Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TCTCTGCCGCCTCTTTTTGCGGGGTTTCTCTCACACTCCAAGAGCTCTCTGGGTTGAGATTTTCCGAGAAAAACAGGGTCTCATCTGGTTCAGATTCACTgtaagagcccacgtctgctctttttttctttctttttttttggcctttttcttttttcagttgttttgagatttgttttggaatgtattcatgtgggttt...

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv00s0598g00010.t01
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|71863603|gb|DT012658.1|DT012658
EST:     GGGTTGAGATTTTCCGAGAAAAACAGGGTCTCATCTGGTTCAGATTCACT                         GCAGCAATTTCTTTTGCACATGCTTGTAATGTATGTTTCCTTAATTGAGTA
genomic: GGGTTGAGATTTTCCGAGAAAAACAGGGTCTCATCTGGTTCAGATTCACTgtaagagccc ... gatgtctcagGCAGCAATTTCTTTTGCACATGCTTGTAATGTATGTTTCCTTAATTGAGTA
EST: gi|71864214|gb|DT013269.1|DT013269
EST:     GGGTTGAGATTTTCCGAGAAAAACAGGGTCTCATCTGGTTCAGATTCACT                         GCAGCAATTTCTTTTGCACATGCTTGTAATGTATGTTTCCTTAATTGAGTA
genomic: GGGTTGAGATTTTCCGAGAAAAACAGGGTCTCATCTGGTTCAGATTCACTgtaagagccc ... gatgtctcagGCAGCAATTTCTTTTGCACATGCTTGTAATGTATGTTTCCTTAATTGAGTA
EST: gi|37188422|gb|CF607771.1|CF607771
EST:     GTTGAGATTTTCCGAGAAAAACAGGGTCTCATCTGGTTCAGATTCACT                         GCAGCAATTTCTTTTGCACATGCTTGTAATGTATGTTTCCTTAATTGAGTA
genomic: GTTGAGATTTTCCGAGAAAAACAGGGTCTCATCTGGTTCAGATTCACTgtaagagccc ... gatgtctcagGCAGCAATTTCTTTTGCACATGCTTGTAATGTATGTTTCCTTAATTGAGTA
EST: gi|71864173|gb|DT013228.1|DT013228
EST:     GGGTTGAGTTTTTCCGAGAAAAACAGGGTCTCATCTGGTTCAGATTCACT                         GCAGCAATTTCTTTTGCACATGCTTGTAATGTATGTTTCCTTAATTGAGTA
genomic: GGGTTGAGATTTTCCGAGAAAAACAGGGTCTCATCTGGTTCAGATTCACTgtaagagccc ... gatgtctcagGCAGCAATTTCTTTTGCACATGCTTGTAATGTATGTTTCCTTAATTGAGTA
EST: gi|71864011|gb|DT013066.1|DT013066
EST:     GGGTTGAGATTTTCCGAGAAAAACAGGGTCTCATCTGGTTCAGATTCACT                         GCAGCAATTTCTTTTGCACATGCTTGTAATGTATGTTTCCTTAATTGAGTA
genomic: GGGTTGAGATTTTCCGAGAAAAACAGGGTCTCATCTGGTTCAGATTCACTgtaagagccc ... gatgtctcagGCAGCAATTTCTTTTGCACATGCTTGTAATGTATGTTTCCTTAATTGAGTA