1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
TTCCTATCTTTGAGCGAGAAGCCTGATAGGAACATGGCCCTCCTCGATGACTATGAGTTGGAGGAACTTGACTTTGCCTCCAACCCTAACCATCGCAGTGgtacatactcttttctttcttcttccttttccttttttctgtaaaattatttgccctctctttgattgttgagaaaacccaagaaaaagaaaagcaaatg...
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv04s0023g02120.t01 |
intron # | 1 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: CTATGAGTTGGAGGAACTTGACTTTGCCTCCAACCCTAACCATCGCAGTG GATATGTGGCTGTGCTTGGCAAGCCCAEST: gi|34546865|gb|CF515097.1|CF515097
genomic: CTATGAGTTGGAGGAACTTGACTTTGCCTCCAACCCTAACCATCGCAGTGgtacatactc ... tcaaatgcagGATATGTGGCTGTGCTTGGCAAGCCCA
EST: CTATGAGTTGGAGGAACTTGACTTTGCCTCCAACCCTAACCATCGCAGTG GATATGTGGCTGTGCTTGGCAAGCCCAATGTTGGAAAGAGTACCCTTGCAA
genomic: CTATGAGTTGGAGGAACTTGACTTTGCCTCCAACCCTAACCATCGCAGTGgtacatactc ... tcaaatgcagGATATGTGGCTGTGCTTGGCAAGCCCAATGTTGGAAAGAGTACCCTTGCAA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TTCCTATCTTTGAGCGAGAAGCCTGATAGGAACATGGCCCTCCTCGATGACTATGAGTTGGAGGAACTTGACTTTGCCTCCAACCCTAACCATCGCAGTGgtacatactcttttctttcttcttccttttccttttttctgtaaaattatttgccctctctttgattgttgagaaaacccaagaaaaagaaaagcaaatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ccttttcc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaaatta
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ccctctc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gagaaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -caagaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aagaaaa