Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGTAAATATAAGAGCCGTGCCGACAGATTTTGAGGTGGTTGATGGAGAACGTTTGCCTTTAGCGGTCAAAGAGCTTGGTAGCTGTGATCTTTACCCACAAgtaagtagttctttcgttttgctttctgtgtataggacattttctgatataatgtgtgcag

Basic information

species Selaginella moellendorffii
transcript EFJ36319
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|169094662|gb|FE494555.1|FE494555
EST:     GTTTGCCTTTAGCGGTCAAAGAGCTTGGTAGCTGTGATCTTTACCCACAA                         AGCCTGAAACATAACCCAAATGGAAGATTTGTGGTGGTTTGTGGTGATGGC
genomic: GTTTGCCTTTAGCGGTCAAAGAGCTTGGTAGCTGTGATCTTTACCCACAAgtaagtagtt ... atgtgtgcagAGCCTGAAACATAACCCAAATGGAAGATTTGTGGTGGTTTGTGGTGATGGC
EST: gi|169083104|gb|FE496400.1|FE496400
EST:     GTTTGCCTTTAGCGGTCAAAGAGCTTGGTAGCTGTGATCTTTACCCACAA                         AGCCTGAAACATAACCCAAATGGA
genomic: GTTTGCCTTTAGCGGTCAAAGAGCTTGGTAGCTGTGATCTTTACCCACAAgtaagtagtt ... atgtgtgcagAGCCTGAAACATAACCCAAATGGA
EST: gi|169109461|gb|FE512872.1|FE512872
EST:     GTTTGCCTTTAGCGGTCAAAGAGCTTGGTAGCTGTGATCTTTACCCACAA                         AGCCTGAAACATAACCCAAATGGAAGATTTGTGGTGGTTTGTGGTGATGGC
genomic: GTTTGCCTTTAGCGGTCAAAGAGCTTGGTAGCTGTGATCTTTACCCACAAgtaagtagtt ... atgtgtgcagAGCCTGAAACATAACCCAAATGGAAGATTTGTGGTGGTTTGTGGTGATGGC
EST: gi|169083821|gb|FE492733.1|FE492733
EST:     GTTTGCCTTTAGCGGTCAAAGAGCTTGGTAGCTGTGATCTGTACCCACAA                         AGCCTGAAACATAACCCAAATGGAAGATTTGTGGTGGTTTGTGGTGATGGG
genomic: GTTTGCCTTTAGCGGTCAAAGAGCTTGGTAGCTGTGATCTTTACCCACAAgtaagtagtt ... atgtgtgcagAGCCTGAAACATAACCCAAATGGAAGATTTGTGGTGGTTTGTGGTGATGGC
EST: gi|169096198|gb|FE500358.1|FE500358
EST:     GTTTGCCTTTAGCGGTCAAAGAGCTTGGTAGCTGTGATCTGTACCCACAA                         AGCCTGAAACATAACCCAAATGGAAGATTTGTGGTGGTTTGTGGTGATGGG
genomic: GTTTGCCTTTAGCGGTCAAAGAGCTTGGTAGCTGTGATCTTTACCCACAAgtaagtagtt ... atgtgtgcagAGCCTGAAACATAACCCAAATGGAAGATTTGTGGTGGTTTGTGGTGATGGC
EST: gi|169056508|gb|FE464916.1|FE464916
EST:     GTTTGCCTTTAGCGGTCAAAGAGCTTGGTAGCTGTGATCTGTACCCACAA                         AGCCTGAAACATAACCCAAATGGAAGATTTGTGGTGGTTTGTGGTGATGGG
genomic: GTTTGCCTTTAGCGGTCAAAGAGCTTGGTAGCTGTGATCTTTACCCACAAgtaagtagtt ... atgtgtgcagAGCCTGAAACATAACCCAAATGGAAGATTTGTGGTGGTTTGTGGTGATGGC
EST: gi|169021101|gb|FE431412.1|FE431412
EST:     GTTTGCCTTTAGCGGTCAAAGAGCTTGGTAGCTGTGATCTTTACCCACAA                         AGCCTGAAACATAACCCAAATGGAAGATTTGTGGTGGTTTGTGGTGATGGC
genomic: GTTTGCCTTTAGCGGTCAAAGAGCTTGGTAGCTGTGATCTTTACCCACAAgtaagtagtt ... atgtgtgcagAGCCTGAAACATAACCCAAATGGAAGATTTGTGGTGGTTTGTGGTGATGGC
EST: gi|169025538|gb|FE435008.1|FE435008
EST:     GTTTGCCTTTAGCGGTCAAAGAGCTTGGTAGCTGTGATCTGTACCCACAA                         AGCCTGAAACATAACCCAAATGGAAGATTTGTGGTGGTTTGTGGTGATGGG
genomic: GTTTGCCTTTAGCGGTCAAAGAGCTTGGTAGCTGTGATCTTTACCCACAAgtaagtagtt ... atgtgtgcagAGCCTGAAACATAACCCAAATGGAAGATTTGTGGTGGTTTGTGGTGATGGC
EST: gi|169066106|gb|FE475645.1|FE475645
EST:     GTTTGCCTTTAGCGGTCAAAGAGCTTGGTAGCTGTGATCTGTACCCACAA                         AGCCTGAAACATAACCCAAATGGAAGATTTGTGGTGGTTTGTGGTGATGGG
genomic: GTTTGCCTTTAGCGGTCAAAGAGCTTGGTAGCTGTGATCTTTACCCACAAgtaagtagtt ... atgtgtgcagAGCCTGAAACATAACCCAAATGGAAGATTTGTGGTGGTTTGTGGTGATGGC
EST: gi|169039285|gb|FE447829.1|FE447829
EST:     GTTTGCCTTTAGCGGTCAAAGAGCTTGGTAGCTGTGATCTTTACCCACAA                         AGCCTGAAACATAACCCAAATGGAAGATTTGTGGTGGTTTGTGGTGATGGC
genomic: GTTTGCCTTTAGCGGTCAAAGAGCTTGGTAGCTGTGATCTTTACCCACAAgtaagtagtt ... atgtgtgcagAGCCTGAAACATAACCCAAATGGAAGATTTGTGGTGGTTTGTGGTGATGGC

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 32 (upstream exon), 33 (downstream exon)
Score: 17

TGTAAATATAAGAGCCGTGCCGACAGATTTTGAGGTGGTTGATGGAGAACGTTTGCCTTTAGCGGTCAAAGAGCTTGGTAGCTGTGATCTTTACCCACAAgtaagtagtt ... atgtgtgcagAGCCTGAAACATAACCCAAATGGAAGATTTGTGGTGGTTTGTGGTGATGGCGAATATACAATTTACACCCCTGTTGCCTGGAGAAACAAGTCATTTGGAT




<











<


<









Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TGTAAATATAAGAGCCGTGCCGACAGATTTTGAGGTGGTTGATGGAGAACGTTTGCCTTTAGCGGTCAAAGAGCTTGGTAGCTGTGATCTTTACCCACAAgtaagtagttctttcgttttgctttctgtgtataggacattttctgatataatgtgtgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCTT