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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AAGTCACCCACCATGTGTGCCAGTGTTGGTATTCAGGGGATTGCTTGGGCTTTTGGTGGTATGATCTTTGCCCTTGTCTACTGCACTGCTGGTATCTCAGgtgtgcaccactgctcttccttcctcagcctttctttagctttttctgttaaacactttactgggttgctctaagttcttcttcttcctttagccttctgatgtgggttgctcttagtgtgttttttagcatctgatggaagttttgtgtggtttgttgtctcag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv02s0025g03390.t01
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv02s0025g03390.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 1
lower sequence: GLYMA05G37730.1 (Glycine max), 5'ss of exon 1
AAGTCACCCACCATGTGTGCCAGTGTTGGTATTCAGGGGATTGCTTGGGCTTTTGGTGGTATGATCTTTGCCCTTGTCTACTGCACTGCTGGTATCTCAGgtgtgcaccactgctcttccttcctcagcctttctttagctttttctgttaaacactttactgggttgctctaagttcttcttcttcctttagccttctgatgtgggttgctcttagtgtgttttttagcatctgatggaagttttgtgtggtttgttgtctcag
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AGGTCACCCTCCAAGTGTGCCTCTGTTGGCATTCAAGGCATTGCTTGGGCCTTTGGTGGCATGATCTTTGCCCTTGTCTACTGCACTGCTGGAATTTCAGgt----acccctccttttccttag--aattttaggttgtctttcacttatataca------taatttttacca--ttttacttgtggatgtgggat-ctgaaacaaatt-tttttgttgaaaggttttgaact--aagccagatctgtgt---ttgttgtttcag

upper sequence: Vv02s0025g03390.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 1
lower sequence: GLYMA08G01860.1 (Glycine max), 5'ss of exon 1
AAGTCACCCACCATGTGTGCCAGTGTTGGTATTCAGGGGATTGCTTGGGCTTTTGGTGGTATGATCTTTGCCCTTGTCTACTGCACTGCTGGTATCTCAGgtgtgcaccactgctcttccttcctcagcctttctttagctttttctgttaaacactttactgggttgctctaagttcttcttcttcctttagccttctgatgtgggttgctcttagtgtgttttttagcatctgatggaagttttgtgtggtttgttgtctcag
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AGGTCACCCTCCAAGTGTGCCTCTGTTGGCATTCAAGGCATTGCTTGGGCCTTTGGTGGCATGATCTTTGCCCTTGTCTACTGCACTGCTGGAATTTCAGgtatacatattt--tttaccatattatggctcgat---gtctgatctgaaacacattttttttt-ttgtttaaaggttttgaactaagccagatctgtgtttgtttgttgttgttgttgcag-------------------------------------------

upper sequence: Vv02s0025g03390.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 1
lower sequence: GLYMA01G42950.1 (Glycine max), 5'ss of exon 1
AAGTCACCCACCATGTGTGCCAGTGTTGGTATTCAGGGGATTGCTTGGGCTTTTGGTGGTATGATCTTTGCCCTTGTCTACTGCACTGCTGGTATCTCAGgtgtgcaccactgctcttccttcctcagcctttctttagctttttctgttaaacac-tttactgggttgctctaagttcttcttcttcctttagccttctgatgtgggttgctcttagtgtgttttttagcatctgatggaagttttgtgtggtttgttgtctcag
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AGGGCACCCAACAAGTGCTCTTCTGTTGGCATTCAAGGAATTGCATGGGCTTTTGGTGGCATGATCTTTGCCCTTGTCTACTGCACTGCTGGAATATCAGgttaacataata--ttttggtttcatgttttaaagttatgcatgttaactatatatacccaaagaggtgacgtcgatctcacctggtcagataaggttttgttgttgtttaaagtta-tgtatgtttgaattgttgttgggacag---------------------

upper sequence: Vv02s0025g03390.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 1
lower sequence: GLYMA11G02530.1 (Glycine max), 5'ss of exon 1
AAGTCACCCACCATGTGTGCCAGTGTTGGTATTCAGGGGATTGCTTGGGCTTTTGGTGGTATGATCTTTGCCCTTGTCTACTGCACTGCTGGTATCTCAGgtgtgcaccactgctcttccttcctcagcctttctttagctttttctgttaaacactttactgggttgctctaagttct-tcttcttcctttagccttctgatgtgggttgctcttagtgtgttttttagcatctgatggaagttttgtgtggtttgttgtctcag
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AGGGCACCCAACAAGTGCTCCTCTGTTGGCATTCAAGGAATTGCATGGGCTTTCGGTGGCATGATCTTTGCCCTCGTCGACTGCACTGCTGGAATATCAGgtttacataa-tattttagtttcatg------tttgaagttattcatgttaccgacctcatctagtagaataagtttttatattttattttttatctgcaaatatta-----------------------------------------------------------

upper sequence: Vv02s0025g03390.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 1
lower sequence: EFJ18960 (Selaginella moellendorffii), 5'ss of exon 1
AAGTCA--CCCACCATGTGTGCCAGTGTTGGTATTCAGGGGATTGCTTGGGCTTTTGGTGGTATGATCTTTGCCCTTGTCTACTGCACTGCTGGTATCTCAGgtgtgcaccactgctcttccttcctcagcctttctttagctttttctgttaaacactttactgggttgctctaagttcttcttcttcctttagccttctgatgtgggttgctcttagtgtgttttttagcatctgatggaagttttgtgtggtttgttgtctcag
  |||   | |||||  ||     | || || || ||||| || || ||||||||||| || ||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||   ||  |    | ||  |         || || |    | |  ||||  |  ||  | |  |||  |   |    || |      | | |  || |   |    ||                                                        
--GTCGATCGCACCAGCTGCCTTGGAGTGGGCATCCAGGGCATCGCGTGGGCTTTTGGGGGCATGATCTTTGCTCTCGTCTACTGCACTGCTGGAATCTCAGgtac-caagatgagtttttttgt-------ttcctgtgaggtgtggtgttcga-gctaaagtttgttcttgcgaaactttatctcgggtgtggtgttgtcccgaaactt--------------------------------------------------------

upper sequence: Vv02s0025g03390.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 1
lower sequence: EFJ11572 (Selaginella moellendorffii), 5'ss of exon 1
AAGTCA--CCCACCATGTGTGCCAGTGTTGGTATTCAGGGGATTGCTTGGGCTTTTGGTGGTATGATCTTTGCCCTTGTCTACTGCACTGCTGGTATCTCAGgtgtgcaccactgctcttccttcctcagcct------ttcttt---agctttttct---gttaaacactttactgg---------gttgctctaagttcttcttcttc--ctttagccttctgatgtgggttgctcttagtgtgttttttagcatctgatggaagttttgtgtggtttgttgt-ctcag
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--GTCGATCGCACCAGCTGCCTTGGAGTGGGCATCCAGGGCATCGCGTGGGCTTTTGGAGGCATGATCTTTGCTCTCGTCTACTGCACTGCCGGAATCTCAGgtaccaagatgagttttttggtgttcgagctaaagtgttcttgcgaaactttacctcgggtgtggtgttgtcccgaaactttggtgctgttctagctaaagtttcgcgagttctagtgttccagcgaaagttttcgt--gcgagactggaaaccatagctaaaagcttgacatgttttgtttttctcag

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|77579610|gb|DV218654.1|DV218654
EST:     TTTTGGTGGTATGATCTTTGCCCTTGTCTACTGCACTGCTGGTATCTCAG                         GAGGACACATCAACCCAGCTGTGACCTTTGGTCTGCTACTGGCGAGGAAGC
genomic: TTTTGGTGGTATGATCTTTGCCCTTGTCTACTGCACTGCTGGTATCTCAGgtgtgcacca ... gttgtctcagGAGGACACATCAACCCAGCTGTGACCTTTGGTCTGCTACTGGCGAGGAAGC
EST: gi|110708782|gb|EE086719.1|EE086719
EST:     TTTTGGTGGTATGATCTTTGCCCTTGTCTACTGCACTGCTGGTATCTCAA                         GAGGACACATCAACCCAGCTGTGACCTTTGGTCTGCTACTGGCGAGGAAGC
genomic: TTTTGGTGGTATGATCTTTGCCCTTGTCTACTGCACTGCTGGTATCTCAGgtgtgcacca ... gttgtctcagGAGGACACATCAACCCAGCTGTGACCTTTGGTCTGCTACTGGCGAGGAAGC
EST: gi|110723264|gb|EE100374.1|EE100374
EST:     TTTTGGTGGTATGATCTTTGCCCTTGTCTACTGCACTGCTGGTATCTCAG                         GAGGACACATCAACCCAGCTGTGACCTTTGGTCTGCTACTGGCGAGGAAGC
genomic: TTTTGGTGGTATGATCTTTGCCCTTGTCTACTGCACTGCTGGTATCTCAGgtgtgcacca ... gttgtctcagGAGGACACATCAACCCAGCTGTGACCTTTGGTCTGCTACTGGCGAGGAAGC
EST: gi|110699602|gb|EE076742.1|EE076742
EST:     TTTTGGTGGTATGATCTTTGCCCTTGTCTACTGCACTGCTGGTATCTCAG                         GAGGACACATCAACCCAGCTGTGACCTTTGGTCTGCTACTGGCGAGGAAGC
genomic: TTTTGGTGGTATGATCTTTGCCCTTGTCTACTGCACTGCTGGTATCTCAGgtgtgcacca ... gttgtctcagGAGGACACATCAACCCAGCTGTGACCTTTGGTCTGCTACTGGCGAGGAAGC
EST: gi|110699335|gb|EE076243.1|EE076243
EST:     TTTTGGTGGTATGATCTTTGCCCTTGTCTACTGCACTGCTGGTATCTCAG                         GAGGACACATCAACCCAGCTGTGACCTTTGGTCTGCTACTGGCGAGGAAGC
genomic: TTTTGGTGGTATGATCTTTGCCCTTGTCTACTGCACTGCTGGTATCTCAGgtgtgcacca ... gttgtctcagGAGGACACATCAACCCAGCTGTGACCTTTGGTCTGCTACTGGCGAGGAAGC
EST: gi|110689831|gb|EE066398.1|EE066398
EST:     TTTTGGTGGTATGATCTTTGCCCTTGTCTACTGCACTGCTGGTATCTCAG                         GAGGGCACATCAACCCAGCTGTTACCTTTGGTCTGCTGCTGGCAAGGAAGC
genomic: TTTTGGTGGTATGATCTTTGCCCTTGTCTACTGCACTGCTGGTATCTCAGgtgtgcacca ... gttgtctcagGAGGACACATCAACCCAGCTGTGACCTTTGGTCTGCTACTGGCGAGGAAGC
EST: gi|110720668|gb|EE096792.1|EE096792
EST:     TTTTGGTGGTATGATCTTTGCCCTTGTCTACTGCACTGCTGGTATCTCAG                         GAGGGCACATCAACCCAGCTGTTACCTTTGGTCTGCTGCTGGCAAGGAAGC
genomic: TTTTGGTGGTATGATCTTTGCCCTTGTCTACTGCACTGCTGGTATCTCAGgtgtgcacca ... gttgtctcagGAGGACACATCAACCCAGCTGTGACCTTTGGTCTGCTACTGGCGAGGAAGC
EST: gi|352791310|gb|FQ475000.1|FQ475000
EST:     TTTTGGTGGTATGATCTTTGCCCTTGTCTACTGCACTGCTGGTATCTCAG                         GAGGACACATCAACCCAGCTGTGACCTTTGGTCTGCTACTGGCGAGGAAGC
genomic: TTTTGGTGGTATGATCTTTGCCCTTGTCTACTGCACTGCTGGTATCTCAGgtgtgcacca ... gttgtctcagGAGGACACATCAACCCAGCTGTGACCTTTGGTCTGCTACTGGCGAGGAAGC
EST: gi|110393386|gb|EC958589.1|EC958589
EST:     TTTTGGTGGTATGATCTTTGCCCTTGTCTACTGCACTGCTGGTATCTCAG                         GAGGACACATCAACCCAGCTGTGACCTTTGGTCTGCTACTGGCGAGGAAGC
genomic: TTTTGGTGGTATGATCTTTGCCCTTGTCTACTGCACTGCTGGTATCTCAGgtgtgcacca ... gttgtctcagGAGGACACATCAACCCAGCTGTGACCTTTGGTCTGCTACTGGCGAGGAAGC
EST: gi|110393439|gb|EC958679.1|EC958679
EST:     TTTTGGTGGTATGATCTTTGCCCTTGTCTACTGCACTGCTGGTATCTCAG                         GAGGACACATCAACCCAGCTGTGACCTTTGGTCTGCTACTGGCGAGGAAGC
genomic: TTTTGGTGGTATGATCTTTGCCCTTGTCTACTGCACTGCTGGTATCTCAGgtgtgcacca ... gttgtctcagGAGGACACATCAACCCAGCTGTGACCTTTGGTCTGCTACTGGCGAGGAAGC
EST: gi|71870234|gb|DT019289.1|DT019289
EST:     TTTTGGTGGTATGATCTTTGCCCTTGTCTACTGCACTGCTGGTATCTCAG                         GAGGACACATCAACCCAGCTGTGACCTTTGGTCTGCTACTGGCGAGGAAGC
genomic: TTTTGGTGGTATGATCTTTGCCCTTGTCTACTGCACTGCTGGTATCTCAGgtgtgcacca ... gttgtctcagGAGGACACATCAACCCAGCTGTGACCTTTGGTCTGCTACTGGCGAGGAAGC
EST: gi|33405135|gb|CF210762.1|CF210762
EST:     CTTTGGTGGTATGATCTTTGCCCTTGTCTACTGCACTGCTGGTATCTCAG                         GAGGACACATCAACCCAGCTGTGACCTTTGGTCTGCTACTGGCGAGGAAGC
genomic: TTTTGGTGGTATGATCTTTGCCCTTGTCTACTGCACTGCTGGTATCTCAGgtgtgcacca ... gttgtctcagGAGGACACATCAACCCAGCTGTGACCTTTGGTCTGCTACTGGCGAGGAAGC
EST: gi|110700581|gb|EE077371.1|EE077371
EST:     TTTTGGTGGTATGATCTTTGCCCTTGTCTACTGCACTGCTGGTATCTCAA                         GAGGACACATCAACCCAGCTGTGACCTTTGGTCTGCTACTGGCGAGGAAGC
genomic: TTTTGGTGGTATGATCTTTGCCCTTGTCTACTGCACTGCTGGTATCTCAGgtgtgcacca ... gttgtctcagGAGGACACATCAACCCAGCTGTGACCTTTGGTCTGCTACTGGCGAGGAAGC
EST: gi|110707469|gb|EE083902.1|EE083902
EST:     TTTTGGTGGTATGATCTTTGCCCTTGTCTACTGCACTGCTGGTATCTCAG                         GAGGGCACATCAACCCAGCTGTTACCTTTGGTCTGCTGCTGGCAAGGAAGC
genomic: TTTTGGTGGTATGATCTTTGCCCTTGTCTACTGCACTGCTGGTATCTCAGgtgtgcacca ... gttgtctcagGAGGACACATCAACCCAGCTGTGACCTTTGGTCTGCTACTGGCGAGGAAGC
EST: gi|349829353|gb|FQ419885.1|FQ419885
EST:     TTTTGGTGGTACGATCTTTGCCCTTGTCTACTGCACTGCTGGTATCTCAG                         GAGGACACATCAACCCAGCTGTGACCTTTGGTCTGCTACTGGCGAGGAAGC
genomic: TTTTGGTGGTATGATCTTTGCCCTTGTCTACTGCACTGCTGGTATCTCAGgtgtgcacca ... gttgtctcagGAGGACACATCAACCCAGCTGTGACCTTTGGTCTGCTACTGGCGAGGAAGC
EST: gi|110732981|gb|EE108745.1|EE108745
EST:     TTTTGGTGGTATGATCTTTGCCCTTGTCTACTGCACTGCTGGTATCTCAG                         GAGGACACATCAACCCAGCTGTGACCTTTGGTCTGCTACTGGCGAGGAAGC
genomic: TTTTGGTGGTATGATCTTTGCCCTTGTCTACTGCACTGCTGGTATCTCAGgtgtgcacca ... gttgtctcagGAGGACACATCAACCCAGCTGTGACCTTTGGTCTGCTACTGGCGAGGAAGC
EST: gi|87586384|gb|DY474671.1|DY474671
EST:     TTTTGGTGGTATGATCTTTGCCCTTGTCTACTGCACTGCTGGTATCTCAG                         GAGGACACATCAACCCAGCTGTGACCTTTGGTCTGCTACTGGCGAGGAAGC
genomic: TTTTGGTGGTATGATCTTTGCCCTTGTCTACTGCACTGCTGGTATCTCAGgtgtgcacca ... gttgtctcagGAGGACACATCAACCCAGCTGTGACCTTTGGTCTGCTACTGGCGAGGAAGC
EST: gi|110721648|gb|EE098886.1|EE098886
EST:     TTTTGGTGGTATGATCTTTGCCCTTGTCTACTGCACTGCTGGTATCTCAG                         GAGGACACATCAACCCAGCTGTGACCTTTGGTCTGCTACTGGCGAGGAAGC
genomic: TTTTGGTGGTATGATCTTTGCCCTTGTCTACTGCACTGCTGGTATCTCAGgtgtgcacca ... gttgtctcagGAGGACACATCAACCCAGCTGTGACCTTTGGTCTGCTACTGGCGAGGAAGC
EST: gi|110368183|gb|EC932152.1|EC932152
EST:     TTTTGGTGGTATGATCTTTGCCCTTGTCTACTGCACTGCTGGTATCTCAG                         GAGGACACATCAACCCAGCTGTGACCTTTGGTCTGCTACTGGCGAGGAAGC
genomic: TTTTGGTGGTATGATCTTTGCCCTTGTCTACTGCACTGCTGGTATCTCAGgtgtgcacca ... gttgtctcagGAGGACACATCAACCCAGCTGTGACCTTTGGTCTGCTACTGGCGAGGAAGC
EST: gi|110372544|gb|EC936722.1|EC936722
EST:     TTTTGGTGGTATGATCTTTGCCCTTGTCTACTGCACTGCTGGTATCTCAG                         GAGGACACATCAACCCAGCTGTGACCTTTGGTCTGCTACTGGCGAGGAAGC
genomic: TTTTGGTGGTATGATCTTTGCCCTTGTCTACTGCACTGCTGGTATCTCAGgtgtgcacca ... gttgtctcagGAGGACACATCAACCCAGCTGTGACCTTTGGTCTGCTACTGGCGAGGAAGC
EST: gi|352769085|gb|FQ471033.1|FQ471033
EST:     TTTTGGTGGTATGATCTTTGCCCTTGTCTACTGCACTGCTGGTATCTCAG                         GAGGACACATCAACCCAGCTGTGACCTTTGGTCTGCTACTGGCGAGGAAGC
genomic: TTTTGGTGGTATGATCTTTGCCCTTGTCTACTGCACTGCTGGTATCTCAGgtgtgcacca ... gttgtctcagGAGGACACATCAACCCAGCTGTGACCTTTGGTCTGCTACTGGCGAGGAAGC
EST: gi|110690792|gb|EE068272.1|EE068272
EST:     TTTTGGTGGTATGATCTTTGCCCTTGTCTACTGCACTGCTGGTATCTCAG                         GAGGACACATCAACCCAGCTGTGACCTTTGGTCTGCTACTGGCGAGGAAGC
genomic: TTTTGGTGGTATGATCTTTGCCCTTGTCTACTGCACTGCTGGTATCTCAGgtgtgcacca ... gttgtctcagGAGGACACATCAACCCAGCTGTGACCTTTGGTCTGCTACTGGCGAGGAAGC
EST: gi|71872140|gb|DT021195.1|DT021195
EST:     TTTTGGTGGTATGATCTTTGCCCTTGTCTACTGCACTGCTGGTATCTCAG                         GAGGACACATCAACCCAGCTGTGACCTTTGGTCTGCTACTGGCGAGGAAGC
genomic: TTTTGGTGGTATGATCTTTGCCCTTGTCTACTGCACTGCTGGTATCTCAGgtgtgcacca ... gttgtctcagGAGGACACATCAACCCAGCTGTGACCTTTGGTCTGCTACTGGCGAGGAAGC
EST: gi|71869347|gb|DT018402.1|DT018402
EST:     TTTTGGTGGTATGATCTTTGCCCTTGTCTACTGCACTGCTGGTATCTCAG                         GAGGACACATCAACCCAGCTGTGACCTTTGGTCTGCTACTGGCGAGGAAGC
genomic: TTTTGGTGGTATGATCTTTGCCCTTGTCTACTGCACTGCTGGTATCTCAGgtgtgcacca ... gttgtctcagGAGGACACATCAACCCAGCTGTGACCTTTGGTCTGCTACTGGCGAGGAAGC
EST: gi|71856238|gb|DT005293.1|DT005293
EST:     TTTTGGTGGTATGATCTTTGCCCTTGTCTACTGCACTGCTGGTATCTCAG                         GAGGACACATCAACCCAGCTGTGACCTTTGGTCTGCTACTGGCGAGGAAGC
genomic: TTTTGGTGGTATGATCTTTGCCCTTGTCTACTGCACTGCTGGTATCTCAGgtgtgcacca ... gttgtctcagGAGGACACATCAACCCAGCTGTGACCTTTGGTCTGCTACTGGCGAGGAAGC
EST: gi|29781752|gb|CB346481.2|CB346481
EST:     TTTTGGTGGTATGATCTTTGCCCTTGTCTACTGCACTGCTGGTATCTCAG                         GAGGACACATCAACCCAGCTGTGACCTTTGGTCTGCTACTGGCGAGGAAGC
genomic: TTTTGGTGGTATGATCTTTGCCCTTGTCTACTGCACTGCTGGTATCTCAGgtgtgcacca ... gttgtctcagGAGGACACATCAACCCAGCTGTGACCTTTGGTCTGCTACTGGCGAGGAAGC
EST: gi|34545199|gb|CF513431.1|CF513431
EST:     TTTTGGTGGTATGATCTTTGCCCTTGTCTACTGCACTGCTGGTATCTCAG                         GAGGACACATCAACCCAGCTGTGACCTTTGGTCTGCTACTGGCGAGGAAGC
genomic: TTTTGGTGGTATGATCTTTGCCCTTGTCTACTGCACTGCTGGTATCTCAGgtgtgcacca ... gttgtctcagGAGGACACATCAACCCAGCTGTGACCTTTGGTCTGCTACTGGCGAGGAAGC
EST: gi|351053538|gb|FQ459285.1|FQ459285
EST:     TTTTGGTGGTATGATCTTTGCCCTTGTCTACTGCACTGCTGGTATCTCAG                         GAGGGCACATCAACCCAGCTGTTACCTTTGGTCTGCTGCTGGCAAGGAAGC
genomic: TTTTGGTGGTATGATCTTTGCCCTTGTCTACTGCACTGCTGGTATCTCAGgtgtgcacca ... gttgtctcagGAGGACACATCAACCCAGCTGTGACCTTTGGTCTGCTACTGGCGAGGAAGC
EST: gi|77586613|gb|DV222435.1|DV222435
EST:     TTTTGGTGGTATGATCTTTGCCCTTGTCTACTGCACTGCTGGTATCTCAG                         GAGGACACATCAACCCAGCTGTGACCTTTGGTCTGCTACTGGCGAGGAAGC
genomic: TTTTGGTGGTATGATCTTTGCCCTTGTCTACTGCACTGCTGGTATCTCAGgtgtgcacca ... gttgtctcagGAGGACACATCAACCCAGCTGTGACCTTTGGTCTGCTACTGGCGAGGAAGC
EST: gi|110697616|gb|EE074770.1|EE074770
EST:     TTTTGGTGGTATGATCTTTGCCCTTGTCTACTGCACTGCTGGTATCTCAG                         GAGGACACATCAACCCAGCTGTGACCTTTGGTCTGCTACTGGCGAGGAAGC
genomic: TTTTGGTGGTATGATCTTTGCCCTTGTCTACTGCACTGCTGGTATCTCAGgtgtgcacca ... gttgtctcagGAGGACACATCAACCCAGCTGTGACCTTTGGTCTGCTACTGGCGAGGAAGC
EST: gi|110394135|gb|EC958676.1|EC958676
EST:     TTTTGGTGGTATGATCTTTGCCCTTGTCTACTGCACTGCTGGTATCTCAG                         GAGGACACATCAACCCAGCTGTGACCTTTGGTCTGCTACTGGCGAGGAAGC
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Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
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AAGTCACCCACCATGTGTGCCAGTGTTGGTATTCAGGGGATTGCTTGGGCTTTTGGTGGTATGATCTTTGCCCTTGTCTACTGCACTGCTGGTATCTCAGgtgtgcaccactgctcttccttcctcagcctttctttagctttttctgttaaacactttactgggttgctctaagttcttcttcttcctttagccttctgatgtgggttgctcttagtgtgttttttagcatctgatggaagttttgtgtggtttgttgtctcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGTGG