Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GAGTCTCCCAAAACGACGCCTTTGAAATCGACAACACCAATCTCTTTCAGAAATTGGGCCTTCAGACCTTCATCAACCTCTCCACCAATTTCTACACCAGgttctttaccaacaattacacaattttttgttttttaaattgttttaatttgacgtctgtttgattgatgggaggaagtcggaaaatgggggaaaatttt...

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv04s0008g04210.t01
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv04s0008g04210.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 1
lower sequence: GRMZM2G155868_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 1
GAGTCTCCCAAAACGACGCCTTTGAAATCGACAACACCAATCTCTTTCAGAAATTGGGC------CTTCAGACCTTCATCAACCTCTCCACCAATTTCTACACCAGgttc-tttaccaacaattacacaattttttgtttt--------ttaaattgttttaatttgacgtctgtttgattga---tgggaggaagtcggaaaatgggggaaaatttt-------------------
      |      ||| |||||||  |||||| ||  |||  | ||  || |  | |||      |  ||| | ||| || ||||||||||||||||||||||||||| | |  | |  | |     |  | | ||||| |        || ||   ||   || |    | | || |   |      |  | |  ||         ||     | ||                   
------CGGCCGCCGATGCCTTTGCCATCGACGACGTCAACATATTCGAGTACCTCGGCGGCACTCCGCAGCCATTCGTCGACCTCTCCACCAATTTCTACACCAGgtccgtccatcggctacctgtccctctcttgttctcgtctgcgttgaaccattccgatctagaatgttttcgtccgtctcctgttgaatttcttgtttcatggccgtgtcttgattggttggattttatag

upper sequence: Vv04s0008g04210.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 1
lower sequence: GLYMA14G20380.1 (Glycine max), 5'ss of exon 1
GAGTCTCCCAAAACGACGCCTTTGAAATCGACAACACCAATCTCTTTCAGAAATTGGGCCTTCAGACCTTCATCAACCTCTCCACCAATTTCTACACCAGgttctttaccaacaattacacaattttttgttttttaaattgttttaatttgacgtctgtttgattgatgggaggaagtcggaaaatgggggaaaatttt
| || |||  | ||||||| || |  |||||| ||||||||||||| |||||| | ||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||        | || ||      ||| || || ||| |||| | || ||||    |  |||| | | |    |   | |  |    ||||| |       
GTGTTTCCATAGACGACGCTTTCGGCATCGACGACACCAATCTCTTCCAGAAACTCGGCCTCCAAACCTTCATTAACCTCTCCACCAATTTCTACAACAGgt--------agcacttt-----tttctttttcttttaattttatttatttat--ttcgtttaaataaataaactgattttgtctttggggtag------

upper sequence: Vv04s0008g04210.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 1
lower sequence: AT4G32690.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 1
GAGTCTCCCAAAACGACGCCTTTGAAATCGACAACACCAATCTCTTTCAGAAATTGGGCCTTCAGACCTTCATCAACCTCTCCACCAATTTCTACACCAGgttctttaccaacaattacacaattttttgttttttaaattgttttaatttgacgtctgtttgattgatgggaggaagtcggaaaatgggggaaaatttt---
| |||   ||    || || || |  |||||| |  ||||||| ||  | ||  | || |||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||  | |     |   |  |   |   || | || ||  |     |   |   |  |  |||  | |||   |    |  | | | | || ||   |  |   
GCGTCGATCAGGCTGAGGCGTTCGCCATCGACGAGTCCAATCTGTTCGACAAGCTTGGTCTTCAGACATTCATCAACCTATCCACCAATTTCTATACCAGgtattgtgttcgct-ctggagtctgggttatattatagctctcacttgctaagctccatttt--tcgattaaaatctggtgtagactaggagattttggttga

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|26258545|gb|CA809608.1|CA809608
EST:     AAATTGGGCCTTCAGACCTTCATCAACCTCTCCACCAATTTCTACACCAG                         GGTTTATGACGATGAAGAGGAATGGTTTCGTTTGATTTTTGCTAATTCTAA
genomic: AAATTGGGCCTTCAGACCTTCATCAACCTCTCCACCAATTTCTACACCAGgttctttacc ... tggaaattagGGTTTATGACGATGAAGAGGAATGGTTTCGTTTGATTTTTGCTAATTCTAA
EST: gi|110370974|gb|EC934642.1|EC934642
EST:     AAATTGGGCCTTCAGACCTTCATCAACCTCTCCACCAATTTCTACACCAG                         GGTTTATGACGATGAAGAGGAATGGTTTCGTTTGATTTTTGCTAATTCTAA
genomic: AAATTGGGCCTTCAGACCTTCATCAACCTCTCCACCAATTTCTACACCAGgttctttacc ... tggaaattagGGTTTATGACGATGAAGAGGAATGGTTTCGTTTGATTTTTGCTAATTCTAA
EST: gi|18458302|gb|BM436580.1|BM436580
EST:     AAATTGGGCCTTCAGACCTTCATCAACCTCTCCACCAATTTCTACACCAG                         GGTTTATGACGATGAAGAGGAATGGTTTCGTTTGATTTTTGCTAATTCTAA
genomic: AAATTGGGCCTTCAGACCTTCATCAACCTCTCCACCAATTTCTACACCAGgttctttacc ... tggaaattagGGTTTATGACGATGAAGAGGAATGGTTTCGTTTGATTTTTGCTAATTCTAA
EST: gi|22007494|gb|BQ792528.1|BQ792528
EST:     AAATTGGGCCTTCAGACCTTCATCAACCTCTCCACCAATTTTTACACTAG                         GGTTTATGACGATGAAGAGGAATGGTTTCGTTTGATTTTTGCTAATTCTAA
genomic: AAATTGGGCCTTCAGACCTTCATCAACCTCTCCACCAATTTCTACACCAGgttctttacc ... tggaaattagGGTTTATGACGATGAAGAGGAATGGTTTCGTTTGATTTTTGCTAATTCTAA
EST: gi|110426742|gb|EC993161.1|EC993161
EST:     AAATTGGGCCTTCAGACCTTCATCAACCTCTCCACCAATTTCTACACCAG                         GGTTTATGACGATGAAGAGGAATGGTTTCGTTTGATTTTTGCTAATTCTAA
genomic: AAATTGGGCCTTCAGACCTTCATCAACCTCTCCACCAATTTCTACACCAGgttctttacc ... tggaaattagGGTTTATGACGATGAAGAGGAATGGTTTCGTTTGATTTTTGCTAATTCTAA
EST: gi|30304131|gb|CB980925.1|CB980925
EST:     AAATTGGGCCTTCAGACCTTCATCAACCTCTCCACCAATTTCTACACCAG                         GGTTTATGACGATGAAGAGGAATGGTTTCGTTTGATTTTTGCTGATTCTAA
genomic: AAATTGGGCCTTCAGACCTTCATCAACCTCTCCACCAATTTCTACACCAGgttctttacc ... tggaaattagGGTTTATGACGATGAAGAGGAATGGTTTCGTTTGATTTTTGCTAATTCTAA
EST: gi|33410442|gb|CF216069.1|CF216069
EST:     AAATTGGGCCTTCAGACCTTCATCAACCTCTCCACCAATTTCTACACCAG                         GGTTTATGACGATGAAGAGGAATGGTTTCGTTTGATTTTTGCTAATTCTAA
genomic: AAATTGGGCCTTCAGACCTTCATCAACCTCTCCACCAATTTCTACACCAGgttctttacc ... tggaaattagGGTTTATGACGATGAAGAGGAATGGTTTCGTTTGATTTTTGCTAATTCTAA
EST: gi|26261673|gb|CA812736.1|CA812736
EST:     AAATTGGGCCTTCAGACCTTCATCAACCTCTCCACCAATTTCTACACCAG                         GGTTTATGACGATGAAGAGGAATGGTTTCGTTTGATTTTTGCTAATTCTAA
genomic: AAATTGGGCCTTCAGACCTTCATCAACCTCTCCACCAATTTCTACACCAGgttctttacc ... tggaaattagGGTTTATGACGATGAAGAGGAATGGTTTCGTTTGATTTTTGCTAATTCTAA
EST: gi|110378909|gb|EC944067.1|EC944067
EST:     AAATTGGGCCTTCAGACCTTCATCAACCTCTCCACCAATTTCTACACCAG                         GGTTTATGACGATGAAGAGGAATGGTTTCGTTTGATTTTTGCTAATTCTAA
genomic: AAATTGGGCCTTCAGACCTTCATCAACCTCTCCACCAATTTCTACACCAGgttctttacc ... tggaaattagGGTTTATGACGATGAAGAGGAATGGTTTCGTTTGATTTTTGCTAATTCTAA
EST: gi|27583881|gb|CB006576.1|CB006576
EST:     AAATTGGGCCTTCAGACCTTCATCAACCTCTCCACCAATTTCTACACCAG                         GGTTTATGACGATGAAGAGGAATGGTTTCGTTTGATTTTTGCTAATTCTAA
genomic: AAATTGGGCCTTCAGACCTTCATCAACCTCTCCACCAATTTCTACACCAGgttctttacc ... tggaaattagGGTTTATGACGATGAAGAGGAATGGTTTCGTTTGATTTTTGCTAATTCTAA
EST: gi|33407799|gb|CF213426.1|CF213426
EST:     AAATTGGGCCTTCAGACCTTCATCAACCTCTCCACCAATTTCTACACCAG                         GGTTTATGACGATGAAGAGGAATGGTTTCGTTTGATTTTTGCTAATTCTAA
genomic: AAATTGGGCCTTCAGACCTTCATCAACCTCTCCACCAATTTCTACACCAGgttctttacc ... tggaaattagGGTTTATGACGATGAAGAGGAATGGTTTCGTTTGATTTTTGCTAATTCTAA
EST: gi|110411856|gb|EC977582.1|EC977582
EST:     AAATTGGGCCTTCAGACCTTCATCAACCTCTCCACCAATTTCTACACCAG                         GGTTTATGACGATGAAGAGGAATGGTTTCGTTTGATTTTTGCTAATTCTAA
genomic: AAATTGGGCCTTCAGACCTTCATCAACCTCTCCACCAATTTCTACACCAGgttctttacc ... tggaaattagGGTTTATGACGATGAAGAGGAATGGTTTCGTTTGATTTTTGCTAATTCTAA
EST: gi|26257789|gb|CA808852.1|CA808852
EST:     AAATTGGGCCTTCAGACCTTCATCAACCTCTCCACCAATTTCTACACCAG                         GGTTTATGACGATGAAGAGGAATGGTTTCGTTTGATTTTTGCTAATTCTAA
genomic: AAATTGGGCCTTCAGACCTTCATCAACCTCTCCACCAATTTCTACACCAGgttctttacc ... tggaaattagGGTTTATGACGATGAAGAGGAATGGTTTCGTTTGATTTTTGCTAATTCTAA
EST: gi|30305341|gb|CB982135.1|CB982135
EST:     AAATTGGGCCTTCAGACCTTCATCAACCTCTCCACCAATTTCTACACCAG                         GGTTTATGACGATGAAGAGGAATGGTTTCGTTTGATTTTTGCTAATTCTAA
genomic: AAATTGGGCCTTCAGACCTTCATCAACCTCTCCACCAATTTCTACACCAGgttctttacc ... tggaaattagGGTTTATGACGATGAAGAGGAATGGTTTCGTTTGATTTTTGCTAATTCTAA
EST: gi|110717237|gb|EE092920.1|EE092920
EST:     AAATTGGGCCTTCAGACCTTCATCAACCTCTCCACCAATTTCTACACCAG                         GGTTTATGACGATGAAGAGGAATGGTTTCGTTTGATTTTTGCTAATTCTAA
genomic: AAATTGGGCCTTCAGACCTTCATCAACCTCTCCACCAATTTCTACACCAGgttctttacc ... tggaaattagGGTTTATGACGATGAAGAGGAATGGTTTCGTTTGATTTTTGCTAATTCTAA
EST: gi|110427333|gb|EC993768.1|EC993768
EST:     AAATTGGGCCTTCAGACCTTCATCAACCTCTCCACCAATTTCTACACCAG                         GGTTTATGACGATGAAGAGGAATGGTTTCGTTTGATTTTTGCTAATTCTAA
genomic: AAATTGGGCCTTCAGACCTTCATCAACCTCTCCACCAATTTCTACACCAGgttctttacc ... tggaaattagGGTTTATGACGATGAAGAGGAATGGTTTCGTTTGATTTTTGCTAATTCTAA
EST: gi|110385358|gb|EC949875.1|EC949875
EST:     AAATTGGGCCTTCAGACCTTCATCAACCTCTCCACCAATTTCTACACCAG                         GGTTTATGACGATGAAGAGGAATGGTTTCGTTTGATTTTTGCTAATTCTAA
genomic: AAATTGGGCCTTCAGACCTTCATCAACCTCTCCACCAATTTCTACACCAGgttctttacc ... tggaaattagGGTTTATGACGATGAAGAGGAATGGTTTCGTTTGATTTTTGCTAATTCTAA
EST: gi|30305413|gb|CB982207.1|CB982207
EST:     AATTGGGCCTTCAGACNTCCATCAACCTCTTCGATC-ATTTCTACACCAG                         GGTTTATGACGATGAAGAGGAATGGTTTCGTTTGATTTTTGCTAATTCTAA
genomic: AATTGGGCCTTCAGACCTTCATCAACCTC-TCCACCAATTTCTACACCAGgttctttacc ... tggaaattagGGTTTATGACGATGAAGAGGAATGGTTTCGTTTGATTTTTGCTAATTCTAA
EST: gi|30304203|gb|CB980997.1|CB980997
EST:     AAATTGGGCCTTCAGACCTTCATCAACCTCTCCACCAATTTCTACACCAG                         GGTTTATGACGATGAAGAGGAATGGTTTCGTTTGATTTTTGCTGATTCTAA
genomic: AAATTGGGCCTTCAGACCTTCATCAACCTCTCCACCAATTTCTACACCAGgttctttacc ... tggaaattagGGTTTATGACGATGAAGAGGAATGGTTTCGTTTGATTTTTGCTAATTCTAA
EST: gi|351033864|gb|FQ447902.1|FQ447902
EST:     AAATTGGGCCTTCAGACCTTCATCAACCTCTCCACCAATTTCTACACCAG                         GGTTTATGACGATGAAGAGGAATGGTTTCGTTTGATTTTTGCTAATTCTAA
genomic: AAATTGGGCCTTCAGACCTTCATCAACCTCTCCACCAATTTCTACACCAGgttctttacc ... tggaaattagGGTTTATGACGATGAAGAGGAATGGTTTCGTTTGATTTTTGCTAATTCTAA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GAGTCTCCCAAAACGACGCCTTTGAAATCGACAACACCAATCTCTTTCAGAAATTGGGCCTTCAGACCTTCATCAACCTCTCCACCAATTTCTACACCAGgttctttaccaacaattacacaattttttgttttttaaattgttttaatttgacgtctgtttgattgatgggaggaagtcggaaaatgggggaaaatttt

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -accaacaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ggaggaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -cggaaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gggaaaa