Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGCTGCCGCTGGACCCGCGTCAGGCACAGCTGATGCTGCAGTGCAGAAGAACGGTGGGTGGTTCGGGTTTATTTCGGAGGGTATGGAAGTTGTTTTGAAGgtacttttggatttagaattgaaattataaacatgtttgatattcgattcctgataatgattattatggggcgtgtttttgttaataatttttcttaaat...

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv06s0004g04460.t01
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|349814872|gb|FQ410095.1|FQ410095
EST:     ACGGTGGGTGGTTCGGGTTTATTTCGGAGGGTATGGAAGTTGTTTTGAAG                         GTTCTGGAGGATGGCCTAACAGCAGTGCATGTTCCCTATGCATATGGATTT
genomic: ACGGTGGGTGGTTCGGGTTTATTTCGGAGGGTATGGAAGTTGTTTTGAAGgtacttttgg ... cttgtatcagGTTCTGGAGGATGGCCTAACAGCAGTGCATGTTCCCTATGCATATGGATTT
EST: gi|351048056|gb|FQ441228.1|FQ441228
EST:     ACGGTGGGTGGTTCGGGTTTATTTCGGAGGGTATGGAAGTTGTTTTGAAG                         GTTCTGGAGGATGGCCTAACAGCAGTGCATGTTCCCTATGCATATGGATTT
genomic: ACGGTGGGTGGTTCGGGTTTATTTCGGAGGGTATGGAAGTTGTTTTGAAGgtacttttgg ... cttgtatcagGTTCTGGAGGATGGCCTAACAGCAGTGCATGTTCCCTATGCATATGGATTT
EST: gi|351038970|gb|FQ457645.1|FQ457645
EST:     ACGGTGGGTGGTTCGGGTTTATTTCGGAGGGTATGGAAGTTGTTTTGAAG                         GTTCTGGAGGATGGCCTAACAGCAGTGCATGTTCCCTATGCATATGGATTT
genomic: ACGGTGGGTGGTTCGGGTTTATTTCGGAGGGTATGGAAGTTGTTTTGAAGgtacttttgg ... cttgtatcagGTTCTGGAGGATGGCCTAACAGCAGTGCATGTTCCCTATGCATATGGATTT
EST: gi|349821185|gb|FQ408772.1|FQ408772
EST:     ACGGTGGGTGGTTCGGGTTTATTTCGGAGGGTATGGAAGTTGTTTTGAAG                         GTTCTGGGGGATGGCCTAACAGCAGTGCATGTTCCCTATGCATATGGATTT
genomic: ACGGTGGGTGGTTCGGGTTTATTTCGGAGGGTATGGAAGTTGTTTTGAAGgtacttttgg ... cttgtatcagGTTCTGGAGGATGGCCTAACAGCAGTGCATGTTCCCTATGCATATGGATTT
EST: gi|351053570|gb|FQ462645.1|FQ462645
EST:     ACGGTGGGTGGTTCGGGTTTATTTCGGAGGGTATGGAAGTTGTTTTGAAG                         GTTCTGGAGGATGGCCTAACAGCAGTGCATGTTCCCTATGCATATGGATTT
genomic: ACGGTGGGTGGTTCGGGTTTATTTCGGAGGGTATGGAAGTTGTTTTGAAGgtacttttgg ... cttgtatcagGTTCTGGAGGATGGCCTAACAGCAGTGCATGTTCCCTATGCATATGGATTT
EST: gi|351035254|gb|FQ458611.1|FQ458611
EST:     ACGGTGGGTGGTTCGGGTTTATTTCGGAGGGTATGGAAGTTGTTTTGAAG                         GTTCTGGAGGATGGCCTAACAGCAGTGCATGTTCCCTATGCATATGGATTT
genomic: ACGGTGGGTGGTTCGGGTTTATTTCGGAGGGTATGGAAGTTGTTTTGAAGgtacttttgg ... cttgtatcagGTTCTGGAGGATGGCCTAACAGCAGTGCATGTTCCCTATGCATATGGATTT
EST: gi|349808994|gb|FQ407443.1|FQ407443
EST:     ACGGTGGGTGGTTCGGGTTTATTTCGGAGGGTATGGAAGTTGTTTTGAAG                         GTTCTGGAGGATGGCCTAACAGCAGTGCATGTTCCCTATGCATATGGATTT
genomic: ACGGTGGGTGGTTCGGGTTTATTTCGGAGGGTATGGAAGTTGTTTTGAAGgtacttttgg ... cttgtatcagGTTCTGGAGGATGGCCTAACAGCAGTGCATGTTCCCTATGCATATGGATTT
EST: gi|351037204|gb|FQ457037.1|FQ457037
EST:     ACGGTGGGTGGTTCGGGTTTATTTCGGAGGGTATGGAAGTTGTTTTGAAG                         GTTCTGGAGGATGGCCTAACAGCAGTGCATGTTCCCTATGCATATGGATTT
genomic: ACGGTGGGTGGTTCGGGTTTATTTCGGAGGGTATGGAAGTTGTTTTGAAGgtacttttgg ... cttgtatcagGTTCTGGAGGATGGCCTAACAGCAGTGCATGTTCCCTATGCATATGGATTT
EST: gi|352768091|gb|FQ467230.1|FQ467230
EST:     ACGGTGGGTGGTTCGGGTTTATTTCGGAGGGTATGGAAGTTGTTTTGAAG                         GTTCTGGAGGATGGCCTAACAGCCA-TGCATGTTCCCTATGCATATGGATT
genomic: ACGGTGGGTGGTTCGGGTTTATTTCGGAGGGTATGGAAGTTGTTTTGAAGgtacttttgg ... cttgtatcagGTTCTGGAGGATGGCCTAACAGC-AGTGCATGTTCCCTATGCATATGGATT
EST: gi|349822872|gb|FQ398259.1|FQ398259
EST:     ACGGTGGGTGGTTCGGGTTTATTTCGGAGGGTATGGAAGTTGTTTTGAAG                         GTTCTGGAGGATGGCCTAACAGCAGTGCATGTTCCCTATGCATATGGATTT
genomic: ACGGTGGGTGGTTCGGGTTTATTTCGGAGGGTATGGAAGTTGTTTTGAAGgtacttttgg ... cttgtatcagGTTCTGGAGGATGGCCTAACAGCAGTGCATGTTCCCTATGCATATGGATTT
EST: gi|349824427|gb|FQ417814.1|FQ417814
EST:     ACGGTGGGTGGTTCGGGTTTATTTCGGAGGGTATGGAAGTTGTTTTGAAG                         GTTCTGGAGGATGGCCTAACAGCAGTGCATGTTCCCTATGCATATGGATTT
genomic: ACGGTGGGTGGTTCGGGTTTATTTCGGAGGGTATGGAAGTTGTTTTGAAGgtacttttgg ... cttgtatcagGTTCTGGAGGATGGCCTAACAGCAGTGCATGTTCCCTATGCATATGGATTT
EST: gi|349817462|gb|FQ407252.1|FQ407252
EST:     ACGGTGGGTGGTTCGGGTTTATTTCGGAGGGTATGGAAGTTGTTTTGAAG                         GTTCTGGAGGATGGCCTAACAGCAGTGCATGTTCCCTATGCATATGGATTT
genomic: ACGGTGGGTGGTTCGGGTTTATTTCGGAGGGTATGGAAGTTGTTTTGAAGgtacttttgg ... cttgtatcagGTTCTGGAGGATGGCCTAACAGCAGTGCATGTTCCCTATGCATATGGATTT
EST: gi|349825681|gb|FQ421780.1|FQ421780
EST:     ACGGTGGGTGGTTCGGGTTTATTTCGGAGGGTATGGAAGTTGTTTTGAAG                         GTTCTGGAGGATGGCCTAACAGCAGTGCATGTTCCCTATGCATATGGATTT
genomic: ACGGTGGGTGGTTCGGGTTTATTTCGGAGGGTATGGAAGTTGTTTTGAAGgtacttttgg ... cttgtatcagGTTCTGGAGGATGGCCTAACAGCAGTGCATGTTCCCTATGCATATGGATTT
EST: gi|349815532|gb|FQ400688.1|FQ400688
EST:     ACGGTGGGTGGTTCGGGTTTATTTCGGAGGGTATGGAAGTTGTTTTGAAG                         GTTCTGGAGGATGGCCTAACAGCAGTGCATGTTCCCTATGCATATGGATTT
genomic: ACGGTGGGTGGTTCGGGTTTATTTCGGAGGGTATGGAAGTTGTTTTGAAGgtacttttgg ... cttgtatcagGTTCTGGAGGATGGCCTAACAGCAGTGCATGTTCCCTATGCATATGGATTT
EST: gi|349832322|gb|FQ420883.1|FQ420883
EST:     ACGGTGGGTGGTTCGGGTTTATTTCGGAGGGTATGGAAGTTGTTTTGAAG                         GTTCTGGAGGATGGCCTAACAGCAGTGCATGTTCCCTATGCATATGGATTT
genomic: ACGGTGGGTGGTTCGGGTTTATTTCGGAGGGTATGGAAGTTGTTTTGAAGgtacttttgg ... cttgtatcagGTTCTGGAGGATGGCCTAACAGCAGTGCATGTTCCCTATGCATATGGATTT
EST: gi|351042878|gb|FQ451172.1|FQ451172
EST:     ACGGTGGGTGGTTCGGGTTTATTTCGGAGGGTATGGAAGTTGTTTTGAAG                         GTTCTGGAGGATGGCCTAACAGCAGTGCATGTTCCCTATGCATATGGATTT
genomic: ACGGTGGGTGGTTCGGGTTTATTTCGGAGGGTATGGAAGTTGTTTTGAAGgtacttttgg ... cttgtatcagGTTCTGGAGGATGGCCTAACAGCAGTGCATGTTCCCTATGCATATGGATTT
EST: gi|349829872|gb|FQ422185.1|FQ422185
EST:     ACGGTGGGTGGTTCGGGTTTATTTCGGAGGGTATGGAAGTTGTTTTGAAG                         GTTCTGGAGGATGGCCTAACAGCAGTGCATGTTCCCTATGCATATGGATTT
genomic: ACGGTGGGTGGTTCGGGTTTATTTCGGAGGGTATGGAAGTTGTTTTGAAGgtacttttgg ... cttgtatcagGTTCTGGAGGATGGCCTAACAGCAGTGCATGTTCCCTATGCATATGGATTT
EST: gi|349809169|gb|FQ398942.1|FQ398942
EST:     ACGGTGGGTGGTTCGGGTTTATTTCGGAGGGTATGGAAGTTGTTTTGAAG                         GTTCTGGAGGATGGCCTAACAGCAGTGCATGTTCCCTATGCATATGGATTT
genomic: ACGGTGGGTGGTTCGGGTTTATTTCGGAGGGTATGGAAGTTGTTTTGAAGgtacttttgg ... cttgtatcagGTTCTGGAGGATGGCCTAACAGCAGTGCATGTTCCCTATGCATATGGATTT
EST: gi|349815709|gb|FQ400865.1|FQ400865
EST:     ACGGTGGGTGGTTCGGGTTTATTTCGGAGGGTATGGAAGTTGTTTTGAAG                         GTTCTGGAGGATGGCCTAACAGCAGTGCATGTTCCCTATGCATATGGATTT
genomic: ACGGTGGGTGGTTCGGGTTTATTTCGGAGGGTATGGAAGTTGTTTTGAAGgtacttttgg ... cttgtatcagGTTCTGGAGGATGGCCTAACAGCAGTGCATGTTCCCTATGCATATGGATTT
EST: gi|351053158|gb|FQ455615.1|FQ455615
EST:     ACGGTGGGTGGTTCGGGTTTATTTCGGAGGGTATGGAAGTTGTTTTGAAG                         GTTCTGGAGGATGGCCTAACAGCAGTGCATGTTCCCTATGCATATGGATTT
genomic: ACGGTGGGTGGTTCGGGTTTATTTCGGAGGGTATGGAAGTTGTTTTGAAGgtacttttgg ... cttgtatcagGTTCTGGAGGATGGCCTAACAGCAGTGCATGTTCCCTATGCATATGGATTT
EST: gi|349816846|gb|FQ399714.1|FQ399714
EST:     ACGGTGGGTGGTTCGGGTTTATTTCGGAGGCTATGGAAGTTGTTTTGAAG                         GTTCTGGAGGATGGCCTGACAGCAGTGCATGTTCCCTATGCGTATGGATTT
genomic: ACGGTGGGTGGTTCGGGTTTATTTCGGAGGGTATGGAAGTTGTTTTGAAGgtacttttgg ... cttgtatcagGTTCTGGAGGATGGCCTAACAGCAGTGCATGTTCCCTATGCATATGGATTT
EST: gi|352790292|gb|FQ481491.1|FQ481491
EST:     ACGGTGGGTGGTTCGGGTTTATTTCGGAGGGTATGGAAGTTGTTTTGAAG                         GTTCTGGAGGATGGCCTAACAGCAGTGCATGTTCCCTATGCATATGGATTT
genomic: ACGGTGGGTGGTTCGGGTTTATTTCGGAGGGTATGGAAGTTGTTTTGAAGgtacttttgg ... cttgtatcagGTTCTGGAGGATGGCCTAACAGCAGTGCATGTTCCCTATGCATATGGATTT
EST: gi|351022475|gb|FQ446997.1|FQ446997
EST:     ACGGTGGGTGGTTCGGGTTTATTTCGGAGGGTATGGAAGTTGTTTTGAAG                         GTTCTGGAGGATGGCCTAACAGCAGTGCATGTTCCCTATGCATATGGATTT
genomic: ACGGTGGGTGGTTCGGGTTTATTTCGGAGGGTATGGAAGTTGTTTTGAAGgtacttttgg ... cttgtatcagGTTCTGGAGGATGGCCTAACAGCAGTGCATGTTCCCTATGCATATGGATTT
EST: gi|110373005|gb|EC937208.1|EC937208
EST:     ACGGTGGGTGGTTCGGGTTTATTTCGGAGGGTATGGAAGTTGTTTTGAAG                         GTTCTGGAGGATGGCCTAACAGCAGTGCATGTTCCCTATGCATATGGATTT
genomic: ACGGTGGGTGGTTCGGGTTTATTTCGGAGGGTATGGAAGTTGTTTTGAAGgtacttttgg ... cttgtatcagGTTCTGGAGGATGGCCTAACAGCAGTGCATGTTCCCTATGCATATGGATTT
EST: gi|349808495|gb|FQ405639.1|FQ405639
EST:     ACGGTGGGTGGTTCGGGTTTATTTCGGAGGGTATGGAAGTTGTTTTGAAG                         GTTCTGGAGGATGGCCTAACAGCAGTGCATGTTCCCTATGCATATGGATTT
genomic: ACGGTGGGTGGTTCGGGTTTATTTCGGAGGGTATGGAAGTTGTTTTGAAGgtacttttgg ... cttgtatcagGTTCTGGAGGATGGCCTAACAGCAGTGCATGTTCCCTATGCATATGGATTT
EST: gi|351052838|gb|FQ456566.1|FQ456566
EST:     ACGGTGGGTGGTTCGGGTTTATTTCGGAGGGTATGGAAGTTGTTTTGAAG                         GTTCTGGAGGATGGCCTAACAGCAGTGCATGTTCCCTATGCATATGGATTT
genomic: ACGGTGGGTGGTTCGGGTTTATTTCGGAGGGTATGGAAGTTGTTTTGAAGgtacttttgg ... cttgtatcagGTTCTGGAGGATGGCCTAACAGCAGTGCATGTTCCCTATGCATATGGATTT
EST: gi|351024245|gb|FQ423668.1|FQ423668
EST:     ACGGTGGGTGGTTCGGGTTTATTTCGGAGGGTATGGAAGTTGTTTTGAAG                         GTTCTGGAGGATGGCCTAACAGCAGTGCATGTTCCCTATGCATATGGATTT
genomic: ACGGTGGGTGGTTCGGGTTTATTTCGGAGGGTATGGAAGTTGTTTTGAAGgtacttttgg ... cttgtatcagGTTCTGGAGGATGGCCTAACAGCAGTGCATGTTCCCTATGCATATGGATTT
EST: gi|351033979|gb|FQ463034.1|FQ463034
EST:     ACGGTGGGTGGTTCGGGTTTATTTCGGAGGGTATGGAAGTTGTTTTGAAG                         GTTCTGGAGGATGGCCTAACAGCAGTGCATGTTCCCTATGCATATGGATTT
genomic: ACGGTGGGTGGTTCGGGTTTATTTCGGAGGGTATGGAAGTTGTTTTGAAGgtacttttgg ... cttgtatcagGTTCTGGAGGATGGCCTAACAGCAGTGCATGTTCCCTATGCATATGGATTT
EST: gi|349823559|gb|FQ414969.1|FQ414969
EST:     ACGGTGGGTGGTTCGGGTTTATTTCGGAGGGTATGGAAGTTGTTTTGAAG                         GTTCTGGAGGATGGCCTAACAGCAGTGCATGTTCCCTATGCATATGGATTT
genomic: ACGGTGGGTGGTTCGGGTTTATTTCGGAGGGTATGGAAGTTGTTTTGAAGgtacttttgg ... cttgtatcagGTTCTGGAGGATGGCCTAACAGCAGTGCATGTTCCCTATGCATATGGATTT
EST: gi|110711190|gb|EE087433.1|EE087433
EST:     ACGGTGGGTGGTTCGGGTTTATTTCGGAGGCTATGGAAGTTGTTTTGAAG                         GTTCTGGAGGATGGCCTGACAGCAGTGCATGTTCCCTATGCGTATGGATTT
genomic: ACGGTGGGTGGTTCGGGTTTATTTCGGAGGGTATGGAAGTTGTTTTGAAGgtacttttgg ... cttgtatcagGTTCTGGAGGATGGCCTAACAGCAGTGCATGTTCCCTATGCATATGGATTT
EST: gi|349819385|gb|FQ412279.1|FQ412279
EST:     ACGGTGGGTGGTTCGGGTTTATTTCGGAGGGTATGGAAGTTGTTTTGAAG                         GTTCTGGAGGATGGCCTAACAGCAGTGCATGTTCCCTATGCATATGGATTT
genomic: ACGGTGGGTGGTTCGGGTTTATTTCGGAGGGTATGGAAGTTGTTTTGAAGgtacttttgg ... cttgtatcagGTTCTGGAGGATGGCCTAACAGCAGTGCATGTTCCCTATGCATATGGATTT
EST: gi|351025288|gb|FQ434301.1|FQ434301
EST:     ACGGTGGGTGGTTCGGGTTTATTTCGGAGGCTATGGAAGTTGTTTTGAAG                         GTTCTGGAGGATGGCCTGACAGCAGTGCATGTTCCCTATGCGTATGGATTT
genomic: ACGGTGGGTGGTTCGGGTTTATTTCGGAGGGTATGGAAGTTGTTTTGAAGgtacttttgg ... cttgtatcagGTTCTGGAGGATGGCCTAACAGCAGTGCATGTTCCCTATGCATATGGATTT
EST: gi|349813816|gb|FQ414050.1|FQ414050
EST:     ACGGTGGGTGGTTCGGGTTTATTTCGGAGGGTATGGAAGTTGTTTTGAAG                         GTTCTGGAGGATGGCCTAACAGCAGTGCATGTTCCCTATGCATATGGATTT
genomic: ACGGTGGGTGGTTCGGGTTTATTTCGGAGGGTATGGAAGTTGTTTTGAAGgtacttttgg ... cttgtatcagGTTCTGGAGGATGGCCTAACAGCAGTGCATGTTCCCTATGCATATGGATTT
EST: gi|352778080|gb|FQ467133.1|FQ467133
EST:     ACGGTGGGTGGTTCGGGTTTATTTCGGAGGGTATGGAAGTTGTTTTGAAG                         GTTCTGGAGGATGGCCTAACAGCAGTGCATGTTCCCTATGCATATGGATTT
genomic: ACGGTGGGTGGTTCGGGTTTATTTCGGAGGGTATGGAAGTTGTTTTGAAGgtacttttgg ... cttgtatcagGTTCTGGAGGATGGCCTAACAGCAGTGCATGTTCCCTATGCATATGGATTT
EST: gi|110394254|gb|EC958925.1|EC958925
EST:     ACGGTGGGTGGTTCGGGTTTATTTCGGAGGGTATGGAAGTTGTTTTGAAG                         GTTCTGGAGGATGGCCTAACAGCAGTGCATGTTCCCTATGCATATGGATTT
genomic: ACGGTGGGTGGTTCGGGTTTATTTCGGAGGGTATGGAAGTTGTTTTGAAGgtacttttgg ... cttgtatcagGTTCTGGAGGATGGCCTAACAGCAGTGCATGTTCCCTATGCATATGGATTT
EST: gi|351037566|gb|FQ462549.1|FQ462549
EST:     ACGGTGGGTGGTTCGGGTTTATTTCGGAGGGTATGGAAGTTGTTTTGAAG                         GTTCTGGAGGATGGCCTAACAGCAGTGCATGTTCCCTATGCATATGGATTT
genomic: ACGGTGGGTGGTTCGGGTTTATTTCGGAGGGTATGGAAGTTGTTTTGAAGgtacttttgg ... cttgtatcagGTTCTGGAGGATGGCCTAACAGCAGTGCATGTTCCCTATGCATATGGATTT
EST: gi|351025464|gb|FQ435156.1|FQ435156
EST:     ACGGTGGGTGGTTCGGGTTTATTTCGGAGGGTATGGAAGTTGTTTTGAAG                         GTTCTGGAGGATGGCCTAACAGCAGTGCATGTTCCCTATGCATATGGATTT
genomic: ACGGTGGGTGGTTCGGGTTTATTTCGGAGGGTATGGAAGTTGTTTTGAAGgtacttttgg ... cttgtatcagGTTCTGGAGGATGGCCTAACAGCAGTGCATGTTCCCTATGCATATGGATTT
EST: gi|352791382|gb|FQ480961.1|FQ480961
EST:     ACGGTGGGTGGTTCGGGTTTATTTCGGAGGGTATGGAAGTTGTTTTGAAG                         GTTCTGGAGGATGGCCTAACAGCAGTGCATGTTCCCTATGCATATGGATTT
genomic: ACGGTGGGTGGTTCGGGTTTATTTCGGAGGGTATGGAAGTTGTTTTGAAGgtacttttgg ... cttgtatcagGTTCTGGAGGATGGCCTAACAGCAGTGCATGTTCCCTATGCATATGGATTT
EST: gi|351019788|gb|FQ439605.1|FQ439605
EST:     ACGGTGGGTGGTTCGGGTTTATTTCGGAGGGTATGGAAGTTGTTTTGAAG                         GTTCTGGAGGATGGCCTAACAGCAGTGCATGTTCCCTATGCATATGGATTT
genomic: ACGGTGGGTGGTTCGGGTTTATTTCGGAGGGTATGGAAGTTGTTTTGAAGgtacttttgg ... cttgtatcagGTTCTGGAGGATGGCCTAACAGCAGTGCATGTTCCCTATGCATATGGATTT
EST: gi|351027277|gb|FQ444526.1|FQ444526
EST:     ACGGTGGGTGGTTCGGGTTTATTTCGGAGGGTATGGAAGTTGTTTTGAAG                         GTTCTGGAGGATGGCCTAACAGCAGTGCATGTTCCCTATGCATATGGATTT
genomic: ACGGTGGGTGGTTCGGGTTTATTTCGGAGGGTATGGAAGTTGTTTTGAAGgtacttttgg ... cttgtatcagGTTCTGGAGGATGGCCTAACAGCAGTGCATGTTCCCTATGCATATGGATTT
EST: gi|352786390|gb|FQ478999.1|FQ478999
EST:     ACGGTGGGTGGTTCGGGTTTATTTCGGAGGGTATGGAAGTTGTTTTGAAG                         GTTCTGGAGGATGGCCTAACAGCAGTGCATGTTCCCTATGCATATGGATTT
genomic: ACGGTGGGTGGTTCGGGTTTATTTCGGAGGGTATGGAAGTTGTTTTGAAGgtacttttgg ... cttgtatcagGTTCTGGAGGATGGCCTAACAGCAGTGCATGTTCCCTATGCATATGGATTT
EST: gi|351038919|gb|FQ457594.1|FQ457594
EST:     ACGGTGGGTGGTTCGGGTTTATTTCGGAGGGTATGGAAGTTGTTTTGAAG                         GTTCTGGAGGATGGCCTAACAGCAGTGCATGTTCCCTATGCATATGGATTT
genomic: ACGGTGGGTGGTTCGGGTTTATTTCGGAGGGTATGGAAGTTGTTTTGAAGgtacttttgg ... cttgtatcagGTTCTGGAGGATGGCCTAACAGCAGTGCATGTTCCCTATGCATATGGATTT
EST: gi|110374436|gb|EC939192.1|EC939192
EST:     ACGGTGGGTGGTTCGGGTTTATTTCGGAGGCTATGGAAGTTGTTTTGAAG                         GTTCTGGAGGATGGCCTAACAGCAGTGCATGTTCCCTATGCGTATGGATTT
genomic: ACGGTGGGTGGTTCGGGTTTATTTCGGAGGGTATGGAAGTTGTTTTGAAGgtacttttgg ... cttgtatcagGTTCTGGAGGATGGCCTAACAGCAGTGCATGTTCCCTATGCATATGGATTT
EST: gi|352763817|gb|FQ473520.1|FQ473520
EST:     ACGGTGGGTGGTTCGGGTTTATTTCGGAGGGTATGGAAGTTGTTTTGAAG                         GTTCTGGAGGATGGCCTAACAGCAGTGCATGTTCCCTATGCATATGGATTT
genomic: ACGGTGGGTGGTTCGGGTTTATTTCGGAGGGTATGGAAGTTGTTTTGAAGgtacttttgg ... cttgtatcagGTTCTGGAGGATGGCCTAACAGCAGTGCATGTTCCCTATGCATATGGATTT
EST: gi|351053162|gb|FQ455619.1|FQ455619
EST:     ACGGTGGGTGGTTCGGGTTTATTTCGGAGGGTATGGAAGTTGTTTTGAAG                         GTTCTGGAGGATGGCCTAACAGCAGTGCATGTTCCCTATGCATATGGATTT
genomic: ACGGTGGGTGGTTCGGGTTTATTTCGGAGGGTATGGAAGTTGTTTTGAAGgtacttttgg ... cttgtatcagGTTCTGGAGGATGGCCTAACAGCAGTGCATGTTCCCTATGCATATGGATTT
EST: gi|27585311|gb|CB008006.1|CB008006
EST:     ACGGTGGGTGGTTCGGGTTTATTTCGGAGGCTATGGAAGTTGTTTTGAAG                         GTTCTGGAGGATGGCCTGACAGCAGTGCATGTTCCCTATGCGTATGGATTT
genomic: ACGGTGGGTGGTTCGGGTTTATTTCGGAGGGTATGGAAGTTGTTTTGAAGgtacttttgg ... cttgtatcagGTTCTGGAGGATGGCCTAACAGCAGTGCATGTTCCCTATGCATATGGATTT
EST: gi|349815482|gb|FQ400638.1|FQ400638
EST:     ACGGTGGGTGGTTCGGGTTTATTTCGGAGGGTATGGAAGTTGTTTTGAAG                         GTTCTGGAGGATGGCCTAACAGCAGTGCATGTTCCCTATGCATATGGATTT
genomic: ACGGTGGGTGGTTCGGGTTTATTTCGGAGGGTATGGAAGTTGTTTTGAAGgtacttttgg ... cttgtatcagGTTCTGGAGGATGGCCTAACAGCAGTGCATGTTCCCTATGCATATGGATTT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GGCTGCCGCTGGACCCGCGTCAGGCACAGCTGATGCTGCAGTGCAGAAGAACGGTGGGTGGTTCGGGTTTATTTCGGAGGGTATGGAAGTTGTTTTGAAGgtacttttggatttagaattgaaattataaacatgtttgatattcgattcctgataatgattattatggggcgtgtttttgttaataatttttcttaaat

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -attgaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ataaaca