Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   
2  
 5'  3'   
3  
 5'  3'   
4  
 5'  3'   
5  
 5'  3'   
6  
 5'  3'   
7  
 5'  3'   
8  
 5'  3'   
9  
 5'  3'   
10  
 5'  3'   
11  
 5'  3'   
12  
 5'  3'   
13  
 5'  3'   
14  
 5'  3'   
15  
 5'  3'   
16  
 5'  3'   
17  
 5'  3'   
18  
 5'  3'   
19  
 5'  3'   
20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   
22  
 5'  3'   
23  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTACGTCCATTATCCGAAAGCTGCCCCTTGGTACGAGTTTATTGTCATTCCCCTAAGGTTTGAACTTTTATGCTCGATTATGATACCCATTTCAATTAAGgtatgttttcgctgtataatgttgatatccttatgtatcgtgtcag

Basic information

species Selaginella moellendorffii
transcript EFJ28965
intron # 7
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: EFJ28965 (Selaginella moellendorffii), 5'ss of exon 7
lower sequence: LOC_Os11g25980.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 10
GTACGTCCATTATCCGAAAGCTGCCCCTTGGTACGAGTTTATTGTCATTCCCCTAAGGTTTGAACTTTTATGCTCGATTATGATACCCATTTCAATTAAGgtatg--ttttcgctgtat--aat----gttgatatccttatgtatcgtgtcag----------------------------------------------
||| ||| | || | | || || ||||| || || | || || ||||| |||||||||| || ||||| |||||||| ||||||||||| |||||||| | || | |||| ||| ||| | | ||| ||| | |||
GTATGTCAAGTACGATGATGATGAACCATGGTATCAGATTTTGGTTATCCCCCTGCGGTTTGAACTGTTGTGCTCCATTATGATTCCCATTTCAATAAAGgtatgactctttgaagtatttaatcctagtttacttgcttgtgttttatgtggcgatgtttgtgtaatcataaaaaaaatttctcatgcttaatattcca