Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CTTGAAAAAAGCGCGACACTCTTCCGGCCAAAACTCATCGTGGCCGGAGCCAGCGCCTACTCTCGGCATTATGATTATGCACGAATGCGTCAGgtacatatgagtagatagcgattgcagctttaacctcaaagtaacgttatcacag

Basic information

species Selaginella moellendorffii
transcript EFJ32604
intron # 8
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|169115018|gb|FE516383.1|FE516383
EST:     CTGGAGCCAGCGCCTACTCTCGGCATTATGATTATGCACGAATGCGTCAG                         ATTTGCAACAAGCAAAAGGCAATCCTTCTAGCTGATATGGCTCATATAAGC
genomic: CCGGAGCCAGCGCCTACTCTCGGCATTATGATTATGCACGAATGCGTCAGgtacatatga ... gttatcacagATTTGCAACAAGCAAAAGGCAATCCTTCTAGCTGATATGGCTCATATAAGC
EST: gi|169070247|gb|FE478068.1|FE478068
EST:     CACGAATGCGTCAG                         ATTTGCAACAAGCAAAAGGCAATCCTTCTAGCTGATATGGCTCATATAAGC
genomic: CACGAATGCGTCAGgtacatatga ... gttatcacagATTTGCAACAAGCAAAAGGCAATCCTTCTAGCTGATATGGCTCATATAAGC
EST: gi|169051134|gb|FE458681.1|FE458681
EST:     CCGGAGCCAGCGCCTACTCTCGGCATTATGATTATGCACGAATGCGTCAG                         ATTTTGCA-CAAGCAAAAGGCAATCCTTCTAGCTGATATGG
genomic: CCGGAGCCAGCGCCTACTCTCGGCATTATGATTATGCACGAATGCGTCAGgtacatatga ... gttatcacagATTT-GCAACAAGCAAAAGGCAATCCTTCTAGCTGATATGG
EST: gi|169048578|gb|FE454447.1|FE454447
EST:     CTGGAGCCAGCGCCTACTCTCGGCATTATGATTATGCACGAATGCGTCAG                         ATTTGCAACAAGCAAAAGGCAATCCTTCTAGCTGATATGGCTCATATAAGC
genomic: CCGGAGCCAGCGCCTACTCTCGGCATTATGATTATGCACGAATGCGTCAGgtacatatga ... gttatcacagATTTGCAACAAGCAAAAGGCAATCCTTCTAGCTGATATGGCTCATATAAGC
EST: gi|169019270|gb|FE428183.1|FE428183
EST:     CCGGAGCCAGCGCCTACTCTCGGCATTATGATTATGCACGAATGCGTCAG                         ATTTGCAACAAGCAAAAGGCAATCCTTCTAGCTGATATGGCTCATATAAGC
genomic: CCGGAGCCAGCGCCTACTCTCGGCATTATGATTATGCACGAATGCGTCAGgtacatatga ... gttatcacagATTTGCAACAAGCAAAAGGCAATCCTTCTAGCTGATATGGCTCATATAAGC
EST: gi|169087154|gb|FE493101.1|FE493101
EST:     CCGGAGCCAGCGCCTACTCTCGGCATTATGATTATGCACGAATGCGTCAG                         ATTTGCAACAAGCAAAAGGCAATCCTTCTAGCTGATATGGCTCATATAAGC
genomic: CCGGAGCCAGCGCCTACTCTCGGCATTATGATTATGCACGAATGCGTCAGgtacatatga ... gttatcacagATTTGCAACAAGCAAAAGGCAATCCTTCTAGCTGATATGGCTCATATAAGC
EST: gi|169098871|gb|FE502268.1|FE502268
EST:     CTGGAGCCAGCGCCTACTCTCGGCATTATGATTATGCACGAATGCGTCAG                         ATTTGCAACAAGCAAAAGGCAATCCTTCTAGCTGATATGGCTCATATAAGC
genomic: CCGGAGCCAGCGCCTACTCTCGGCATTATGATTATGCACGAATGCGTCAGgtacatatga ... gttatcacagATTTGCAACAAGCAAAAGGCAATCCTTCTAGCTGATATGGCTCATATAAGC
EST: gi|169080654|gb|FE487175.1|FE487175
EST:     CTGGAGCCAGCGCCTACTCTCGGCATTATGATTATGCACGAATGCGTCAG                         ATTTNNGCA-CA-GCAAAAGGCAATCCTTCTAGCTGATATGGCTCA
genomic: CCGGAGCCAGCGCCTACTCTCGGCATTATGATTATGCACGAATGCGTCAGgtacatatga ... gttatcacagATTT--GCAACAAGCAAAAGGCAATCCTTCTAGCTGATATGGCTCA
EST: gi|169113402|gb|FE514729.1|FE514729
EST:     CTGGAGCCAGCGCCTACTCTCGGCATTATGATTATGCACGAATGCGTCAG                         ATTTGCAACAAGCAAAAGGCAATCCTTCTAGCTGATATGGCTCATATAAGC
genomic: CCGGAGCCAGCGCCTACTCTCGGCATTATGATTATGCACGAATGCGTCAGgtacatatga ... gttatcacagATTTGCAACAAGCAAAAGGCAATCCTTCTAGCTGATATGGCTCATATAAGC
EST: gi|169113160|gb|FE514406.1|FE514406
EST:     CACGAATGCGTCAG                         ATTTGCAACAAGCAAAAGGCAATCCTTCTAGCTGATATGGCTCATATAAGC
genomic: CACGAATGCGTCAGgtacatatga ... gttatcacagATTTGCAACAAGCAAAAGGCAATCCTTCTAGCTGATATGGCTCATATAAGC
EST: gi|169030300|gb|FE440025.1|FE440025
EST:     CCGGAGCCAGCGCCTACTCTCGGCATTATGATTATGCACGAATGCGTCAG                         ATTTGCAACAAGC
genomic: CCGGAGCCAGCGCCTACTCTCGGCATTATGATTATGCACGAATGCGTCAGgtacatatga ... gttatcacagATTTGCAACAAGC
EST: gi|169035576|gb|FE445346.1|FE445346
EST:     CTGGAGCCAGCGCCTACTCTCGGCATTATGATTATGCACGAATGCGTCAG                         ATTTGCAACAAGCAAAAGGCAATCCTTCTAGCTGATATGGCTCA
genomic: CCGGAGCCAGCGCCTACTCTCGGCATTATGATTATGCACGAATGCGTCAGgtacatatga ... gttatcacagATTTGCAACAAGCAAAAGGCAATCCTTCTAGCTGATATGGCTCA
EST: gi|169019686|gb|FE427489.1|FE427489
EST:     CACGAATGCGTCAG                         ATTTGCAACAAGCAAAAGGCAATCCTTCTAGCTGATATGGCTCATATAAGC
genomic: CACGAATGCGTCAGgtacatatga ... gttatcacagATTTGCAACAAGCAAAAGGCAATCCTTCTAGCTGATATGGCTCATATAAGC
EST: gi|169044083|gb|FE451669.1|FE451669
EST:     CCGGAGCCAGCGCCTACTCTCGGCATTATGATTATGCACGAATGCGTCAG                         ATTTGCAACAAGCAAAAGGCAATCCTTCTAGCTGATATGGCTCATATAAGC
genomic: CCGGAGCCAGCGCCTACTCTCGGCATTATGATTATGCACGAATGCGTCAGgtacatatga ... gttatcacagATTTGCAACAAGCAAAAGGCAATCCTTCTAGCTGATATGGCTCATATAAGC

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 35 (upstream exon), 34 (downstream exon)
Score: 47

CTTGAAAAAAGCGCGACACTCTTCCGGCCAAAACTCATCGTGGCCGGAGCCAGCGCCTACTCTCGGCATTATGATTATGCACGAATGCGTCAGgtacatatga ... gttatcacagATTTGCAACAAGCAAAAGGCAATCCTTCTAGCTGATATGGCTCATATAAGCGGACTTGTAGCTGCTGGTGTCGTGCCATCTCCATTCGACGTTGCAGACG




<











<


<