|FQ473321.1|FQ473321
EST:     TGATCGTTACAGGCATGGAAGTTGCAGAGATTGATGGGGCTCCAAGGATG                         GGTCCTACCTTTGGGGCTATGATGATATCGGGGCAGAAGGCTGCCCATTTG
genomic: TGATCGTTACAGGCATGGAAGTTGCAGAGATTGATGGGGCTCCAAGGATGgtaatttctg ... gatttttcagGGTCCTACCTTTGGGGCTATGATGATATCGGGGCAGAAGGCTGCACATTTG
EST: gi|110390161|gb|EC955055.1|EC955055
EST:     TGATCGTTACAGGCATGGAAGTTGCAGAGATTGATGGGGCTCCAAGGATG                         GGTCCTACCTTTGGGGCTATGATGATATCGGGGCAGAAGGCTGCACATTTG
genomic: TGATCGTTACAGGCATGGAAGTTGCAGAGATTGATGGGGCTCCAAGGATGgtaatttctg ... gatttttcagGGTCCTACCTTTGGGGCTATGATGATATCGGGGCAGAAGGCTGCACATTTG
EST: gi|352769669|gb|FQ468597.1|FQ468597
EST:     TGATCGTTACAGGCATGGAAGTTGCAGAGATTGATGGGGCTCCAAGGATG                         GGTCCTACCTTTGGGGCTATGATGATATCGGGGCAGAAGGCTGCACATTTG
genomic: TGATCGTTACAGGCATGGAAGTTGCAGAGATTGATGGGGCTCCAAGGATGgtaatttctg ... gatttttcagGGTCCTACCTTTGGGGCTATGATGATATCGGGGCAGAAGGCTGCACATTTG
EST: gi|352772297|gb|FQ469822.1|FQ469822
EST:     TGATCGTTACAGGCATGGAAGTTGCAGAGATTGATGGGGCTCCAAGGATG                         GGTCCTACCTTTGGGGCTATGATGATATCGGGGCAGAAGGCTGCACATTTG
genomic: TGATCGTTACAGGCATGGAAGTTGCAGAGATTGATGGGGCTCCAAGGATGgtaatttctg ... gatttttcagGGTCCTACCTTTGGGGCTATGATGATATCGGGGCAGAAGGCTGCACATTTG
EST: gi|352781950|gb|FQ469248.1|FQ469248
EST:     TGATCGTTACAGGCATGGAAGTTGCAGAGATTGATGGGGCTCCAAGGATG                         GGTCCTACCTTTGGGGCTATGATGATATCGGGGCAGAAGGCTGCACATTTG
genomic: TGATCGTTACAGGCATGGAAGTTGCAGAGATTGATGGGGCTCCAAGGATGgtaatttctg ... gatttttcagGGTCCTACCTTTGGGGCTATGATGATATCGGGGCAGAAGGCTGCACATTTG
EST: gi|352772945|gb|FQ470560.1|FQ470560
EST:     TGATCGTTACAGGCATGGAAGTTGCAGAGATTGATGGGGCTCCAAGGATG                         GGTCCTCCCTTTGGGGCTATGATGATATCGGGGCAGAAGGCTGCACATTTG
genomic: TGATCGTTACAGGCATGGAAGTTGCAGAGATTGATGGGGCTCCAAGGATGgtaatttctg ... gatttttcagGGTCCTACCTTTGGGGCTATGATGATATCGGGGCAGAAGGCTGCACATTTG
EST: gi|352764269|gb|FQ471249.1|FQ471249
EST:     TGATCGTTACAGGCATGGAAGTTGCAGAGATTGATGGGGCTCCAAGGATG                         GGTCCTACCTTTGGGGCTATGATGATATCGGGGCAGAAGGCTGCACATTTG
genomic: TGATCGTTACAGGCATGGAAGTTGCAGAGATTGATGGGGCTCCAAGGATGgtaatttctg ... gatttttcagGGTCCTACCTTTGGGGCTATGATGATATCGGGGCAGAAGGCTGCACATTTG
EST: gi|352780870|gb|FQ465784.1|FQ465784
EST:     TGATCGTTACAGGCATGGAAGTTGCAGAGATTGATGGGGCTCCAAGGATG                         GGTCCTACCTTTGGGGCTATGATGATATCGGGGCAGAAGGCTGCACATTTG
genomic: TGATCGTTACAGGCATGGAAGTTGCAGAGATTGATGGGGCTCCAAGGATGgtaatttctg ... gatttttcagGGTCCTACCTTTGGGGCTATGATGATATCGGGGCAGAAGGCTGCACATTTG
EST: gi|110380837|gb|EC946133.1|EC946133
EST:     TGATCGTTACAGGCATGGAAGTTGCAGAGATTGATGGGGCTCCAAGGATG                         GGTCCTACCTTTGGGGCTATGATGATATCGGGGCAGAAGGCTGCACATTTG
genomic: TGATCGTTACAGGCATGGAAGTTGCAGAGATTGATGGGGCTCCAAGGATGgtaatttctg ... gatttttcagGGTCCTACCTTTGGGGCTATGATGATATCGGGGCAGAAGGCTGCACATTTG
EST: gi|352782037|gb|FQ469335.1|FQ469335
EST:     TGATCGTTACAGGCATGGAAGTTGCAGAGATTGATGGGGCTCCAAGGATG                         GGTCCTACCTTTGGGGCTATGATGATATCGGGGCAGAAGGCTGCACATTTG
genomic: TGATCGTTACAGGCATGGAAGTTGCAGAGATTGATGGGGCTCCAAGGATGgtaatttctg ... gatttttcagGGTCCTACCTTTGGGGCTATGATGATATCGGGGCAGAAGGCTGCACATTTG
EST: gi|352767828|gb|FQ466037.1|FQ466037
EST:     TGATCGTTACAGGCATGGAAGTTGCAGAGATTGATGGGGCTCCAAGGATG                         GGTCCTACCTTTGGGGCTATGATGATATCGGGGCAGAAGGCTGCACATTTG
genomic: TGATCGTTACAGGCATGGAAGTTGCAGAGATTGATGGGGCTCCAAGGATGgtaatttctg ... gatttttcagGGTCCTACCTTTGGGGCTATGATGATATCGGGGCAGAAGGCTGCACATTTG
EST: gi|352769311|gb|FQ471460.1|FQ471460
EST:     TGATCGTTACAGGCATGGAAGTTGCAGAGATTGATGGGGCTCCAAGGATG                         GGTCCTACCTTTGGGGCTATGATGATATCGGGGCAGAAGGCTGCACATTTG
genomic: TGATCGTTACAGGCATGGAAGTTGCAGAGATTGATGGGGCTCCAAGGATGgtaatttctg ... gatttttcagGGTCCTACCTTTGGGGCTATGATGATATCGGGGCAGAAGGCTGCACATTTG
EST: gi|351037122|gb|FQ456955.1|FQ456955
EST:     TGATCGTTACAGGCATGGAAGTTGCAGAGATTGATGGGGCTCCAAGGATG                         GGTCCTACCTTTGGGGCTATGATGATATCGGGGCAGAAGGCTGCACATTTG
genomic: TGATCGTTACAGGCATGGAAGTTGCAGAGATTGATGGGGCTCCAAGGATGgtaatttctg ... gatttttcagGGTCCTACCTTTGGGGCTATGATGATATCGGGGCAGAAGGCTGCACATTTG
EST: gi|349833081|gb|FQ416459.1|FQ416459
EST:     TGATCGTTACAGGCATGGAAGTTGCAGAGATTGATGGGGCTCCAAGGATG                         GGTCCTACCTTTGGGGCTATGATGATATCGGGGCAGAAGGCTGCACATTTG
genomic: TGATCGTTACAGGCATGGAAGTTGCAGAGATTGATGGGGCTCCAAGGATGgtaatttctg ... gatttttcagGGTCCTACCTTTGGGGCTATGATGATATCGGGGCAGAAGGCTGCACATTTG
EST: gi|351046661|gb|FQ453277.1|FQ453277
EST:     TGATCGTTACAGGCATGGAAGTTGCAGAGATTGATGGGGCTCCAAGGATG                         GGTCCTACCTTTGGGGCTATGATGATATCGGGGCAGAAGGCTGCACATTTG
genomic: TGATCGTTACAGGCATGGAAGTTGCAGAGATTGATGGGGCTCCAAGGATGgtaatttctg ... gatttttcagGGTCCTACCTTTGGGGCTATGATGATATCGGGGCAGAAGGCTGCACATTTG
EST: gi|351037124|gb|FQ456957.1|FQ456957
EST:     TGATCGTTACAGGCATGGAAGTTGCAGAGATTGATGGGGCTCCAAGGATG                         GGTCCTACCTTTGGGGCTATGATGATATCGGGGCAGAAGGCTGCACATTTG
genomic: TGATCGTTACAGGCATGGAAGTTGCAGAGATTGATGGGGCTCCAAGGATGgtaatttctg ... gatttttcagGGTCCTACCTTTGGGGCTATGATGATATCGGGGCAGAAGGCTGCACATTTG
EST: gi|352764712|gb|FQ471772.1|FQ471772
EST:     TGATCGTTACAGGCATGGAAGTTGCAGAGATTGATGGGGCTCCAAGGATG                         GGTCCTACCTTTGGGGCTATGATGATATCGGGGCAGAAGGCTGCACATTTG
genomic: TGATCGTTACAGGCATGGAAGTTGCAGAGATTGATGGGGCTCCAAGGATGgtaatttctg ... gatttttcagGGTCCTACCTTTGGGGCTATGATGATATCGGGGCAGAAGGCTGCACATTTG
EST: gi|110698193|gb|EE075465.1|EE075465
EST:     TGATCGTTACAGGCATGGAAGTTGCAGAGATTGATGGGGCTCCAAGGATG                         GGTCCTACCTTTGGGGCTATGATGATATCGGGGCAGAAGGCTGCACATTTG
genomic: TGATCGTTACAGGCATGGAAGTTGCAGAGATTGATGGGGCTCCAAGGATGgtaatttctg ... gatttttcagGGTCCTACCTTTGGGGCTATGATGATATCGGGGCAGAAGGCTGCACATTTG
EST: gi|351017800|gb|FQ436153.1|FQ436153
EST:     TGATCGTTACAGGCATGGAAGTTGCAGGGATTGATGGGGCTCCAAGGATG                         GGTCCTACCTTTGGGGCTATGATGATATCGGGGCAGAAGGCTGCACATTTG
genomic: TGATCGTTACAGGCATGGAAGTTGCAGAGATTGATGGGGCTCCAAGGATGgtaatttctg ... gatttttcagGGTCCTACCTTTGGGGCTATGATGATATCGGGGCAGAAGGCTGCACATTTG
EST: gi|110385123|gb|EC949619.1|EC949619
EST:     TGATCGTTACAGGCATGGAAGTTGCAGAGATTGATGGGGCTCCAAGGATG                         GGTCCTACCTTTGGGGCTATGATGATATCGGGGCAGAAGGCTGCACATTTG
genomic: TGATCGTTACAGGCATGGAAGTTGCAGAGATTGATGGGGCTCCAAGGATGgtaatttctg ... gatttttcagGGTCCTACCTTTGGGGCTATGATGATATCGGGGCAGAAGGCTGCACATTTG
EST: gi|110380945|gb|EC946248.1|EC946248
EST:     TGATCGTTACAGGCATGGAAGTTGCAGAGATTGATGGGGCTCCAAGGATG                         GGTCCTACCTTTGGGGCTATGATGATATCGGGGCAGAAGGCTGCACATTTG
genomic: TGATCGTTACAGGCATGGAAGTTGCAGAGATTGATGGGGCTCCAAGGATGgtaatttctg ... gatttttcagGGTCCTACCTTTGGGGCTATGATGATATCGGGGCAGAAGGCTGCACATTTG
EST: gi|110699152|gb|EE075899.1|EE075899
EST:     TGATCGTTACAGGCATGGAAGTTGCAGAGATTGATGGGGCTCCAAGGATG                         GGTCCTACCTTTGGGGCTATGATGATATCGGGGCAGAAGGCTGCACATTTG
genomic: TGATCGTTACAGGCATGGAAGTTGCAGAGATTGATGGGGCTCCAAGGATGgtaatttctg ... gatttttcagGGTCCTACCTTTGGGGCTATGATGATATCGGGGCAGAAGGCTGCACATTTG
EST: gi|352774162|gb|FQ474685.1|FQ474685
EST:     TGATCGTTACAGGCATGGAAGTTGCAGAGATTGATGGGGCTCCAAGGATG                         GGTCCTACCTTTGGGGCTATGATGATATCGGGGCAGAAGGCTGCACATTTG
genomic: TGATCGTTACAGGCATGGAAGTTGCAGAGATTGATGGGGCTCCAAGGATGgtaatttctg ... gatttttcagGGTCCTACCTTTGGGGCTATGATGATATCGGGGCAGAAGGCTGCACATTTG
EST: gi|110699320|gb|EE076214.1|EE076214
EST:     TGATCGTTACAGGCATGGAAGTTGCAGAGATTGATGGGGCTCCAAGGATG                         GGTCCTACCTTTGGGGCTATGATGATATCGGGGCAGAAGGCTGCACATTTG
genomic: TGATCGTTACAGGCATGGAAGTTGCAGAGATTGATGGGGCTCCAAGGATGgtaatttctg ... gatttttcagGGTCCTACCTTTGGGGCTATGATGATATCGGGGCAGAAGGCTGCACATTTG
EST: gi|352772628|gb|FQ472103.1|FQ472103
EST:     TGATCGTTCCAGGCATGGAAGTTGCAGAGATTGATGGGGCTCCAAGGATG                         GGTCCTACCTTTGGGGCTATGATGATATCGGGGCAGAAGGCTGCACATTTG
genomic: TGATCGTTACAGGCATGGAAGTTGCAGAGATTGATGGGGCTCCAAGGATGgtaatttctg ... gatttttcagGGTCCTACCTTTGGGGCTATGATGATATCGGGGCAGAAGGCTGCACATTTG
EST: gi|110699474|gb|EE076502.1|EE076502
EST:     TGATCGTTACAGGCATGGAAGTTGCAGAGATTGATGGGGCTCCAAGGATG                         GGTCCTACCTTTGGGGCTATGATGATATCGGGGCAGAAGGCTGCACATTTG
genomic: TGATCGTTACAGGCATGGAAGTTGCAGAGATTGATGGGGCTCCAAGGATGgtaatttctg ... gatttttcagGGTCCTACCTTTGGGGCTATGATGATATCGGGGCAGAAGGCTGCACATTTG
EST: gi|351021461|gb|FQ446005.1|FQ446005
EST:     TGATCGTTACAGGCATGGAAGTTGCAGAGATTGATGGGGCTCCAAGGATG                         GGTCCTACCTTTGGGGCTATGATGATATCGGGGCAGAAGGCTGCACATTTG
genomic: TGATCGTTACAGGCATGGAAGTTGCAGAGATTGATGGGGCTCCAAGGATGgtaatttctg ... gatttttcagGGTCCTACCTTTGGGGCTATGATGATATCGGGGCAGAAGGCTGCACATTTG
EST: gi|349829065|gb|FQ419597.1|FQ419597
EST:     TGATCGTTACAGGCATGGAAGTTGCAGAGATTGATGGGGCTCCAAGGATG                         GGTCCTACCTTTGGGGCTATGATGATATCGGGGCAGAAGGCTGCACATTTG
genomic: TGATCGTTACAGGCATGGAAGTTGCAGAGATTGATGGGGCTCCAAGGATGgtaatttctg ... gatttttcagGGTCCTACCTTTGGGGCTATGATGATATCGGGGCAGAAGGCTGCACATTTG
EST: gi|352765111|gb|FQ465808.1|FQ465808
EST:     TGATCGTTACAGGCATGGAAGTTGCAGAGATTGATGGGGCTCCAAGGATG                         GGTCCTACCTTTGGGGCTATGATGATATCGGGGCAGAAGGCTGCACATTTG
genomic: TGATCGTTACAGGCATGGAAGTTGCAGAGATTGATGGGGCTCCAAGGATGgtaatttctg ... gatttttcagGGTCCTACCTTTGGGGCTATGATGATATCGGGGCAGAAGGCTGCACATTTG
EST: gi|110364020|gb|EC927658.1|EC927658
EST:     TGATCGTTACAGGCATGGAAGTTGCAGAGATTGATGGGGCTCCAAGGATG                         GGTCCTACCTTTGGGGCTATGATGATATCGGGGCAGAAGGCTGCACATTTG
genomic: TGATCGTTACAGGCATGGAAGTTGCAGAGATTGATGGGGCTCCAAGGATGgtaatttctg ... gatttttcagGGTCCTACCTTTGGGGCTATGATGATATCGGGGCAGAAGGCTGCACATTTG
EST: gi|352777348|gb|FQ473982.1|FQ473982
EST:     TGATCGTTACAGGCATGGAAGTTGCAGAGATTGATGGGGCTCCAAGGATG                         GGTCCTACCTTTGGGGCTATGATGATATCGGGGCAGAAGGCTGCACATTTG
genomic: TGATCGTTACAGGCATGGAAGTTGCAGAGATTGATGGGGCTCCAAGGATGgtaatttctg ... gatttttcagGGTCCTACCTTTGGGGCTATGATGATATCGGGGCAGAAGGCTGCACATTTG
EST: gi|110389367|gb|EC954198.1|EC954198
EST:     TGATCGTTACAGGCATGGAAGTTGCAGAGATTGATGGGGCTCCA-GGATG                         GGTCCTACCTTTGGGGCTATGATGATATCGGGGCAGAAGGCTGCACATTTG
genomic: TGATCGTTACAGGCATGGAAGTTGCAGAGATTGATGGGGCTCCAAGGATGgtaatttctg ... gatttttcagGGTCCTACCTTTGGGGCTATGATGATATCGGGGCAGAAGGCTGCACATTTG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CACAGCAGAGGACGCCATTGTGAGGCTCACCAGGGAGATTGTGCCTGGAATGATCGTTACAGGCATGGAAGTTGCAGAGATTGATGGGGCTCCAAGGATGgtaatttctgaaaaaactttccaattccaccatagttttcccatccaccaaacagaggagctcttgactaccctgattgtattgcttccttgcggttaattttctttgctgatttttcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG