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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGGTGGGGCCAGCTTCAATCCCACTGCAACTGCTGCGCTCTATGCCGCCGGTGTCACACCCGACAGCCTCATCTCCATGGCTTTCCGTTTTCCTGCTCAGgtttgaatacttcctcttctaattattcgaagattccgctgcagtgggcactcgcacacccacccatccatacccacacacacattccgtgattcgattc...

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv08s0007g07680.t01
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110723472|gb|EE100822.1|EE100822
EST:     GTGTCACACCCGACAGCCTCATCTCCATGGCTTTCCGTTTTCCTGCTCAN                         GCAGCTGGTGCTGTGGGTGGTGCCCTGGCAATCATGGAGGTGATGCCAACA
genomic: GTGTCACACCCGACAGCCTCATCTCCATGGCTTTCCGTTTTCCTGCTCAGgtttgaatac ... tcattgacagGCAGCTGGTGCTGTGGGTGGTGCCCTGGCAATCATGGAGGTGATGCCAACA
EST: gi|77580334|gb|DV219055.1|DV219055
EST:     GTGTCACACCCGACAGCCTCATCTCCATGGCTTTCCGTTTTCCTGCTCAG                         GCAGCTGGTGCTGTGGGTGGTGCCCTGGCAATCATGGAGGTGATGCCAACA
genomic: GTGTCACACCCGACAGCCTCATCTCCATGGCTTTCCGTTTTCCTGCTCAGgtttgaatac ... tcattgacagGCAGCTGGTGCTGTGGGTGGTGCCCTGGCAATCATGGAGGTGATGCCAACA
EST: gi|30256217|gb|CB972060.1|CB972060
EST:     GTGTCACACCCGACAGCCTCATCTCCATGGCTTTCCGTTTTCCTGCTCAG                         GCAGCTGGTGCTGTGGGTGGTGCCCTGGCAATCATGGAGGTGATGCCAACA
genomic: GTGTCACACCCGACAGCCTCATCTCCATGGCTTTCCGTTTTCCTGCTCAGgtttgaatac ... tcattgacagGCAGCTGGTGCTGTGGGTGGTGCCCTGGCAATCATGGAGGTGATGCCAACA
EST: gi|71856732|gb|DT005787.1|DT005787
EST:     GTGTCACACCCGACAGCCTCATCTCCATGGCTTTCCGTTTTCCTGCTCAG                         GCAGCTGGTGCTGTGGGTGGTGCCCTGGCAATCATGGAGGTGATGCCAACA
genomic: GTGTCACACCCGACAGCCTCATCTCCATGGCTTTCCGTTTTCCTGCTCAGgtttgaatac ... tcattgacagGCAGCTGGTGCTGTGGGTGGTGCCCTGGCAATCATGGAGGTGATGCCAACA
EST: gi|110719223|gb|EE096952.1|EE096952
EST:     GTGTCACACCCGACAGCCTCATCTCCATGGCTTTCCGTTTTCCTGCTCAG                         GCGGCTGGTGCTGTGGGTGGTGCCCTGGCAATCATGGAGGTGATGCCAACA
genomic: GTGTCACACCCGACAGCCTCATCTCCATGGCTTTCCGTTTTCCTGCTCAGgtttgaatac ... tcattgacagGCAGCTGGTGCTGTGGGTGGTGCCCTGGCAATCATGGAGGTGATGCCAACA
EST: gi|161717062|gb|FC064678.1|FC064678
EST:     GTGTCACACCCGACAGCCTCATCTCCATGGCTTTCCGTTTTCCTGCTCAG                         GCAGCTGGTGCTGTGGGTGGTGCCCTGGCAATCATGGAGGTGATGCCAACA
genomic: GTGTCACACCCGACAGCCTCATCTCCATGGCTTTCCGTTTTCCTGCTCAGgtttgaatac ... tcattgacagGCAGCTGGTGCTGTGGGTGGTGCCCTGGCAATCATGGAGGTGATGCCAACA
EST: gi|33409236|gb|CF214863.1|CF214863
EST:     GTGTCACACCCGACAGCCTCATCTCCATGGCTTTCCGTTTTCCTGCTCAG                         GCAGCTGGTGTTGTGGGTGGTGCCCTGGCAATCATGGAGGTGATGCCAACA
genomic: GTGTCACACCCGACAGCCTCATCTCCATGGCTTTCCGTTTTCCTGCTCAGgtttgaatac ... tcattgacagGCAGCTGGTGCTGTGGGTGGTGCCCTGGCAATCATGGAGGTGATGCCAACA
EST: gi|71859827|gb|DT008882.1|DT008882
EST:     GTGTCACACCCGACAGCCTCATCTCCATGGCTTTCCGTTTTCCTGCTCAG                         GCAGCTGGTGCTGTGGGTGGTGCCCTGGCAATCATGGAGGTGATGCCAACA
genomic: GTGTCACACCCGACAGCCTCATCTCCATGGCTTTCCGTTTTCCTGCTCAGgtttgaatac ... tcattgacagGCAGCTGGTGCTGTGGGTGGTGCCCTGGCAATCATGGAGGTGATGCCAACA
EST: gi|110712709|gb|EE087990.1|EE087990
EST:     GTGTCACACCCGACAGCCTCATCTCCATGGCTTTCCGTTTTCCTGCTCAA                         GCAGCTGGTGCTGTGGGTGGTGCCCTGGCAATCATGGAGGTGATGCCAACA
genomic: GTGTCACACCCGACAGCCTCATCTCCATGGCTTTCCGTTTTCCTGCTCAGgtttgaatac ... tcattgacagGCAGCTGGTGCTGTGGGTGGTGCCCTGGCAATCATGGAGGTGATGCCAACA
EST: gi|30296753|gb|CB973547.1|CB973547
EST:     GTGTCACACCCGACAGCCTCATCTCCATGGCTTTCCGTTTTCCTGCTCAG                         GCAGCTGGTGCTGTGGGTGGTGCCCTGGCAATCATGGGGGTGATGCCAACA
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EST: gi|110417541|gb|EC983606.1|EC983606
EST:     GTGTCACACCCGACAGCCTCATCTCCATGGCTTTCCGTTTTCCTGCTCAG                         GCAGCTGGTGCTGTGGGTGGTGCCCTGGCAATCATGGAGGTGATGCCAACA
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EST: gi|110369709|gb|EC933876.1|EC933876
EST:     GTGTCACACCCGACAGCCTCATCTCCATGGCTTTCCGTTTTCCTGCTCAG                         GCAGCTGGTGCTGTGGGTGGTGCCCTGGCAATCATGGAGGTGATGCCAACA
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EST: gi|46918109|gb|CN547438.1|CN547438
EST:     GTGTCACACCCGACAGCCTCATCTCCATGGCTTTCCGTTTTCCTGCTCAG                         GCAGCTGGTGCTGTGGGTGGTGCCCTGGCAATCATGGAGGTGATGCCAACA
genomic: GTGTCACACCCGACAGCCTCATCTCCATGGCTTTCCGTTTTCCTGCTCAGgtttgaatac ... tcattgacagGCAGCTGGTGCTGTGGGTGGTGCCCTGGCAATCATGGAGGTGATGCCAACA
EST: gi|71859786|gb|DT008841.1|DT008841
EST:     GTGTCACACCCGACAGCCTCATCTCCATGGCTTTCCGTTTTCCTGCTCAG                         GCAGCTGGTGCTGTGGGTGGTGCCCTGGCAATCATGGAGGTGATGCCAACA
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EST: gi|110686376|gb|EE063944.1|EE063944
EST:     GTGTCACACCCGACAGCCTCATCTCCATGGCTTTCCGTTTTCCTGCCCAG                         GCAGCTGGTGCTGTGGGTGGTGCCCTGGCAATCATGGAGGTGATGCCAACA
genomic: GTGTCACACCCGACAGCCTCATCTCCATGGCTTTCCGTTTTCCTGCTCAGgtttgaatac ... tcattgacagGCAGCTGGTGCTGTGGGTGGTGCCCTGGCAATCATGGAGGTGATGCCAACA
EST: gi|71857622|gb|DT006677.1|DT006677
EST:     GTGTCACACCCGACAGCCTCATCTCCATGGCTTTCCGTTTTCCTGCTCAG                         GCAGCTGGTGCTGTGGGTGGTGCCCTGGCAATCATGGAGGTGATGCCAACA
genomic: GTGTCACACCCGACAGCCTCATCTCCATGGCTTTCCGTTTTCCTGCTCAGgtttgaatac ... tcattgacagGCAGCTGGTGCTGTGGGTGGTGCCCTGGCAATCATGGAGGTGATGCCAACA
EST: gi|29782934|gb|CB348658.2|CB348658
EST:     GTGTCACACCCGACAGCCTCATCTCCATGGCTTTCCGTTTTCCTGCTCAG                         GCAGCTGGTGCTGTGGGTGGTGCCCTGGCAATCATGGAGGTGATGCCAACA
genomic: GTGTCACACCCGACAGCCTCATCTCCATGGCTTTCCGTTTTCCTGCTCAGgtttgaatac ... tcattgacagGCAGCTGGTGCTGTGGGTGGTGCCCTGGCAATCATGGAGGTGATGCCAACA
EST: gi|33405292|gb|CF210919.1|CF210919
EST:     GTGTCACACCCGACAGCCTCATCTCCATGGCTTTCCGTTTTCCTGCTCAG                         GCAGCTGGTGCTGTGGGTGGTGCCCTGGCAATCATGGAGGTGATGCCAACA
genomic: GTGTCACACCCGACAGCCTCATCTCCATGGCTTTCCGTTTTCCTGCTCAGgtttgaatac ... tcattgacagGCAGCTGGTGCTGTGGGTGGTGCCCTGGCAATCATGGAGGTGATGCCAACA
EST: gi|294964059|gb|GW837862.1|GW837862
EST:     GTGTCAAACCCGACAGCCTCATCTCCATGGCTTTCCGTTTTCCTGCTCAG                         GCAGCTGGTGCTGTGGGTGGTGCCCTGGCAATCATGGAGGTGATGCCAACA
genomic: GTGTCACACCCGACAGCCTCATCTCCATGGCTTTCCGTTTTCCTGCTCAGgtttgaatac ... tcattgacagGCAGCTGGTGCTGTGGGTGGTGCCCTGGCAATCATGGAGGTGATGCCAACA
EST: gi|37190094|gb|CF609443.1|CF609443
EST:     GTGTCACACCCGACAGCCTCATCTCCATGGCTTTCCGTTTTCCTGCTCAG                         GCAGCTGGTGCTGTGGGTGGTGCCCTGGCAATCATGGAGGTGATGCCAACA
genomic: GTGTCACACCCGACAGCCTCATCTCCATGGCTTTCCGTTTTCCTGCTCAGgtttgaatac ... tcattgacagGCAGCTGGTGCTGTGGGTGGTGCCCTGGCAATCATGGAGGTGATGCCAACA
EST: gi|110687458|gb|EE064884.1|EE064884
EST:     GTGTCACACCCGACAGCCTCATCTCCATGGCTTTCCGTTTTCCTGCCCAG                         GCAGCTGGTGCTGTGGGTGGTGCCCTGGCAATCATGGAGGTGATGCCAACA
genomic: GTGTCACACCCGACAGCCTCATCTCCATGGCTTTCCGTTTTCCTGCTCAGgtttgaatac ... tcattgacagGCAGCTGGTGCTGTGGGTGGTGCCCTGGCAATCATGGAGGTGATGCCAACA
EST: gi|33404298|gb|CF209925.1|CF209925
EST:     GTGTCACACCCGACAGCCTCATCTCCATGGCTTTCCGTTTTCCTGCTCAG                         GCAGCTGGTGCTGTGGGTGGTGCCCTGGCAATCATGGAGGTGATGCCAACA
genomic: GTGTCACACCCGACAGCCTCATCTCCATGGCTTTCCGTTTTCCTGCTCAGgtttgaatac ... tcattgacagGCAGCTGGTGCTGTGGGTGGTGCCCTGGCAATCATGGAGGTGATGCCAACA
EST: gi|110712393|gb|EE089962.1|EE089962
EST:     GTGTCACACCCGACAGCCTCATCTCCATGGCTTTCCGTTTTCCTGCTCAG                         GCAGCTGGTGCTGTGGGTGGTGCCCTGGCAATCATGGAGGTGATGCCAACA
genomic: GTGTCACACCCGACAGCCTCATCTCCATGGCTTTCCGTTTTCCTGCTCAGgtttgaatac ... tcattgacagGCAGCTGGTGCTGTGGGTGGTGCCCTGGCAATCATGGAGGTGATGCCAACA
EST: gi|161716098|gb|FC066824.1|FC066824
EST:     GTGTCACACCCGACAGCCTCATCTCCATGGCTTTCCGTTTTCCTGCTCAG                         GCAGCTGGTGCTGTGGGTGGTGCCCTGGCAATCATGGAGGTGATGCCAACA
genomic: GTGTCACACCCGACAGCCTCATCTCCATGGCTTTCCGTTTTCCTGCTCAGgtttgaatac ... tcattgacagGCAGCTGGTGCTGTGGGTGGTGCCCTGGCAATCATGGAGGTGATGCCAACA
EST: gi|110390191|gb|EC955087.1|EC955087
EST:     GTGTCACACCCGACAGCCTCATCTCCATGGCTTTCCGTTTTCCTGCTCAG                         GCAGCTGGTGCTGTGGGTGGTGCCCTGGCAATCATGGAGGTGATGCCAACA
genomic: GTGTCACACCCGACAGCCTCATCTCCATGGCTTTCCGTTTTCCTGCTCAGgtttgaatac ... tcattgacagGCAGCTGGTGCTGTGGGTGGTGCCCTGGCAATCATGGAGGTGATGCCAACA
EST: gi|294965122|gb|GW836953.1|GW836953
EST:     GTGTCACACCCGACAGCCTCATCTCCATGGCTTTCCGTTTTCCTGCTCAG                         GCAGCTGGTGCTGTGGGTGGTGCCCTGACAATCATGGAGGTGATGCCAACA
genomic: GTGTCACACCCGACAGCCTCATCTCCATGGCTTTCCGTTTTCCTGCTCAGgtttgaatac ... tcattgacagGCAGCTGGTGCTGTGGGTGGTGCCCTGGCAATCATGGAGGTGATGCCAACA
EST: gi|71856350|gb|DT005405.1|DT005405
EST:     GTGTCACACCCGACAGCCTCATCTCCATGGCTTTCCGTTTTCCTGCTCAG                         GCAGCTGGTGCTGTGGGTGGTGCCCTGGCAATCATGGAGGTGATGCCAACA
genomic: GTGTCACACCCGACAGCCTCATCTCCATGGCTTTCCGTTTTCCTGCTCAGgtttgaatac ... tcattgacagGCAGCTGGTGCTGTGGGTGGTGCCCTGGCAATCATGGAGGTGATGCCAACA
EST: gi|71859705|gb|DT008760.1|DT008760
EST:     GTGTCACACCCGACAGCCTCATCTCCATGGCTTTCCGTTTTCCTGCTCAG                         GCAGCTGGTGCTGTGGGTGGTGCCCTGGCAATCATGGAGGTGATGCCAACA
genomic: GTGTCACACCCGACAGCCTCATCTCCATGGCTTTCCGTTTTCCTGCTCAGgtttgaatac ... tcattgacagGCAGCTGGTGCTGTGGGTGGTGCCCTGGCAATCATGGAGGTGATGCCAACA
EST: gi|161716245|gb|FC066847.1|FC066847
EST:     GTGTCACACCCGACAGCCTCATCTCCATGGCTTTCCGTTTTCCTGCTCAG                         GCAGCTGGTGCTGTGGGTGGTGCCCTGGCAATCATGGAGGTGATGCCAACA
genomic: GTGTCACACCCGACAGCCTCATCTCCATGGCTTTCCGTTTTCCTGCTCAGgtttgaatac ... tcattgacagGCAGCTGGTGCTGTGGGTGGTGCCCTGGCAATCATGGAGGTGATGCCAACA
EST: gi|34549854|gb|CF518086.1|CF518086
EST:     GTGTCACACCCGACAGCCTCATCTCCATGGCTTTCCGTTTTCCTGCTCAG                         GCAGCTGGTGCTGTGGGTGGTGCCCTGGCAATCATGGAGGTGATGCCAACA
genomic: GTGTCACACCCGACAGCCTCATCTCCATGGCTTTCCGTTTTCCTGCTCAGgtttgaatac ... tcattgacagGCAGCTGGTGCTGTGGGTGGTGCCCTGGCAATCATGGAGGTGATGCCAACA
EST: gi|110719345|gb|EE097218.1|EE097218
EST:     GTGTCACACCCGACAGCCTCATCTCCATGGCTTTCCGTTTTCCTGCTCAG                         GCAGCTGGTGCTGTGGGTGGTGCCCTGGCAATCATGGAGGTGATGCCAACA
genomic: GTGTCACACCCGACAGCCTCATCTCCATGGCTTTCCGTTTTCCTGCTCAGgtttgaatac ... tcattgacagGCAGCTGGTGCTGTGGGTGGTGCCCTGGCAATCATGGAGGTGATGCCAACA
EST: gi|33407212|gb|CF212839.1|CF212839
EST:     GTGTCACACCCGACAGCCTCATCTCCATGGCTTTCCGTTTTCCTGCTCAG                         GCAGCTGGTGCTGTGGGTGGTGCCCTGGCAATCATGGAGGTGATGCCAACA
genomic: GTGTCACACCCGACAGCCTCATCTCCATGGCTTTCCGTTTTCCTGCTCAGgtttgaatac ... tcattgacagGCAGCTGGTGCTGTGGGTGGTGCCCTGGCAATCATGGAGGTGATGCCAACA
EST: gi|110696997|gb|EE073598.1|EE073598
EST:     CTCATCTCCATGGCTTTCCGTTTTCCTGCCCAG                         GCAGCTGGTGCTGTGGGTGGTGCCCTGGCAATCATGGAGGTGATGCCAACA
genomic: CTCATCTCCATGGCTTTCCGTTTTCCTGCTCAGgtttgaatac ... tcattgacagGCAGCTGGTGCTGTGGGTGGTGCCCTGGCAATCATGGAGGTGATGCCAACA
EST: gi|110719074|gb|EE096635.1|EE096635
EST:     GTGTCACACCCGACAGCCTCATCTCCATGGCTTTCCGTTTTCCTGCTCAA                         GCAGCTGGTGCTGTGGGTGGTGCCCTGGCAATCATGGAGGTGATGCCAACA
genomic: GTGTCACACCCGACAGCCTCATCTCCATGGCTTTCCGTTTTCCTGCTCAGgtttgaatac ... tcattgacagGCAGCTGGTGCTGTGGGTGGTGCCCTGGCAATCATGGAGGTGATGCCAACA
EST: gi|71857311|gb|DT006366.1|DT006366
EST:     GTGTCACACCCGACAGCCTCATCTCCATGGCTTTCCGTTTTCCTGCTCAG                         GCAGCTGGTGCTGTGGGTGGTGCCCTGGCAATCATGGAGGTGATGCCAACA
genomic: GTGTCACACCCGACAGCCTCATCTCCATGGCTTTCCGTTTTCCTGCTCAGgtttgaatac ... tcattgacagGCAGCTGGTGCTGTGGGTGGTGCCCTGGCAATCATGGAGGTGATGCCAACA
EST: gi|110720550|gb|EE096569.1|EE096569
EST:     GTGTCACACCCGACAGCCTCATCTCCATGGCTTTCCGTTTTCCTGCTCAG                         GCAGCTGGTGCTGTGGGTGGTGCCCTGGCAATCATGGAGGTGATGCCAACA
genomic: GTGTCACACCCGACAGCCTCATCTCCATGGCTTTCCGTTTTCCTGCTCAGgtttgaatac ... tcattgacagGCAGCTGGTGCTGTGGGTGGTGCCCTGGCAATCATGGAGGTGATGCCAACA
EST: gi|71858794|gb|DT007849.1|DT007849
EST:     GTGTCACACCCGACAGCCTCATCTCCATGGCTTTCCGTTTTCCTGCTCAG                         GCAGCTGGTGCTGTGGGTGGTGCCCTGGCAATCATGGAGGTGATGCCAACA
genomic: GTGTCACACCCGACAGCCTCATCTCCATGGCTTTCCGTTTTCCTGCTCAGgtttgaatac ... tcattgacagGCAGCTGGTGCTGTGGGTGGTGCCCTGGCAATCATGGAGGTGATGCCAACA
EST: gi|110712833|gb|EE088226.1|EE088226
EST:     GTGTCACACCCGACAGCCTCATCTCCATGGCTTTCCGTTTTCCTGCTCAA                         GCAGCTGGTGCTGTGGGTGGTGCCCTGGCAATCATGGAGGTGATGCCAACA
genomic: GTGTCACACCCGACAGCCTCATCTCCATGGCTTTCCGTTTTCCTGCTCAGgtttgaatac ... tcattgacagGCAGCTGGTGCTGTGGGTGGTGCCCTGGCAATCATGGAGGTGATGCCAACA
EST: gi|349832344|gb|FQ420905.1|FQ420905
EST:     GTGTCACACCCGACAGCCTCATCTCCATGGCTTTCCGTTTTCCTGCTCAG                         GCAGCTGGTGCTGTGGGTGGTGCCCTGGCAATCATGGAGGTGATGCCAACA
genomic: GTGTCACACCCGACAGCCTCATCTCCATGGCTTTCCGTTTTCCTGCTCAGgtttgaatac ... tcattgacagGCAGCTGGTGCTGTGGGTGGTGCCCTGGCAATCATGGAGGTGATGCCAACA
EST: gi|71857196|gb|DT006251.1|DT006251
EST:     GTGTCACACCCGACAGCCTCATCTCCATGGCTTTCCGTTTTCCTGCTCAG                         GCAGCTGGTGCTGTGGGTGGTGCCCTGGCAATCATGGAGGTGATGCCAACA
genomic: GTGTCACACCCGACAGCCTCATCTCCATGGCTTTCCGTTTTCCTGCTCAGgtttgaatac ... tcattgacagGCAGCTGGTGCTGTGGGTGGTGCCCTGGCAATCATGGAGGTGATGCCAACA
EST: gi|110719095|gb|EE096680.1|EE096680
EST:     GTGTCACACCCGACAGCCTCATCTCCATGGCTTTCCGTTTTCCTGCTCAG                         GCAGCTGGTGCTGTGGGTGGTGCCCTGGCAATCATGGAGGTGATGCCAACA
genomic: GTGTCACACCCGACAGCCTCATCTCCATGGCTTTCCGTTTTCCTGCTCAGgtttgaatac ... tcattgacagGCAGCTGGTGCTGTGGGTGGTGCCCTGGCAATCATGGAGGTGATGCCAACA
EST: gi|37186378|gb|CF605731.1|CF605731
EST:     GTGTCACACCCGACAGCCTCATCTCCATGGCTTTCCGTTTTCCTGCTCAG                         GCAGCTGGTGCTGTGGGTGGTGCCCTGGCAAT
genomic: GTGTCACACCCGACAGCCTCATCTCCATGGCTTTCCGTTTTCCTGCTCAGgtttgaatac ... tcattgacagGCAGCTGGTGCTGTGGGTGGTGCCCTGGCAAT
EST: gi|71857926|gb|DT006981.1|DT006981
EST:     GTGTCACACCCGACAGCCTCATCTCCATGGCTTTCCGTTTTCCTGCTCAG                         GCAGCTGGTGCTGTGGGTGGTGCCCTGGCAATCATGGAGGTGATGCCAACA
genomic: GTGTCACACCCGACAGCCTCATCTCCATGGCTTTCCGTTTTCCTGCTCAGgtttgaatac ... tcattgacagGCAGCTGGTGCTGTGGGTGGTGCCCTGGCAATCATGGAGGTGATGCCAACA
EST: gi|161721029|gb|FC069638.1|FC069638
EST:     GTGTCACACCCGACAGCCTCATCTCCATGGCTTTCCGTTTTCCTGCTCAG                         GCAGCTGGTGCTGTGGGTGGTGCCCTGGCAATCATGGAGGTGATGCCAACA
genomic: GTGTCACACCCGACAGCCTCATCTCCATGGCTTTCCGTTTTCCTGCTCAGgtttgaatac ... tcattgacagGCAGCTGGTGCTGTGGGTGGTGCCCTGGCAATCATGGAGGTGATGCCAACA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GGGTGGGGCCAGCTTCAATCCCACTGCAACTGCTGCGCTCTATGCCGCCGGTGTCACACCCGACAGCCTCATCTCCATGGCTTTCCGTTTTCCTGCTCAGgtttgaatacttcctcttctaattattcgaagattccgctgcagtgggcactcgcacacccacccatccatacccacacacacattccgtgattcgattc

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