Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGTCATGGCTGGCTTGGCACCGGAAGGATCACAATTTGATGCTCGTCAATATGATAGCAAAATGAATGAGTTgtaagttttgttttctatcccttaatcagatggttgttgctgttgcattagcagtaattttccttgtttctttatgttttattgacacaagaacttttgtggatgtgatgctaacgctgtaatgttattaattgaatttcatgttatttttgaataattgatgggagcag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv04s0008g01000.t01
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv04s0008g01000.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 1
lower sequence: GLYMA04G05580.1 (Glycine max), 5'ss of exon 2
-----AGTCATGGCTGGCTTGGCACCGGAAGGATCACAATTTGATGCTCGTCAATATGATAGCAAAATGAATGAGTTgtaagttttgttttctatcccttaatcagatggttgttgctgttgcattagca-gtaattttccttgtttctttatgttttattgacacaaga--acttttgtggatgtgatgctaac------gctgtaatgt---tattaattgaatttcatg-ttatttttgaata-----attgatgggagcag
       |||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||   || |||||||||||||| ||||    |||    |||||    |||| ||  |   | |||  | ||  |  || |   ||  |  | | ||| ||| | |  | |    | | ||    |  | ||||  ||        ||| |||     ||   | |||||  | | | ||| |||  |       ||||||||| |||
TTTGCTATCATGGCTGGGTTGGCGCCAGAAGGATCACAATTTGATGCTCGTCAATATGATGCTAAGATGAATGAGTTgtaggtttccccttc----ccttagatggatgcttagtagagatgctatggcttgagatatggttttatattctgtgtattagttattccaacttattatttcatacctaatgcctacctgtgaattgtgatgcgcccatgcctagaattataagctcattcttggttttatgtgttgatgggaccag

upper sequence: Vv04s0008g01000.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 1
lower sequence: GLYMA06G05580.1 (Glycine max), 5'ss of exon 2
-----AGTCATGGCTGGCTTGGCACCGGAAGGATCACAATTTGATGCTCGTCAATATGATAGCAAAATGAATGAGTTgtaagttttgttttctatcccttaatcagatggttgttgctgttgcattagcagtaattttccttgtttctt-------tatgttttattgacacaaga--acttttgtggatgtgatgctaac------gctgtaatg------ttattaattgaatttcatg-ttatttttgaataattg-----atgggagcag
       |||||||||| | |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||   || |||||||||||||| ||||    |||    |||||    |||| ||  |   | |||  | ||   |  | | | | | | ||       ||||| ||| ||| || |    | | ||     ||| ||||  ||       |||| ||       |   ||   |||||  ||| | ||| |||  |   ||     |||||| |||
TTTGCTATCATGGCTGGGTCGGCACCCGAAGGATCACAATTCGATGCTCGTCAATATGATGCTAAGATGAATGAGTTgtaggtttccccttc----ccttagatggatgcttaatagagatgccatggcttgagatatgcctttatattataataatatgtattagtgataccatcttattatttcatgtgtaatgcctacctgtgaactgtgatacatccatgcctagaagaattatatgctcattcttggttttatgttttcatgggaccag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|349819451|gb|FQ412345.1|FQ412345
EST:     GAAGGATCACAATTTGATGCTCGTCAATATGATAGCAAAATGAATGAGTT                         ACTTGGGACTGATGGACAAGATTCCTTCACATCATATGATGAGGTCTATGA
genomic: GAAGGATCACAATTTGATGCTCGTCAATATGATAGCAAAATGAATGAGTTgtaagttttg ... atgggagcagACTTGGGACTGATGGACAAGATTTCTTCACATCATATGATGAGGTCTATGA
EST: gi|351016486|gb|FQ423913.1|FQ423913
EST:     GAAGGATCACAATTTGATGCTCGTCAATATGATAGCAAAATGAATGAGTT                         ACTTGGGACTGATGGACAAGATTTCTTCACATCATATGATGAGGTCTATGA
genomic: GAAGGATCACAATTTGATGCTCGTCAATATGATAGCAAAATGAATGAGTTgtaagttttg ... atgggagcagACTTGGGACTGATGGACAAGATTTCTTCACATCATATGATGAGGTCTATGA
EST: gi|349823870|gb|FQ415281.1|FQ415281
EST:     GAAGGATCACAATTTGATGCTCGTCAATATGATAGCAAAATGAATGAGTT                         ACTTGGGACTGATGGACAAGATTTCTTCACATCATATGATGAGGTCTATGA
genomic: GAAGGATCACAATTTGATGCTCGTCAATATGATAGCAAAATGAATGAGTTgtaagttttg ... atgggagcagACTTGGGACTGATGGACAAGATTTCTTCACATCATATGATGAGGTCTATGA
EST: gi|349823871|gb|FQ415282.1|FQ415282
EST:     GAAGGATCACAATTTGATGCTCGTCAATATGATAGCAAAATGAATGAGTT                         ACTTGGGACTGATGGACAAGATTTCTTCACATCATATGATGAGGTCTATGA
genomic: GAAGGATCACAATTTGATGCTCGTCAATATGATAGCAAAATGAATGAGTTgtaagttttg ... atgggagcagACTTGGGACTGATGGACAAGATTTCTTCACATCATATGATGAGGTCTATGA
EST: gi|351025975|gb|FQ427987.1|FQ427987
EST:     GAAGGATCACAATTTGATGCTCGTCAATATGATAGCAAAATGAATGAGTT                         ACTTGGGACTGATGGACAAGATTTCTTCACATCATATGATGAGGTCTATGA
genomic: GAAGGATCACAATTTGATGCTCGTCAATATGATAGCAAAATGAATGAGTTgtaagttttg ... atgggagcagACTTGGGACTGATGGACAAGATTTCTTCACATCATATGATGAGGTCTATGA
EST: gi|349828337|gb|FQ416290.1|FQ416290
EST:     GAAGGATCACAATTTGATGCTCGTCAATATGATAGCAAAATGAATGAGTT                         ACTTGGGACTGATGGACAAGATTTCTTCACATCATATGATGAGGTCTATGA
genomic: GAAGGATCACAATTTGATGCTCGTCAATATGATAGCAAAATGAATGAGTTgtaagttttg ... atgggagcagACTTGGGACTGATGGACAAGATTTCTTCACATCATATGATGAGGTCTATGA
EST: gi|351029240|gb|FQ435440.1|FQ435440
EST:     GAAGGATCACAATTTGATGCTCGTCAATATGATAGCAAAATGAATGAGTT                         ACTTGGGACTGATGGACAAGATTTCTTCACATCATATGATGAGGTCTATGA
genomic: GAAGGATCACAATTTGATGCTCGTCAATATGATAGCAAAATGAATGAGTTgtaagttttg ... atgggagcagACTTGGGACTGATGGACAAGATTTCTTCACATCATATGATGAGGTCTATGA
EST: gi|351015540|gb|FQ447369.1|FQ447369
EST:     GAAGGATCACAATTTGATGCTCGTCAATATGATAGCAAAATGAATGAGTT                         ACTTGGGACTGATGGACAAGATTTCTTCACATCATATGATGAGGTCTATGA
genomic: GAAGGATCACAATTTGATGCTCGTCAATATGATAGCAAAATGAATGAGTTgtaagttttg ... atgggagcagACTTGGGACTGATGGACAAGATTTCTTCACATCATATGATGAGGTCTATGA