1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
CGTGTCGTCGTCCGTGGGTCCGGAGTATTATGTGGGGATTTTGTCGTTTGTTGATAAGGATCAGCTCGAGCCTGGTTGCGCCATTCTTATGCACAATAAGgtatggggattttagggtttggggttaggagagtttgatttgaaattcttggtttgaaaaggttagttttattgtggaaatgttttttgggatttggggt...
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv07s0005g05160.t01 |
intron # | 1 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TTGATAAGGATCAGCTCGAGCCTGGTTGCGCCATTCTTATGCACAATAAG GTTCTTTCTGTTGTTGGTCTTCTCCAAGACGAAGTTGATCCAATGGTGTCCEST: gi|161720494|gb|FC070606.1|FC070606
genomic: TTGATAAGGATCAGCTCGAGCCTGGTTGCGCCATTCTTATGCACAATAAGgtatggggat ... gtctcgtcagGTTCTTTCTGTTGTTGGTCTTCTCCAAGACGAAGTTGATCCAATGGTGTCC
EST: TTGATAAGGATCAGCTCGAGCCTGGTTGCGCCATTCTTATGCACAATAAG GTTCTTTCTGTTGTTGGTCTTCTCCAAGACGAAGTTGATCCAATGGTGTCCEST: gi|110370827|gb|EC934375.1|EC934375
genomic: TTGATAAGGATCAGCTCGAGCCTGGTTGCGCCATTCTTATGCACAATAAGgtatggggat ... gtctcgtcagGTTCTTTCTGTTGTTGGTCTTCTCCAAGACGAAGTTGATCCAATGGTGTCC
EST: TTGATAAGGATCAGCTCGAGCCTGGTTGCGCCATTCTTATGCACAATAAG GTTCTTTCTGTTGTTGGTCTTCTCCAAGACGAAGTTGATCCAATGGTGTCCEST: gi|110713467|gb|EE089413.1|EE089413
genomic: TTGATAAGGATCAGCTCGAGCCTGGTTGCGCCATTCTTATGCACAATAAGgtatggggat ... gtctcgtcagGTTCTTTCTGTTGTTGGTCTTCTCCAAGACGAAGTTGATCCAATGGTGTCC
EST: TTGATAAGGATCAGCTCGAGCCTGGTTGCGCCATTCTTATGCACAATAAG GTTCTTTCTGTTGTTGGTCTTCTCCAAGACGAAGTTGATCCAATGGTGTCCEST: gi|161719775|gb|FC066096.1|FC066096
genomic: TTGATAAGGATCAGCTCGAGCCTGGTTGCGCCATTCTTATGCACAATAAGgtatggggat ... gtctcgtcagGTTCTTTCTGTTGTTGGTCTTCTCCAAGACGAAGTTGATCCAATGGTGTCC
EST: TTGATAAGGATCAGCTCGAGCCTGGTTGCGCCATTCTTATGCACAATAAG GTTCTTTCTGTTGTTGGTCTTCTCCAAGACGAAGTTGATCCAATGGTGTCCEST: gi|110700045|gb|EE077633.1|EE077633
genomic: TTGATAAGGATCAGCTCGAGCCTGGTTGCGCCATTCTTATGCACAATAAGgtatggggat ... gtctcgtcagGTTCTTTCTGTTGTTGGTCTTCTCCAAGACGAAGTTGATCCAATGGTGTCC
EST: TTGATAAGGATCAGCTCGAGCCTGGTTGCGCCATTCTTATGCACAATAAG GTTCTTTCTGTTGTTGGTCTTCTCCAAGACGAAGTTGATCCAATGGTGTCCEST: gi|352764872|gb|FQ471932.1|FQ471932
genomic: TTGATAAGGATCAGCTCGAGCCTGGTTGCGCCATTCTTATGCACAATAAGgtatggggat ... gtctcgtcagGTTCTTTCTGTTGTTGGTCTTCTCCAAGACGAAGTTGATCCAATGGTGTCC
EST: TTGATAAGGATCAGCTCGAGCCTGGTTGCGCCATTCTTATGCACAATAAG GTTCTTTCTGTTGTTGGTCTTCTCCAAGACGAAGTTGATCCAATGGTGTCCEST: gi|71880466|gb|DT029521.1|DT029521
genomic: TTGATAAGGATCAGCTCGAGCCTGGTTGCGCCATTCTTATGCACAATAAGgtatggggat ... gtctcgtcagGTTCTTTCTGTTGTTGGTCTTCTCCAAGACGAAGTTGATCCAATGGTGTCC
EST: TTGATAAGGATCAGCTCGAGCCTGGTTGCGCCATTCTTATGCACAATAAG GTTCTTTCTGTTGTTGGTCTTCTCCAAGACGAAGTTGATCCAATGGTGTCCEST: gi|110356778|gb|EC919853.1|EC919853
genomic: TTGATAAGGATCAGCTCGAGCCTGGTTGCGCCATTCTTATGCACAATAAGgtatggggat ... gtctcgtcagGTTCTTTCTGTTGTTGGTCTTCTCCAAGACGAAGTTGATCCAATGGTGTCC
EST: TTGATAAGGATCAGCTCGAGCCTGGTTGCGCCATTCTTATGCACAATAAG GTTCTTTCTGTTGTTGGTCTTCTCCAAGACGAAGTTGATCCAATGGTGTCCEST: gi|37184017|gb|CF603371.1|CF603371
genomic: TTGATAAGGATCAGCTCGAGCCTGGTTGCGCCATTCTTATGCACAATAAGgtatggggat ... gtctcgtcagGTTCTTTCTGTTGTTGGTCTTCTCCAAGACGAAGTTGATCCAATGGTGTCC
EST: TTGATAAGGATCAGCTCGAGCCTGGTTGCGCCATTCTTATGCACAATAAG GTTCTTTCTGTTGTTGGTCTTCTCCAAGACGAAGTTGATCCEST: gi|294965348|gb|GW837063.1|GW837063
genomic: TTGATAAGGATCAGCTCGAGCCTGGTTGCGCCATTCTTATGCACAATAAGgtatggggat ... gtctcgtcagGTTCTTTCTGTTGTTGGTCTTCTCCAAGACGAAGTTGATCC
EST: TTGATAAGGATCAGCTCGAGCCTGGTTGCGCCATTCTTATGCACAATAAG GTTCTTTCTGTTGTTGGTCTTCTCCAAGACGAAGTTGATCCAATGGTGTCCEST: gi|351013394|gb|FQ425425.1|FQ425425
genomic: TTGATAAGGATCAGCTCGAGCCTGGTTGCGCCATTCTTATGCACAATAAGgtatggggat ... gtctcgtcagGTTCTTTCTGTTGTTGGTCTTCTCCAAGACGAAGTTGATCCAATGGTGTCC
EST: TTGATAAGGATCAGCTCGAGCCTGGTTGCGCCATTCTTATGCACAATAAG GTTCTTTCTGTTGTTGGTCTTCTCCAAGACGAAGTTGATCCAATGGTGTCCEST: gi|110686088|gb|EE063379.1|EE063379
genomic: TTGATAAGGATCAGCTCGAGCCTGGTTGCGCCATTCTTATGCACAATAAGgtatggggat ... gtctcgtcagGTTCTTTCTGTTGTTGGTCTTCTCCAAGACGAAGTTGATCCAATGGTGTCC
EST: TTGATAAGGATCAGCTCGAGCCTGGTTGCGCCATTCTTATGCACAATAAG GTTCTTTCTGTTGTTGGTCTTCTCCAAGACGAAGTTGATCCAATGGTGTCCEST: gi|26264508|gb|CA815571.1|CA815571
genomic: TTGATAAGGATCAGCTCGAGCCTGGTTGCGCCATTCTTATGCACAATAAGgtatggggat ... gtctcgtcagGTTCTTTCTGTTGTTGGTCTTCTCCAAGACGAAGTTGATCCAATGGTGTCC
EST: TTGATAAGGATCAGCTCGAGCCTGGTTGCGCCATTCTTATGCACAATAAG GTTCTTTCTGTTGTTGGTCTTCTCCAAGACGAAGTTGATCCAATGGTGTCCEST: gi|351017955|gb|FQ439121.1|FQ439121
genomic: TTGATAAGGATCAGCTCGAGCCTGGTTGCGCCATTCTTATGCACAATAAGgtatggggat ... gtctcgtcagGTTCTTTCTGTTGTTGGTCTTCTCCAAGACGAAGTTGATCCAATGGTGTCC
EST: TTGATAAGGATCAGCTCGAGCCTGGTTGCGCCATTCTTATGCACAATAAG GTTCTTTCTGTTGTTGGTCTTCTCCAAGACGAAGTTGATCCAATGGTGTCCEST: gi|71861429|gb|DT010484.1|DT010484
genomic: TTGATAAGGATCAGCTCGAGCCTGGTTGCGCCATTCTTATGCACAATAAGgtatggggat ... gtctcgtcagGTTCTTTCTGTTGTTGGTCTTCTCCAAGACGAAGTTGATCCAATGGTGTCC
EST: TTGATAAGGATCAGCTCGAGCCTGGTTGCGCCATTCTTATGCACAATAAG GTTCTTTCTGTTGTTGGTCTTCTCCAAGACGAAGTTGATCCAATGGTGTCCEST: gi|71880867|gb|DT029922.1|DT029922
genomic: TTGATAAGGATCAGCTCGAGCCTGGTTGCGCCATTCTTATGCACAATAAGgtatggggat ... gtctcgtcagGTTCTTTCTGTTGTTGGTCTTCTCCAAGACGAAGTTGATCCAATGGTGTCC
EST: TTGATAAGGATCAGCTCGAGCCTGGTTGCGCCATTCTTATGCACAATAAG GTTCTTTCTGTTGTTGGTCTTCTCCAAGACGAAGTTGATCCAATGGTGTCCEST: gi|161714191|gb|FC062936.1|FC062936
genomic: TTGATAAGGATCAGCTCGAGCCTGGTTGCGCCATTCTTATGCACAATAAGgtatggggat ... gtctcgtcagGTTCTTTCTGTTGTTGGTCTTCTCCAAGACGAAGTTGATCCAATGGTGTCC
EST: TTGATAAGGATCAGCTCGAGCCTGGTTGCGCCATTCTTATGCACAATAAG GTTCTTTCTGTTGTTGGTCTTCTCCAAGACGAAGTTGATCCTATGGTGTCCEST: gi|71861598|gb|DT010653.1|DT010653
genomic: TTGATAAGGATCAGCTCGAGCCTGGTTGCGCCATTCTTATGCACAATAAGgtatggggat ... gtctcgtcagGTTCTTTCTGTTGTTGGTCTTCTCCAAGACGAAGTTGATCCAATGGTGTCC
EST: TTGATAAGGATCAGCTCGAGCCTGGTTGCGCCATTCTTATGCACAATAAG GTTCTTTCTGTTGTTGGTCTTCTCCAAGACGAAGTTGATCCAATGGTGTCCEST: gi|30297307|gb|CB974101.1|CB974101
genomic: TTGATAAGGATCAGCTCGAGCCTGGTTGCGCCATTCTTATGCACAATAAGgtatggggat ... gtctcgtcagGTTCTTTCTGTTGTTGGTCTTCTCCAAGACGAAGTTGATCCAATGGTGTCC
EST: TTGATAAGGATCAGCTCGAGCCTGGTTGCGCCATTCTTATGCACAATAAG GTTCTTTCTGTTGTTGGTCTTCTCCAAGACGAAGTTGATCCAATGGTGTCCEST: gi|351012992|gb|FQ433719.1|FQ433719
genomic: TTGATAAGGATCAGCTCGAGCCTGGTTGCGCCATTCTTATGCACAATAAGgtatggggat ... gtctcgtcagGTTCTTTCTGTTGTTGGTCTTCTCCAAGACGAAGTTGATCCAATGGTGTCC
EST: TTGATAAGGATCAGCTCGAGCCTGGTTGCGCCATTCTTATGCACAATAAG GTTCTTTCTGTTGATGGTCTTCTCCAAGACGAAGTTGATCCAATGGTGTCCEST: gi|349827953|gb|FQ422821.1|FQ422821
genomic: TTGATAAGGATCAGCTCGAGCCTGGTTGCGCCATTCTTATGCACAATAAGgtatggggat ... gtctcgtcagGTTCTTTCTGTTGTTGGTCTTCTCCAAGACGAAGTTGATCCAATGGTGTCC
EST: TTGATAAGGATCAGCTCGAGCCTGGTTGCGCCATTCTTATGCACAATAAG GTTCTTTCTGTTGTTGGTCTTTCTCCAAGACGAAGTTGATCCAATGGTGTCEST: gi|110390976|gb|EC955926.1|EC955926
genomic: TTGATAAGGATCAGCTCGAGCCTGGTTGCGCCATTCTTATGCACAATAAGgtatggggat ... gtctcgtcagGTTCTTTCTGTTGTTGGTCTT-CTCCAAGACGAAGTTGATCCAATGGTGTC
EST: TTGATAAGGATCAGCTCGAGCCTGGTTGCGCCATTCTTATGCACAATAAG GTTCTTTCTGTTGTTGGTCTTCTCCAAGACGAAGTTGATCCAATGGTGTCCEST: gi|161715101|gb|FC063972.1|FC063972
genomic: TTGATAAGGATCAGCTCGAGCCTGGTTGCGCCATTCTTATGCACAATAAGgtatggggat ... gtctcgtcagGTTCTTTCTGTTGTTGGTCTTCTCCAAGACGAAGTTGATCCAATGGTGTCC
EST: TTGATAAGGATCAGCTCGAGCCTGGTTGCGCCATTCTTATGCACAATAAG GTTCTTTCTGTTGTTGGTCTTCTCCAAGACGAAGTTGATCCAATGGTGTCCEST: gi|71864574|gb|DT013629.1|DT013629
genomic: TTGATAAGGATCAGCTCGAGCCTGGTTGCGCCATTCTTATGCACAATAAGgtatggggat ... gtctcgtcagGTTCTTTCTGTTGTTGGTCTTCTCCAAGACGAAGTTGATCCAATGGTGTCC
EST: TTGATAAGGATCAGCTCGAGCCTGGTTGCGCCATTCTTATGCACAATAAG GTTCTTTCTGTTGTTGGTCTTCTCCAAGACGAAGTTGATCCAATGGTGTCC
genomic: TTGATAAGGATCAGCTCGAGCCTGGTTGCGCCATTCTTATGCACAATAAGgtatggggat ... gtctcgtcagGTTCTTTCTGTTGTTGGTCTTCTCCAAGACGAAGTTGATCCAATGGTGTCC
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| CGTGTCGTCGTCCGTGGGTCCGGAGTATTATGTGGGGATTTTGTCGTTTGTTGATAAGGATCAGCTCGAGCCTGGTTGCGCCATTCTTATGCACAATAAGgtatggggattttagggtttggggttaggagagtttgatttgaaattcttggtttgaaaaggttagttttattgtggaaatgttttttgggatttggggt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gaaaagg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gtggaaa