Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGAAGCTATGCTGGAGGAGGAACCTAGTCTTTTGGAACAGAGGGGTGGCAATGGGAGGCTCCCTGCGCTTCATTTGGCAGCTGCCAAAGGTCGGATCGAGgtgggtttgtgtttttcttgattgatttcttgatgggttttggttttctttggaaaattttttgatgggtgtttatctgtggtgcatggtgtggtgatggatag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv08s0007g00200.t01
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|18458145|gb|BM436423.1|BM436423
EST:     ATGGGAGGCTCCCTGCGCTTCATTTGGCAGCTGCCAAAGGTCGGATCGAG                         GTGCTTTCTTTGATTTTGGCTCGGTCTGTCAATCCGGATGTCTTGAATGGG
genomic: ATGGGAGGCTCCCTGCGCTTCATTTGGCAGCTGCCAAAGGTCGGATCGAGgtgggtttgt ... tgatggatagGTGCTTTCTTTGATTTTGGCTCGGTCTGTCAATCCGGATGTCTTGAATGGG
EST: gi|71855125|gb|DT004180.1|DT004180
EST:     ATGGGAGGCTCCCTGCGCTTCATTTGGCAGCTGCCAAAGGTCGGATCGAG                         GTGCTTTCTTTGATTTTGGCTCGGTCTGTCAATCCGGATGTCTTGAATGGG
genomic: ATGGGAGGCTCCCTGCGCTTCATTTGGCAGCTGCCAAAGGTCGGATCGAGgtgggtttgt ... tgatggatagGTGCTTTCTTTGATTTTGGCTCGGTCTGTCAATCCGGATGTCTTGAATGGG
EST: gi|110413263|gb|EC979042.1|EC979042
EST:     ATGGGAGGCTCCCTGCGCTTCATTTGGCAGCTGCCAAAGGTCGGATCGAG                         GTGCTTTCTTTGATTTTGGCTCGGTCTGTCAATCCGGATGTCTTGAATGGG
genomic: ATGGGAGGCTCCCTGCGCTTCATTTGGCAGCTGCCAAAGGTCGGATCGAGgtgggtttgt ... tgatggatagGTGCTTTCTTTGATTTTGGCTCGGTCTGTCAATCCGGATGTCTTGAATGGG
EST: gi|27583732|gb|CB006427.1|CB006427
EST:     ATGGGAGGCTCCCTGCGCTTCATTTGGCAGCTGCCAAAGGTCGGATCGAG                         GTGCTTTCTTTGATTTTGGCTCGGTCTGTCAATCCGGATGTCTTGAATGGG
genomic: ATGGGAGGCTCCCTGCGCTTCATTTGGCAGCTGCCAAAGGTCGGATCGAGgtgggtttgt ... tgatggatagGTGCTTTCTTTGATTTTGGCTCGGTCTGTCAATCCGGATGTCTTGAATGGG
EST: gi|161721280|gb|FC070033.1|FC070033
EST:     ATGGGAGGCTCCCTGCGCTTCATTTGGCAGCTGCCAAAGGTCGGATCGAG                         GTGCTTTCTTTGATTTTGGCTCGGTCTGTCAATCCGGATGTCTTGAATGGG
genomic: ATGGGAGGCTCCCTGCGCTTCATTTGGCAGCTGCCAAAGGTCGGATCGAGgtgggtttgt ... tgatggatagGTGCTTTCTTTGATTTTGGCTCGGTCTGTCAATCCGGATGTCTTGAATGGG
EST: gi|110412439|gb|EC978189.1|EC978189
EST:     ATGGGAGGCTCCCTGCGCTTCATTTGGCAGCTGCCAAAGGTCGGATCGAG                         GTGCTTTCTTTGATTTTGGCTCGGTCTGTCAATCCGGATGTCTTGAATGGG
genomic: ATGGGAGGCTCCCTGCGCTTCATTTGGCAGCTGCCAAAGGTCGGATCGAGgtgggtttgt ... tgatggatagGTGCTTTCTTTGATTTTGGCTCGGTCTGTCAATCCGGATGTCTTGAATGGG
EST: gi|30125105|gb|CB910444.1|CB910444
EST:     ATGGGAGGCTCCCTGCGCTTCATTTGGCAGCTGCCAAAGGTCGGATCGAG                         GAGCTTTCTTTGATTTTGGCTCGGTCTGTCAATCCGGATGTCTTGAATGGG
genomic: ATGGGAGGCTCCCTGCGCTTCATTTGGCAGCTGCCAAAGGTCGGATCGAGgtgggtttgt ... tgatggatagGTGCTTTCTTTGATTTTGGCTCGGTCTGTCAATCCGGATGTCTTGAATGGG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GGAAGCTATGCTGGAGGAGGAACCTAGTCTTTTGGAACAGAGGGGTGGCAATGGGAGGCTCCCTGCGCTTCATTTGGCAGCTGCCAAAGGTCGGATCGAGgtgggtttgtgtttttcttgattgatttcttgatgggttttggttttctttggaaaattttttgatgggtgtttatctgtggtgcatggtgtggtgatggatag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC