Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GAAATGGAAATATATACTATGCTGCCTTCCACACCCTCTCTTCTGGGATAATTGGAATTCAAGCCCTAGTCCTCCCTGTGGCCTTCACTGTTCTTGGGTGgtaagtgatcagtcttgcatatatatacaagcctcctagtgtcatgcccatgtccatagttgtgttttctttttttcttaacatatctgtgattgatttcag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv03s0038g03530.t01
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv03s0038g03530.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 1
lower sequence: GLYMA11G08770.1 (Glycine max), 5'ss of exon 1
---GAAATGGAAATATATACTATGCTGCCTTCCACACCCTCTCTTCTGGGATAATTGGAATTCAAGCCCTAGTCCTCCCTGTGGCCTTCACTGTTCTTGGGTGgtaagtgatcagtcttgcatat--atat-acaagcctcctagtgtcatgc-ccatgtccatagttgtgttttctttttttcttaacatatctgtgattgatttcag
   | ||||| || |  ||||||||||| || || ||||| | |||||||||   ||||||||| ||||| || |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||  |||    | || ||  |||| ||| || ||   ||  | |     || |   ||  ||||| | |  |     | ||  | ||| | ||| | |    
CAAGGAATGGTAACAAGTACTATGCTGCTTTTCATACCCTTTGTTCTGGGAT---TGGAATTCAGGCCCTTGTTCTCCCTGTGGCCTTCACTTTTCTTGGTTGgtaagtcttcaaatattcaaattaatattacatgcatctatgttacttatgttatctttttatgtgtgtataccctccccatcaa--tctcttttattcact----

upper sequence: Vv03s0038g03530.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 1
lower sequence: GLYMA01G36590.1 (Glycine max), 5'ss of exon 1
---GAAATGGAAATATATACTATGCTGCCTTCCACACCCTCTCTTCTGGGATAATTGGAATTCAAGCCCTAGTCCTCCCTGTGGCCTTCACTGTTCTTGGGTGgtaagtgatcagt-----cttgcatatatatacaagcctcctagtgtcatgcccatgtccata-gttgtgttttctttttttcttaacatatctgtgattgatttcag
   | ||||| || |  ||||||||||| || |||||||| | |||||| ||   ||||||||| ||||| || |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||  |||        ||    || |||| | |   | ||  || ||     | ||  |   | |||| |     |   | | | || ||| | ||| |      
CAAGGAATGGTAACAAGTACTATGCTGCTTTTCACACCCTTTGTTCTGGTAT---TGGAATTCAGGCCCTTGTTCTCCCTGTGGCCTTCACTATTCTTGGTTGgtaagtcttcaaatataatttatgcatctatatatgttactta-cgttatctttttatctgtgtatagtgtatatacctccccatca-atctcttttattca------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|71859614|gb|DT008669.1|DT008669
EST:     TTGGAATTCAAGCCCTAGTCCTCCCTGTGGCCTTCACTGTTCTTGGGGTG                         GACATGGGGGACCATATGCTTGACAGCAG
genomic: TTGGAATTCAAGCCCTAGTCCTCCCTGTGGCCTTCACTGTTCTTGGG-TGgtaagtgatc ... ttgatttcagGACATGGGGGACCATATGCTTGACAGCAG
EST: gi|294966727|gb|GW837746.1|GW837746
EST:     ATTGGAATTCAAGCCCTAGTCCTCCCTGTGGCCTTCACTGTTCTTGGGTG                         GACATGGGGGACCATATGCTTGACAGCAGCATTCATATGGCAACTCTACAC
genomic: ATTGGAATTCAAGCCCTAGTCCTCCCTGTGGCCTTCACTGTTCTTGGGTGgtaagtgatc ... ttgatttcagGACATGGGGGACCATATGCTTGACAGCAGCATTCATATGGCAACTCTACAC
EST: gi|352781098|gb|FQ466411.1|FQ466411
EST:     ATTGGAATTCAAGCCCTAGTCCTCCCTGTGGCCTTCACTGTTCTTGGGTG                         GACATGGGGGACCATATGCTTGACAGCAGCATTCATATGGCAACTCTACAC
genomic: ATTGGAATTCAAGCCCTAGTCCTCCCTGTGGCCTTCACTGTTCTTGGGTGgtaagtgatc ... ttgatttcagGACATGGGGGACCATATGCTTGACAGCAGCATTCATATGGCAACTCTACAC
EST: gi|71858169|gb|DT007224.1|DT007224
EST:     ATTGGAATTCAAGCCCTAGTCCTCCCTGTGGCCTTCACTGTTCTTGGGTG                         GACATGGGGGACCATATGCTTGACAGCAGCATTCATATGGCAACTCTACAC
genomic: ATTGGAATTCAAGCCCTAGTCCTCCCTGTGGCCTTCACTGTTCTTGGGTGgtaagtgatc ... ttgatttcagGACATGGGGGACCATATGCTTGACAGCAGCATTCATATGGCAACTCTACAC
EST: gi|161713977|gb|FC063162.1|FC063162
EST:     ATTGGAATTCAAGCCCTAGTCCTCCCTGTGGCCTTCACTGTTCTTGGGTG                         GACATGGGGGACCATATGCTTGACAGCAGCATTCATATGGCAACTCTACAC
genomic: ATTGGAATTCAAGCCCTAGTCCTCCCTGTGGCCTTCACTGTTCTTGGGTGgtaagtgatc ... ttgatttcagGACATGGGGGACCATATGCTTGACAGCAGCATTCATATGGCAACTCTACAC
EST: gi|71866468|gb|DT015523.1|DT015523
EST:     ATTGGAATTCAAGCCCTAGTCCTCCCTGTGGCCTTCACTGTTCTTGGGTG                         GACATGGGGGACCATATGCTTGACAGCAGCATTCATATGGCAACTCTACAC
genomic: ATTGGAATTCAAGCCCTAGTCCTCCCTGTGGCCTTCACTGTTCTTGGGTGgtaagtgatc ... ttgatttcagGACATGGGGGACCATATGCTTGACAGCAGCATTCATATGGCAACTCTACAC
EST: gi|110729570|gb|EE105654.1|EE105654
EST:     ATTGGAATTCAAGCCCTAGTCCTCCCTGTGGCCTTCACTGTTCTTGGGTG                         GACATGGGGGACCATATGCTTGACAGCAGCATTCATATGGCAACTCTACAC
genomic: ATTGGAATTCAAGCCCTAGTCCTCCCTGTGGCCTTCACTGTTCTTGGGTGgtaagtgatc ... ttgatttcagGACATGGGGGACCATATGCTTGACAGCAGCATTCATATGGCAACTCTACAC
EST: gi|37186406|gb|CF605759.1|CF605759
EST:     ATTGGAATTCAAGCCCTAGTCCTCCCTGTGGCCTTCACTGTTCTTGGGTG                         GACATGGGGGACCATATGCTTGACAGCAGCATTCATATGGCAACTCTACAC
genomic: ATTGGAATTCAAGCCCTAGTCCTCCCTGTGGCCTTCACTGTTCTTGGGTGgtaagtgatc ... ttgatttcagGACATGGGGGACCATATGCTTGACAGCAGCATTCATATGGCAACTCTACAC
EST: gi|161715453|gb|FC069041.1|FC069041
EST:     ATTGGAATTCAAGCCCTAGTCCTCCCTGTGGCCTTCACTGTTCTTGGGTG                         GACATGGGGGACCATATGCTTGACAGCAGCATTCATATGGCAACTCTACAC
genomic: ATTGGAATTCAAGCCCTAGTCCTCCCTGTGGCCTTCACTGTTCTTGGGTGgtaagtgatc ... ttgatttcagGACATGGGGGACCATATGCTTGACAGCAGCATTCATATGGCAACTCTACAC
EST: gi|161719576|gb|FC067036.1|FC067036
EST:     ATTGGAATTCAAGCCCTAGTCCTCCCTGTGGCCTTCACTGTTCTTGGGTG                         GACATGGGGGACCATATGCTTGACAGCAGCATTCATATGGCAACTCTACAC
genomic: ATTGGAATTCAAGCCCTAGTCCTCCCTGTGGCCTTCACTGTTCTTGGGTGgtaagtgatc ... ttgatttcagGACATGGGGGACCATATGCTTGACAGCAGCATTCATATGGCAACTCTACAC
EST: gi|161716566|gb|FC065244.1|FC065244
EST:     ATTGGAATTCAAGCCCTAGTCCTCCCTGTGGCCTTCACTGTTCTTGGGTG                         GACATGGGGGACCATATGCTTGACAGCAGCATTCATATGGCAACTCTACAC
genomic: ATTGGAATTCAAGCCCTAGTCCTCCCTGTGGCCTTCACTGTTCTTGGGTGgtaagtgatc ... ttgatttcagGACATGGGGGACCATATGCTTGACAGCAGCATTCATATGGCAACTCTACAC
EST: gi|71866353|gb|DT015408.1|DT015408
EST:     ATTGGAATTCAAGCCCTAGTCCTCCCTGTGGCCTTCACTGTTCTTGGGTG                         GACATGGGGGACCATATGCTTGACAGCAGCATTCATATGGCAACTCTACAC
genomic: ATTGGAATTCAAGCCCTAGTCCTCCCTGTGGCCTTCACTGTTCTTGGGTGgtaagtgatc ... ttgatttcagGACATGGGGGACCATATGCTTGACAGCAGCATTCATATGGCAACTCTACAC
EST: gi|71856969|gb|DT006024.1|DT006024
EST:     ATTGGAATTCAAGCCCTAGTCCTCCCTGTGGCCTTCACTGTTCTTGGGTG                         GACATGGGGGACCATATGCTTG
genomic: ATTGGAATTCAAGCCCTAGTCCTCCCTGTGGCCTTCACTGTTCTTGGGTGgtaagtgatc ... ttgatttcagGACATGGGGGACCATATGCTTG
EST: gi|161718128|gb|FC065654.1|FC065654
EST:     ATTGGAATTCAAGCCCTAGTCCTCCCTGTGGCCTTCACTGTTCTTGGGTG                         GACATGGGGGACCATATGCTTGACAGCAGCATTCATATGGCAACTCTACAC
genomic: ATTGGAATTCAAGCCCTAGTCCTCCCTGTGGCCTTCACTGTTCTTGGGTGgtaagtgatc ... ttgatttcagGACATGGGGGACCATATGCTTGACAGCAGCATTCATATGGCAACTCTACAC
EST: gi|161712259|gb|FC061882.1|FC061882
EST:     ATTGGAATTCAAGCCCTAGTCCTCCCTGTGGCCTTCACTGTTCTTGGGTG                         GACATGGGGGACCATATGCTTGACAGCAGCATTCATATGGCAACTCTACAC
genomic: ATTGGAATTCAAGCCCTAGTCCTCCCTGTGGCCTTCACTGTTCTTGGGTGgtaagtgatc ... ttgatttcagGACATGGGGGACCATATGCTTGACAGCAGCATTCATATGGCAACTCTACAC