1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
TCTTATGACTGCTCCAAGGCTCTTTCTATAATAAGCCCCCTTCACCCCCCAGAAAAGTAATTGTAAATTTCTGTAGAGAGCAAGGAGCAGTGATATTCAGgtgggttcatttgtgggaattttcatcatttcccctttgttgtatatatctacaatgcttaggtgttcattggtttttgatttaattttggtcag
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv06s0080g00320.t01 |
intron # | 1 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: AGAAAAGTAATTGTAAATTTCTGTAGAGAGCAAGGAGCAGTGATATTCAG GGATGCTGGCTGTGGCAGCTCTGGTGCTGGGGGTGGGTGTGCTGGTATGGGEST: gi|37187805|gb|CF607158.1|CF607158
genomic: AGAAAAGTAATTGTAAATTTCTGTAGAGAGCAAGGAGCAGTGATATTCAGgtgggttcat ... ttttggtcagGGATGCTGGCTGTGGCAGCTCTGGTGCTGGGGGTGGGTGTTCTGGTATGGG
EST: AGAAAAGTAATTGTAAATTTCTGTAGAGAGCAAGCAGCAGTGATATTCAG GGATGCTGGCTGTGGCAGCTCTGGTGCTGGGGGTGGGTGTGCTGGTATGGGEST: gi|77579304|gb|DV218477.1|DV218477
genomic: AGAAAAGTAATTGTAAATTTCTGTAGAGAGCAAGGAGCAGTGATATTCAGgtgggttcat ... ttttggtcagGGATGCTGGCTGTGGCAGCTCTGGTGCTGGGGGTGGGTGTTCTGGTATGGG
EST: GCAGTGATATTCAG GGATGCTGGCTGTGGCAGCTCTGGTGCTGGGGGTGGGTGTGCTGGTATGGGEST: gi|161713385|gb|FC063377.1|FC063377
genomic: GCAGTGATATTCAGgtgggttcat ... ttttggtcagGGATGCTGGCTGTGGCAGCTCTGGTGCTGGGGGTGGGTGTTCTGGTATGGG
EST: AGAAAAGTAATTGTAAATTTCTGTAGAGAGCAAGCAGCAGTGATATTCAG GGATGCTGGCTGTGGCAGCTCTGGTGCTGGGGGTGGGTGTGCTGGTATGGGEST: gi|110686540|gb|EE064292.1|EE064292
genomic: AGAAAAGTAATTGTAAATTTCTGTAGAGAGCAAGGAGCAGTGATATTCAGgtgggttcat ... ttttggtcagGGATGCTGGCTGTGGCAGCTCTGGTGCTGGGGGTGGGTGTTCTGGTATGGG
EST: GAGCAAGCAGCAGTGATATTCAG GGATGCTGGCTGTGGCAGCTCTGGTGCTGGGGGTGGGTGTGCTGGTATGGGEST: gi|71856229|gb|DT005284.1|DT005284
genomic: GAGCAAGGAGCAGTGATATTCAGgtgggttcat ... ttttggtcagGGATGCTGGCTGTGGCAGCTCTGGTGCTGGGGGTGGGTGTTCTGGTATGGG
EST: AGAAAAGTAATTGTAAATTTCTGTAGAGAGCAAGCAGCAGTGATATTCAG GGATGCTGGCTGTGGCAGCTCTGGTGCTGGGGGTGGGTGTGCTGGTATGGGEST: gi|71865690|gb|DT014745.1|DT014745
genomic: AGAAAAGTAATTGTAAATTTCTGTAGAGAGCAAGGAGCAGTGATATTCAGgtgggttcat ... ttttggtcagGGATGCTGGCTGTGGCAGCTCTGGTGCTGGGGGTGGGTGTTCTGGTATGGG
EST: GCAGTGATATTCAG GGATGCTGGCTGTGGCAGCTCTGGTGCTGGGGGTGGGTGTGCTGGTATGGG
genomic: GCAGTGATATTCAGgtgggttcat ... ttttggtcagGGATGCTGGCTGTGGCAGCTCTGGTGCTGGGGGTGGGTGTTCTGGTATGGG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TCTTATGACTGCTCCAAGGCTCTTTCTATAATAAGCCCCCTTCACCCCCCAGAAAAGTAATTGTAAATTTCTGTAGAGAGCAAGGAGCAGTGATATTCAGgtgggttcatttgtgggaattttcatcatttcccctttgttgtatatatctacaatgcttaggtgttcattggtttttgatttaattttggtcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCAG