Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AATCAACCAAGCTATCGGGGCTACAGGGCTCGTCAGCGAGGAGTGTAAGATGGTCGTTGCTCAGTATGGTGACTTGATTGTGGAACTTCTTCTTGCACAGgttagtaagctttgcctctttttactcatgactgtcttgtctcgtag

Basic information

species Selaginella moellendorffii
transcript EFJ34432
intron # 7
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|169048187|gb|FE455459.1|FE455459
EST:     TGGTCGTTACTCAGTATGGTGACTTGATTGTGGAACTTCTTCTTGCACAG                         GTGACGCCCGACAAAGTATGTGCTCAAGCTGGGGTCTGCACTCTTCGTAAT
genomic: TGGTCGTTGCTCAGTATGGTGACTTGATTGTGGAACTTCTTCTTGCACAGgttagtaagc ... tgtctcgtagGTGACCCCCGATAAAGTATGTGCTCAAGCTGGGGTCTGCACTCTTCGTAAT
EST: gi|169039488|gb|FE449163.1|FE449163
EST:     TGGTCGTTACTCAGTATGGTGACTTGATTGTGGAACTTCTTCTTGCACAG                         GTGACGCCCGACAAAGTATGTGCTCAAGCTGGGGTCTGCACTCTTCGTAAT
genomic: TGGTCGTTGCTCAGTATGGTGACTTGATTGTGGAACTTCTTCTTGCACAGgttagtaagc ... tgtctcgtagGTGACCCCCGATAAAGTATGTGCTCAAGCTGGGGTCTGCACTCTTCGTAAT
EST: gi|169030852|gb|FE439797.1|FE439797
EST:     TGGTCGTTGCTCAGTATGGTGACTTGATTGTGGAACTTCTTCTTGCACAG                         GTGACCCCCGATAAAGTATGTGCTCAAGCTGGGGTCTGCACTCTTCGTAAT
genomic: TGGTCGTTGCTCAGTATGGTGACTTGATTGTGGAACTTCTTCTTGCACAGgttagtaagc ... tgtctcgtagGTGACCCCCGATAAAGTATGTGCTCAAGCTGGGGTCTGCACTCTTCGTAAT
EST: gi|169043989|gb|FE451575.1|FE451575
EST:     TGGTCGTTACTCAGTATGGTGACTTGATTGTGGAACTTCTTCTTGCACAG                         GTGACGCCCGACAAAGTATGTGCTCAAGCTGGGGTCTGCACTCTTCGTAAT
genomic: TGGTCGTTGCTCAGTATGGTGACTTGATTGTGGAACTTCTTCTTGCACAGgttagtaagc ... tgtctcgtagGTGACCCCCGATAAAGTATGTGCTCAAGCTGGGGTCTGCACTCTTCGTAAT
EST: gi|169043990|gb|FE451576.1|FE451576
EST:     TGGTCGTTACTCAGTATGGTGACTTGATTGTGGAACTTCTTCTTGCACAG                         GTGACGCCCGACAAAGTATGTGCTCAAGCTGGGGTCTGCACTCTTCGTAAT
genomic: TGGTCGTTGCTCAGTATGGTGACTTGATTGTGGAACTTCTTCTTGCACAGgttagtaagc ... tgtctcgtagGTGACCCCCGATAAAGTATGTGCTCAAGCTGGGGTCTGCACTCTTCGTAAT
EST: gi|169072916|gb|FE482344.1|FE482344
EST:     TGGTCGTTACTCAGTATGGTGACTTGATTGTGGAACTTCTTCTTGCACAG                         GTGACGCCCGACAAAGTATGTGCTCAAGCTGGGGTCTGCACTCTTCGTAAT
genomic: TGGTCGTTGCTCAGTATGGTGACTTGATTGTGGAACTTCTTCTTGCACAGgttagtaagc ... tgtctcgtagGTGACCCCCGATAAAGTATGTGCTCAAGCTGGGGTCTGCACTCTTCGTAAT
EST: gi|169043410|gb|FE451854.1|FE451854
EST:     TGGTCGTTGCTCAGTATGGTGACTTGATTGTGGAACTTCTTCTTGCACAG                         GTGACACCCGACAAAGTATGTGCTCAAGCTGGGGTCTGCACTCTTCGTAAT
genomic: TGGTCGTTGCTCAGTATGGTGACTTGATTGTGGAACTTCTTCTTGCACAGgttagtaagc ... tgtctcgtagGTGACCCCCGATAAAGTATGTGCTCAAGCTGGGGTCTGCACTCTTCGTAAT
EST: gi|169032351|gb|FE440908.1|FE440908
EST:     TGGTCGTTACTCAGTATGGTGACTTGATTGTGGAACTTCTTCTTGCACAG                         GTGACGCCCGACAAAGTATGTGCTCAAGCTGGGGTCTGCACTCTTCGTAAT
genomic: TGGTCGTTGCTCAGTATGGTGACTTGATTGTGGAACTTCTTCTTGCACAGgttagtaagc ... tgtctcgtagGTGACCCCCGATAAAGTATGTGCTCAAGCTGGGGTCTGCACTCTTCGTAAT
EST: gi|169108565|gb|FE510780.1|FE510780
EST:     TGGTCGTTGCTCAGTATGGTGACTTGATTGTGGAACTTCTTCTTGCACAG                         GTGACACCCGACAAAGTATGTGCTCAAGCTGGGGTCTGCACTCTTCGTAAT
genomic: TGGTCGTTGCTCAGTATGGTGACTTGATTGTGGAACTTCTTCTTGCACAGgttagtaagc ... tgtctcgtagGTGACCCCCGATAAAGTATGTGCTCAAGCTGGGGTCTGCACTCTTCGTAAT